有针对性的大规模规范指南

以下指南(下文)和 清单 提供援助作者在准备他们的手稿中并通知他们必须包含在手稿中的物品。

作者需要在提交过程中完成清单,以帮助确保其稿件包含所有所需信息。作者将注意页面编号,其中可以在纸纸中找到信息。将检查手稿,以确保他们同时执行指南,同时进行同行审查。值得注意的是,与MCP中的所有其他文件一样,合规性检查不构成对稿件的审查,因为这仅确定文章是否符合指南,即,包含必要的信息。合规检查不会判断数据的质量或评估手稿的科学适用性。

目标MS手稿的指导方针

报告所用分析的层次水平:靶向蛋白质组学分析可分为三个地层,通过预期的应用和分析验证程度不同。这种层结构是由国家癌症研究所的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)计划赞助的会议的直接结果(参见 Carr等人。 2014年Mol细胞蛋白质组学; PMID:24443746)。 Tier 1 测量具有最高标准,并且通常对应于测量单一分析物(或少量分析物)的临床生物衰强/诊断实验室测试。 Tier 2 测量用于研究使用测定,通常高度复用,用于定量蛋白质,肽和翻译后修饰的肽。第1级和第2层有两个属性,共同区分他们免受发现实验: 1) 能够在样品/实验中测量兴趣的反复分析物集合和 2) 它们都采用了每个分析物的内部标准,用于自信地检测和精确定量。第3层测量,可用于早期生物学研究,可实现跨实验相同的分析物集的可重复测量,但不使用内部标准来准确或精确测量每个分析物的水平。 Tier 3 方法不构成测定,而是采用针对偏向检测预定义的分析物的目标策略。稿件要求取决于所执行的层分析水平。在求职信和稿件中,作者应该说明他们开发和应用的分析的层次水平。数据无关的获取(DIA)研究通常不会在其收购中瞄准,而是在分析中。他们有他们的 自己的一组指导方针 他们必须遵守它。

对于所有层,作者必须提供以下书面信息:

  • 对于除建立细胞系之外的人类样品,需要临床依从性检查,具体地解决生物流体或组织标本如何收集和处理,包括IRB批准)。 有关详细信息,请参阅此页面.
  • 数据库的名称(例如,骄傲,大规模等),其中原始数据已经存放和访问代码(参见有关原始数据沉积信息的肽/蛋白质指南)。
  • 实验设计和理由的详细信息,包括所遵循的设计和/或监管指导的统计理由,如下面的清单第III条所述。
  • 具有标题“开发和分析验证目标MS测定/测量”的实验方法的子部分,包括第IV节中描述的信息 清单.
  • 用于样本的数据收集和量化的方法和获得的值包括精度和/或精度的测量。

对于Tirier 1和2分析,还需要提供用于定量分析物的所有色谱图。 此要求(以下详细信息在下面是项目符号),使用天际线和全景(以及未来可能的其他工具),并且该工具组合还简化了下面的其他要求符号。如果尚未使用天际线/全景或等同物,则作者可以以任何格式提供上述所需的色谱信息,其中具有自由的观众,例如PDF,作为首次提交时的补充。 未能提供全景文件或等同物的必要链路,或者提供色谱图,因为PDF补充数据可能导致纸纸未经审查返回。

如上所述,该要求涉及Tiers 1和2靶向分析,目前似乎没有适用于无标记的分析物定量定量方法(包括一种或多种标记肽已被用于归一化/定量的病例 - 但不是对于所有分析物)。这些方法属于第3层。

  • 所提供的色谱图还必须包括在曲线(AUC)下的区域计算中使用的明显标记的积分边界或峰面积遮蔽,其被用作所有报告的数量的基础。必须报告应用于数据的任何平滑或插值,并且其与AUC计算的关系解释。必须使用绘制的色谱图和集成边界或峰面积阴影在视觉上描绘AUC计算方法。如果手动编辑集成边界,则必须注意到,提供详细信息。必须提供用于从图形数据计算AUC的工具的详细说明。不要求将原始的色谱点值图形可用。应向测定中的所有分析物报告峰值跨越峰值的实际(中位数)或估计数量(我们在每个峰上建议不少于10-12分)。在不容易报告实际值的情况下,可以从循环时间或停留时间,使用的保留时间窗口以及并发转换的数量提供估计。
  • 如果提供屏幕截图(而不是通过诸如全景之类的软件查看数据的优选模式,所提供的色谱图必须包括集成峰的全部范围,以及至少两个洗脱时间的峰值宽度(在任一侧上1 )在峰值本身外,允许一些了解周围噪声或潜在干扰。分析物和同位素标记的标准(重肽)的色谱图必须出现在一个视图/页面中,具有匹配的保留时间尺度,以允许审阅者和读者确定凝固和评估形状匹配。

目前,提供所需的色谱图信息的最简单方法是使用地平线进行方法开发和数据分析。然后可以将天际线文件上传到Panorama公众进入仅限机密审阅者的禁区。可以找到使用全景公众的教程 panoramaweb.org.。无论使用哪些工具,作者都应说明所使用的每个软件工具的版本。 MCP将更新这些指南,因为新工具可用,便于满足上述要求。