敏感人群数据的数据管理数据:未来的当前做法,建议和观点

  • Nuno Bandeira.
    隶属关系
    加利福尼亚大学(UCSD),加利福尼亚州的加利福尼亚大学计算质谱中心,美国

    大学加利福尼亚大学计算机科学与工程,圣地亚哥(UCSD),La Jolla,美国,美国

    Skaggs药学学院和医药科学,加州大学,圣地亚哥(UCSD),La Jolla,加利福尼亚州,美国
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  • Eric W. Deutsch.
    隶属关系
    系统生物学研究所,西雅图,华盛顿,美国
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  • 奥利弗科尔巴赫
    隶属关系
    德国杜宾根廷根大学生物信息学与医学信息学研究所

    德国杜宾根大学定量生物中心

    生物分子互动,Max Planck发育生物学研究所,德国

    翻译生物信息学研究所,大学医院Tübingen,德国
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  • Lennart Martens.
    隶属关系
    Vib-Ugent Medical Biotechnology,Vib,特跟,比利时

    格伦大学生物分子医学系,格伦,比利时
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  • Juan AntonioVizcaíno.
    一致
    通讯:Juan AntonioVizcaíno
    隶属关系
    欧洲分子生物实验室,欧洲生物信息学研究所(Embl-Ebi),Wellcome Trust Genome Campus,Hinxton,Cambridge,英国
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开放访问发布:3月9日,2021年DOI://doi.org/10.1016/j.mcpro.2021.100071

      强调

      • 公共存储库(Proteomexchange)中蛋白质组学数据的可用性已成为 the norm.
      • 与人类临床有关的道德问题和法律要求越来越大 proteomics data.
      • 我们审查了现有艺术的现状,并提供了对一些蛋白质组学的思考 data types.
      • 我们制定具体的建议,以解决这些问题,总结四次不同 points.

      抽象的

      今天,它是支持结论的所有相关蛋白质组学数据 在科学出版物中是在公共蛋白质组学数据存储库中提供的。 然而,鉴于临床蛋白质组学研究数量的增加,一个重要的 新兴主题是临床的管理和传播,因此可能是潜在的 敏感的人类蛋白质组学数据。无论是在美国和欧盟, 有法律框架保护个人隐私。实施隐私 在基因组学和转录组织中公开发布研究数据的标准 导致控制谁可以访问数据,所谓的“受控访问” 数据。与该领域的技术发展平行,很明显 需要适当地评估和管理共享蛋白质组学数据的隐私风险。 在我们看来,蛋白质组学社区必须主动解决这些问题。 然而,必须保持仔细的平衡。一方面,忽视解决潜力 人类蛋白质组学数据的可识别性可能导致声誉损害 领域,另一方面,架设障碍以开放临床蛋白质组学的进入 数据将不可避免地减少蛋白质组学数据的重用,并且可能会延迟 生物医学研究中的关键发现。为了显然平衡这些 数据隐私和有效使用和重用研究的冲突要求 通过共享临床蛋白质组学数据的努力,发展努力将会 在不同的水平下需要,包括生物信息学基础设施,政策制作, 和监督机制。

      图形概要

      关键词

      缩写:

      广告 (阿尔茨海默氏病), CPTAC. (临床蛋白酶肿瘤分析联盟), DAC. (数据访问委员会), dbgap. (基因型和表型数据库), 达达 (数据依赖性收购), DIA (数据独立获取), eBI. (欧洲生物信息学院), EGA. (欧洲基因组 - 菲尼族档案), FDR. (假发现率), GA4GH (基因组学与健康的全球联盟), GDP. (一般数据保护规范), 地理学 (基因表达综合), HCD. (更高能源的碰撞解离), HIPAA (健康保险便携性和问责制), IRB. (机构审查委员会), jga. (日本基因型 - 表型存档), 小姐 (质谱), NIH (国立卫生研究院), NIST (国家标准与技术研究院), pii. (个人身份信息), PRM. (并行反应监测), PSM (肽谱匹配), PTM. (后期修改), 萨瓦斯 (单氨基酸变体), 中小学 (中小企业), SRM. (选定的反应监测), VCF. (变体呼叫格式)

      参考

        • 太阳B.B.
        • Maranville J.C.
        • 彼得杰尔。
        • 斯泰西D.
        • Staley J.R.
        • Blackshaw J.
        • 伯尼斯特。
        • 姜T.
        • Paige E.
        • Surendran P.
        • Oliver-Williams C.
        • Kamat M.A.
        • PRINS B.P.
        • Wilcox S.K.
        • Zimmerman E.S.
        • 等等。
        人血浆蛋白质组的基因组图。
        自然。 2018; 558: 73-79
        • 吴P.
        • 海斯Z.J.
        • Muller J.T.
        • Katsnelson L.
        • de bruijn I.
        • Abeshouse A.A.
        • 舒尔茨德
        • Fenyo D.
        • 高J.
        CBIOPortal癌症基因组学背景下CPPTAC蛋白质组学数据的整合与分析。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2019; 18: 1893-1898
        • Bouwmeester R.
        • 加布里埃尔河
        • van den bossche t.
        • 玛特L.
        • Degoeve S.
        数据驱动蛋白质组学的年龄:机器学习如何实现新的工作流程。
        蛋白质组学。 2020; 20E1900351.
        • Vaudel M.
        • verheggen K.
        • Csordas A.
        • 拉德尔H.
        • 鲍伦森
        • 玛特L.
        • VizCaino J.A.
        • Barsnes H.
        探索公共蛋白质组学数据的潜力。
        蛋白质组学。 2016; 16: 214-225
        • 王米
        • 王J.
        • 雕刻师j.
        • 普拉斯B.S.
        • Cha S.W.
        • Bandeira N.
        组装社区规模可发现的人蛋白质组。
        细胞sys.t. 2018; 7: 412-421.E415.
        • Bradshaw R.A.
        • 伯灵名A.L.
        • 卡车。
        • Aeberberold R.
        报告蛋白质识别数据:下一代指南。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2006; 5: 787-788
        • Abbatiello S.
        • Ackermann B.L.
        • 博赫斯C.
        • Bradshaw R.A.
        • carr s.a.
        • Chalkley R.
        • 崔m.
        • 德意志E.
        • Domon B.
        • Hoofnagle A.N.
        • Keshishian H.
        • Kuhn E.
        • Liebler D.C.
        • Maccoss M.
        • 麦克莱恩B.
        • 等等。
        发布原稿的新准则,了解肽和蛋白质靶向质谱测量的开发和应用。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2017; 16: 327-328
        • VizcaínoJ.A.
        • 德意曲e.w.
        • 王R.
        • Csordas A.
        • Reinger F.
        • 里奥斯D.
        • 戴安斯J.A.
        • 太阳Z.
        • Farrah T.
        • Bandeira N.
        • binz p.a.
        • Xenarios I.
        • 艾森凯母线
        • Mayer G.
        • Gatto L.
        • 等等。
        Proteomexchange提供全球协调的蛋白质组学数据提交和传播。
        NAT。 Biotechnol。 2014; 32: 223-226
        • Perez-Riverol Y.
        • Csordas A.
        • 白j.
        • Bernal-Llinares M.
        • 赫瓦帕·纳拉纳S.
        • kundu d.j.
        • Inuganti A.
        • 怜悯J.
        • Mayer G.
        • 艾森凯母线
        • 佩雷斯E.
        • Uszkoreit J.
        • Pfreuffer J.
        • Sachsenberg T.
        • 伊利马萨斯。
        • 等等。
        2019年的自豪数据库和相关工具和资源:提高对量化数据的支持。
        核酸RES。 2019; 47: D442-D450.
        • Farrah T.
        • 德意曲e.w.
        • Kreisberg R.
        • 太阳Z.
        • 坎贝尔D.S.
        • 门多萨L.
        • Kusebauch U.
        • Brusniak M.Y.
        • Huttenhain R.
        • 什因·罗斯
        • selevsek n。
        • Aeberberold R.
        • 莫里茨R.L.
        Passel:PeptidAtlas Srmexperiment库。
        蛋白质组学。 2012; 12: 1170-1175
        • 沙姆达五。
        • eCkels J.
        • 席克宁B.
        • Ludwig C.
        • Jaffe J.D.
        • maccoss m.j.
        • 麦克莱恩B.
        Panorama Public:用于在天际线处理的定量数据集的公共存储库。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2018; 17: 1239-1244
        • 莫里亚y.
        • 卡瓦南斯。
        • okuda s.
        • Watanabe Y.
        • Matsumoto M.
        • Takami T.
        • Kobayashi D.
        • Yamanouchi Y.
        • Araaki N.
        • yoshizawa a.c.
        • Tabata T.
        • iwasaki m.
        • Sugiyama N.
        • 田纳卡S.
        • goto s.
        • 等等。
        JPOST环境:集成素注数据存储库和数据库。
        核酸RES。 2019; 47: D1218-D1224
        • 马杰。
        • 陈T.
        • 吴S.
        • 杨C.
        • 白云
        • 舒克。
        • 李克。
        • 张G.
        • 金Z.
        • Hermjakob H.
        • 朱y
        IPROX:综合蛋白质组资源。
        核酸RES。 2019; 47: D1211-D1217
        • 德意曲e.w.
        • Bandeira N.
        • 沙姆达五。
        • Perez-Riverol Y.
        • 雕刻师j.J.
        • kundu d.j.
        • 加西亚 - Seisdedos D.
        • Jarnuczak a.f.
        • 赫瓦帕·纳拉纳S.
        • 普拉斯B.S.
        • Wertz J.
        • 太阳Z.
        • 卡瓦南斯。
        • okuda s.
        • Watanabe Y.
        • 等等。
        2020年的Proteomexchange联盟:在蛋白质组学中实现“大数据”方法。
        核酸RES。 2020; 48: D1145-D1152
        • Boonen K.
        • 母鸡K.
        • Menschaert G.
        • Baggerman G.
        • Valkenborg D.
        • ertaylan G.
        超越基因:重新识别蛋白质组学数据的性能及其对个性化医学的影响。
        基因(巴塞尔)。 2019; 10
        • MANN S.P.
        • TREIT P.V.
        • Geyer P.E.
        • OPENN G.S.
        临床蛋白质组学中的道德原则,限制与机遇。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2021; : 100046
        • Critselis E.
        一般数据保护规例对临床蛋白质组学研究的影响。
        蛋白质组学临床。苹果。 2019; 13E1800199
        • Mascalzoni D.
        • Bentzen H.B.
        • Budin-Ljosne I.
        • Bygrave L.A.
        • 贝尔J。
        • 鸽子E.S.
        • Fuchsberger C.
        • Hveem K.
        • Mayrhofer M.T.
        • Meraviglia V.
        • o'brien d.r.
        • Pattaro C.
        • PramStaller P.P.
        • rakic v.
        • 罗西尼A.
        • 等等。
        是否要求将数据存入与欧盟一般数据保护规范兼容的研究储存库中的数据?
        安。实习生。 Med。 2019; 170: 332-334
        • 匿名的
        1974年的隐私法案。酒吧。 L. 93-579,88 Stat。 1986年,1974年12月31日制定了5月31日,5 U.S.C. Ch。 5§552A。
        1974
        • 匿名的
        1996年健康保险便携性与责任法案,酒吧。 L. No.104-191,110 Stat。 1936年(1996年8月21日)。 45℃
        F. R.PTS。 1996; 160: 164
        • 匿名的
        美国卫生和人类服务部。在经济和临床卫生法案的健康信息技术下对HIPAA隐私,安全,执行和违反通知通知规则以及遗传信息不分歧法案;对HIPAA规则的其他修改。
        美联储。注册。 2013; 78: 5566-5702
        • 匿名的
        联邦政府保护人类主体规则。 45 CFR第46部分。
        红色注册。 2017; 82
        • Tryka K.A.
        • Sturcke A.
        • jin y。
        • 王Z.Y.
        • Ziyabari L.
        • lee m.
        • Popova n。
        • Sharopova N.
        • Kimura M.
        • Feolo M.
        NCBI的基因型和表型数据库:DBGAP。
        核酸RES。 2014; 42: D975-D979
        • Kodama Y.
        • Mashima J.
        • Kosuge T.
        • Katayama T.
        • 富士川T.
        • Kaminuma E.
        • ogasawara O.
        • 好的ubo K.
        • Takagi T.
        • Nakamura Y.
        遗传和表型人类数据的DDBJ日本基因型 - 表型存档。
        核酸RES。 2015; 43: D18-D22
        • 荷马。
        • Szelinger S.
        • 雷德曼M.
        • Duggan D.
        • Tembe W.
        • Muehling J.
        • Pearson J.v.
        • Stephan D.A.
        • 纳尔逊S.F.
        • 克雷格D.W.
        解决含有使用高密度SNP基因分型微阵列的含有痕量DNA的少量DNA的个体。
        Plos Genet。 2008; 4E1000167.
        • Consortium p.3g。
        • 教堂G.
        • Heeney C.
        • 霍金斯N.
        • de Vries J.
        • Boddington P.
        • Kaye J.
        • Bobrow M.
        • 堰B.
        公众访问基因组数据:有关平衡研究的五个视图,隐私和保护。
        Plos Genet。 2009; 5E1000665.
        • Gymrek M.
        • McGuire A.L.
        • 戈兰D.
        • 洛珀林E.
        • Erlich Y.
        通过姓氏推断识别个人基因组。
        科学。 2013; 339: 321-324
        • Mertins P.
        • MANI D.R.
        • Ruggles K.v.
        • Gillette M.A.
        • 克劳瑟K.R.
        • 王P.
        • 王X.
        • 乔J.W.
        • Cao S.
        • Petralia F.
        • Kawaler E.
        • Mundt F.
        • 克鲁格克。
        • 涂Z.
        • 雷J.T.
        • 等等。
        蛋白质组织将体细胞突变与乳腺癌中的信号传导连接。
        自然。 2016; 534: 55-62
        • 李S.
        • Bandeira N.
        • 王X.
        • 唐H.
        论共享临床蛋白质组学数据的隐私风险。
        Amia JT。峰会翻译sci。 Proc。 2016; 2016: 122-131
        • 帕克G.J.
        • 袜子T.
        • Anex D.S.
        • Hilmer J.K.
        • 松下
        • Baird L.
        • 史蒂文斯J.
        • Parsawar K.
        • 德国约翰逊B.P.
        • rocke d.m.
        • 纳尔逊C.
        • Fairbanks D.J.
        • 威尔逊A.S.
        • 米r.h.
        • 伍德沃德S.R.
        • 等等。
        使用毛轴蛋白质鉴定基于蛋白质的人鉴定。
        Plos一个。 2016; 11E0160653.
        • 楚F.
        • Mason K.E.
        • Anex D.S.
        • 琼斯A.D.
        • 哈特B.R.
        不同体内地点的孕蛋白质组变异对基于蛋白质的人体鉴定的遗传变异肽检测。
        SCI。代表。 2019; 9: 7641
        • 张Z.
        • Burke M.C.
        • 华莱士W.E.
        • 梁Y.
        • Sheetlin S.L.
        • Mirokhin Y.A.
        • tchekhovskoi d.v.
        • Stein S.E.
        敏感方法,用于自信地鉴定人发角蛋白的遗传变异肽。
        J.法医科。 2020; 65: 406-420
        • Geyer P.E.
        • MANN S.P.
        • TREIT P.V.
        可以重新识别血浆蛋白质蛋白质,并且可能包含个人敏感和偶然的结果。
        摩尔。细胞蛋白质组学。 2021; : 100035
        • 普里斯特利P.
        • 宝贝J.
        • lolkema m.p.
        • 陡峭的n。
        • de bruijn e。
        • Shale C.
        • Duyvesteyn K.
        • Haidari S.
        • van hoock A.
        • onstenk w.
        • 罗斯曼P.
        • voda m.
        • Bloemendal H.J.
        • tjan-heijnen v.c.g.
        • van herpen c.m.l.
        • 等等。
        泛癌全基因组分析转移性实体瘤。
        自然。 2019; 575: 210-216
        • 约翰逊e.c.b.
        • 毁伤器e.b.
        • Duong D.M.
        • ping l.
        • 周米
        • 尹l。
        • HIGGINBOTHAM L.A.
        • Guajardo A.
        • 白b。
        • Troncoso J.C.
        • Thambisetty M.
        • Montine T.J.
        • 李e.b.
        • Trojanowski J.Q.
        • 海滩T.G.
        • 等等。
        阿尔茨海默病脑和脑脊液的大规模蛋白质组学分析显示出与小胶质细胞和星形胶质细胞活化相关的能量代谢的早期变化。
        NAT。 Med。 2020; 26: 769-780
        • 巴雷特T.
        • Wilhite S.E.
        • Ledoux P.
        • Evangelista C.
        • kim i.f.
        • Tomashevsky M.
        • 马歇尔K.A.
        • Phillippy K.H.
        • 谢尔曼下午
        • Holko M.
        • Yefanov A.
        • 李H.
        • 张恩。
        • 罗伯逊C.L.
        • Serova N.
        • 等等。
        ncbi geo:归档功能基因组学数据集 - 更新。
        核酸RES。 2013; 41: D991-D995.
        • athar a。
        • FullGrabe A.
        • 乔治N.
        • IQBAL H.
        • Huerta L.
        • 阿里A.
        • 雪C.
        • Fonseca N.A.
        • Petryszak R.
        • Papatheodorou I.
        • 萨克斯U.
        • Brazma A.
        ArtrayExpress更新 - 从批量到单个小区表达数据。
        核酸RES。 2019; 47: D711-D715
        • Kodama Y.
        • Mashima J.
        • Kosuge T.
        • ogasawara O.
        DDBJ更新:功能基因组学数据的基因组表达式存档(GEA)。
        核酸RES。 2019; 47: D69-D73.
        • Papatheodorou I.
        • 莫雷诺P.
        • Manning J.
        • Fuentes上午
        • 乔治N.
        • Fexova S.
        • Fonseca N.A.
        • FullGrabe A.
        • 绿色m.
        • 黄恩
        • Huerta L.
        • IQBAL H.
        • j
        • 穆罕默德S.
        • 赵L.
        • 等等。
        表达式Atlas更新:从组织到单个细胞。
        核酸RES。 2020; 48: D77-D83
        • binz p.a.
        • Shofstahl J.
        • VizCaino J.A.
        • Barsnes H.
        • Chalkley R.J.
        • Menschaert G.
        • alpi E.
        • 克劳瑟K.
        • ENG J.K.
        • Lane L.
        • Seymour S.L.
        • 桑切斯L.F.H.
        • Mayer G.
        • 艾森凯母线
        • Perez-Riverol Y.
        • 等等。
        蛋白质组学标准倡议延伸快速格式。
        J.蛋白质组。 2019; 18: 2686-2692
        • Uniprot财团
        UNIPROT:通用蛋白质知识库。
        核酸RES。 2018; 46: 2699
        • FIUME M.
        • 丘巴马
        • 凯恩斯。
        • rambla j.
        • de la torre s.
        • 堤防S.O.M.
        • 布鲁克斯A.J.
        • Carey K.
        • Lloyd D.
        • 古老的p.
        • Haeussler M.
        • Baudis M.
        • 袜子H.
        • Dolman L.
        • Lappalainen I.
        • 等等。
        联邦发现和共享基因组数据使用信标。
        NAT。 Biotechnol。 2019; 37: 220-224
        • Raisaro J.L.
        • 曲线F.
        • 姬泽。
        • 埠D.
        • 赵玉。
        • Carey K.
        • Lloyd D.
        • 索菲亚H.
        • 贝克D.
        • flicek p.
        • Shringarpure S.
        • Bustamante C.
        • 王S.
        • 江X.
        • ohno-machado l.
        • 等等。
        解决信标重新识别攻击:量化和防护风险缓解。
        J.IM。 Med。通知协助。 2017; 24: 799-805
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