基于化学乙酰化的基于组甲基化分析的质谱平台

开放访问发布:2021年3月25日DOI://doi.org/10.1016/j.mcpro.2021.100067

      强调

      • 用于分析赖氨酸和精氨酸甲基化的组蛋白复杂性的简化
      • 改善了Dimethyl族对称性分析的敏感性
      • 癌细胞系中对称和不对称H4R3二甲基碱的精确比
      • 癌细胞中可访问的组蛋白甲基标记目录,以促进测定发育

      抽象的

      组蛋白是调节基因表达的高度翻译后修饰的蛋白质 通过调节染色质结构和功能。乙酰化和甲基化是 最丰富的组蛋白修饰,赖氨酸发生甲基化(单声道, 二聚体和三甲基化)和精氨酸(单 - 和二甲基化)主要在组蛋白上 H3和H4。另外,精氨酸二甲基化可以对称(SDMA)发生 或不对称(ADMA)赋予不同的生物学功能。尽管重要性 基因调控中的组蛋白甲基化,表征和定量 修改已被证明是非常具有挑战性的。已经取得了巨大的进展 使用自下而下和自上向下质谱法分析组蛋白修饰 (小姐)。但是,基于MS的组蛋白翻译后修改的分析(PTMS) 仍然存在问题,由于组蛋白N末端尾部的基本性质 并提出组蛋白PTM的组合复杂性。在本报告中,我们描述了 基于简化的基于MS甲基化分析的平台。策略使用 用D化学乙酰化0 - 乙酸酐将所有不同乙酰化的组蛋白形式塌陷 形式,大大降低了肽混合物的复杂性,提高了灵敏度 通过所有不同乙酰化形式的总和检测甲基化。 我们使用了这种策略,以实现强大的识别和相对定量 确定H4R3甲基化,确定化学计量和对称状态,提供 H4R3是I型和类型的抗体无关证据 II司机。另外,这种方法允许鲁棒检测H4K5单甲基化, 非常低的化学计量甲基化事件(0.02%甲基化)。在一个独立的 例如,我们开发了一个 体外 分析以析出H3K27甲基化并将其施加到EZH2突变体异种移植模型中 在小分子抑制EZH2 H3K27甲基转移酶。这些具体 示例突出显示了这种基于MS的基于简化方法的实用性来量化组蛋白 甲基化曲线。

      图形概要

      缩写:

      ADMA. (不对称二甲基精氨酸), DMA (二甲基精氨酸), KIMT. (赖氨酸甲基转移酶), MMA (单甲基精氨酸), NCE. (归一化碰撞能量), PRM. (并行反应监测), PRM.T. (蛋白质精氨酸甲基转移酶), PTM. (翻译后修改), SDMA. (对称二甲基精氨酸), XIC. (提取离子色谱图)

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