rawglycan-snfg.

  • Scopus(29)
    settineri c.a.
    来自样本依赖数据库的候选者。
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    低微克蛋白样品的高敏感和多级糖蛋白酶体分析的综合策略。

    )支持CID / ETD-MS / MS或CID / HCD / ETD-MS / MS数据的搜索。 Glycomaster DB(

    )。对糖蛋白进行深度和精确鉴定的能力是获得综合性和准确理解糖基化在生物体中的作用的关键。
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  • chang f.y.
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  • Scopus(33).
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  • 陈Z.L.
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    低微克蛋白样品的高敏感和多级糖蛋白酶体分析的综合策略。

    糖肽谱匹配的质量控制方法
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    低微克蛋白样品的高敏感和多级糖蛋白酶体分析的综合策略。

    )。对糖蛋白进行深度和精确鉴定的能力是获得综合性和准确理解糖基化在生物体中的作用的关键。
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    settineri c.a.
    来自样本依赖数据库的候选者。
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    )支持CID / ETD-MS / MS或CID / HCD / ETD-MS / MS数据的搜索。 Glycomaster DB(

    )。对糖蛋白进行深度和精确鉴定的能力是获得综合性和准确理解糖基化在生物体中的作用的关键。

    糖肽谱匹配的质量控制方法
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Scopus(53)哈德Z.切换缩略图PD //doi.org/10.1074/mcp.R120.002090

      梁S.Y.

      • ),进行简单的质谱注释步骤。 Web服务器,Magic-Web(
      • 糖胺聚糖分析的质谱分析中的质谱:综述
      • 修改站点本地化评分集成到搜索引擎中。
      • 用大规模的N-糖蛋白酶体分析捕获特异性特异性异质性。

      抽象的

      完整的糖肽鉴定长期被称为综合性和准确性理解糖基化在生物体中的作用的关键和挑战性障碍。完整的糖肽分析是近年来受到越来越多的关注的盛开领域。基于MS的策略和相对软件工具是主要的驱动因素,其极大地促进了完整的糖肽,特别是完整的N-甘肽的分析。本文提供了使用霰弹枪蛋白质组学实验中产生的MS数据的完整糖肽鉴定过程的系统审查,其通常聚焦在N-糖肽分析中。特别注意最近在过去十年中最近开发的软件工具,用于使用不同MS策略获取的糖肽光谱的解释和质量控制。审查还提供有关这些软件工具的特性和应用的信息,讨论其优缺点,并结束了讨论优秀工具。

      核酸RES。

      ENG J.K.

      鉴别

      PD (,Pglyco 2.0的流程图。PD PD (I-GPA等(yoo的实验室)PD PD (利益冲突PD PD (,糖蛋白 - 甘草网络地图。PD PD (关于期刊PD PD ()和Glycopep探测器(PD PD (其他ASBMB出版物)
      策略整合步进碎片和基于Glycan诊断离子的光谱细化,用质谱法鉴定核心岩糖基化糖胺组。
      • rudd下午
      • 特立尼达J.C.
      DOI:10.1074 / MCP.R120.002090
      使用HILIC浓缩和光谱库搜索的人血清中N键合的大规模鉴定。
      • tolic n.
      • 第20卷
      甘草和糖肽定量分析方法的最新进展
      ,
      • 锡达赫
      独立数据的收购
      )。通常,对于甘草部分的分析,大多数工具从GlycomedB(目前合并到Glytoucan)上执行概率匹配。一些工具开发了半
      膜糖类揭示细胞表面唾液酸化的异质性和定量分布。
      • 广告商
      • Scopus(4981)
      • 杨张
      • 郑C.W.
      • SCI。代表。
      • 评分/匹配
      • Scopus(12)
      MDCDPM:基于大规模缺陷的化学指导蛋白质组学方法,用于完整唾液酸肽的靶向分析。
      计算工具用不同的方法和MS采集策略来解决不同方法的甘草部分和载体肽的匹配。
      • 信息图标
      • Altelaar a.f.
      • 隶属关系
      具有广泛的糖蛋白混合物的甘油异质性的N-和O位特异性糖基化的自动分配。
      ,
      • 由yoo开发的)
      • 以前的缩略图
      • 打开保存菜单
      • glycoconj。 j。
      • Scopus(31)
      • 高级搜索
      gfinder:用于分析N-甘肽的基于Web的生物信息工具。
      ,
      • mccormack a.l.
      • 李X.J.
      • 下载Hi-Res
      • 涂H.J.
      评论和MINIEREVIEWS. 德诺维 ,FDR验证工作流程。转载裁判许可(
      ,
      • 王C.
      • 张H.
      • oncotarget。
      • Scopus(60)
      • 呜C.M.
      • mccormack a.l.
      • niu x.n.
      • Scopus(102)
      • 张Z.
      pglyco:通过使用HCD-和CID-MS / MS和MS3鉴定完整的N-甘肽的管道。
      ,
      • 钟义。
      • b / y y-a
      • 张X.J.
      • 隶属关系
      质子迁移率在确定N-糖肽离子的能量分辨振动活化/解离通道中的作用。
      )。一些通用分析管道和有用的软件可用,并启用了完整糖肽的高通量和精确分析。通过完整的糖肽分析,可以可以可以可以可以想到具有附着的聚糖组合物的糖肽序列。本综述将指定最近的基于MS的策略和相应的软件工具,用于分析过去十年中报告的完整糖肽,特别是完整的N-甘肽,同时审查了从MS数据中鉴定N-Glycopeptides的过程,现有方法MS数据采集和解释,质量控制方法,结果的显示和软件应用程序(
      从那时起,由于几种原因,对完整糖肽的分析是挑战。首先,糖肽的固有低丰度和电离效率使得它们难以使用MS鉴定。其次,用于聚糖和肽的MS解离能不同,妨碍使用单毫秒碎片法采集信息糖肽光谱。第三,包含与具有不同组成和键合的氨基酸残基连接的一组各种单糖的糖肽是如此复杂的是,常规蛋白质组学搜索引擎没有资格用于分析这种巨大的可变修改。在过去几十年中发展的许多稳健和成熟的糖肽富集方法大大改善了MS分析中的糖肽的丰度,并且各大偶联肽在质谱中显着降低了甘肽的信号抑制。随后,对完整的糖肽分析的迫切需要是获得信息糖肽谱数据的能力,并可靠地通过专家软件解密这些数据。
      )。 Q-TOF光谱中的光束型CID产生的碎片模式类似于通过在壁图质谱仪上的C-TRAP中的HCD产生的图案。
      • 黄杰。
      • 邦德A.
      • 莱昂D.R.
      • jabs w.
      • 常熟。
      • 欧阳C.
      用于糖肽的MS碎片方法
      )试图解决甘草诱饵数据库建设问题的先驱计划。该软件主要集中在简单样品中识别糖肽。用于糖肽鉴定的FDR数学模型和算法的问题保持未解决,直到Pglyco开发了一种新的目标 - 诱饵方法来估计聚糖鉴定的FDR。 Pglyco的Glycan鉴定的评分方案是先前报告的糖肽的CID-MS / MS光谱分析算法的修订版(德诺维PD
      德诺维使用甘蔗蛋白酶发现者的糖Qb的PNGase F抗性N-糖肽的分析显示。揭示了隐秘的底物特异性。
      呜C.M.o和neugc / neugc-h上一篇文章heckendorf c.f.
      PD PD 3)和GPSeeker(田F.PD 打开共享菜单田F.PD 临床蛋白质组学
      PD PD PD PD 下载PD 下载
      在新选项卡中查看高分辨率图像PD PD PD 质谱。录你怎么能重用黄米添加到在线图书馆缩写:
      奇切斯特,西萨塞克斯,英格兰;霍博肯,NJ.PD PD 质谱。录你怎么能重用质谱。录Scopus(226)缩写:
      出版历史唐人图形概要你怎么能重用糖肽搜索.黄C.C.关闭图形观众缩写:
      b b / y y-aPD 质谱。录你怎么能重用质谱。录PD 碎片关闭图形观众趋势分析。化学。
      在sciencedirect上访问本文PD PD PD glycofinder3图形概要niu x.n.质谱。录Dann 3rd,C。在文章中查看缩写:
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      d 电子转移解离
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      碰撞诱导的解离陈C.C.质谱。录费尔南多G.S.
      f Glycopep探测器等(Desaire的实验室)
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      十字架PD 图形概要niu x.n.质谱。录PD 碎片关闭图形观众缩写:froehllich J.W.
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      分析师。PD 图形概要
      d 电子转移解离
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      PD PD PD glycofinder3图形概要niu x.n.质谱。录黄C.C.在文章中查看缩写:froehllich J.W.
      新浪微博陈C.C.程K.
      a 分子和细胞蛋白质组学
      图形概要niu x.n.质谱。录黄C.C.关闭图形观众缩写:froehllich J.W.四轮升 - 飞行时间
      研究人员还意识到全面的质量控制需要对聚糖,肽和糖肽的所有三种含量的FDR评估(
      a 分子和细胞蛋白质组学
      b 重用已发布的材料的许可
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      d 电子转移解离
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      f Glycopep探测器等(Desaire的实验室)
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      在典型的自下而上的完整性糖肽 - 鉴定策略中,首先富集糖肽以降低复杂性并增加糖肽的可检测性。然后,使用不同的LC-MS / MS策略分析富集的完整糖肽,并用不同的软件工具解释。在调查过去10年的基于MS的糖肽 - 识别策略的软件工具的开发后,根据具有或没有脱糖基化程序的实验策略使用两种主要类型的软件:一个是组合两个LC结果的软件-MS / MS分析(用脱糖化肽和具有天然完整糖肽的另一种),另一个是直接识别完整糖肽分析的软件。

       肛门。 ch acta。

      然而,即使肽谱匹配得分高,因为肽谱匹配得分高,所以肽谱匹配得分高,因为仅在肽水平下计算,并且不控制Glycan鉴定的FDR。例如,吴
      • PD
      • 2014年(
      • HSU W.L.
      • Scopus(75)
      • 钱X.
      中国复旦大学甘筋缀合物研究重点实验室,中国上海上海
      用于解释从糖肽产生的复杂串联质谱的方法是搜索工具的核心。通常,用于解释糖肽质谱的方法包括筛选糖肽质谱并与甘油部分和载体肽与糖肽光谱匹配。
      • 聪明的B.P.
      • Scopus(0)
      • PD
      • )和GPQuest(
      • 文章信息
      • 糖生物学。
      • PD
      • 钱德勒K.B.
      电子转移/更高能量碰撞解离(ethcd) - 硒化糖肽/糖蛋白表征。
      ,
      • 威倩曹
      • PD
      • 信息
      • Scopus(2465)
      • 山B.
      • chang f.y.
      中性粒细胞髓氧化酶在其糖基化中具有不同的位点特异性特异性。
      ,
      • Altelaar a.f.
      • 强调
      • 詹姆斯D.E.
      • strum J.s.
      通过同时定量综合定量综合定量血糖和位点特异性糖族的高效分析人血清中的糖蛋白唾液酸。
      ,
      • 强调
      • Altelaar a.f.
      • PD
      • strum J.s.
      • 詹姆斯D.E.
      一种GSH官能化磁性超薄2D-MOS2纳米复合材料,用于尿液外和血清蛋白的N-糖肽的富集富集。
      PD

       /去糖肽

      )并且尽管使用给予权力标准的零FDR要求,但验证了551个阳性频率的37%的误报,因为它们缺乏Glycan身份的FDR估算。如美国的研究所示,通过官文可能大大低估FDR的甘甘油酯鉴定(
      • 2014年(
      • Scopus(102)
      • Scopus(75)
      • 分享
      • sung t.y.
      • 孟德利
      • PD
      • PD
      • 伯灵名A.L.
      • 钱X.
      Glycopep Grader:一种用于分配N链糖肽的组成的基于网的效用。
      Glyxtool(MS):一个开源管道,用于半肽质谱数据的半过滤分析。
      • PD
      • PD
      • 杨W.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 沉H.
      • PD
      • 钱W.
      )旨在单独从其CID光谱中鉴定分离的糖蛋白中的糖肽,还需要初步步骤来鉴定脱糖基化位点。
      ,
      • Novotny M.v.
      • 十字架.
      • 信息
      • Scopus(24)
      ),根据Creative Commons归因于4.0国际许可(
      大规模蛋白质组学研究中使用的质谱平台的比较评价。
      • PD
      • 郑家师
      • PD
      • PD
      • PD
      • PIOCH M.
      • Scopus(2)
      • 杨p.Y.
      • 穆罕默德S.
      • COPELAND R.J.
      • PD
      )。 Glycofinder使用30%和50%的HCD碰撞能量分析简单样品中的糖肽(
      新的糖蛋白软件软件,Glycopep评估器产生诱饵糖肽De Novo,并为小型数据集进行准确的假发现速率分析。
      使用质谱法将含磺酰胺肽的肽与它们的磷酸酪氨酸对应物区分。
      • 重新获得K.R.
      • 诱饵片段
      • 添加到在线图书馆
      • Scopus(339)
      • 陈W.
      • 谷歌学术
      • Scopus(3)
      • 陈Y.J.
      • Scopus(25)
      多层的N-糖蛋白酶谱揭示与阿尔茨海默病有关的高度异质和失调的蛋白质N-糖基化。
      ,
      • 单身汉r.j.
      • Scopus(444)
      对于通信:魏倩曹;彭源阳
      ,
      • elewsvier.
      • 董M.Q.
      • glycoconj。 j。
      • 德拉克鲁斯G.
      • Pglyco 2.0.
      基于MS的最新的策略和相应的软件工具的摘要表,用于分析完整的N-甘油肽
      ,
      • 张Q.
      • PD
      • PD
      • 董X.
      • PD
      • PD
      • 钱W.
      通过液相色谱/质谱法测定特异性特异性蛋白质N-糖基,并靶向串联质谱法。
      ,
      • PASA-TOLIC L.
      • elewsvier.
      • Pglyco 2.0.
      糖肽照片:通过利用质量和保留时间的图形理论模式改善糖肽检测和识别。
      ,
      • HSU W.L.
      • kk y.j.
      • Senang O.
      通过亲水性相互作用色谱,纳米反向相LC-MS / MS和Glycan数据库搜索的半自动鉴定N-糖肽。
      用脱糖基化步骤的策略的方法认为,根据其预先建立的含有糖基化位点的肽的预先建立的光谱文库,将载体肽作为预定的质量增量,以将来自糖应肽的聚糖部分与不同的聚糖匹配策略推导出来。 Grip的核心是一种用于解密糖类碎片CID MS / MS光谱的网络为中心的算法(
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
      • PD
      • eliasj.e.
      • 王J.
      • PD
      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      )吸引了对Pglyco 2.0的不断关注,并且通过越来越多的研究采用了这种方法(
      • PD
      • PD
      • PD
      • 郑S.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 陈Y.
      • PD
      • 张Q.
      • PD
      • 赵涛
      质子化振动活化/解离特性的能量分辨振动活化/解离特性的比较。
      ,
      • 张Q.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • guo l.w.
      • PD
      • PD
      • 刘M.Q.
      • 沉C.
      • PD
      • PD
      用N-连接聚糖和含甘膜肽的固相萃取综合分析蛋白质糖基化。
      PD

       产品依赖

      在新选项卡中打开表α 大大改善了多种碎片质量数据的糖肽鉴定的分析过程。 2013年首次提出甜心作为综合计算工具套件,从而可以从低分辨率和低精度CID-MS进行测序和鉴定糖肽
      • Glycomedb.
      • 杜伯格G.
      • 糖类研究
      • 化学。 SCI。
      • 新闻界的论文
      • 陈Y.J.
      • Scopus(75)
      新型LC-MS(2)产品依赖并行数据采集功能和数据分析工作流程,用于排序和鉴定完整糖肽。
      在没有脱糖基化步骤的实验策略中,开发了软件工具以直接识别质谱中的完整糖肽。软件工具设计用于从一种类型的碎片方法或来自多个碎片方法的MS / MS数据的解释MS / MS数据。在初期,许多软件工具专业地设计用于糖肽的特定解离基于LC-MS / MS分析。例如,糖肽搜索(
      • 广告
      • Scopus(6)
      • Scopus(4981)
      简单地延长电子转移中的质量范围较高的能量碰撞解离增加了对N-糖肽鉴定的置信度。
      ,
      • Scopus(226)
      • 穆罕默德S.
      • 子蛋白质组
      ),目标诱饵方法已被采用作为计算糖肽的FDR的可接受方法。
      PGLYCO 2.0使用了卓越的解释策略(
      • Glycomedb.
      • 杜伯格G.
      • 糖类研究
      • 化学。 SCI。
      • 新闻界的论文
      • 陈Y.J.
      • Scopus(75)
      新型LC-MS(2)产品依赖并行数据采集功能和数据分析工作流程,用于排序和鉴定完整糖肽。
      • Sugarqb.
      • 张Q.
      • 文章题目
      • Scopus(102)
      一种与蛋白质数据库中氨基酸序列相关的肽串联质谱数据的方法。
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 钱X.
      软件工具;完整的糖肽分析;质谱;自下而上的实验策略;质量控制;软件应用程序
      关于作者蒙溪武的函授信息
      • 在文章中
      • Scopus(45)
      • )和i-gpa(
      • sung t.y.
      • PMATCHGLYCO
      • 电子邮件/用户名
      • 陈C.T.
      PD -MS的IgG N-糖基化精细映射的化学标记。
      ,
      • 在文章中
      • Scopus(45)
      • 电子邮件/用户名
      • 陈C.T.
      基于开放质谱库搜索的N键合糖肽识别。
      在线性离子阱中进行同时电子传递解离和碰撞诱导的常量肽诱导的解离。
      • PD
      • 2014年(
      • HSU W.L.
      • Scopus(75)
      • 钱X.
      中国复旦大学甘筋缀合物研究重点实验室,中国上海上海
      ,
      • 在文章中
      • Scopus(45)
      • 电子邮件/用户名
      • 陈C.T.
      基于开放质谱库搜索的N键合糖肽识别。
      ,
      • 李H.K.
      • PD
      • Scopus(24)
      )为了完全利用SCE-HCD-MS / MS光谱中的丰富信息,实现了N-甘肽的高通量分析。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 指导方针
      • 钱X.
      • kuo c.w.
      • PD
      • PD
      )。基于MS的糖蛋白组出现了定义生物系统的糖蛋白组的目标,在过去几十年中已经在去糖基化的糖蛋白研究中进行了进展(
      ,
      • 肛门。化学。
      • 关闭图形观众
      • 高级搜索
      • Scopus(29)
      • Scopus(30)
      • 强调
      通过乙烯和HCD质谱法在人血清糖蛋白中单独和糖基化肽的系统分析。
      ,
      • PD
      • 吴M.X.
      • PD
      • kim k.h.
      • lajoie g.a.
      • PD
      • 棕褐色
      • 公园D.D.
      • PD
      用于自动鉴定和定量现场特异性N-糖基化的糖蛋白酶体分析仪(I-GPA)。
      PD

      糖肽光谱注释和结果显示。

      通常,在具有脱糖基化步骤的实验策略中,进行两种实验工作流,脱糖基肽分析和完整的糖肽分析。首先通过使用HCD / CID LC-MS / MS分析分离的脱糖基化肽,首先构建样品中含有糖基化位点的肽的光谱库。使用诊断氧鎓离子选择完整糖肽的光谱。通过将完整的糖肽的前体离子和脱糖基化的肽与甘草数据库匹配来确定糖基化位点处的聚糖组合物。三个主要软件工具支持此识别策略:2014年由我们开发的抓地力(

       调查糖肽谱采集的MS采集策略。

      )。以前,通常在MS分析之前,通常在MS分析之前进行富含糖肽的糖肽,以在MS分析之前在糖基化位点上产生可识别的质量标签。虽然使用脱糖基化的策略作为折衷主义大大简化了MS鉴定并扩大了我们对糖蛋白的知识,但在从糖肽的聚糖中取出了位点特异性的聚糖信息。随后,鉴定了在高通量和完整糖肽(也称为位点特异性聚糖分析)的高通量和精确鉴定的更具有挑战性的问题,以更好地评估糖基化的生物学属性。
      • PD
      • 张Q.
      • 田玉
      • PD
      • 王L.
      • PD
      • PD
      • PD
      • 郑S.
      • 赵涛
      • PD
      • PD
      • PD
      复旦大学复旦大学五达大学和生物医学研究院,中国上海
      生物化学杂志 PD in 2014 (
      • HOI下午
      • 在体内
      • Senang O.
      • PD
      • 2015年(
      • PD
      一种全面的开源平台,用于质谱基糖蛋白数据分析。
      创造性的公共归因(CC到4.0) PD in 2015 (
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      如果您不记得密码,可以通过输入电子邮件地址并单击“重置密码”按钮重置它。然后,您将收到一封包含用于重置密码的安全链接的电子邮件 PD in 2016 (
      • PD
      • 前帧
      • PD
      • 彭莱利S.
      • 赵H.
      • 杨F.
      • 挖掘D.
      • PD
      ),也旨在促进鉴定和分析结果。
      )。此外,建立了使用代谢标记的糖蛋白样品的新的定量分析管道,以验证Pglyco 2.0报告的FDR(

       串联质谱法结构测定O型糖肽。

      )。在仅基于分子量的基础上,实际上是不可能将两种聚糖组合物区分具有相同的分子量。当与肽文库直接与糖肽光谱直接匹配载体肽时,也存在相同的限制,尽管已经使用常见的保留次数在两个实验(鉴定完整的糖肽和脱糖基化肽)中的常见保留时间在ArmOne 2.0之间过滤。
      • Altelaar a.f.
      • 强调
      • 詹姆斯D.E.
      • strum J.s.
      通过同时定量综合定量综合定量血糖和位点特异性糖族的高效分析人血清中的糖蛋白唾液酸。
      ,
      • 强调
      • Altelaar a.f.
      • PD
      • strum J.s.
      • 詹姆斯D.E.
      一种GSH官能化磁性超薄2D-MOS2纳米复合材料,用于尿液外和血清蛋白的N-糖肽的富集富集。
      子蛋白质组
      • 聪明的B.P.
      • Scopus(0)
      • PD
      • )和GPQuest(
      • 文章信息
      • 糖生物学。
      • PD
      • 钱德勒K.B.
      电子转移/更高能量碰撞解离(ethcd) - 硒化糖肽/糖蛋白表征。
      当前的卷
      • 杨p.Y.
      • 王丽。
      • kao w.j.
      • 联系我们
      • PD
      • Scopus(6)
      • 摩尔r.j.
      • 张某。
      • 王Z.W.
      • Zink e.m.
      使用酰肼化学,稳定同位素标记和质谱法鉴定和定量N-连接的糖蛋白。
      十字架能够进行定量结构N-糖蛋白酶,用于肝细胞癌中差异表达的N-糖基化的差异和结构特异性表征。
      • 爱德华兹N.
      • 文章题目
      • 单身汉r.j.
      )。从那时起,它已被广泛用于糖肽鉴定(
      ,
      • 由yoo开发的)
      • sung t.y.
      • 单身汉r.j.
      关于作者思源孔的函授信息
      向Weiqian Cao发送电子邮件
      • PD
      • PD
      • 克劳森H.
      • 山B.
      • chang f.y.
      独特和互补的MS(2)通过纳米-SMS / MS工作流鉴定硫酸化唾液酸唾液酸酯的碎裂特征。
      糖肽分析,最近的发展和应用。
      • 威倩曹
      • PD
      • 信息
      • Scopus(2465)
      • 山B.
      • chang f.y.
      中性粒细胞髓氧化酶在其糖基化中具有不同的位点特异性特异性。
      o分别是含唾液酸的糖肽的特异性。其他诊断氧鎓离子,如M / Z 109.028,M / Z 115.035,M / Z 127.039和145.050来自六六角,M / Z 126.055,M / Z 144.066,M / Z 168.066和M / Z 186.076的片段Hexnac,M / Z 657.140的片段来自Hex + HexNAC + NeuAC,以及来自Hex + Hexnac + Neugc的M / Z 673.230,也可以单独使用,用于选择糖肽光谱或聚糖匹配的选择。
      • 杨p.Y.
      • 王丽。
      • kao w.j.
      • 联系我们
      • PD
      • Scopus(6)
      • 摩尔r.j.
      • 张某。
      • 王Z.W.
      • Zink e.m.
      使用酰肼化学,稳定同位素标记和质谱法鉴定和定量N-连接的糖蛋白。
      人血清和脑组织的糖蛋白组分析。
      )。完整的糖肽识别规模从2010到现在增加了三个数量级。在2014年之前,鉴定了几十到数百个完整的糖肽,因为几乎所有识别策略和软件工具仅适用于简单或标准糖蛋白样品的糖肽分析,并且分析产量低。例如,仅在2012年使用Glycopep Grader鉴定了45个N-糖肽(
      • PD
      • 李H.J.
      • Senang O.
      ,通过Pglyco 2.0自动注释糖肽光谱。
      )。莱利提出了另一项可视化结果的工具
      • 蛋白质组
      • 骑士龙
      • 生物XIV。
      • 林H.N.
      • NWOSU C.C.
      • 郭S.Y.
      • 臭虫
      无标记的人血清生物标志物发现的糖肽量化。
      Aeberberold R.
      • FIGEYS D.
      • 张L.
      • 骑士龙
      • 呜C.M.
      • 拿斯W.
      • RAPP E.
      • PD
      • 密码
      • 参考
      • kim j.h.
      • 张W.
      • PD
      • PD
      • 糖opat
      • 臭虫
      • PD
      高通量特异性N-糖基化分析的高效和准确糖肽鉴定管线。
      文章 PD 使用自动糖蛋白法的完整N-甘油肽的大规模表征。
      • PD
      • 挖掘D.
      • Scopus(116)
      • 前帧
      • CLEMMER D.E.
      • PD
      魔术:使用Y1离子模式匹配算法和硅MS(2)接近的自动n与糖蛋白识别工具。
      联系信息 PD )。 ARMONE 2.0通过用计算的聚糖和糖肽的MS / MS / MS / MS光谱搜索构建的聚糖数据库来识别聚糖,同时仅评分在N-糖基化(MAN)中观察到的戊二糖核心结构
      • PD
      • HOI下午
      • 钱W.
      • PD
      • PD
      • mccormack a.l.
      ),不包括这些功能。一些随后开发的软件工具,如Pglyco(
      完整糖肽分析在糖蛋白研究中的应用。
      • PD
      • PD
      • 英语
      • Scopus(17)
      • PD
      通过用裸肽M / Z覆盖原始前体并除去所有相关的离子的光谱。
      销毁艺术:优化基于糖肽的糖蛋白酶糖蛋白酶(Q-TOF)仪器中的四极型 - 时间中的碰撞能量。 PD )软件开发团队,支持质量谱注释和聚糖结构可视化。此功能被设计为Web服务器上的功能模块之一,而不集成到魔法和魔术+的搜索引擎中,要求用户必须自己完成额外的操作。2 PD targeted-CID-MS3 (
      • PD
      • 弗雷泽C.K.
      • PD
      • Scopus(5)
      • Senang O.
      糖蛋白胶质蛋白酶:频繁的基因多态性影响人血清蕨类植物/α-2-HS-糖蛋白的糖基化图案。
      甜心 - 一种综合套件,可实现自动化MS2 / MS3序列测序和凝结肽的鉴定。2 Glyco-CPLL:用于人血浆的深度和综合N-糖蛋白谱的综合方法。
      • PD
      • PD
      • 郭S.Y.
      • Senang O.
      Pglyco 2.0使精密N-糖蛋白酶具有综合质量控制和一步质谱法,用于完整糖肽鉴定。
      PD
      相反,HCD倾向于产生丰富的诊断氧鎓离子,例如M / Z 138.055,204.087和366.140片段。它还产生用于聚糖鉴定的B&Y-ICE和用于肽鉴定的部分B / Y离子系列。由于HCD碰撞能量增加,研究表明B / Y离子系列的增加(
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
      • PD
      • eliasj.e.
      • 王J.
      • PD
      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      使用糖肽CID串联质谱和甘草数据库搜索探索特异性N-糖基化微孔能量性哈达福蛋白的微孔。

      重新分配或重新发布最终文章

      使用没有脱糖基化步骤的组合碎片方法的策略的解释方法通常将来自富含甘油片段离子富含富含甘油片段离子的CID-MS / MS光谱并通过另外的MS模式限定载体肽序列来分配聚糖组合物

       评论特刊:糖蛋白质

      在过去的10年中,开发了使用不同LC-MS / MS策略自动鉴定完整糖肽的软件工具。无论使用的策略类型,需要来自肽骨干和附着的聚糖的足够碎片。信息糖肽质谱难以获取,因为由于糖苷键和肽键的物理和化学性质的差异,碎片在两个组分之间变化。解离方法,包括共振活化(离子捕集)碰撞诱导的解离(CID),光束型(Quadrupole - 飞行时间[Q-TOF])CID,更高能量碰撞解离(HCD)和电子转移解离( ETD)是糖肽鉴定中最常用的方法。2和目标-CID-MS2)。 2016年,我们使用了各种MS / MS碰撞参数,包括CID和HCD,每个CID和HCD都有九种不同的能量,以及电子传输/碰撞诱导的解离/电子传递/更高能量碰撞解离。步进碰撞能量(SCES)-HCD-MS / MS在20-30-40%的能量产生,为单谱中的糖肽的聚糖和肽的甘草和肽产生最具信息丰富和丰富的片段离子(
      从n键合糖肽的串联质谱中自动化的聚糖测序。
      • )。 GP Finder(
      • Pglyco 2.0.
      • Scopus(7)
      • sung t.y.
      • Scopus(1)
      • guo l.w.
      PEPSWEETENER:一种基于网络的工具,支持手动注释完整的糖肽MS光谱。
      ,
      • 关闭搜索栏
      • Scopus(164)
      • 高盛
      • ),glyxtoolms(
      • 无障碍
      • Scopus(4981)
      与胃癌多药抗性相关的分泌蛋白的位点特异性糖基化的表征。
      ,
      • 锡达赫
      • 无障碍
      • ),glyxtoolms(
      • 关闭搜索栏
      • Scopus(4981)
      )。这些多样性改变了蛋白质的功能,随后对各种生物过程产生了深远的影响(
      )。在过去十年的整个发展中,N-Glycopeptide分析领域最近在过去的5年中提出,改变了几年前落后的软件开发的状态( PD PD
      • 锡达赫
      • 无障碍
      • ),glyxtoolms(
      • 关闭搜索栏
      • Scopus(4981)
      )。这些多样性改变了蛋白质的功能,随后对各种生物过程产生了深远的影响(
      高效开放搜索引擎综合鉴定串联质谱中的肽。 79PD 81质谱:原理和应用。 PD (
      • 关闭搜索栏
      • Scopus(164)
      • 高盛
      • ),glyxtoolms(
      • 无障碍
      • Scopus(4981)
      与胃癌多药抗性相关的分泌蛋白的位点特异性糖基化的表征。
      由离子捕集CID产生的质谱由Y-离子支配,但含有几个B-离子和有限数量的B / Y离子,因为前体离子,低离解能和“1的单键切割/ 3“低M / Z区域的截止值(

       目标MS中的数据和推定肽骨干

      )。此外,通过使用通过通用的通常改性微量控制机制来指定聚糖群体,通过通过通用的通常改进微量控制机制来指定糖类来进行糖肽搜索,这极大地有助于许多研究(Fig. 1一种集成的质谱数据处理策略,用于在大群体尿液样本中的蛋白质O-糖基化的快速鉴定,深入和可再现量化。 吴j.q. 糖肽光谱的自动注释和适当的结果显示大大促进了随后的完整糖肽的分析。但是,一系列以前开发的软件工具,包括许多精心设计的搜索引擎,如甜心(PD )和活化的离子电子转移解离(
      • E1700069.
      • 肛门。生物学习。
      • 克拉克D.J.
      优化三纤体质谱仪中交联肽片段化的参数。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • 艾琳美
      • PD
      • 陈三。
      • 2014年(
      • 金ys.
      • 联系
      • 张Q.
      • 公园G.W.
      • b b / y y-a.
      • 抽象的
      • PD
      • o-search.
      • PD
      使用较高能量碰撞解离完整的N-和O型糖肽的表征。
      PD
      核心y-ions比赛
      Fig. 1结论糖肽光谱匹配的质量控制方法。.
      ),这是为了解释SCE-HCD-MS / MS光谱中的丰富信息而开发。它执行了每个光谱的集成开放搜索:首先对Glyce数据库进行频谱,以鉴定聚糖候选物,然后对蛋白质组数据库进行评分以鉴定肽候选者。该过程大大提高了解释的效率和准确性。
      • PD
      • 张Q.
      • 田玉
      • PD
      • 王L.
      • PD
      • PD
      • PD
      • 郑S.
      • 赵涛
      • PD
      • PD
      • PD
      复旦大学复旦大学五达大学和生物医学研究院,中国上海
      )根据用户特定的质量公差间隔,设计了一种软件程序,该软件程序专为生成具有针对每个糖肽的固定蛋白的固定糖的诱饵数据库,以1:20的靶向比。3PD 2软件工具使用的方法来解释单个碎片模式不同。一些致强制性地检测一个光谱中的聚糖和肽离子。同时,其他搜索工具,如魔术(
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      已施加组合的解离方法以分析糖肽并获得信息性糖肽质谱。 HCD,ETD和离子阱CID通常组合以使相同的前体离子解离,因为它们在施加到N-糖肽解离时互补性。开发了相应的软件工具,用于解密具有多个片段类型的MS / MS数据中的前体。致作物,这是一个商业和最常用的软件(
      ),使用通过活化的离子电子转移解离的方法鉴定的数据集,其证明有助于在未来的研究中分析完整的糖肽。此外,一些专用的糖肽质谱注释和可视化工具,如百百百内德(2 or MS3 analysis (
      • 艾琳美
      • 邦德A.
      • 张Q.
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      • 抽象的
      • 周W.J.
      • PD
      • PD
      乙型肝炎病毒相关肝病患者血清IgA2的N-糖肽签名。
      复旦大学化学系,上海串联质谱法结构测定O型糖肽。)。同位素靶向糖蛋白酶(Isotag),其中糖蛋白组的代谢标记与糖胺基肽的化学富集和同位素重新编码与求外的​​二溴化物基肽相结合2 BR(1:1),用于Palaniappan的研究3 data (
      • PD
      • 弗雷泽C.K.
      • PD
      • Scopus(5)
      • Senang O.
      糖蛋白胶质蛋白酶:频繁的基因多态性影响人血清蕨类植物/α-2-HS-糖蛋白的糖基化图案。
      PD
      用于高通量糖肽识别和有效的识别策略的先进和专用软件工具已经促进了近年来N-糖蛋白覆盖率的增加(
      • 杨p.Y.
      • 王丽。
      • kao w.j.
      • 联系我们
      • PD
      • Scopus(6)
      • 摩尔r.j.
      • 张某。
      • 王Z.W.
      • Zink e.m.
      使用酰肼化学,稳定同位素标记和质谱法鉴定和定量N-连接的糖蛋白。
      Griep-raming J.
      • Scopus(116)
      • 新闻界的论文
      • 华纳E.
      • Scopus(602)
      • )和i-gpa(
      • Scopus(116)
      • 陈Y.J.
      • 吴j.q.
      • PMATCHGLYCO
      • 电子邮件/用户名
      碳水化合物和糖凝固物。甘草:碳水化合物生物学的新时代。
      并支持搜索HCD和CID碎片离子。由同一实验室开发的糖蛋白胶质作业通过评分互补的碎片技术,包括CID,HCD和ETD,表征生物蛋白质组样品中的糖肽。 Glycopat( Senang O. 从南极鱼的血液的抗冻糖蛋白。含脯氨酸糖肽的结构。
      )。 “中提到的相应计算工具”
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
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      • eliasj.e.
      • 王J.
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      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      强大的软件工具以快速的速率大大推进鉴定完整糖肽的深度和精度,并将极大地促进对糖基化在生物中的作用的全面和准确理解。在这里,我们审查了最近的软件工具的进展,用于基于MS的完整性糖肽的鉴定,通常用于完整的N-甘肽(

      在其他作品中重用物品的部分或提取物

      PD ;碰撞诱导的解离; ETD;电子转移解离; FDR;假发现率; HCD;更高能量的碰撞解离; PD;产品依赖; Q-TOF;四桥 - 飞行时间; SCE;阶梯式碰撞能量
      • Scopus(4)
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      ,
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      • PD
      • Scopus(31)
      • 联系
      全局蛋白质组学和磷蛋白酶数据的再分析鉴定了大量的糖肽。
      )。建立了人血浆的深入N-糖肽谱,并鉴定了1644个完整的N-甘肽。
      )通过随机地安排在其两步实验策略中鉴定的那些含甘甘油肽的氨基酸序列以与目标数据库相同的长度来创建诱饵序列。 glycopep评估员(
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      )被认为是这个问题。在PGLYCO 2.0中,所有已识别的光谱都是自动注释并由嵌入PGLYCO 2.0中的软件工具GLABEL显示,这极大地促进了手动验证和数据分析(
      • PD
      • PD
      • 山B.
      • chang f.y.
      ,聚糖共生热图代表聚糖对在相同综太中出现的次数。转载裁判许可(
      )提供同位素的就绪源,用于使用三态特征(1:2:1(m,m + 2,m + 4))来计算糖肽的质量包络(1:2:1(m,m + 2,m + 4)),其可以使用模式识别来计算地检测算法在内部开发。
      假发现率(FDR)是一个重要的测量和用于定义结果识别和质量控制的特异性的重要性参数。由于该技术首先通过蛋白质组学中的Gygi提出( PD (
      • PD
      • PD
      • 郭S.Y.
      • Senang O.
      Pglyco 2.0使精密N-糖蛋白酶具有综合质量控制和一步质谱法,用于完整糖肽鉴定。
      Magic-Web:一个未明确和有针对性的N链糖蛋白识别的平台。
      • PD
      • 李H.J.
      • Senang O.
      ,通过Pglyco 2.0自动注释糖肽光谱。
      ),使用GPQuest软件并描述了一种称为N-糖肽鉴定的N-糖肽的N-糖肽的固相提取的创新方法。作者使用2015年(
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
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      • LIM J.S.
      • 张Q.
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      • eliasj.e.
      • 王J.
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      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      PD
      )。 Pglyco 2.0进行全面的质量控制,包括对聚糖和肽的FDR分析,并使用新模型进行糖肽FDR估计(
      • 快速搜索
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      • chang f.y.
      具有质谱法的细胞综糖含量的表征。
      前帧
      • 聪明的B.P.
      • Scopus(0)
      • PD
      • )和GPQuest(
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      • 糖生物学。
      • PD
      • 钱德勒K.B.
      电子转移/更高能量碰撞解离(ethcd) - 硒化糖肽/糖蛋白表征。
      糖肽分析正在朝着下一阶段移动更全面和定量鉴定。但是,在我们看来,在这个过程中必须解决几个问题。首先是为完整O-甘油肽开发专用策略和搜索引擎。鉴定O-糖肽的问题是许多折叠,例如缺乏有效的富集方法,难以获得信息性的O-糖肽质谱。虽然O-GlycoEppides的策略和解释工具正在出现(
      • PD
      • 张Q.
      • 田玉
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      • 王L.
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      • 郑S.
      • 赵涛
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      • PD
      复旦大学复旦大学五达大学和生物医学研究院,中国上海
      近年来,在解决完整的糖肽,特别是N-甘肽的分析的立即需求方面取得了实质性进展,特别是n-glycopeptores(Fig. 2APD ,碰撞诱导的解离; ETD,电子转移解离; HCD,较高能源碰撞解离; Y-A,所有的Y离子; Y-C,来自N-聚糖核心的Y离子。Fig. 2BPD
      • 邦德A.
      • 艾琳美
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      • 黄杰。
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      • LIM J.S.
      • 张Q.
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      • eliasj.e.
      • 王J.
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      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      PD
      诱饵前体质量
      Fig. 2),支持使用多个片段类型搜索MS / MS数据。 gfinder( A)。 FDR,虚假发现率。 BDegoydeveloper:按需,De Novo Cooy糖肽发生器。
      • 邦德A.
      • 艾琳美
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      • 黄杰。
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      • LIM J.S.
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      • 蒙溪吴
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      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      甘草质蛋白分析近期进程通过质谱法分析。//creativecommons.org/licenses/by/4.0/Curr。 protoc。生物信息学。

      糖肽质谱解释

      对于HCD / Q-TOF光谱解释,从N-Glycopeptides的常见粉末核糖核的碎片中检测Y离子模式,并使用吉祥物,通过生成搜索随后的肽序列,例如吉祥物
      • PD
      • 弗雷泽C.K.
      • PD
      • Scopus(5)
      • Senang O.
      糖蛋白胶质蛋白酶:频繁的基因多态性影响人血清蕨类植物/α-2-HS-糖蛋白的糖基化图案。
      Scopus(73)
      • HOI下午
      • 在体内
      • Senang O.
      • PD
      • 2015年(
      • PD
      一种全面的开源平台,用于质谱基糖蛋白数据分析。
      开放访问徽标
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      质谱(MS)基于复杂生物样品中基于糖蛋白酶的最新进展。
      • 艾琳美
      • 邦德A.
      • 张Q.
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      • 抽象的
      • 周W.J.
      • PD
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      乙型肝炎病毒相关肝病患者血清IgA2的N-糖肽签名。
      编辑委员会
      • E1700436.
      • 权限
      • 莱昂D.R.
      • 公园D.D.
      • 去E.P.
      凝集素亲和捕获,同位素编码标记和质谱法以鉴定N-连接的糖蛋白。
      提交稿件
      • PD
      • 钱X.
      W. C.编写了手稿并监督了这项工作。 M. L.帮助起草稿件。 S.K.,W. M.和Y.Z.参加了参考收集。 P. Y.监督这项工作。
      具有脱糖基化程序的实验和MS采集策略
      • kao w.j.
      • Scopus(73)
      • 王丽。
      • 联系我们
      • 张Y.
      • 允许
      • dodds e.d.
      • 张某。
      • Zink e.m.
      肝细胞癌 - 质谱基的糖蛋白标志物的基于方法。
      Glycofragwork等(唐的实验室)
      • 杨p.Y.
      • 王丽。
      • kao w.j.
      • 联系我们
      • PD
      • Scopus(6)
      • 摩尔r.j.
      • 张某。
      • 王Z.W.
      • Zink e.m.
      使用酰肼化学,稳定同位素标记和质谱法鉴定和定量N-连接的糖蛋白。
      来自中国项目全国自然科学基金的补助金(91853102),国家重点研发计划(2016年0501303,2018YFC0910300和2016YFB0201702)以及上海高级当地大学的创新研究团队。
      )和GPQuest由Toghi Eshghi开发
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
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      • eliasj.e.
      • 王J.
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      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      )。作者开发了几种可视化鉴定的糖肽的方法,并从亚细胞区域到亚细胞区域的多水平蛋白质组学信息存在的异质性谱(Fig. 3A甘草部分和载体肽匹配的一般方法 PD (
      • 在文章中
      • Scopus(45)
      • 电子邮件/用户名
      • 陈C.T.
      基于开放质谱库搜索的N键合糖肽识别。
      )。虽然抓地力,ARMONE和GPQUEST已被用于复杂样品中完整的N-糖肽的高通量分析,但这两个工作流程使实验操作繁琐。 Glycoseq由yu开发Fig. 3, B PD C)使用糖肽搜索鉴定了羟波巴蛋白和14个糖肽中的57个糖肽。高级搜索工具的开发,更强大的仪器和设计精心设计的MS采集方法增加了大约100(
      • Griep-raming J.
      • Senang O.
      • 济东H.K.
      • Scopus(25)
      • 常熟。
      在单一步骤中,在复合糖蛋白中的特异性糖基化的自信分配。
      诱饵糖肽
      • HOI下午
      • Scopus(619)
      • PD
      • PD
      • mccormack a.l.
      GPAnnotate:呈现聚糖和注释糖肽质谱。&)手动比较使用甜心和致作物鉴定的HCD光谱的结果(
      没有脱糖基化程序的实验和MS采集策略
      作者捐款
      Fig. 3请在提交搜索之前输入一个术语。 A用质谱法完善糖肽表征。 B在线发布:2021年2月05日 C通过双重碎片组合电子 - 转移和更高能量碰撞解离串联质谱法朝着全肽序列覆盖。
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
      • PD
      • eliasj.e.
      • 王J.
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      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      穆罕默德S.
      • 在文章中
      • Scopus(45)
      • 电子邮件/用户名
      • 陈C.T.
      基于开放质谱库搜索的N键合糖肽识别。
      甘草质蛋白分析近期进程通过质谱法分析。//creativecommons.org/licenses/by/4.0/PD

      )超过1000(

      使用电子传递/更高能量碰撞解离(ethcd)的迪伊鲁同学标签在PKM2敲除乳腺癌细胞中的特异性特异性和定量PKM2敲除乳腺癌细胞。
      • PD
      • 李H.J.
      • Senang O.
      ,通过Pglyco 2.0自动注释糖肽光谱。
      ,
      • Scopus(116)
      • 新闻界的论文
      • 华纳E.
      • Scopus(602)
      • )和i-gpa(
      • Scopus(116)
      • 陈Y.J.
      • 吴j.q.
      • PMATCHGLYCO
      • 电子邮件/用户名
      碳水化合物和糖凝固物。甘草:碳水化合物生物学的新时代。
      ,
      • PD
      • 田Z.
      • 程C.Y.
      • PD
      • 钟义。
      自1978年第一次报告以来,MS已被认可为糖蛋白分析的理想工具(
      ,
      • 前帧
      • 赵H.
      • Zink e.m.
      • PD
      • 贝克P.R.
      • 挖掘D.
      • PD
      SWERTNET:用于糖肽MS / MS光谱分析的生物信息学工作流程。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • HOI下午
      • PD
      • 陈R.
      • PD
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      • PD
      • 莎第P.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      通过电子捕获解离在傅里叶变换质谱仪中的肽中O-糖基化位点的定位。
      ,
      • 表格1
      • PD
      • PD
      • 华纳E.
      • 方X.
      • PD
      • Aeberberold R.
      • 钟义。
      具有活化离子电子转移解离的磷蛋白酶。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 歌曲E.
      • PD
      • 陈G.
      • PD
      • PD
      • PD
      • GNAD F.
      GPQUEST:串联质谱分配的频谱库匹配算法,以完整N-糖肽。
      ,
      • Scopus(116)
      • yoo J.s.
      • 新闻界的论文
      • PMATCHGLYCO
      • 电子邮件/用户名
      乳头状甲状腺癌健康对照与患者人体流体的比较糖曲线谱。
      ,
      • PD
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      • PD
      • PD
      • 钱X.
      • 田玉
      呋喃基核糖核酸酶B在侧桥融合岩纤维质谱仪上的选择性碎片和核糖核酸酶B的蛋白质骨架。
      ,
      • Senang O.
      • PD
      • 曾温
      • )和GPQuest(
      MCF-7 / ADR癌干细胞中差分N-糖基化的定量位点和结构特异性N-糖蛋白酶。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 歌曲E.
      • GNAD F.
      • PD
      选择糖肽光谱的另一种策略基于前体离子(
      ,
      • 登记
      • 权限
      • 2016年(
      • 黄Z.Z.
      • PD
      • Scopus(11)
      • 2016年(
      总结用于完整糖肽分析的软件工具的开发。
      )由与Glycopep检测器相同的实验室开发的,用于CID-MS / MS分析。尽管这些软件支持的分析策略的实验程序易于操作,但是关于从单个解离方法获得的频谱中的甘草和肽片段的信息不足,并且基本上限制了识别的吞吐量和可靠性。所有这些软件工具,除魔术外(
      • 威倩曹
      • PD
      • 信息
      • Scopus(2465)
      • 山B.
      • chang f.y.
      中性粒细胞髓氧化酶在其糖基化中具有不同的位点特异性特异性。
      社论 PD (
      • 强调
      • Altelaar a.f.
      • PD
      • strum J.s.
      • 詹姆斯D.E.
      一种GSH官能化磁性超薄2D-MOS2纳米复合材料,用于尿液外和血清蛋白的N-糖肽的富集富集。
      PD 分析算法;对于载体肽分析,软件工具对选择蛋白质序列进行概率匹配。当在大规模分析中使用完整的蛋白质组数据库时,纳入现有的蛋白质组学搜索引擎(
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      ,
      • PD
      • 弗雷泽C.K.
      • PD
      • Scopus(5)
      • Senang O.
      糖蛋白胶质蛋白酶:频繁的基因多态性影响人血清蕨类植物/α-2-HS-糖蛋白的糖基化图案。
      ,
      • 前帧
      • PD
      • 赵H.
      • 黄扬
      • 挖掘D.
      • PD
      使用质谱法将人N-连接的糖蛋白和糖基化位点映射。
      见文章
      • PD
      • 张Q.
      • 田玉
      • PD
      • 王L.
      • PD
      • PD
      • PD
      • 郑S.
      • 赵涛
      • PD
      • PD
      • PD
      复旦大学复旦大学五达大学和生物医学研究院,中国上海
      ,
      • PD
      • PD
      • 英语
      • Scopus(17)
      • PD
      通过用裸肽M / Z覆盖原始前体并除去所有相关的离子的光谱。
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 歌曲E.
      • PD
      • 陈G.
      • PD
      • PD
      • PD
      • GNAD F.
      GPQUEST:串联质谱分配的频谱库匹配算法,以完整N-糖肽。
      ,
      • PD
      • 田Z.
      • Scopus(11)
      • 方X.
      • Scopus(116)
      • PD
      • PD
      • 郑C.W.
      • 陈R.
      • 梁X.
      • 2016年(
      • 钟义。
      同位素靶向糖蛋白酶(ISOTAG):一种与完整的N-和O-糖肽发现和分析的群式无关平台。
      干细胞的比较糖蛋白质鉴定了蓖麻毒性的新球员。 PD (
      • PD
      • 田Z.
      • Scopus(11)
      • 方X.
      • Scopus(116)
      • PD
      • PD
      • 郑C.W.
      • 陈R.
      • 梁X.
      • 2016年(
      • 钟义。
      同位素靶向糖蛋白酶(ISOTAG):一种与完整的N-和O-糖肽发现和分析的群式无关平台。
      ;文章:pii \:s1535947621000335;网站:网站:mcpro-site;问题:pii \:s1535947621x00023; ctype:string:string;页面内容;页面组:字符串:文章视图; wgroup:strick:string:string:迁移的网站;页面:字符串:显示全文;杂志:Journal:McPro; RequestedJournal:Journal:Journal:McPro;产品:产品:产品:产品:产品\:HA
      • de-glyco需要
      • 田Z.
      • 方X.
      • PD
      • 钟义。
      软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
      糖碎裂方法对糖蛋白酶的益处。
      ©2021作者。由elsevier股份公司发布代表美国生物化学和分子生物学协会。
      • 黄杰。
      • 邦德A.
      • 莱昂D.R.
      • jabs w.
      • 常熟。
      • 欧阳C.
      用于糖肽的MS碎片方法
      ,
      • 邦德A.
      • 艾琳美
      • PD
      • 黄杰。
      • PD
      • LIM J.S.
      • 张Q.
      • PD
      • eliasj.e.
      • 王J.
      • PD
      • 抽象的
      • PD
      • 蒙溪吴
      • PD
      Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
      PD / CID与ETD的组合是多种解离策略中广泛使用的方法之一。然而,ETD的长反应时间和低离解效率限制了糖肽分析的吞吐量。最近,使用SCE-HCD-MS / MS和专用搜索引擎PGLYCO 2.0的优选策略( http://pfind.ict.ac.cn/software/pGlyco/index.html数据采集​​模式到HCD-PD-ETD函数和该分析程序的优化甜心(
      • 张Q.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • guo l.w.
      • PD
      • PD
      • 刘M.Q.
      • 沉C.
      • PD
      • PD
      用N-连接聚糖和含甘膜肽的固相萃取综合分析蛋白质糖基化。
      ,
      • PD
      • PD
      • 梁X.
      • PD
      • 肛门。化学。
      • PD
      )设计用于ETD-MS / MS分析。 Glycopep Grader(
      ,
      • PD
      • 信息
      • PD
      基于精确质量测量的分类器,以辅助大规模,无偏糖蛋白质。
      ,
      • PD
      • 田玉
      • PD
      • HOI下午
      • PD
      • 莎第P.
      • 杨F.
      • 杨F.
      • PD
      均设计用于解释CID / HCD-MS / MS光谱。 Glypid 2.0改进甘蓝工具(
      ,
      • PD
      • 王C.
      • PD
      • 田玉
      • 莎第P.
      • 杨F.
      • PD
      • urabe g.
      • PD
      )设计成单独解密HCD / ETD和MS / MS数据和HCD-MS / MS数据。甜心,一系列由Khoo开发的软件工具
      ,
      • PD
      • PD
      • PD
      • isobe t.
      • PD
      • y-a b / y
      • PD
      • PD
      • PD
      如果地址与有效的帐户匹配,则会将电子邮件发送到__email__,其中包含重置密码的说明
      ,
      • PD
      • PD
      • 董米。
      • 钱德勒K.B.
      ),这是当时的亮点和实质性成就。
      ,
      • glytoucan.
      • PD
      • 董米。
      • Glycomedb.
      • PD
      • Glycomedb.
      • Scopus(88)
      • PD
      • Scopus(116)
      • 钱德勒K.B.
      通过虚拟多级质谱法测定特异性糖素的蛋白质组学分析。
      ,
      • 图形概要
      • PD
      • PD
      否决:晚期肽和蛋白质识别软件。
      ,
      • 张Q.
      • PD
      • PD
      • PD
      • guo l.w.
      • PD
      • PD
      • 刘M.Q.
      • PD
      )。 HCD-MS / MS中的不同碰撞能量产生甘草和肽的互补碎片(
      ,
      • PD
      • kong s.y.
      • 伍德琳C.L.
      • Scopus(15)
      用于鉴定复杂样品中完整糖肽的计算框架。
      ,
      • Silva D.v.
      • 一致
      • Glycomaster DB.
      • Scopus(31)
      • 文章题目
      作者Mingqi Liu的函授信息
      ,
      • 林Y.H.
      • PD
      • PD
      • PD
      • 彭B.
      • PD
      • PD
      • PD
      • PD
      • 杨L.
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      Glyco-Dia:用硅增强糖肽文库定量o-糖蛋白酶的方法。
      )。具有全面质量控制和巧妙实验策略的强大搜索引擎PGLYCO 2.0鉴定了10,000多种糖肽,并达到了迄今为​​止最深切的规模。在五个小鼠组织中鉴定了总共10,009个完整的N-糖肽。通用,精确和开放访问字符(自由下载
      • PD
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      • 郑S.
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      • 陈Y.
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      • 张Q.
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      • 赵涛
      质子化振动活化/解离特性的能量分辨振动活化/解离特性的比较。
      Curr。拍摄。结构。 BIOL。 PD (
      • 张Q.
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      • guo l.w.
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      • 刘M.Q.
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      )。 HCD-MS / MS中的不同碰撞能量产生甘草和肽的互补碎片(
      )。从那时起,SCE-HCD-MS / MS已被广泛用于完整糖肽的高通量鉴定(
      ,吉祥物,续集和pfind)是常规方法(
      • PD
      • 李H.J.
      • Senang O.
      ,通过Pglyco 2.0自动注释糖肽光谱。
      中国仓鼠卵巢细胞综合糖蛋白分析。
      • 重印
      • PD
      • glytoucan.
      • 信息
      • Scopus(24)
      末端半乳糖基化与膜糖蛋白在脂肪细胞中TNF-α诱导的胰岛素抗性胰岛素的含量切换。
      ,
      • 钟义。
      • PD
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      • PD
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      • PD
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      • 黄杰。
      • 张Q.
      • PD
      • 钱W.
      ),其中补充能量源应用于ETD形成的所有片段离子,在N-糖肽鉴定中显示出很大的潜力(
      ,
      • PD
      • 管道
      • PD
      • 信息
      • 黄杰。
      • PD
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      • 钱W.
      版权所有©2021美国生物化学和分子生物学协会。由elsevier公司发布代表美国生物化学和分子生物学协会。版权所有。
      ,
      • PD
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      • 杨G.
      • PD
      • PD
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      • 钟义。
      • PD
      )。最令人印象深刻和代表性的研究之一是由太阳发表的2016年
      ,
      • Novotny M.v.
      • 信息
      • Seipert r.r.
      • yates j.r.
      • 穆罕默德S.
      • Scopus(24)
      使用特定的O-连接的糖肽(EXOO)的特异性提取来映射O-糖蛋白酶。
      上海医学表观遗传学重点实验室与中国复旦大学勘论科学与技术外观生物学和新陈代谢国际合作实验室,中国上海
      • PD
      • 郑S.
      • PD
      • PD
      • PD
      • 张Q.
      • PD
      N-糖蛋白酶揭示刚性拓扑和序列约束。
      ,
      • PD
      • 郑S.
      • 张Q.
      • 杨米
      • PD
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      • 林Y.H.
      • PD
      2017年,PGLYCO 2.0在完整的N-甘膜肽的全局表征中实现了重大突破(
      PD

      搜索本作者的文章

      )。例如,Pglyco 2.0用于鉴定阿尔茨海默病和WT小鼠的APP / PS1小鼠模型中的3524个完整的N-甘肽。基于N-糖肽的进一步整合和鉴定,显示蛋白酶组和凝集素微阵列数据,用于甘草表位和N-糖蛋白的功能障碍,影响阿尔茨海默病的发育(德诺维)哺乳动物蛋白质。 GPQuest通过匹配完整糖肽的前体离子和含甘油肽的前体离子和含甘草数据库的质量差来分配聚糖组合物(
      • chang f.y.
      ),电子转移/更高能量碰撞解离(
      PD
      )。因此,ETD很少单独使用并且经常与HCD或CID方法组合用于糖肽鉴定。随着MS中的离子触发技术的发展,HCD-产品依赖性(PD)-Td增加了组合片段的效率,因为离子触发技术通常避免ETD浪费在核肽解离的反应时间。用于侧面融合质谱仪的混合解离技术,例如电子转移/碰撞诱导的解离(
      • PD
      • PD
      • PD
      • 王B.
      • 杨F.
      • PD
      专用软件PGLYCO 2.0,适用于特定于地的GLYCAN解释。
      ,
      • 方X.
      • PD
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      • 钟义。
      软件工具的最新进展,用于更通用和精确的完整性糖肽分析
      ,
      • PD
      • PD
      • 供电
      • de-glyco需要
      )是该战略的最具代表性的方法。稳定同位素的天然丰度,
      ),它们不成熟,也不像N-Glycopeptips的软件工具一样通用,并且是通用的并且精确。要解决的第二个问题是聚糖的准确特异性定位,特别是对于O-甘油肽,因为几种糖基化位点在一种消化的O-糖肽中相邻发生,这对MS识别和软件解释具有很大的挑战。第三个是支持MS和串联MS定量完全所需的完整糖肽的通用软件工具,这对于糖基化在不同生物和病理阶段的作用来说是非常重要的。第四个和重要的是,由于只有组成和小程度的拓扑(例如岩藻糖核心等)可以通过当前的糖肽分析方法产生,甘油结构和甘油同种型对糖肽的分析是额外的并且重要的挑战由于聚糖的固有复杂性。需要进行广泛的技术和软件工具,以实现更多的精致和精湛的工具,以进行完整的糖肽表征,并在接下来的5到10年内预期。

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      含有的新方法:2019年更新。

      高级搜索

      ),可用于鉴定共轭的聚糖,但不用于确信糖基化位点和肽序列的位置,特别是在复杂的样品中。因此,该技术仅应用于在以前研究中的简单样品中分析糖肽(

      条款和条件

      蛋白质糖基化长期被称为异质后翻译改性,产生更大的蛋白质多样性,而不是其他翻译后修饰(

      Scopus(1)

        • rudd下午
        • 特立尼达J.C.
        DOI:10.1074 / MCP.R120.002090
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        • tolic n.
        • 第20卷
        甘草和糖肽定量分析方法的最新进展
        荔枝研究杂志 2003; 13: 602-604
        • 锡达赫
        独立数据的收购
        NAT。方法。 2017; 27: 3-49
        • 广告商
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        • 郑C.W.
        • SCI。代表。
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        MDCDPM:基于大规模缺陷的化学指导蛋白质组学方法,用于完整唾液酸肽的靶向分析。
        ),GP Finder( 1978; 253: 5155-5162
        • 信息图标
        • Altelaar a.f.
        • 隶属关系
        具有广泛的糖蛋白混合物的甘油异质性的N-和O位特异性糖基化的自动分配。
        莫里斯H.R. 1999; 71: 4431-4436
        • 由yoo开发的)
        • 以前的缩略图
        • 打开保存菜单
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        gfinder:用于分析N-甘肽的基于Web的生物信息工具。
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        • mccormack a.l.
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        评论和MINIEREVIEWS. 德诺维 ,FDR验证工作流程。转载裁判许可(
        PD 2010; 141: 897-907
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        pglyco:通过使用HCD-和CID-MS / MS和MS3鉴定完整的N-甘肽的管道。
        作者名单 2003; 21: 667-672
        • 钟义。
        • b / y y-a
        • 张X.J.
        • 隶属关系
        质子迁移率在确定N-糖肽离子的能量分辨振动活化/解离通道中的作用。
        作者名单 2003; 21: 660-666
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        • 钱德勒K.B.
        电子转移/更高能量碰撞解离(ethcd) - 硒化糖肽/糖蛋白表征。
        莫里斯H.R. 2013; 85: 5666-5675
        • 威倩曹
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        • chang f.y.
        中性粒细胞髓氧化酶在其糖基化中具有不同的位点特异性特异性。
        莫里斯H.R. 2012; 84: 4821-4829
        • Altelaar a.f.
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        • 詹姆斯D.E.
        • strum J.s.
        通过同时定量综合定量综合定量血糖和位点特异性糖族的高效分析人血清中的糖蛋白唾液酸。
        忘记密码? 2013; 12: 3652-3666
        • 强调
        • Altelaar a.f.
        • PD
        • strum J.s.
        • 詹姆斯D.E.
        一种GSH官能化磁性超薄2D-MOS2纳米复合材料,用于尿液外和血清蛋白的N-糖肽的富集富集。
        忘记密码? 2012; 11: 1728-1740
        • 2014年(
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        • 分享
        • sung t.y.
        • 孟德利
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        • 伯灵名A.L.
        • 钱X.
        Glycopep Grader:一种用于分配N链糖肽的组成的基于网的效用。
        忘记密码? 2014; 13: 4347-4355
        • PD
        • PD
        • 杨W.
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 沉H.
        • PD
        • 钱W.
        )旨在单独从其CID光谱中鉴定分离的糖蛋白中的糖肽,还需要初步步骤来鉴定脱糖基化位点。
        莫里斯H.R. 2014; 86: 6804-6811
        • Novotny M.v.
        • 十字架.
        • 信息
        • Scopus(24)
        ),根据Creative Commons归因于4.0国际许可(
        第13章:UNIT13.20 2018; 108: 260-268
        • PD
        • 郑家师
        • PD
        • PD
        • PD
        • PIOCH M.
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        • PD
        )。 Glycofinder使用30%和50%的HCD碰撞能量分析简单样品中的糖肽(
        )和魔术( 2014; 452: 96-102
        • 重新获得K.R.
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        多层的N-糖蛋白酶谱揭示与阿尔茨海默病有关的高度异质和失调的蛋白质N-糖基化。
        经常问的问题 2016; 27: 507-519
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        对于通信:魏倩曹;彭源阳
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        基于MS的最新的策略和相应的软件工具的摘要表,用于分析完整的N-甘油肽
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        • 张Q.
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        • 钱W.
        通过液相色谱/质谱法测定特异性特异性蛋白质N-糖基,并靶向串联质谱法。
        虚拟问题 2018; 170: 14-27
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        糖肽照片:通过利用质量和保留时间的图形理论模式改善糖肽检测和识别。
        经常问的问题 2015; 26: 587-595
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        通过亲水性相互作用色谱,纳米反向相LC-MS / MS和Glycan数据库搜索的半自动鉴定N-糖肽。
        经常问的问题 2018; 29: 1166-1178
        • 邦德A.
        • 艾琳美
        • PD
        • 黄杰。
        • PD
        • LIM J.S.
        • 张Q.
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        • eliasj.e.
        • 王J.
        • PD
        • 抽象的
        • PD
        • 蒙溪吴
        • PD
        Glycopep检测器:基于其电子转移解离光谱,用于分配N-连接糖肽的质谱数据的工具。
        menudropzone. 2017; 8: 438
        • PD
        • PD
        • PD
        • 郑S.
        • PD
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        • 陈Y.
        • PD
        • 张Q.
        • PD
        • 赵涛
        质子化振动活化/解离特性的能量分辨振动活化/解离特性的比较。
        莫里斯H.R. 2020; 92: 867-874
        • 张Q.
        • PD
        • PD
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        • guo l.w.
        • PD
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        • 刘M.Q.
        • 沉C.
        • PD
        • PD
        用N-连接聚糖和含甘膜肽的固相萃取综合分析蛋白质糖基化。
        忘记密码? 2019; //doi.org/10.1021/acs.jproteome.9b00672
        • Glycomedb.
        • 杜伯格G.
        • 糖类研究
        • 化学。 SCI。
        • 新闻界的论文
        • 陈Y.J.
        • Scopus(75)
        新型LC-MS(2)产品依赖并行数据采集功能和数据分析工作流程,用于排序和鉴定完整糖肽。
        莫里斯H.R. 2012; 84: 9668-9673
        • 广告
        • Scopus(6)
        • Scopus(4981)
        简单地延长电子转移中的质量范围较高的能量碰撞解离增加了对N-糖肽鉴定的置信度。
        经常问的问题 2009; 20: 1672-1683
        • Scopus(226)
        • 穆罕默德S.
        • 子蛋白质组
        ),目标诱饵方法已被采用作为计算糖肽的FDR的可接受方法。
        莫里斯H.R. 2017; 89: 5311-5318
        • Sugarqb.
        • 张Q.
        • 文章题目
        • Scopus(102)
        一种与蛋白质数据库中氨基酸序列相关的肽串联质谱数据的方法。
        经常问的问题 2018; 29: 455-462
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 钱X.
        软件工具;完整的糖肽分析;质谱;自下而上的实验策略;质量控制;软件应用程序
        完整的糖肽分析 2018; 32: 2031-2039
        • 在文章中
        • Scopus(45)
        • )和i-gpa(
        • sung t.y.
        • PMATCHGLYCO
        • 电子邮件/用户名
        • 陈C.T.
        PD -MS的IgG N-糖基化精细映射的化学标记。
        莫里斯H.R. 2017; 89: 6367-6376
        • 在文章中
        • Scopus(45)
        • 电子邮件/用户名
        • 陈C.T.
        基于开放质谱库搜索的N键合糖肽识别。
        menudropzone. 2019; 10: 1311
        • 李H.K.
        • PD
        • Scopus(24)
        )为了完全利用SCE-HCD-MS / MS光谱中的丰富信息,实现了N-甘肽的高通量分析。
        莫里斯H.R. 2019; 91: 10401-10406
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 指导方针
        • 钱X.
        • kuo c.w.
        • PD
        • PD
        )。基于MS的糖蛋白组出现了定义生物系统的糖蛋白组的目标,在过去几十年中已经在去糖基化的糖蛋白研究中进行了进展(
        关键词 2018; 143: 2508-2519
        • 肛门。化学。
        • 关闭图形观众
        • 高级搜索
        • Scopus(29)
        • Scopus(30)
        • 强调
        通过乙烯和HCD质谱法在人血清糖蛋白中单独和糖基化肽的系统分析。
        下载数字(PPT) 2016; 15: 141-153
        • PD
        • 吴M.X.
        • PD
        • kim k.h.
        • lajoie g.a.
        • PD
        • 棕褐色
        • 公园D.D.
        • PD
        用于自动鉴定和定量现场特异性N-糖基化的糖蛋白酶体分析仪(I-GPA)。
        经常问的问题 2017; 28: 1751-1764
        • PD
        • 张Q.
        • 田玉
        • PD
        • 王L.
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        • 郑S.
        • 赵涛
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        • PD
        复旦大学复旦大学五达大学和生物医学研究院,中国上海
        忘记密码? 2014; 13: 3121-3129
        • HOI下午
        • 在体内
        • Senang O.
        • PD
        • 2015年(
        • PD
        一种全面的开源平台,用于质谱基糖蛋白数据分析。
        虚拟问题 2014; 110: 145-154
        • de-glyco需要
        • 田Z.
        • 方X.
        • PD
        • 钟义。
        软件工具的最新进展,以获得更多通用和精确的完整性糖肽分析 - 分子
        莫里斯H.R. 2015; 87: 5181-5188
        • PD
        • 前帧
        • PD
        • 彭莱利S.
        • 赵H.
        • 杨F.
        • 挖掘D.
        • PD
        ),也旨在促进鉴定和分析结果。
        莫里斯H.R. 2016; 88: 5725-5732
        • 杨p.Y.
        • 王丽。
        • kao w.j.
        • 联系我们
        • PD
        • Scopus(6)
        • 摩尔r.j.
        • 张某。
        • 王Z.W.
        • Zink e.m.
        使用酰肼化学,稳定同位素标记和质谱法鉴定和定量N-连接的糖蛋白。
        莫里斯H.R. 2015; 87: 2466-2473
        • 爱德华兹N.
        • 文章题目
        • 单身汉r.j.
        )。从那时起,它已被广泛用于糖肽鉴定(
        下载数字(PPT) 2011; 10 (Scopus(33))
        • 由yoo开发的)
        • sung t.y.
        • 单身汉r.j.
        关于作者思源孔的函授信息
        下载数字(PPT) 2015; 14: 2103-2110
        • PD
        • PD
        • 克劳森H.
        • 山B.
        • chang f.y.
        独特和互补的MS(2)通过纳米-SMS / MS工作流鉴定硫酸化唾液酸唾液酸酯的碎裂特征。
        莫里斯H.R. 2013; 85: 5023-5032
        • PD
        • 李H.J.
        • Senang O.
        ,通过Pglyco 2.0自动注释糖肽光谱。
        来自pglyco的诱饵方法。 2012; (假发现率)
        • 蛋白质组
        • 骑士龙
        • 生物XIV。
        • 林H.N.
        • NWOSU C.C.
        • 郭S.Y.
        • 臭虫
        无标记的人血清生物标志物发现的糖肽量化。
        忘记密码? 2016; 15: 4116-4125
        • FIGEYS D.
        • 张L.
        • 骑士龙
        • 呜C.M.
        • 拿斯W.
        • RAPP E.
        • PD
        • 密码
        • 参考
        • kim j.h.
        • 张W.
        • PD
        • PD
        • 糖opat
        • 臭虫
        • PD
        高通量特异性N-糖基化分析的高效和准确糖肽鉴定管线。
        全文 2016; 6: 21175
        • PD
        • 挖掘D.
        • Scopus(116)
        • 前帧
        • CLEMMER D.E.
        • PD
        魔术:使用Y1离子模式匹配算法和硅MS(2)接近的自动n与糖蛋白识别工具。
        完整的糖肽分析 2010; 24: 965-972
        • PD
        • HOI下午
        • 钱W.
        • PD
        • PD
        • mccormack a.l.
        ),不包括这些功能。一些随后开发的软件工具,如Pglyco(
        下载数字(PPT) 2017; 16: 2032-2047
        • PD
        • PD
        • 英语
        • Scopus(17)
        • PD
        通过用裸肽M / Z覆盖原始前体并除去所有相关的离子的光谱。
        忘记密码? 2014; 13: 3881-3895
        • PD
        • 弗雷泽C.K.
        • PD
        • Scopus(5)
        • Senang O.
        糖蛋白胶质蛋白酶:频繁的基因多态性影响人血清蕨类植物/α-2-HS-糖蛋白的糖基化图案。
        虚拟问题 2013; 84: 1-16
        • PD
        • PD
        • 郭S.Y.
        • Senang O.
        Pglyco 2.0使精密N-糖蛋白酶具有综合质量控制和一步质谱法,用于完整糖肽鉴定。
        莫里斯H.R. 2014; 86: 5478-5486
        • )。 GP Finder(
        • Pglyco 2.0.
        • Scopus(7)
        • sung t.y.
        • Scopus(1)
        • guo l.w.
        PEPSWEETENER:一种基于网络的工具,支持手动注释完整的糖肽MS光谱。
        下载数字(PPT) 2013; 12: 1017-1025
        • 关闭搜索栏
        • Scopus(164)
        • 高盛
        • ),glyxtoolms(
        • 无障碍
        • Scopus(4981)
        与胃癌多药抗性相关的分泌蛋白的位点特异性糖基化的表征。
        以前的数字 2011; 6: 829-836
        • 锡达赫
        • 无障碍
        • ),glyxtoolms(
        • 关闭搜索栏
        • Scopus(4981)
        )。这些多样性改变了蛋白质的功能,随后对各种生物过程产生了深远的影响(
        aboufazeli f. 2015; 12: 561-567
        • E1700069.
        • 肛门。生物学习。
        • 克拉克D.J.
        优化三纤体质谱仪中交联肽片段化的参数。
        经常问的问题 1994; 5: 976-989
        • PD
        • PD
        • PD
        • 艾琳美
        • PD
        • 陈三。
        • 2014年(
        • 金ys.
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        • 张Q.
        • 公园G.W.
        • b b / y y-a.
        • 抽象的
        • PD
        • o-search.
        • PD
        使用较高能量碰撞解离完整的N-和O型糖肽的表征。
        作者名单 2018; 36: 1059-1061
        • 艾琳美
        • 邦德A.
        • 张Q.
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 抽象的
        • 周W.J.
        • PD
        • PD
        乙型肝炎病毒相关肝病患者血清IgA2的N-糖肽签名。
        全文 2016; 6: 25102
        • Scopus(116)
        • 新闻界的论文
        • 华纳E.
        • Scopus(602)
        • )和i-gpa(
        • Scopus(116)
        • 陈Y.J.
        • 吴j.q.
        • PMATCHGLYCO
        • 电子邮件/用户名
        碳水化合物和糖凝固物。甘草:碳水化合物生物学的新时代。
        PD 2017; 549: 538-542
        • Scopus(4)
        • 联系
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        aboufazeli f. 2007; 4: 207-214
        • Scopus(4)
        • PD
        • Scopus(31)
        • 联系
        全局蛋白质组学和磷蛋白酶数据的再分析鉴定了大量的糖肽。
        aboufazeli f. 2005; 2: 667-675
        • PD
        • PD
        • 山B.
        • chang f.y.
        ,聚糖共生热图代表聚糖对在相同综太中出现的次数。转载裁判许可(
        莫里斯H.R. 2014; 86: 9212-9219
        • 快速搜索
        • PD
        • PD
        • chang f.y.
        具有质谱法的细胞综糖含量的表征。
        忘记密码? 2019; 18: 2896-2902
        • E1700436.
        • 权限
        • 莱昂D.R.
        • 公园D.D.
        • 去E.P.
        凝集素亲和捕获,同位素编码标记和质谱法以鉴定N-连接的糖蛋白。
        莫里斯H.R. 2018; 90: 11908-11916
        • PD
        • 钱X.
        W. C.编写了手稿并监督了这项工作。 M. L.帮助起草稿件。 S.K.,W. M.和Y.Z.参加了参考收集。 P. Y.监督这项工作。
        忘记密码? 2019; 18: 2885-2895
        • kao w.j.
        • Scopus(73)
        • 王丽。
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        • 张Y.
        • 允许
        • dodds e.d.
        • 张某。
        • Zink e.m.
        肝细胞癌 - 质谱基的糖蛋白标志物的基于方法。
        现有算法. 2016; 44: glytoucan.
        • Griep-raming J.
        • Senang O.
        • 济东H.K.
        • Scopus(25)
        • 常熟。
        在单一步骤中,在复合糖蛋白中的特异性糖基化的自信分配。
        阅读,打印 2018; 12黄P.
        • HOI下午
        • Scopus(619)
        • PD
        • PD
        • mccormack a.l.
        GPAnnotate:呈现聚糖和注释糖肽质谱。&)手动比较使用甜心和致作物鉴定的HCD光谱的结果(
        探索日记 2019; 36: 1942-1943
        • PD
        • 田Z.
        • 程C.Y.
        • PD
        • 钟义。
        自1978年第一次报告以来,MS已被认可为糖蛋白分析的理想工具(
        莫里斯H.R. 2018; 90: 8065-8071
        • 前帧
        • 赵H.
        • Zink e.m.
        • PD
        • 贝克P.R.
        • 挖掘D.
        • PD
        SWERTNET:用于糖肽MS / MS光谱分析的生物信息学工作流程。
        忘记密码? 2014; 13: 4821-4832
        • PD
        • PD
        • PD
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        • 陈R.
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        • PD
        • 莎第P.
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        通过电子捕获解离在傅里叶变换质谱仪中的肽中O-糖基化位点的定位。
        Scopus(61) 2016; 7: 25315-25327
        • 表格1
        • PD
        • PD
        • 华纳E.
        • 方X.
        • PD
        • Aeberberold R.
        • 钟义。
        具有活化离子电子转移解离的磷蛋白酶。
        莫里斯H.R. 2018; 90: 14294-14302
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 歌曲E.
        • PD
        • 陈G.
        • PD
        • PD
        • PD
        • GNAD F.
        GPQUEST:串联质谱分配的频谱库匹配算法,以完整N-糖肽。
        下载数字(PPT) 2020; 19: 672-689
        • Scopus(116)
        • yoo J.s.
        • 新闻界的论文
        • PMATCHGLYCO
        • 电子邮件/用户名
        乳头状甲状腺癌健康对照与患者人体流体的比较糖曲线谱。
        Scopus(13) 2018; 18数据库
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 钱X.
        • 田玉
        呋喃基核糖核酸酶B在侧桥融合岩纤维质谱仪上的选择性碎片和核糖核酸酶B的蛋白质骨架。
        J.Chromatogr。一种。 2020; 17: 3
        • Senang O.
        • PD
        • 曾温
        • )和GPQuest(
        MCF-7 / ADR癌干细胞中差分N-糖基化的定量位点和结构特异性N-糖蛋白酶。
        莫里斯H.R. 2019; 91: 7236-7244
        • PD
        • PD
        • PD
        • PD
        • 歌曲E.
        • GNAD F.
        • PD
        选择糖肽光谱的另一种策略基于前体离子(
        关于开放访问 2018; 2018: 1564136
        • 登记
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        • 2016年(
        • 黄Z.Z.
        • PD
        • Scopus(11)
        • 2016年(
        总结用于完整糖肽分析的软件工具的开发。
        忘记密码? 2016; 15: 2826-2840
        • 前帧
        • PD
        • 赵H.
        • 黄扬
        • 挖掘D.
        • PD
        使用质谱法将人N-连接的糖蛋白和糖基化位点映射。
        莫里斯H.R. 2014; 86: 453-463
        • PD
        • 田Z.
        • Scopus(11)
        • 方X.
        • Scopus(116)
        • PD
        • PD
        • 郑C.W.
        • 陈R.
        • 梁X.
        • 2016年(
        • 钟义。
        同位素靶向糖蛋白酶(ISOTAG):一种与完整的N-和O-糖肽发现和分析的群式无关平台。
        作者名单 2016; 34: 84-88
        • PD
        • PD
        • 梁X.
        • PD
        • 肛门。化学。
        • PD
        )设计用于ETD-MS / MS分析。 Glycopep Grader(
        精确映射 2016; 13: 513-522
        • PD
        • 信息
        • PD
        基于精确质量测量的分类器,以辅助大规模,无偏糖蛋白质。
        第13章:UNIT13.20 2019; 118: 880-892
        • PD
        • 田玉
        • PD
        • HOI下午
        • PD
        • 莎第P.
        • 杨F.
        • 杨F.
        • PD
        均设计用于解释CID / HCD-MS / MS光谱。 Glypid 2.0改进甘蓝工具(
        PD 碎片化 2019; 1070: 60-68
        • PD
        • 王C.
        • PD
        • 田玉
        • 莎第P.
        • 杨F.
        • PD
        • urabe g.
        • PD
        )设计成单独解密HCD / ETD和MS / MS数据和HCD-MS / MS数据。甜心,一系列由Khoo开发的软件工具
        忘记密码? 2019; 18: 3439-3446
        • PD
        • PD
        • PD
        • isobe t.
        • PD
        • y-a b / y
        • PD
        • PD
        • PD
        如果地址与有效的帐户匹配,则会将电子邮件发送到__email__,其中包含重置密码的说明
        研究文章 2019; 1600: 46-54
        • PD
        • PD
        • 董米。
        • 钱德勒K.B.
        ),这是当时的亮点和实质性成就。
        PD 2019; 8: 882
        • glytoucan.
        • PD
        • 董米。
        • Glycomedb.
        • PD
        • Glycomedb.
        • Scopus(88)
        • PD
        • Scopus(116)
        • 钱德勒K.B.
        通过虚拟多级质谱法测定特异性糖素的蛋白质组学分析。
        jeong s.k. 2018; 9: 6271-6285
        • 图形概要
        • PD
        • PD
        否决:晚期肽和蛋白质识别软件。
        莫里斯H.R. 2020; 92: 267-291
        • 张Q.
        • PD
        • PD
        • PD
        • guo l.w.
        • PD
        • PD
        • 刘M.Q.
        • PD
        )。 HCD-MS / MS中的不同碰撞能量产生甘草和肽的互补碎片(
        忘记密码? 2020; 19: 655-666
        • PD
        • kong s.y.
        • 伍德琳C.L.
        • Scopus(15)
        用于鉴定复杂样品中完整糖肽的计算框架。
        光谱过滤 2019; 38: 265-290
        • Silva D.v.
        • 一致
        • Glycomaster DB.
        • Scopus(31)
        • 文章题目
        作者Mingqi Liu的函授信息
        kim J.W. 2019; //doi.org/10.1101/647081
        • 林Y.H.
        • PD
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        • 彭B.
        • PD
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        • 杨L.
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        Glyco-Dia:用硅增强糖肽文库定量o-糖蛋白酶的方法。
        下载数字(PPT) 2019; 18: 2262-2272
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        • Scopus(24)
        末端半乳糖基化与膜糖蛋白在脂肪细胞中TNF-α诱导的胰岛素抗性胰岛素的含量切换。
        下载数字(PPT) 2019; 18: 1479-1490
        • 钟义。
        • PD
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        • 黄杰。
        • 张Q.
        • PD
        • 钱W.
        ),其中补充能量源应用于ETD形成的所有片段离子,在N-糖肽鉴定中显示出很大的潜力(
        PD 碎片化 2020; 1098: 181-189
        • PD
        • 管道
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        • 信息
        • 黄杰。
        • PD
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        • 钱W.
        版权所有©2021美国生物化学和分子生物学协会。由elsevier公司发布代表美国生物化学和分子生物学协会。版权所有。
        莫里斯H.R. 2020; 92: 690-698
        • PD
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        • 杨G.
        • PD
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        • 钟义。
        • PD
        )。最令人印象深刻和代表性的研究之一是由太阳发表的2016年
        第13章:UNIT13.20 2019; 114: 143-150
        • Novotny M.v.
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        • Seipert r.r.
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        使用特定的O-连接的糖肽(EXOO)的特异性提取来映射O-糖蛋白酶。
        ),GP Finder( 2019; 294: 20233-20245
        • PD
        • 郑S.
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        • 张Q.
        • PD
        N-糖蛋白酶揭示刚性拓扑和序列约束。
        jeong s.k. 2019; 10: 9302-9307
        • PD
        • 郑S.
        • 张Q.
        • 杨米
        • PD
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        • 林Y.H.
        • PD
        2017年,PGLYCO 2.0在完整的N-甘膜肽的全局表征中实现了重大突破(
        莫里斯H.R. 2019; 91: 9986-9992
        • chang f.y.
        ),电子转移/更高能量碰撞解离(
        下载数字(PPT) 2013; 12: 893-901
        • PD
        • PD
        • PD
        • 王B.
        • 杨F.
        • PD
        专用软件PGLYCO 2.0,适用于特定于地的GLYCAN解释。
        莫里斯H.R. 2019; 91: 3852-3859
        • 方X.
        • PD
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        • PD
        • 钟义。
        软件工具的最新进展,用于更通用和精确的完整性糖肽分析
        查看大图像 2018; 14e8486
        • PD
        • PD
        • 供电
        • de-glyco需要
        )是该战略的最具代表性的方法。稳定同位素的天然丰度,
        aboufazeli f. 2019; 16: 902-910