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测量具有统计确定性的流感病毒变体之间的特异性糖基化相似性

  • 黛博拉昌
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    美国马萨诸塞州波士顿医学院生物医学质谱中心生物化学系
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  • 威廉·赫克特
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    波士顿大学生物信息学计划,波士顿大学,波士顿,马萨诸塞州,美国
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  • 雷忠
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    美国密西西比州密西西比州大学兽医学院基础科学系
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  • 徐峰湾
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    美国密西西比州密西西比州大学兽医学院基础科学系

    MU COMPERICA Systems生物学研究中心(Cistb),密苏里大学,哥伦比亚,密苏里州,美国

    美国密苏里州密苏里大学医学院分子微生物学与免疫学系

    电气工程系&美国密苏里州密苏里大学工程学院计算机科学

    邦德生命科学中心,密苏里大学,哥伦比亚,美国密苏里州

    MU数据科学研究所&信息学,密苏里大学,哥伦比亚,密苏里州,美国
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  • Joseph Zaia.
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    美国马萨诸塞州波士顿医学院生物医学质谱中心生物化学系

    波士顿大学生物信息学计划,波士顿大学,波士顿,马萨诸塞州,美国
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      流感病毒(IAV)迅速突变,导致抗原漂移和贫疟年度 疫苗有效性。设计有效疫苗的一个挑战是遗传 突变经常导致IAV包膜蛋白血凝素的氨基酸变化 (HA) that create new N - 糖基化序列;由此产生N-Glycans导致抗原屏蔽,允许病毒逃离自适应免疫应答。 疫苗候选菌株选择目前涉及与抗原性相关 循环菌株的HA蛋白质序列,但定量比较现场特异性 糖基化信息可能可能改善设计疫苗的能力 对不断发展菌株的有效性。但是,对此的理解差 糖基化对免疫肿瘤,抗原性和免疫原性的影响 ha,并且没有测试的方法,用于比较糖基化相似性 病毒样本。在这里,我们提出了一种统计上严格的量化的方法 两种相关病毒株之间的相似性认为存在和丰富 糖肽糖族。我们通过确定来展示我们方法的力量 在蛋白质水平之间存在可量化的糖基化差异 来自A / Switzerland / 9715293/2013(SWZ13)的WT IAV HA和SWZ13的突变菌株,甚至 though no N - 糖基化序列改变。我们确定了网站 - 特别是wt和突变体 HA在头部结构域的糖基化位点具有不同的相似性,反射 竞争压力以逃避宿主免疫应答,同时保持病毒性健康。至 我们的知识,我们的结果是第一个量化糖基化状态的变化 在相当大的甘油异质性中发生的这种蛋白质。我们的结果提供 一种了解糖基化状态如何与糖基化状态如何相关的方法 蛋白质序列的变化,这对于改善IAV疫苗菌株是必要的 选择。了解糖基化将尤为重要,因为我们发现新的 疫苗生产的表达载体,作为糖基化状态大大取决于 on the host species.

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