功能蛋白微阵列的开发和应用*

  • 关达伊苏
    一致
    可以解决对应的通信:89A07房间,生物技术和生物工业科学系,台湾市701 701 701号大学道路,1号。电话:+ 886-6-275-7575#58231;传真:+ 886-6-276-6490;
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    国立成功大学生物技术与生物工业科学系,台湾罗南701。
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  • 杰西卡邓恩
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    马里兰州巴尔的摩大学医学院药理学与分子科学系21205
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  • 恒珠
    一致
    可以解决谁的通信:327室,爱德华D.米勒研究大楼,733 N.百老汇,巴尔的摩,MD 21205。电话:+ 1-410-502-0878;传真:+ 1-410-502-1872
    隶属关系
    马里兰州巴尔的摩大学医学院药理学与分子科学系21205

    高吞吐量生物学中心,约翰霍普金斯大学医学院,马里兰州巴尔的摩21205

    病毒肿瘤学计划,肿瘤科,西德尼金梅尔综合癌症中心,约翰霍普金斯大学医学院,马里兰州巴尔的摩21231
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  • 作者脚注
    *这项工作部分由NIH / NCI IMAT R33-CA186790-01A1,大多数台湾奖学金105-2917-I-564-078以及大多数台湾108-2320-B-006-054-MY2。 JD于约翰霍普金斯大学的CBI计划(NIH 2T32GM080189-11)部分支持。提交人声明他们没有对本文内容的利益冲突。
      蛋白质微阵列是以无偏见的高通量方式研究蛋白质的关键工具,因为它们允许表征多达数千个单独纯化的蛋白质。该技术的适应性使其在各种应用中使用,包括研究蛋白质组的分子相互作用,分析翻译后修饰,鉴定新药靶标,以及病原体宿主相互作用的检查。此外,该技术也已被证明可用于分析抗体特异性,以及在新型生物标志物的发现中,特别是对于自身免疫疾病和癌症。在本文中,我们将总结过去十年中基本和翻译研究中蛋白质微阵列技术的开发。我们还将介绍一种新型膜蛋白阵列,GPCR-VIRD阵列,并讨论功能蛋白微阵列的未来方向。

      图形概要

      蛋白质是各种各样的生物分子,具有各种各样的结构和功能,因此,以高吞吐量的方式研究它们是一项挑战。有三种主要类型的蛋白质微阵列:功能性,分析和反相。用蛋白质以高通量方式纯化/合成的蛋白质构建功能蛋白质微阵列,使数百,甚至甚至探测成千上万的不同蛋白质并行探测其生化特性。分析蛋白微阵列使用固定在阵列上的亲和试剂来检测或定量复杂的生物样品。最后,反相蛋白质微阵列利用固定在阵列上的复杂生物样品,并使用亲和试剂进行检测(
      • 摩尔C.D.
      • ajala o.z.
      • 朱H.
      在高含量官能蛋白微阵列中的应用。
      )。在这次简短的评论中,我们专注于功能蛋白质微阵列,总结了功能性微阵列技术的最新发展,并讨论了潜在的未来应用。
      与其他方法(例如质谱)相比,功能性蛋白质微阵列更能检测弱相互作用,更柔韧,具有低压性蛋白质,更常用于分析诸如血清的粗样品。然而,蛋白质微阵列仍有一些限制。在微阵列实验期间观察到的结合事件可能不会反映在细胞环境的上下文中发生的结合事件。此外,大多数检测方法涉及标签,因此需要适当的控制(
      • Neiswinger J.
      • uzoma I.
      • Cox E.
      • rho h.
      • 保罗C.
      • 河东J.s.
      • lu k.y.
      • 陈C.S.
      • 朱H.
      蛋白质微阵列:科学创新的灵活工具。
      )。迄今为止,已经在蛋白质组覆盖,蛋白质长度和生产管道的差异方面开发了许多不同类型的功能蛋白质微阵列。不同类别的蛋白质微阵列的一些显着实例包括用于全长蛋白质的纯化的蛋白质组微阵列,用于不同蛋白质类别的纯化的蛋白质族微阵列,用于用户定义的结构域/表位的纯化的蛋白质结构域微阵列,以及无细胞蛋白质/肽微阵列 体外 c c cDNA翻译或 体外 合成。在 表I.,我们总结了功能蛋白微阵列的目前的发育,并将它们分成这四个类别。我们还介绍了一种新的概念,膜蛋白微阵列(IE。 VirD
      使用的缩写是:
      v
      病毒群岛显示
      PERST.
      蛋白表位签名标签
      IVTT.
      体外 转录和翻译
      纳帕
      核酸可编程蛋白阵列
      PTM.
      翻译后修改
      HBMEC.
      人脑微血管内皮细胞。
      1使用的缩写是:v
      病毒群岛显示
      PERST.
      蛋白表位签名标签
      IVTT.
      体外 转录和翻译
      纳帕
      核酸可编程蛋白阵列
      PTM.
      翻译后修改
      HBMEC.
      人脑微血管内皮细胞。
      数组),并讨论vird阵列技术的可能的未来方向。
      表I.高含量官能蛋白微阵列概述
      生物/蛋白质分类蛋白质编号覆盖范围表达系统参考。
      纯化的蛋白质组微阵列
      HOMO SAPIENS.
      a 商业化与商标HuprotTM值 由CDI实验室和消费>版本4中的21,000个蛋白质。
      21,00081%S. Cerevisiae.(
      • 河东J.s.
      • 姜L.
      • 白化E.
      • arreroJ.
      • rho h.S.
      • 胡锦涛
      • 胡斯
      • Vera C.
      • Bayron-Poueymiroy D.
      • Rivera-Pacheco Z.A.
      • 拉莫斯L.
      • Torres-Castro C.
      • 钱J.
      • Bonaventura J.
      • Boeke J.D.
      • yap w.y.
      • Pino I.
      • eichinger d.j.
      • 朱H.
      • 黑人S.
      使用人蛋白质组微阵列的单型单克隆抗体的快速鉴定。
      ,
      • 胡斯
      • 谢Z.
      • Onishi A.
      • yu x.
      • 姜L.
      • 林J.
      • rho h.S.
      • 树林C.
      • 王H.
      • 河东J.s.
      • 长S.
      • 他X.
      • 跋涉H.
      • 黑人S.
      • 钱J.
      • 朱H.
      分析人蛋白-DNA蛋白组揭示ERK2作为干扰素信号传递的转录压缩机。
      )
      S. Cerevisiae.580080%S. Cerevisiae.(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )
      大肠杆菌 K12425690%大肠杆菌(
      • 陈C.S.
      • Korobkova E.
      • 陈H.
      • 朱茹
      • 剑X.
      • Tao S.C.
      • 朱H.
      蛋白质组芯片方法揭示了大肠杆菌的新DNA损伤识别活动。
      )
      拟南芥蒂利亚纳15,00056%N. Benthamiana.(
      • Popescu S.C.
      • Popescu G.v.
      • 巴肯S.
      • 张Z.
      • Seay M.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      • Dinesh-Kumar S.P.
      钙调蛋白相关蛋白与高密度拟南芥蛋白微阵列揭示的靶向差异结合。
      ,
      • Manohar M.
      • 田玉
      • 莫鲁姆
      • 公园S.W.
      • Choi H.W.
      • Fei Z.
      • Friso G.
      • Asif M.
      • Manosalva P.
      • von dahl c.c.
      • Shi K.
      • 马。
      • Dinesh-Kumar S.P.
      • O'Doherty I.
      • Schroeder F.C.
      • van wijk k.j.
      • klessig d.f.
      使用两种高通量筛网鉴定多种水杨酸结合蛋白。
      )
      玉米菌菌426295%S. Cerevisiae.(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )
       Coronavirus8275%S. Cerevisiae.(
      • 朱H.
      • 胡斯
      • 乔纳G.
      • 朱克。
      • Kreiswirth N.
      • 威尔利下班
      • Mazzulli T.
      • 刘G.
      • 宋Q.
      • 陈P.
      • Cameron M.
      • 泰勒A.
      • 王J.
      • 陈W.
      • 康普顿S.
      • 斯奈德米
      使用冠状病毒蛋白微阵列进行严重的急性呼吸综合征诊断。
      )
       Epstein-Barr virus6066%S. Cerevisiae.(
      • 朱茹
      • 廖G.
      • 山L.
      • 张继夫
      • 陈M.R.
      • 海沃德G.S.
      • 海沃德S.D.
      • Desai P.
      • 朱H.
      蛋白质阵列鉴定Epstein-Barr病毒蛋白激酶BglF4的底物。
      )
       Zika和登革热病毒4886%S. Cerevisiae.(
      • rho h.S.
      • 潘J.
      • 拉莫斯P.
      • yoon k.j.
      • 麦地那F.A.
      • 李某。
      • Eichinger D.
      • 明g.l.
      • 慕尼州乔丹J.L.
      • 唐H.
      • Pino I.
      • 宋H.
      • 钱J.
      • 朱H.
      多路复用的生物标志物面板歧视Zika和Dengue病毒感染在人类中。
      )
       单纯疱疹病毒-1 / 27250%大肠杆菌(
      • Kalantari-dehaghi M.
      • 春S.
      • chentoufi a.a.
      • Pablo J.
      • 梁L.
      • Dasgupta G.
      • 莫里纳D.M.
      • Jasinskas A.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • Felgner J.
      • Hermanson G.
      • 本姆霍夫的L.
      • Felgner P.L.
      • 戴维斯D.H.
      通过蛋白质组级抗体分析发现疱疹病毒1和2中潜在的诊断和疫苗抗原。
      )
      纯化的蛋白质族微阵列
       G蛋白偶联受体31584%哺乳动物细胞系(
      • SYU G.D.
      • 王S.C.
      • 马G.
      • 刘S.
      • Pearce D.
      • Prakash A.
      • 亨森B.
      • 翁路。
      • Ghosh D.
      • 拉莫斯P.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 董X.
      • 肖J.
      • 王S.
      • Kim K.S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      高含量Virion显示人GPCR阵列的开发和应用。
      )
       膜和分泌蛋白质
      b 作者基于分泌信号肽或至少一种跨膜结构域选择蛋白质以表达表达。它们在全长和1121个蛋白片段中表达505个蛋白质。
      505/1121.<19%大肠杆菌(
      • Zingaretti C.
      • arigo m.
      • Cardaci A.
      • 莫罗米
      • Crasti M.
      • Sinisi A.
      • Sugliano E.
      • Cheroni C.
      • 玛拉贝塔
      • nogarotto r.
      • Bonnal R.J.
      • 马卡特利P.
      • Marconi M.
      • Zignego A.
      • Muratori P.
      • Invernizzi P.
      • Colombatto P.
      • Brunetto M.
      • 博诺芬
      • 德弗朗西斯科河
      • Geginat J.
      • Pagani M.
      • Muratori L.
      • Abrialigani S.
      • Bombaci M.
      通过蛋白质阵列鉴定新的自身抗原表明IL4中和在自身免疫性肝炎中的作用。
      )
       流感(Ha抗原)283NA.杆状病毒或人细胞(
      • Nakajima R.
      • SupNet M.
      • Jasinskas A.
      • jain a。
      • Taghavian O.
      • Obiero J.
      • 米尔顿D.K.
      • 陈W.H.
      • 格兰特汉姆。
      • Webby R.
      • Krammer F.
      • 卡特D.
      • Felgner P.L.
      • 戴维斯D.H.
      蛋白质微阵列分析流感病毒血凝素特异性抗体的特异性和交叉反应性。
      ,
      • desbien a.l.
      • van Hoeven N.
      • 芦苇s.j.
      • 凯西A。
      • Laurance J.D.
      • Baldwin S.L.
      • Duthie M.S.
      • 芦苇。
      • 卡特D.
      高密度血凝素蛋白微阵列的发展,以确定流感抗体应答的宽度。
      )
       艾滋病毒(GP120和GP140)10NA.哺乳动物或昆虫细胞(
      • dotsey e.y.
      • Gorlani A.
      • ingale s.
      • Achenbach C.J.
      • D.N.
      • Felgner P.L.
      • 加速J.S.
      一种高通量蛋白质微阵列方法来分类HIV单克隆抗体和变体抗原。
      )
      纯化的蛋白质结构域微阵列
       Protein domains∼400NA.大肠杆菌(
      • 琼斯R.B.
      • GORDUS A.
      • Krall J.A.
      • Macbeath G.
      使用蛋白质微阵列的ERBB受体的定量蛋白质相互作用网络。
      ,
      • Sjoberg R.
      • Sundberg M.
      • Gundberg A.
      • Sivertsson A.
      • Schwenk J.m.
      • Uhlen M.
      • Nilsson P.
      使用抗原微阵列验证亲和试剂。
      )
       蛋白表位签名标签21,120NA.大肠杆菌(
      • Ayoglu B.
      • 哈格马斯A.
      • Khademi M.
      • Olsson T.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Nilsson P.
      使用人蛋白片段阵列进行多发性硬化症的自身抗体分析。
      ,
      • Sjoberg R.
      • Mattsson C.
      • 安德森E.
      • Hellstrom C.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Ayoglu B.
      • Nilsson P.
      高密度蛋白微阵列进行抗体验证和自身免疫分析的探索。
      )
       Consensus sequence
      c 设计的44个共识编码序列,3,604不同的登革株。
      44NA.大肠杆菌(
      • 齐H.
      • 周H.
      • czajkowsky d.m.
      • 郭科
      • 李Y.
      • 王恩。
      • 施y.
      • 林L.
      • 王J.
      • 吴涛S.C.
      通过基因合成(页面)使用蛋白质微阵列制造的病毒蛋白微阵列的快速生产。
      )
      无细胞蛋白质/肽微阵列
       各种病原体抗原
      d 病原体包括: 莱姆病螺旋体,贝氏burnetiid,鼻疽杆菌,血吸虫,沙眼衣原体,巴尔通体,羊布鲁氏菌,钩虫美洲钩虫,钩端螺旋体,间日疟原虫,血吸虫,土拉弗朗西斯菌,弓形虫,Cytauxzoon猫,恶性疟原虫,白色念珠菌,结核杆菌结核病,沙门氏菌肠道Typhi, 人乳头瘤病毒,疱疹单纯疱疹病毒1&2.
      100-7500.10–90%体外 expression(
      • 梁L.
      • Felgner P.L.
      一种热带传染病诊断与疫苗抗原发现的系统生物学方法。
      ,
      • 守夜A.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      用高密度蛋白微阵列定义对感染剂的体液免疫应答。
      )
       核酸可编程~10,000NA.体外 expression(
      • 米尔赫斯。
      • 卞X.
      • 壁板G.
      • Sibani S.
      • logvinenko t.
      • Wasserfall C.H.
      • Schatz D.
      • 阿特金森米
      • 邱J.
      • Labaer J.
      蛋白质阵列的1型糖尿病患者的血清学自身剖析。
      • Ramachandran N.
      • hainsworth E.
      • Bhullar B.
      • 艾森斯坦S.
      • 罗森B.
      • 刘啊。
      • 沃尔特J.C.
      • Labaer J.
      自组装蛋白质微阵列。
      )
      a 商业化与商标HuprotTM值 由CDI实验室和消费>版本4中的21,000个蛋白质。
      b 作者基于分泌信号肽或至少一种跨膜结构域选择蛋白质以表达表达。它们在全长和1121个蛋白片段中表达505个蛋白质。
      c 设计的44个共识编码序列,3,604不同的登革株。
      d 病原体包括: 莱姆病螺旋体,贝氏burnetiid,鼻疽杆菌,血吸虫,沙眼衣原体,巴尔通体,羊布鲁氏菌,钩虫美洲钩虫,钩端螺旋体,间日疟原虫,血吸虫,土拉弗朗西斯菌,弓形虫,Cytauxzoon猫,恶性疟原虫,白色念珠菌,结核杆菌结核病,沙门氏菌肠道Typhi, 人乳头瘤病毒,疱疹单纯疱疹病毒1&2.

       函数蛋白质微阵列的发展

      蛋白质组是整个蛋白质,可通过基因组表达。纯化的蛋白质组微阵列的发展通常需要组装克隆到表达载体中的基因组的开放读数框架(ORF),细胞中编码蛋白的表达,以高通量方式的单个蛋白质纯化,并固定微阵列上的蛋白质。用于模型生物的纯化蛋白质组微阵列的进展,例如 S. Cerevisiae., 大肠杆菌,人类,和 拟南芥, 使蛋白质的功能性和生化研究蛋白质组水平。它的第一个是 S. Cerevisiae. (萌芽酵母)蛋白质组阵列,由迅速组组在2001年开发并含有5,800个全长酵母蛋白(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )。目前,许多纯化的蛋白质组微阵列覆盖各种模型系统,包括冠状病毒(
      • 朱H.
      • 胡斯
      • 乔纳G.
      • 朱克。
      • Kreiswirth N.
      • 威尔利下班
      • Mazzulli T.
      • 刘G.
      • 宋Q.
      • 陈P.
      • Cameron M.
      • 泰勒A.
      • 王J.
      • 陈W.
      • 康普顿S.
      • 斯奈德米
      使用冠状病毒蛋白微阵列进行严重的急性呼吸综合征诊断。
      ),黄病毒(
      • rho h.S.
      • 潘J.
      • 拉莫斯P.
      • yoon k.j.
      • 麦地那F.A.
      • 李某。
      • Eichinger D.
      • 明g.l.
      • 慕尼州乔丹J.L.
      • 唐H.
      • Pino I.
      • 宋H.
      • 钱J.
      • 朱H.
      多路复用的生物标志物面板歧视Zika和Dengue病毒感染在人类中。
      ),人类疱疹病毒(
      • 朱茹
      • 廖G.
      • 山L.
      • 张继夫
      • 陈M.R.
      • 海沃德G.S.
      • 海沃德S.D.
      • Desai P.
      • 朱H.
      蛋白质阵列鉴定Epstein-Barr病毒蛋白激酶BglF4的底物。
      ), 玉米菌菌 (
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      ), 大肠杆菌 K12 (
      • 陈C.S.
      • Korobkova E.
      • 陈H.
      • 朱茹
      • 剑X.
      • Tao S.C.
      • 朱H.
      蛋白质组芯片方法揭示了大肠杆菌的新DNA损伤识别活动。
      ), S. Cerevisiae. (
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      ), 拟南芥蒂利亚纳 (
      • Popescu S.C.
      • Popescu G.v.
      • 巴肯S.
      • 张Z.
      • Seay M.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      • Dinesh-Kumar S.P.
      钙调蛋白相关蛋白与高密度拟南芥蛋白微阵列揭示的靶向差异结合。
      ,
      • Manohar M.
      • 田玉
      • 莫鲁姆
      • 公园S.W.
      • Choi H.W.
      • Fei Z.
      • Friso G.
      • Asif M.
      • Manosalva P.
      • von dahl c.c.
      • Shi K.
      • 马。
      • Dinesh-Kumar S.P.
      • O'Doherty I.
      • Schroeder F.C.
      • van wijk k.j.
      • klessig d.f.
      使用两种高通量筛网鉴定多种水杨酸结合蛋白。
      )和人类(
      • 河东J.s.
      • 姜L.
      • 白化E.
      • arreroJ.
      • rho h.S.
      • 胡锦涛
      • 胡斯
      • Vera C.
      • Bayron-Poueymiroy D.
      • Rivera-Pacheco Z.A.
      • 拉莫斯L.
      • Torres-Castro C.
      • 钱J.
      • Bonaventura J.
      • Boeke J.D.
      • yap w.y.
      • Pino I.
      • eichinger d.j.
      • 朱H.
      • 黑人S.
      使用人蛋白质组微阵列的单型单克隆抗体的快速鉴定。
      ,
      • 胡斯
      • 谢Z.
      • Onishi A.
      • yu x.
      • 姜L.
      • 林J.
      • rho h.S.
      • 树林C.
      • 王H.
      • 河东J.s.
      • 长S.
      • 他X.
      • 跋涉H.
      • 黑人S.
      • 钱J.
      • 朱H.
      分析人蛋白-DNA蛋白组揭示ERK2作为干扰素信号传递的转录压缩机。
      )。由于ORF收集的覆盖率和蛋白质表达/纯化的效率,这种阵列上的蛋白质组覆盖范围为56%至95%(表I.)。蛋白质表达系统的选择大大影响翻译后修饰,并可能影响蛋白质纯化的成功率。例如,由于缺乏真核发生的后期修饰和伴侣,蛋白质编码 C. Elegans. 表达不当 大肠杆菌,表达率为48%。其中48%,只有15%是可溶的(
      • 栾C.H.
      • 邱S.
      • 芬利J.B.
      • 卡森M.
      • 灰色r.j.
      • 黄W.
      • 约翰逊D.
      • Tsao J.
      • 撤线J.
      • vaglio p.
      • 山D.E.
      • vidal m.
      • Delucas L.J.
      • 罗米
      秀丽隐杆线虫蛋白的高通量表达。
      )。因此,通常优选同源表达系统以获得最高的蛋白质活性和表达效率。这 S. Cerevisiae., 大肠杆菌, 和 拟南芥蒂利亚纳 蛋白质组阵列是用作同源物表达系统的最佳例子中的三种。在某些情况下,特别是哺乳动物细胞,转染细胞难以且昂贵,因此可以使用替代表达系统,例如萌芽酵母,以适应蛋白质生产管道。实际上,人类蛋白质组微阵列(IE。 Huprot)是使用异源表达系统的最佳实例之一,因为它表现出从酵母(81%蛋白质组覆盖)纯化的最综合的人类蛋白质组收集。另一个商业人类蛋白质组微阵列,称为原子阵列,包含在内>从昆虫细胞纯化的9,000名人蛋白质(43%蛋白质组覆盖率),但在2018年停止。
      蛋白质家族微阵列设计用于询问其生物化学功能的专用蛋白质组。如今,有许多不同的蛋白质族微阵列,每个蛋白质微阵列用于不同的目的。例如,可以利用用于药物应用的G蛋白偶联受体(GPCR)阵列(
      • SYU G.D.
      • 王S.C.
      • 马G.
      • 刘S.
      • Pearce D.
      • Prakash A.
      • 亨森B.
      • 翁路。
      • Ghosh D.
      • 拉莫斯P.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 董X.
      • 肖J.
      • 王S.
      • Kim K.S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      高含量Virion显示人GPCR阵列的开发和应用。
      ),一种用于分析自身抗体的膜/分泌蛋白质阵列(
      • Zingaretti C.
      • arigo m.
      • Cardaci A.
      • 莫罗米
      • Crasti M.
      • Sinisi A.
      • Sugliano E.
      • Cheroni C.
      • 玛拉贝塔
      • nogarotto r.
      • Bonnal R.J.
      • 马卡特利P.
      • Marconi M.
      • Zignego A.
      • Muratori P.
      • Invernizzi P.
      • Colombatto P.
      • Brunetto M.
      • 博诺芬
      • 德弗朗西斯科河
      • Geginat J.
      • Pagani M.
      • Muratori L.
      • Abrialigani S.
      • Bombaci M.
      通过蛋白质阵列鉴定新的自身抗原表明IL4中和在自身免疫性肝炎中的作用。
      ),用于研究流感疫苗的血血糖素抗原阵列(
      • Nakajima R.
      • SupNet M.
      • Jasinskas A.
      • jain a。
      • Taghavian O.
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      蛋白质微阵列分析流感病毒血凝素特异性抗体的特异性和交叉反应性。
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      • van Hoeven N.
      • 芦苇s.j.
      • 凯西A。
      • Laurance J.D.
      • Baldwin S.L.
      • Duthie M.S.
      • 芦苇。
      • 卡特D.
      高密度血凝素蛋白微阵列的发展,以确定流感抗体应答的宽度。
      )和来自HIV的GP120 / 140阵列,用于分析免疫应答(
      • dotsey e.y.
      • Gorlani A.
      • ingale s.
      • Achenbach C.J.
      • D.N.
      • Felgner P.L.
      • 加速J.S.
      一种高通量蛋白质微阵列方法来分类HIV单克隆抗体和变体抗原。
      )。由于大多数蛋白质微阵列具有相对较少数量的蛋白质,所以表达系统可以针对所需质量和数量定制。例如,GPCR阵列使用Viriv Display(vird)技术(
      • 胡斯
      • 冯Y.
      • 亨森B.
      • 王B.
      • 黄X.
      • 李米
      • Desai P.
      • 朱H.
      vird:用于分析功能膜蛋白的病毒序列显示阵列。
      )保持七种跨膜结构并在几种哺乳动物细胞系中获得最佳GPCR表达,包括Vero,Hel,Hela和293t细胞(
      • SYU G.D.
      • 王S.C.
      • 马G.
      • 刘S.
      • Pearce D.
      • Prakash A.
      • 亨森B.
      • 翁路。
      • Ghosh D.
      • 拉莫斯P.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 董X.
      • 肖J.
      • 王S.
      • Kim K.S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      高含量Virion显示人GPCR阵列的开发和应用。
      )。
      或者,可以设计蛋白质结构域微阵列以分析蛋白质内的某些区域,结构域或表位。在进入蛋白质生产管道之前,这些阵列通常涉及仔细设计所需的基因序列。蛋白质结构域阵列,蛋白表位签名标签(PERTT)阵列,以及共有序列蛋白阵列是该排序的三个最佳例子。琼斯报告的蛋白质域阵列 等等。 含有所有人类SRC同源2和磷酸酪氨酸结合结构域,以将酪氨酸磷酸化对ERBB受体的相互作用网络(
      • 琼斯R.B.
      • GORDUS A.
      • Krall J.A.
      • Macbeath G.
      使用蛋白质微阵列的ERBB受体的定量蛋白质相互作用网络。
      )。 Perst阵列含有人蛋白质阿特拉斯联盟开发的人蛋白质组中的独特签名,用于鉴定多发性硬化的自身抗体(
      • Ayoglu B.
      • 哈格马斯A.
      • Khademi M.
      • Olsson T.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Nilsson P.
      使用人蛋白片段阵列进行多发性硬化症的自身抗体分析。
      )或用于验证抗体特异性(
      • Sjoberg R.
      • Mattsson C.
      • 安德森E.
      • Hellstrom C.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Ayoglu B.
      • Nilsson P.
      高密度蛋白微阵列进行抗体验证和自身免疫分析的探索。
      )。在共有序列蛋白阵列中,qi 等等。 总结344个不同登革株的44个共识血清型序列,并相应地构建蛋白质阵列,用于登革热血清型(
      • 齐H.
      • 周H.
      • czajkowsky d.m.
      • 郭科
      • 李Y.
      • 王恩。
      • 施y.
      • 林L.
      • 王J.
      • 吴涛S.C.
      通过基因合成(页面)使用蛋白质微阵列制造的病毒蛋白微阵列的快速生产。
      )。总体而言,纯化的蛋白质组,蛋白质和蛋白质结构域阵列都有各种各样的基础和翻译研究应用,以及制药行业。
      无细胞蛋白质/肽微阵列设计用于使用无细胞系统显示短肽或全长蛋白质。无细胞表达旨在绕过昂贵且经常繁琐的细胞蛋白质生产工作。用一个构建蛋白质测定 体外 表达,许多表达系统,包括表达裂解物 大肠杆菌,昆虫细胞,小麦毒细胞和人细胞可商购获得。例如,Felgner Lab通过使用一种从病毒到细菌和酵母的各种病原体阵列建立了各种病原体阵列 体外 从中采用的转录和翻译(IVTT)系统 大肠杆菌 (表I. 和 footnote) (
      • 梁L.
      • Felgner P.L.
      一种热带传染病诊断与疫苗抗原发现的系统生物学方法。
      ,
      • 守夜A.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      用高密度蛋白微阵列定义对感染剂的体液免疫应答。
      )。另一方面,Labaer组利用DNA阵列被称为核酸可编程蛋白阵列(Nappa),以构建使用的人蛋白质组阵列 体外 转录/翻译系统(
      • 米尔赫斯。
      • 卞X.
      • 壁板G.
      • Sibani S.
      • logvinenko t.
      • Wasserfall C.H.
      • Schatz D.
      • 阿特金森米
      • 邱J.
      • Labaer J.
      蛋白质阵列的1型糖尿病患者的血清学自身剖析。
      ,
      • Ramachandran N.
      • Raphael J.v.
      • hainsworth E.
      • Demirkan G.
      • FIENTES M.G.
      • rolfs A.
      • 胡Y.
      • Labaer J.
      下一代高密度自组装功能蛋白阵列。
      ,
      • Ramachandran N.
      • hainsworth E.
      • Bhullar B.
      • 艾森斯坦S.
      • 罗森B.
      • 刘啊。
      • 沃尔特J.C.
      • Labaer J.
      自组装蛋白质微阵列。
      )。因为无细胞表达缺乏受调节的蛋白质折叠,分离的细胞室和协调的翻译后修饰(PTMS),不保证蛋白质功能(
      • Ramachandran N.
      • Raphael J.v.
      • hainsworth E.
      • Demirkan G.
      • FIENTES M.G.
      • rolfs A.
      • 胡Y.
      • Labaer J.
      下一代高密度自组装功能蛋白阵列。
      )。 IVTT系统也患有较大蛋白质的产量(例如 >50 kda),由裂解物中呈现的其他蛋白质的潜在污染,以及低阵列密度(例如 每组~2,000个功能)(
      • Ramachandran N.
      • Raphael J.v.
      • hainsworth E.
      • Demirkan G.
      • FIENTES M.G.
      • rolfs A.
      • 胡Y.
      • Labaer J.
      下一代高密度自组装功能蛋白阵列。
      )。然而,通过无细胞表达产生的蛋白质阵列对于分析免疫应答的非常有用(
      • 梁L.
      • Felgner P.L.
      一种热带传染病诊断与疫苗抗原发现的系统生物学方法。
      ,
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      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      用高密度蛋白微阵列定义对感染剂的体液免疫应答。
      ,
      • 米尔赫斯。
      • 卞X.
      • 壁板G.
      • Sibani S.
      • logvinenko t.
      • Wasserfall C.H.
      • Schatz D.
      • 阿特金森米
      • 邱J.
      • Labaer J.
      蛋白质阵列的1型糖尿病患者的血清学自身剖析。
      )。

       酵母蛋白质微阵列在基础研究中的应用

      功能性蛋白质微阵列,尤其是纯化的蛋白质组微阵列,可用于分析蛋白质宽的分子相互作用,并允许综合,无偏的筛选。在基础研究中,研究人员一直使用功能蛋白微阵列来研究蛋白质 - 蛋白质相互作用,蛋白质 - 脂质相互作用,蛋白质 - 细胞/裂解物,蛋白质-DNA相互作用,蛋白质-RNA相互作用,小分子结合和PTM,如糖基化,泛素itα,Suflation,乙酰化,磷酸化和甲基化(Fig. 1A1G)。在 表二,我们总结了基于所示研究应用的代表性研究 Fig. 1。在这里,我们评估基于固定在微阵列的蛋白质粒的研究研究。
      图缩略图GR1.
      Fig. 1官能蛋白微阵列的应用。 功能蛋白微阵列用于询问蛋白质结合性的应用包括包括 A,蛋白质 - 蛋白质相互作用; B,蛋白质 - 脂质相互作用; C,蛋白质细胞/裂解物相互作用; D,小分子结合; E,酶底物关系; F,蛋白质DNA相互作用; G,蛋白质-RNA相互作用; H,抗体特异性/血清分析。 PTM =翻译后修改。
      表二使用功能蛋白微阵列的代表性研究
      分类/研究工具主要发现参考。
      蛋白质蛋白质
       Calmodulin酵母蛋白质组阵列确定了30个新目标(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )
       4抗菌肽肽大肠杆菌 proteome array确定了许多细胞内靶标(
      • Ho Y.H.
      • 莎第P.
      • 陈雅..
      • 陈C.S.
      通过使用大肠杆菌蛋白质组微阵列,对细胞内靶向抗微生物肽,Bactine-7,富含尿素肽和皮蛋白酶,脯氨酸 - 精氨酸 - 富含肽和乳酸酯B的系统分析。
      )
       2-氧杂孢肽肽大肠杆菌 proteome array确定了9个氧化还原目标(
      • 林准事
      • Tsai Y.T.
      • 刘Y.H.
      • 林Y.
      • 太极。
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌蛋白质组芯片鉴定2-氧基氨基相互作用蛋白。
      )
       NS5AHUPROT.确定了90个目标并验证PIM1(
      • 公园C.
      • 分钟。
      • 公园伊米。
      • 林Y.S.
      • 康S.
      • 铃木T.
      • SHIN E.C.
      • Hwang S.B.
      PIM激酶与非结构5A蛋白相互作用并调节丙型肝炎病毒进入。
      )
       PknGHUPROT.确定125个目标和验证的CyPA(
      • wu f.l.
      • 刘Y.
      • 张H.N.
      • 姜H.W.
      • 程L.
      • 郭S.J.
      • 邓杰.Y.
      • BI L.J.
      • 张X.E.
      • GAO H.F.
      • Tao S.C.
      使用人蛋白质组微阵列的PKNG相互作用的全球分析显示与CYPA的新颖联系。
      )
      MTB蛋白质组阵列确定了59个目标(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )
       ROP18HUPROT.确定了68个目标并验证了4个绑定(
      • 杨Z.
      • 侯Y.
      • 郝T.
      • rho h.S.
      • 万杰。
      • 栾y
      • 高X.
      • 姚杰。
      • 潘A.
      • 谢Z.
      • 钱J.
      • 廖W.
      • 朱H.
      • 周X.
      一种人蛋白质组阵列方法,用于鉴定由弓形虫激酶ROP18靶向的关键宿主蛋白。
      )
       SidM, LidA, and AnkX人类纳帕确定18,20和8个宿主目标(
      • yu x.
      • Decker K.B.
      • 巴克K.
      • neunuebel m.r.
      • 扫罗J.
      • 坟墓
      • 韦斯特科特N.
      • Labaer J.
      • 邱J.
      • Macher M.P.
      使用自组装人蛋白阵列的主机 - 病原体相互作用分析。
      ,
      • yu x.
      • noll r.r.
      • Romero Duenas B.P.
      • Allgood S.C.
      • 巴克K.
      • Caplan J.L.
      • Macher M.P.
      • Labaer J.
      • 邱J.
      • neunuebel m.r.
      军团菌效应器ANKX与宿主核蛋白Plekhn1相互作用。
      )
       61 ErbB peptidesSH2 PBD阵列分布式互动网络(
      • 琼斯R.B.
      • GORDUS A.
      • Krall J.A.
      • Macbeath G.
      使用蛋白质微阵列的ERBB受体的定量蛋白质相互作用网络。
      )
      蛋白质 - 脂质
       5 Phospholipids酵母蛋白质组阵列确定了150个目标(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )
      蛋白质 - 细胞/裂解物
       HBMEC大肠杆菌 proteome array确定了23个目标并验证了Yoji(
      • 冯Y.
      • 陈C.S.
      • 何J.
      • Pearce D.
      • 胡斯
      • 王B.
      • Desai P.
      • Kim K.S.
      • 朱H.
      使用微生物和人蛋白质组微阵列(双微阵列技术)来研究与血脑屏障的大肠杆菌相互作用的高通量芯片测定。
      )
       Macrophage lysateMTB蛋白质组阵列确定了26个目标(
      • 他X.
      • 姜H.W.
      • 陈H.
      • 张H.N.
      • 刘Y.
      • 徐Z.W.
      • wu f.l.
      • 郭S.J.
      • 侯J.L.
      • 杨米克。
      • 燕W.
      • 邓杰.Y.
      • BI L.J.
      • 张X.E.
      • Tao S.C.
      系统性鉴定结核分枝杆菌作用症揭示了BFRB抑制先天免疫力。
      )
      小分子绑定
       2雷帕霉素的抑制剂大肠杆菌 proteome array确定了39个目标并验证了TEP1P和NIR1P(
      • 黄杰。
      • 朱H.
      • Haggarty S.J.
      • 春天D.R.
      • Hwang H.
      • 金F.
      • 斯奈德米
      • 舍瑞斯S.L.
      通过化学遗传学和蛋白质组芯片找到雷帕霉素(TOR)信号网络靶标的新组分。
      )
       ArsenicHUPROT.确定了360个靶标和验证的六酮酶(
      • 张H.N.
      • 杨L.
      • 玲j.y.
      • czajkowsky d.m.
      • 王J.F.
      • 张X.W.
      • 周y
      • GE F.
      • 杨米克。
      • 熊Q.
      • 郭S.J.
      • Le H.Y.
      • 吴S.F.
      • 燕W.
      • 刘B.
      • 朱H.
      • 陈祖
      • Tao S.C.
      砷结合蛋白的系统鉴定显示,砷酶-2被砷抑制。
      )
       6-O-angeloylplenolin.HUPROT.确定了99个目标并验证了Stat3(
      • 郑X.
      • 刘Y.Q.
      • 王G.Z.
      • 杨L.N.
      • lu y.z.
      • 李X.c.
      • 周B.
      • qu l.w.
      • 王X.L.
      • 程Y.X.
      • 刘杰。
      • Tao S.C.
      • 周G.B.
      癌蛋白STAT3作为新型SKP1抑制剂的靶标蛋白质组态鉴定。
      )
       Cyclic di-GMPMTB蛋白质组阵列确定了30个目标(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )
      大肠杆菌 proteome array确定了8个目标和验证了Cobb(
      • 徐Z.
      • 张H.
      • 张X.
      • 姜河
      • 刘C.
      • 吴F.
      • 钱L.
      • 郝b.
      • czajkowsky d.m.
      • 郭科
      • 徐Z.
      • BI L.
      • 王S.
      • 李H.
      • 棕褐色
      • 燕W.
      • 冯L.
      • 侯J.
      • Tao S.C.
      细菌蛋白质脱乙酰酶Cobb和第二信使C-Di-GMP之间的相互作用。
      )
      基板识别
       Six SUMO E3 ligasesHUPROT.确定了250个基板并验证了Pyk2(
      • uzoma I.
      • 胡锦涛
      • Cox E.
      • 夏S.
      • 周J.
      • rho h.S.
      • Guzzo C.
      • 保罗C.
      • Ajala O.
      • goodwin c.r.
      • 济东J.
      • 摩尔C.
      • 张H.
      • Meluh P.
      • 黑人S.
      • MATUNIS M.
      • 钱J.
      • 朱H.
      全局鉴定小泛素相关的改性剂(SUMO)底物揭示了雄组合和磷酸化之间的串扰促进细胞迁移。
      )
       289 kinasesHuprot ver。一世构建了高分辨率激酶 - 衬底网络(
      • 纽曼r.h.
      • 胡锦涛
      • rho h.S.
      • 谢Z.
      • 树林C.
      • Neiswinger J.
      • 库珀C.
      • Shirley M.
      • 克拉克H.M.
      • 胡斯
      • Hwang W.
      • 河东J.s.
      • 吴G.
      • 林J.
      • 高X.
      • Q.
      • Goel R.
      • 夏S.
      • 吉H.
      • 达尔比k.n.
      • Birnbaum M.J.
      • COLE P.A.
      • Knapp S.
      • Ryazanov A.G.
      • zack d.j.
      • 黑人S.
      • Pawson T.
      • Gingras A.c.
      • Desiderio S.
      • Pandey A.
      • 土耳其人B.E.
      • 张继夫
      • 朱H.
      • 钱J.
      基于人类活动的磷化网络的构建。
      )
       四个疱疹病毒激酶HUPROT.确定了一个用于病毒复制的保守宿主途径(
      • 李R.
      • 朱茹
      • 谢Z.
      • 廖G.
      • 刘杰。
      • 陈M.R.
      • 胡斯
      • 树林C.
      • 林J.
      • Taverna S.D.
      • Desai P.
      • Abandiner R.F.
      • 海沃德G.S.
      • 钱J.
      • 朱H.
      • 海沃德S.D.
      保守的Herpesvirus激酶靶向DNA损伤响应途径和Tip60组氨酸乙酰转移酶以促进病毒复制。
      )
       ppGalNAc-TsHUPROT.确定128个糖基化常见底物(
      • 徐Z.
      • 李X.
      • 周S.
      • 谢W.
      • 王J.
      • 程L.
      • 王S.
      • 郭科
      • 徐Z.
      • Cao X.
      • 张米
      • 俞b.
      • Narimatsu H.
      • Tao S.C.
      • 张Y.
      使用人蛋白质组微阵列系统鉴定UDP-Galnac的蛋白质底物:多肽N-乙酰甘氨酸氨基氨基转移酶-T1 / T2 / T3。
      )
       VopS and IbpAFic2人类纳帕确定了21个氨苄化基材(
      • yu x.
      • 羊毛A.R.
      • 鲁诗P.
      • Hao Y.H.
      • 格拉姆M.
      • 韦斯特科特N.
      • 公园J.
      • 王J.
      • 卞X.
      • Demirkan G.
      • orth K.
      • Labaer J.
      铜催化的叠氮化物 - 炔烃环加成(Click Chemistry)基于自组装人蛋白微阵列的全球病原体宿主淀粉化的检测。
      )
       87 yeast kinases酵母蛋白质组阵列构建了激酶衬底网络(
      • Ptacek J.
      • Dovgan G.
      • michaud g.
      • 朱H.
      • 朱克。
      • FasoLo J.
      • 郭H.
      • 乔纳G.
      • Breitkreutz A.
      • SOPKO R.
      • McCartney R.R.
      • Schmidt M.C.
      • Rachidi N.
      • 李S.J.
      • Mah A.S.
      • 孟尔。
      • Stark M.J.
      • 斯特恩D.F.
      • deVigilio C.
      • 泰尔斯米
      • 安德鲁斯B.
      • Gerstein M.
      • Schweitzer B.
      • predki p.f.
      • 斯奈德米
      酵母蛋白质磷酸化的全局分析。
      )
       Ubiquitin E3 Rsp5酵母蛋白质组阵列确定了84个基质和验证的RNR2(
      • lu J.Y.
      • 林Y.Y.
      • 钱J.
      • Tao S.C.
      • 朱茹
      • 扒式C.
      • 朱H.
      杂皮蛋白E3连接酶的功能解剖。
      )
       NuA4酵母蛋白质组阵列发现了涉及PCK1P和SIP2的两种酵母老化途径(
      • 林Y.Y.
      • lu J.Y.
      • 张继夫
      • 沃尔特W.
      • 当W.
      • 万杰。
      • Tao S.C.
      • 钱J.
      • 赵玉。
      • Boeke J.D.
      • Berger S.L.
      • 朱H.
      蛋白质乙酰化微阵列显示Nua4对照调节葡甘油生成的关键代谢靶标。
      ,
      • lu J.Y.
      • 林Y.Y.
      • Sheu J.C.
      • 吴J.T.
      • 李福杰。
      • 陈Y.
      • 林M.I.
      • 蒋福特。
      • 太极。
      • Berger S.L.
      • 赵玉。
      • Tsai K.S.
      • 朱H.
      • 庄l.m.
      • Boeke J.D.
      酵母AMPK的乙酰化控制独立于热量限制的内在老化。
      )
       Tyrosine sulfation大肠杆菌 proteome array确定了875个基板(
      • 黄B.Y.
      • 陈P.C.
      • 陈B.H.
      • 王C.C.
      • 刘H.F.
      • 陈y.z.
      • 陈C.S.
      • 杨玉。
      使用基因组型蛋白质组微阵列和蛋白质酪氨酸硫酸盐体系通过使用基因组蛋白质的高通量筛选硫酸化蛋白。
      )
       11 MTB kinasesMTB蛋白质组阵列确定了1,027个交互网络(
      • wu f.l.
      • 刘Y.
      • 姜H.W.
      • 栾Y.Z.
      • 张H.N.
      • 他X.
      • 徐Z.W.
      • 侯J.L.
      • ji l.y.
      • 谢Z.
      • czajkowsky d.m.
      • 燕W.
      • 邓杰.Y.
      • BI L.J.
      • 张X.E.
      • Tao S.C.
      结核病M.结核病的Ser / Thr蛋白激酶蛋白质 - 蛋白质相互作用图。
      )
      蛋白质DNA
       Yeast genomic DNA酵母蛋白质组阵列确定了200个目标和验证arg5,6(
      • 大厅D.A.
      • 朱H.
      • 朱克。
      • 罗伊斯T.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      代谢酶对基因表达的调节。
      )
       不匹配和脱脂网站大肠杆菌 proteome array经过验证的ybaz和ybcn(
      • 陈C.S.
      • Korobkova E.
      • 陈H.
      • 朱茹
      • 剑X.
      • Tao S.C.
      • 朱H.
      蛋白质组芯片方法揭示了大肠杆菌的新DNA损伤识别活动。
      )
       Promoter DNA of fimS大肠杆菌 proteome array确定了19个目标和验证SPR(
      • 陈雅..
      • 滕C.H.
      • Ho Y.H.
      • Jessica Ho T.Y.
      • 黄温
      • Hashimoto M.
      • 蒋I.Y.Y.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌K12蛋白质芯片鉴定1型FIMBRIA表达中涉及的细菌因子。
      )
       460 DNA motifs4,191人类阵列发现许多非传统的DNA结合蛋白,并显示ERK2作为转录压缩机(
      • 胡斯
      • 谢Z.
      • Onishi A.
      • yu x.
      • 姜L.
      • 林J.
      • rho h.S.
      • 树林C.
      • 王H.
      • 河东J.s.
      • 长S.
      • 他X.
      • 跋涉H.
      • 黑人S.
      • 钱J.
      • 朱H.
      分析人蛋白-DNA蛋白组揭示ERK2作为干扰素信号传递的转录压缩机。
      )
      蛋白质RNA.
       BMV viral RNA酵母蛋白质组阵列鉴定和验证的PUS4和APP1在预防烟草中的病毒蔓延方面的作用(
      • 朱茹
      • Gopinath K.
      • Murali A.
      • 海沃德S.D.
      • 朱H.
      • kao c.
      RNA结合蛋白抑制RNA病毒感染。
      )
       13 IncRNAsHUPROT.发现许多非传统的RNA结合蛋白并验证了IDH1(
      • 刘L.
      • 李T.
      • 他问:
      • 尹y.
      • lu J.Y.
      • Bi X.
      • 王克。
      • 罗S.
      • 陈Y.S.
      • 杨Y.
      • 太阳B.F.
      • 杨Y.G.
      • 吴j.
      • 朱H.
      • 沉X.
      通过LNCRNA结合蛋白质组和IDH1结合的转录组的大规模分析洞察新的RNA结合活性。
      )
       miR-122HUPROT.确定了40个目标并验证了HNRNP K.(
      • 粉丝B.
      • lu k.y.
      • Reymond Sutandy F.X.
      • 陈雅..
      • konan k。
      • 朱H.
      • kao c.c.
      • 陈C.S.
      人蛋白质组微阵列鉴定了异质核核糖核糖蛋白K(HNRNP K)识别丙型肝炎病毒RNA的5'末端序列。
      )
      抗体特异性
       mAbs against TFsHUPROT.证明了Huprot用于MAbs的特异性试验(
      • Venkataraman A.
      • 杨克。
      • irizarry J.
      • Mackiewicz M.
      • Mita P.
      • 匡Z.
      • 薛L.
      • Ghosh D.
      • 刘S.
      • 拉莫斯P.
      • 胡斯
      • Bayron Kain D.
      • 克eg
      • 扫罗
      • Colantonio S.
      • 张H.
      • behn f.p.
      • 白化E.
      • Asencio L.
      • 拉莫斯L.
      • Lugo L.
      • 莫雷尔G.
      • Rivera J.
      • Ruiz K.
      • Almodovar R.
      • 纳扎拉省L.
      • 墨菲克。
      • vargas i.
      • Rivera-Pacheco Z.A.
      • 罗莎C.
      • vargas m.
      • McDade J.
      • 克拉克B.S.
      • yoo s.
      • Khambadkone S.G.
      • de melo J.
      • 甜丹科维奇
      • 姜L.
      • 李Y.
      • yap w.y.
      • 琼斯B.
      • Tandon A.
      • 坎贝尔E.
      • Montelione G.T.
      • 安德森S.
      • Myers r.m.
      • Boeke J.D.
      • Fenyo D.
      • Whiteley G.
      • 獾J.s.
      • Pino I.
      • eichinger d.j.
      • 朱H.
      • 黑人S.
      免疫沉淀级单克隆抗体对人转录因子的工具箱。
      )
       400 Abs against SH2SH2 PRESTS阵列验证了ABS特异性(
      • Sjoberg R.
      • Sundberg M.
      • Gundberg A.
      • Sivertsson A.
      • Schwenk J.m.
      • Uhlen M.
      • Nilsson P.
      使用抗原微阵列验证亲和试剂。
      )
      mabs =单克隆抗体。
      等等。 构建了第一蛋白酶微阵列,酵母蛋白质组微阵列,并利用它来研究蛋白质 - 蛋白质相互作用和蛋白质 - 脂质相互作用。将阵列用生物素化的钙调蛋白探测,并鉴定了33种新的钙调蛋白结合蛋白质,并鉴定了新的常见基序(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )。在相同的研究中,酵母蛋白质组阵列用携带各种磷脂酰酰胺的血型物质探测,鉴定了超过150个磷脂结合蛋白(
      • 朱H.
      • Bilgin M.
      • Bangham R.
      • 大厅D.
      • Casamayor A.
      • Bertone P.
      • LAN N.
      • Jansen R.
      • BidlingMaier S.
      • Houfek T.
      • 米切尔T.
      • 米勒P.
      • Dean R.A.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      蛋白质组芯片的全局分析蛋白质活性。
      )。黄 等等。 使用相同的微阵列以鉴定用于雷帕霉素,SMIR3和SMIR4的两个小分子抑制剂的结合蛋白,分别鉴定为8和30个蛋白靶标。大多数靶蛋白涉及PI3,4P2 signaling (
      • 黄杰。
      • 朱H.
      • Haggarty S.J.
      • 春天D.R.
      • Hwang H.
      • 金F.
      • 斯奈德米
      • 舍瑞斯S.L.
      通过化学遗传学和蛋白质组芯片找到雷帕霉素(TOR)信号网络靶标的新组分。
      )。大厅 等等。 使用酵母蛋白质组微阵列以概况DNA结合蛋白,并揭示了线粒体酶,ARG5,6,可以调节核和线粒体基因表达(
      • 大厅D.A.
      • 朱H.
      • 朱克。
      • 罗伊斯T.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      代谢酶对基因表达的调节。
      )。同样,朱 等等。 使用酵母蛋白质组微阵列概况RNA发夹结合蛋白并鉴定出两种蛋白质:PUS4和APP1。在烟草中证明了抗野生马赛克病毒传播的抗病毒活动(
      • 朱茹
      • Gopinath K.
      • Murali A.
      • 海沃德S.D.
      • 朱H.
      • kao c.
      RNA结合蛋白抑制RNA病毒感染。
      )。朱实验进一步证明了通过对阵列进行共价酶促反应来证明蛋白质组阵列的效用。它们是第一个建立使用酵母Nua4复合物建立蛋白质乙酰化反应的蛋白质乙酰化反应,并发现酵母老化中的两个平行信号通路(
      • 林Y.Y.
      • lu J.Y.
      • 张继夫
      • 沃尔特W.
      • 当W.
      • 万杰。
      • Tao S.C.
      • 钱J.
      • 赵玉。
      • Boeke J.D.
      • Berger S.L.
      • 朱H.
      蛋白质乙酰化微阵列显示Nua4对照调节葡甘油生成的关键代谢靶标。
      )。还应用于确定泛蛋白E3连接酶RSP5的Hect结构域的基板(
      • lu J.Y.
      • 林Y.Y.
      • 钱J.
      • Tao S.C.
      • 朱茹
      • 扒式C.
      • 朱H.
      杂皮蛋白E3连接酶的功能解剖。
      )。这些研究表明了酵母蛋白质微阵列在基础研究中的有用性。

       大肠杆菌蛋白质组微阵列在基础研究中的应用

      等等。 建立了纯化 大肠杆菌 2008年蛋白质组微阵列,包含4256个独特的蛋白质,并应用于DNA损伤反应中的潜在新球员。这 大肠杆菌 用几个含有错配碱基对或脱脂位点的几个短DNA探针探测蛋白质组微阵列,并鉴定出两种DNA修复蛋白质:YBAZ和YBCN(
      • 陈C.S.
      • Korobkova E.
      • 陈H.
      • 朱茹
      • 剑X.
      • Tao S.C.
      • 朱H.
      蛋白质组芯片方法揭示了大肠杆菌的新DNA损伤识别活动。
      )。在另一项研究中,使用相同的阵列将DNA结合蛋白检测到1型FIMBRIAE的启动子,并鉴定SPR作为1型FIMBRIA表达的相位开关(
      • 陈雅..
      • 滕C.H.
      • Ho Y.H.
      • Jessica Ho T.Y.
      • 黄温
      • Hashimoto M.
      • 蒋I.Y.Y.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌K12蛋白质芯片鉴定1型FIMBRIA表达中涉及的细菌因子。
      )。何 等等。 使用该探讨了几种抗微生物肽 大肠杆菌 蛋白质组阵列并鉴定出许多细胞内靶标。在四种抗菌肽中,它们鉴定了一些共享和独特的靶标,并对LFCINB和BAC7以及LFCINB和PR-39(PR-39)建议协同作用
      • Ho Y.H.
      • 莎第P.
      • 陈雅..
      • 陈C.S.
      通过使用大肠杆菌蛋白质组微阵列,对细胞内靶向抗微生物肽,Bactine-7,富含尿素肽和皮蛋白酶,脯氨酸 - 精氨酸 - 富含肽和乳酸酯B的系统分析。
      )。 Hsiao. 等等。 探讨了 大肠杆菌 蛋白质组阵列具有四个糖胺聚糖,其在宿主细胞上常见并鉴定了一百个蛋白质靶标。它们进一步验证了YCBS作为细胞条目的细菌因素(
      • Hsiao F.S.
      • Sutandy F.R.
      • SYU G.D.
      • 陈雅..
      • 林准事
      • 陈C.S.
      糖胺聚糖的系统蛋白质蛋白内蛋白酶体分析显示YCBS作为新型细菌毒力因子。
      )。徐 等等。 探讨了 大肠杆菌 蛋白质组阵列具有重要的细菌第二信使,循环二-MPP,并将COBB作为强粘合剂鉴定。因为Cobb是一种脱乙酰酶,所以它们随后发现循环二-MPP抑制酶活性并形成循环二-MPP生产的新型反馈环(
      • 徐Z.
      • 张H.
      • 张X.
      • 姜河
      • 刘C.
      • 吴F.
      • 钱L.
      • 郝b.
      • czajkowsky d.m.
      • 郭科
      • 徐Z.
      • BI L.
      • 王S.
      • 李H.
      • 棕褐色
      • 燕W.
      • 冯L.
      • 侯J.
      • Tao S.C.
      细菌蛋白质脱乙酰酶Cobb和第二信使C-Di-GMP之间的相互作用。
      )。冯 等等。 用过的 大肠杆菌 蛋白质组微阵列通过探测阵列上的人脑微血管内皮细胞(HBMEC)来研究蛋白质细胞相互作用。它们鉴定了23个靶蛋白并验证了Yoji作为蛋白质 大肠杆菌 入侵。此外,它们纯化yoj1,使用Huprot探测,并进一步确定的干扰素-α受体作为yojl的宿主受体(
      • 冯Y.
      • 陈C.S.
      • 何J.
      • Pearce D.
      • 胡斯
      • 王B.
      • Desai P.
      • Kim K.S.
      • 朱H.
      使用微生物和人蛋白质组微阵列(双微阵列技术)来研究与血脑屏障的大肠杆菌相互作用的高通量芯片测定。
      )。除了各种绑定测定,还有 大肠杆菌 蛋白质组微阵列也已被应用于鉴定底物,包括糖蛋白的底物(
      • 王Z.X.
      • 邓R.P.
      • 姜H.W.
      • 郭S.J.
      • Le H.Y.
      • 赵X.D.
      • 陈C.S.
      • 张约。
      • Tao S.C.
      基于大肠杆菌蛋白质组微阵列的原核糖蛋白的全局鉴定。
      ),酪氨酸硫化(
      • 黄B.Y.
      • 陈P.C.
      • 陈B.H.
      • 王C.C.
      • 刘H.F.
      • 陈y.z.
      • 陈C.S.
      • 杨玉。
      使用基因组型蛋白质组微阵列和蛋白质酪氨酸硫酸盐体系通过使用基因组蛋白质的高通量筛选硫酸化蛋白。
      )和clpyq蛋白酶(
      • Tsai C.H.
      • Ho Y.H.
      • Sung T.C.
      • wu w.f.
      • 陈C.S.
      大肠杆菌蛋白质组微阵列鉴定了CLPYQ蛋白酶的基材。
      )。正如这些代表作品所证明的那样 大肠杆菌 蛋白质组微阵列广泛用于研究细菌生理学以及宿主微生物相互作用。

       人蛋白质组微阵列在基础研究中的应用

      人类蛋白质组微阵列是基础研究,翻译研究和制药行业中最广泛使用的阵列。有三种流行的人类蛋白质组微阵列:HUPROT,PROTOARRAY和NAPPA。 Huprot含有〜21,000个单独的纯化人蛋白,其全长是迄今为止最全面的人类蛋白质组收集。 ProtoArray含有纯化昆虫细胞纯化的〜9000个人蛋白质,但在2018年商业上停用.Nappa是一个 体外 已应用以表达10,000名人蛋白的表达系统。
      HUPROT阵列没有过夜。在其早期阶段,它包含4191个独特的人类蛋白质,主要是转录因子和共同因素。胡 等等。 在该阵列上进行大规模的DNA结合测定法,并在该阵列上进行460个DNA基序,并发现17,718个蛋白质-DNA相互作用。不仅回收了许多已知的蛋白质-DNA相互作用,而且还发现许多非常规的DNA结合蛋白,包括丝裂剂活化的蛋白激酶(MAPK),ERK2。深入诱变研究和基于细胞的测定证明ERK2在干扰素-γ信号传导调节中作用作为转录阻遏物(
      • 胡斯
      • 谢Z.
      • Onishi A.
      • yu x.
      • 姜L.
      • 林J.
      • rho h.S.
      • 树林C.
      • 王H.
      • 河东J.s.
      • 长S.
      • 他X.
      • 跋涉H.
      • 黑人S.
      • 钱J.
      • 朱H.
      分析人蛋白-DNA蛋白组揭示ERK2作为干扰素信号传递的转录压缩机。
      )。 2012年,朱实验室发布了HUPROT版I的建设,其中包含16,368个个体纯化的人类蛋白质全长,并证明它可以作为鉴定高度特异性单克隆抗体的有用工具(
      • 河东J.s.
      • 姜L.
      • 白化E.
      • arreroJ.
      • rho h.S.
      • 胡锦涛
      • 胡斯
      • Vera C.
      • Bayron-Poueymiroy D.
      • Rivera-Pacheco Z.A.
      • 拉莫斯L.
      • Torres-Castro C.
      • 钱J.
      • Bonaventura J.
      • Boeke J.D.
      • yap w.y.
      • Pino I.
      • eichinger d.j.
      • 朱H.
      • 黑人S.
      使用人蛋白质组微阵列的单型单克隆抗体的快速鉴定。
      )。该工作为NIH资助的蛋白质捕获试剂计划(PCRP; //commonfund.nih.gov/proteincapture)。
      HUPROT阵列的诞生扩大了研究人员的武器,用于询问整个人类蛋白质组的大部分,用于特异性生化特性。例如,刘 等等。 在Huprot上探讨了13个长的非编码RNA(LNCRNA)的结合特异性,以确定LNCRNA介导的生物过程中的潜在球员。最终,发现了671个LNCRNA结合蛋白,其中525只缺少任何已知的RNA结合结构域。在细胞中进一步验证了一种新的RNA结合蛋白IDH1,并显示成千上万的RNA转录物(
      • 刘L.
      • 李T.
      • 他问:
      • 尹y.
      • lu J.Y.
      • Bi X.
      • 王克。
      • 罗S.
      • 陈Y.S.
      • 杨Y.
      • 太阳B.F.
      • 杨Y.G.
      • 吴j.
      • 朱H.
      • 沉X.
      通过LNCRNA结合蛋白质组和IDH1结合的转录组的大规模分析洞察新的RNA结合活性。
      )。同样,风扇 等等。 用miR-122探测Huprot并鉴定了40个靶蛋白。由于丙型肝炎病毒(HCV)复制所需的miR-122,因此它们进一步将靶HNRNP K作为HCV复制的阻遏物(
      • 粉丝B.
      • lu k.y.
      • Reymond Sutandy F.X.
      • 陈雅..
      • konan k。
      • 朱H.
      • kao c.c.
      • 陈C.S.
      人蛋白质组微阵列鉴定了异质核核糖核糖蛋白K(HNRNP K)识别丙型肝炎病毒RNA的5'末端序列。
      )。因此,人蛋白质组微阵列是研究蛋白质-DNA和-RNA相互作用复杂调节网络的有价值的工具(Fig. 1F1G)。
      人蛋白质组微阵列也可用于分析蛋白质 - 蛋白质相互作用,特别是用于确定参与病原体宿主相互作用的球员(Fig. 1A)。公园 等等。 探测来自PROMOARRAY上的HCV的非结构5A蛋白,并鉴定了90例蛋白。它们进一步验证了这些蛋白质,PIM1中的一种,作为HCV细胞进入的因素(
      • 公园C.
      • 分钟。
      • 公园伊米。
      • 林Y.S.
      • 康S.
      • 铃木T.
      • SHIN E.C.
      • Hwang S.B.
      PIM激酶与非结构5A蛋白相互作用并调节丙型肝炎病毒进入。
      )。 yoon. 等等。 使用类似的方法构建Zika病毒 - 宿主蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,并比较其登革热病毒对应物来确定Zika病毒特异性相互作用(
      • yoon k.j.
      • 钱X.
      • 潘J.
      • 徐D.
      • rho h.S.
      • Kim N.S.
      • Habela C.
      • 郑L.
      • 雅各布F.
      • 张F.
      • 李某。
      • 黄瓦克。
      • inteling f.r.
      • vissers c.
      • 李C.
      • 元L.
      • 康K.
      • 金斯。
      • yeo J.
      • 郑Y.
      • 刘S.
      • 温Z.
      • 秦c.f.
      • 吴Q.
      • 基督教西临。
      • 唐H.
      • 金P.
      • 徐Z.
      • 钱J.
      • 朱H.
      • 宋H.
      • 明g.l.
      Zika-病毒编码的NS2A通过降解粘附结蛋白来破坏哺乳动物皮质神经发生。
      )。进一步正交的大规模筛选允许它们针对Zika病毒复制中涉及的宿主中查询药物靶标。阳 等等。 调查了绑定事件 T. Gondii. 毒力因子ROP18使用HUPROT并确定了68个目标。随后通过磷酸化依赖性降解验证了ROP18对P53,P38,UBE2N和SMAD1的关键作用(
      • 杨Z.
      • 侯Y.
      • 郝T.
      • rho h.S.
      • 万杰。
      • 栾y
      • 高X.
      • 姚杰。
      • 潘A.
      • 谢Z.
      • 钱J.
      • 廖W.
      • 朱H.
      • 周X.
      一种人蛋白质组阵列方法,用于鉴定由弓形虫激酶ROP18靶向的关键宿主蛋白。
      )。吴 等等。 研究了pkng的结合事件,是一个重要的激酶 玉米菌菌 (MTB),使用HUPROT并确定128个结合蛋白。他们进一步验证了这些结合蛋白,CYPA中的一种在磷酸化时降解,随后抑制炎症反应(
      • wu f.l.
      • 刘Y.
      • 张H.N.
      • 姜H.W.
      • 程L.
      • 郭S.J.
      • 邓杰.Y.
      • BI L.J.
      • 张X.E.
      • GAO H.F.
      • Tao S.C.
      使用人蛋白质组微阵列的PKNG相互作用的全球分析显示与CYPA的新颖联系。
      )。使用人类的纳帕,yu 等等。 鉴定的18,20和8个宿主蛋白与相互作用 L. pneumophila. 效果SIDM,LIDA和ANKX(
      • yu x.
      • Decker K.B.
      • 巴克K.
      • neunuebel m.r.
      • 扫罗J.
      • 坟墓
      • 韦斯特科特N.
      • Labaer J.
      • 邱J.
      • Macher M.P.
      使用自组装人蛋白阵列的主机 - 病原体相互作用分析。
      ,
      • yu x.
      • noll r.r.
      • Romero Duenas B.P.
      • Allgood S.C.
      • 巴克K.
      • Caplan J.L.
      • Macher M.P.
      • Labaer J.
      • 邱J.
      • neunuebel m.r.
      军团菌效应器ANKX与宿主核蛋白Plekhn1相互作用。
      )。
      人类蛋白质组微阵列也已被广泛用于研究PTMS(Fig. 1E)。歌曲 等等。 制定的方法,用于检测全局酪氨酸磷酸化,赖氨酸乙酰化,泛素酸盐和Huprot上的Suberation。将Huprot阵列与在不同PTM反应缓冲液中稀释的细胞裂解物温育,以进行共价蛋白质修饰,并且使用相应的PTM抗体可视化阵列上的改性蛋白质。在癌症中PTMS的复杂调节中,它们在卵巢癌中验证了PTK2和PTK2B激酶的多动力(
      • 陈L.
      • 张B.
      • 宋Q.
      • yu Y.
      • 摩尔C.
      • 王t.L.
      • Shih i.M.
      • 张H.
      • Chan D.W.
      • 张Z.
      • 朱H.
      蛋白质组横透过磷酸化分析显示卵巢肿瘤中的具有疑难的信号通路。
      )。徐 等等。 使用HUPROT调查PPGALNAC-TS的基材,并确定了128个常见基材 O-Galnac糖基化(
      • 徐Z.
      • 李X.
      • 周S.
      • 谢W.
      • 王J.
      • 程L.
      • 王S.
      • 郭科
      • 徐Z.
      • Cao X.
      • 张米
      • 俞b.
      • Narimatsu H.
      • Tao S.C.
      • 张Y.
      使用人蛋白质组微阵列系统鉴定UDP-Galnac的蛋白质底物:多肽N-乙酰甘氨酸氨基氨基转移酶-T1 / T2 / T3。
      )。 yu. 等等。 使用人的Nappa分别鉴定vops和21个氨基化基材,分别为vops和ibpafic2(
      • yu x.
      • 羊毛A.R.
      • 鲁诗P.
      • Hao Y.H.
      • 格拉姆M.
      • 韦斯特科特N.
      • 公园J.
      • 王J.
      • 卞X.
      • Demirkan G.
      • orth K.
      • Labaer J.
      铜催化的叠氮化物 - 炔烃环加成(Click Chemistry)基于自组装人蛋白微阵列的全球病原体宿主淀粉化的检测。
      )。总的来说,人蛋白质组微阵列用作研究许多结合事件和酶底物关系的无偏的平台。
      人蛋白质组微阵列的两个主要药物应用是药物靶标鉴定(Fig. 1D)单克隆抗体(mAb)的特异性试验(Fig. 1H)。 Huprot用于鉴定砷,癌症药物和360个潜在粘合剂的靶标。氢醌酶被验证以结合砷,进一步显示该结合事件导致糖酵解的抑制(
      • 张H.N.
      • 杨L.
      • 玲j.y.
      • czajkowsky d.m.
      • 王J.F.
      • 张X.W.
      • 周y
      • GE F.
      • 杨米克。
      • 熊Q.
      • 郭S.J.
      • Le H.Y.
      • 吴S.F.
      • 燕W.
      • 刘B.
      • 朱H.
      • 陈祖
      • Tao S.C.
      砷结合蛋白的系统鉴定显示,砷酶-2被砷抑制。
      )。具有类似的策略,程 等等。 筛选了6-的目标O - angeloylplenolin,一种诱导细胞周期停滞的药物,并确定99个蛋白质。蛋白质SKP1和STAT3进一步验证以显示参与细胞周期骤停(
      • 郑X.
      • 刘Y.Q.
      • 王G.Z.
      • 杨L.N.
      • lu y.z.
      • 李X.c.
      • 周B.
      • qu l.w.
      • 王X.L.
      • 程Y.X.
      • 刘杰。
      • Tao S.C.
      • 周G.B.
      癌蛋白STAT3作为新型SKP1抑制剂的靶标蛋白质组态鉴定。
      )。因为基于MAB的生物学是增长最快的治疗方式之一,所以质量控制极为重要。然而,许多商业MAB呈现出质量差,仅在美国每年浪费3.5亿美元(
      • 布拉德伯里A.
      • Pluckthun A.
      再现性:标准化研究中使用的抗体。
      )。 Huprot阵列是筛选单声道特异性的理想平台(
      • michaud g.a.
      • Salcius M.
      • 周F.
      • Bangham R.
      • bon
      • 郭H.
      • 斯奈德米
      • predki p.f.
      • Schweitzer B.I.
      用全蛋白质组微阵列分析抗体特异性。
      )。因此,Venkataraman 等等。 建立了对转录因子的MAB的生产管道,并适应HUPROT作为特异性测试的主要验证工具(
      • Venkataraman A.
      • 杨克。
      • irizarry J.
      • Mackiewicz M.
      • Mita P.
      • 匡Z.
      • 薛L.
      • Ghosh D.
      • 刘S.
      • 拉莫斯P.
      • 胡斯
      • Bayron Kain D.
      • 克eg
      • 扫罗
      • Colantonio S.
      • 张H.
      • behn f.p.
      • 白化E.
      • Asencio L.
      • 拉莫斯L.
      • Lugo L.
      • 莫雷尔G.
      • Rivera J.
      • Ruiz K.
      • Almodovar R.
      • 纳扎拉省L.
      • 墨菲克。
      • vargas i.
      • Rivera-Pacheco Z.A.
      • 罗莎C.
      • vargas m.
      • McDade J.
      • 克拉克B.S.
      • yoo s.
      • Khambadkone S.G.
      • de melo J.
      • 甜丹科维奇
      • 姜L.
      • 李Y.
      • yap w.y.
      • 琼斯B.
      • Tandon A.
      • 坎贝尔E.
      • Montelione G.T.
      • 安德森S.
      • Myers r.m.
      • Boeke J.D.
      • Fenyo D.
      • Whiteley G.
      • 獾J.s.
      • Pino I.
      • eichinger d.j.
      • 朱H.
      • 黑人S.
      免疫沉淀级单克隆抗体对人转录因子的工具箱。
      )。在Huprot阵列上测试的5882种MAb中,2000年通过了特异性试验,其中1462年最终通过了基于二级细胞的验证,以便能够进行Western印迹分析和/或免疫沉淀。
      除了已经提到的蛋白质组微阵列也可以在基础研究中非常有用,例如拟南芥蛋白质组阵列(
      • Popescu S.C.
      • Popescu G.v.
      • 巴肯S.
      • 张Z.
      • Seay M.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      • Dinesh-Kumar S.P.
      钙调蛋白相关蛋白与高密度拟南芥蛋白微阵列揭示的靶向差异结合。
      )和MTB蛋白质组阵列(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )少数名称。 Popescu. 等等。 建立了拟南芥蛋白质组微阵列并分析了钙调蛋白和钙调蛋白样蛋白的结合(
      • Popescu S.C.
      • Popescu G.v.
      • 巴肯S.
      • 张Z.
      • Seay M.
      • Gerstein M.
      • 斯奈德米
      • Dinesh-Kumar S.P.
      钙调蛋白相关蛋白与高密度拟南芥蛋白微阵列揭示的靶向差异结合。
      )。邓 等等。 开发了MTB蛋白质组微阵列,并用它来鉴定PKNG的结合伴侣和第二信使循环二-MPP的蛋白质相互作用(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )。吴 等等。 在MTB蛋白质组阵列上探测11丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,并确定了具有1027个网络相互作用的492个结合蛋白(
      • wu f.l.
      • 刘Y.
      • 姜H.W.
      • 栾Y.Z.
      • 张H.N.
      • 他X.
      • 徐Z.W.
      • 侯J.L.
      • ji l.y.
      • 谢Z.
      • czajkowsky d.m.
      • 燕W.
      • 邓杰.Y.
      • BI L.J.
      • 张X.E.
      • Tao S.C.
      结核病M.结核病的Ser / Thr蛋白激酶蛋白质 - 蛋白质相互作用图。
      )。

       功能性蛋白微阵列在翻译研究中的应用

      血清生物标志物是各种自身免疫疾病,癌症和传染病中的诊断,预后和伴侣诊断的有价值的工具(
      • 黄扬
      • 朱H.
      蛋白质阵列的癌症生物标志物发现方法。
      ,
      • yu x.
      • 肉肝炎B.
      • Labaer J.
      用下一代蛋白质微阵列推进翻译研究。
      )。功能性蛋白质微阵列的早期应用之一是发现自身免疫疾病的新血清生物标志物,因为它们可以作为抗原测量平台来检测抗体组合物的细微变化。在一种疑虑的免疫系统中,通过体液免疫产生并与自抗原反应产生的抗体被称为自身抗体(AAB)。当功能性蛋白质阵列覆盖大部分人类蛋白质组时(例如 Huprot),通过用稀释的患者血清/等离子体样品探测阵列可以容易地检测特定AAB签名。当这种方法用于概况大群组的AAB签名时,随后的统计分析可以揭示与感兴趣疾病相关的潜在生物标志物(表III)。这种方法有三个主要优势。首先,患者样品易于获得和存储,因为它们主要是血清,血浆或体液的形式。其次,检测人蛋白质组阵列上的AAB是非常敏感和定量的,只需要几微升样品。最后,在可以识别症状之前可以检测到AAB的存在,使得提前诊断成为可能。
      表III用于生物标志物偶像的功能蛋白微阵列
      疾病/分类工具主要发现参考。
      自身免疫疾病
       Autoimmune hepatitis纯化5,011人类阵列验证3 AAB(
      • 宋Q.
      • 刘G.
      • 胡斯
      • 张Y.
      • 陶y
      • 韩义。
      • 曾H.
      • 黄W.
      • 李F.
      • 陈P.
      • 朱茹
      • 胡c.
      • 张某。
      • 李Y.
      • 朱H.
      • 吴L.
      采用蛋白质微阵列技术鉴定了新型自身免疫性肝炎特异性自身抗原。
      )
      纯化1,626人类阵列验证6个AAB(
      • Zingaretti C.
      • arigo m.
      • Cardaci A.
      • 莫罗米
      • Crasti M.
      • Sinisi A.
      • Sugliano E.
      • Cheroni C.
      • 玛拉贝塔
      • nogarotto r.
      • Bonnal R.J.
      • 马卡特利P.
      • Marconi M.
      • Zignego A.
      • Muratori P.
      • Invernizzi P.
      • Colombatto P.
      • Brunetto M.
      • 博诺芬
      • 德弗朗西斯科河
      • Geginat J.
      • Pagani M.
      • Muratori L.
      • Abrialigani S.
      • Bombaci M.
      通过蛋白质阵列鉴定新的自身抗原表明IL4中和在自身免疫性肝炎中的作用。
      )
       强直性脊柱炎nappa 3,498人识别一组AAB(
      • 赖特C.
      • Sibani S.
      • 特鲁德D.
      • 菲舍尔r.
      • Kessler B.
      • Labaer J.
      • 虚弱的P.
      利用核酸可编程蛋白阵列检测带状脊柱膜炎患者多重自身抗体。
      )
       Multiple sclerosis11,520 Prests阵列验证51 AAB(
      • Ayoglu B.
      • 哈格马斯A.
      • Khademi M.
      • Olsson T.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Nilsson P.
      使用人蛋白片段阵列进行多发性硬化症的自身抗体分析。
      )
      protoarray针对RBPJ验证CSF AAB(
      • Querol L.
      • 克拉克P.L.
      • Bailey M.A.
      • Cotsapas C.
      • 十字架。
      • Hafler D.A.
      • Kleinstein S.H.
      • Lee J.Y.
      • Yaari G.
      • 威利斯S.N.
      • O'Connor K.C.
      CSF的基于蛋白质阵列的分析识别RBPJ作为多发性硬化中的自身抗原。
      )
       Type 1 diabetesNappa 10,000人验证5个AAB(
      • 卞X.
      • Wasserfall C.
      • 壁板G.
      • 王J.
      • 王H.
      • 巴克K.
      • Schatz D.
      • 阿特金森米
      • 邱J.
      • Labaer J.
      使用蛋白质阵列跟踪1型糖尿病中的抗体免疫疫苗。
      )
       Alzheimer's diseaseprotoarray验证10 AAB(
      • Nagele E.
      • 韩米
      • Demarshall C.
      • Belinka B.
      • Nagele R.
      基于人血清疾病特异性自身抗体谱的阿尔茨海默病的诊断。
      )
       Rheumatoid arthritisprotoarray验证2个aabs.(
      • 埃腾I.
      • Balandraud N.
      • 拉克J.
      • 兰伯特N.
      • 马丁米
      • roudier J.
      类风湿性关节炎(RA)的新自身抗原:筛选8268蛋白阵列,患有RA患者的血清。
      )
       Sjögren's syndromeprotoarray验证4个唾液aabs(
      • 胡斯
      • Vissink A.
      • 阿勒拿诺M.
      • 罗佐卡尔C.
      • 周H.
      • Kallenberg C.G.
      • Wong D.T.
      用蛋白质微阵列鉴定原发性Sjogren综合征的自身抗体生物标志物。
      )
       原发性胆汁肝硬化HUPROT.验证6个AAB(
      • 胡c.j.
      • 黄W.
      • 刘G.Z.
      • 邓C.W.
      • 曾H.P.
      • 王L.
      • 张F.C.
      • 张X.
      • 河东J.s.
      • 黑人S.
      • 江L.Z.
      • 朱H.
      • 吴L.
      • 李y.z.
      使用人蛋白质组微阵列鉴定原发性胆汁肝硬化的新自身抗原。
      )
       肌营养的外侧硬化protoarray验证20个AAB(
      • 五月C.
      • Nordhoff E.
      • 卡尔干S.
      • Turewicz M.
      • 艾森凯母线
      • 金R.
      • 啰嗦
      • PESCH B.
      • Stephan C.
      • WOITALLA D.
      • 佩科斯B.
      • janaky t.
      • virok D.
      • Siklos L.
      • Engelhardt J.I.
      • Meyer H.E.
      高度免疫反应性IgG抗体针对蛋白阵列鉴定的肌萎缩侧硬化患者血清中的一组20人蛋白。
      )
       Male subfertilityprotoarray在前列腺中验证ABS对抗TGM4(
      • LANDEGREN N.
      • 沙龙D.
      • Shum A.K.
      • 汗I.S.
      • Fasano K.J.
      • Hallgren A.
      • Kampf C.
      • Freyhult E.
      • ardesjo-lundgren b.
      • Alimohammadi M.
      • Rathsman S.
      • Ludvigsson J.F.
      • Lundh D.
      • Motrich R.
      • Rivero V.
      • 奉式
      • Giwercman A.
      • Gustafsson J.
      • Perheentupa J.
      • Husebye E.S.
      • 安德森姆。
      • 斯奈德米
      • kampe O.
      转谷氨酰胺酶4作为雄性化学性的前列腺自身抗原。
      )
       幼年特发性关节炎Nappa 768人类识别18个AAB(
      • 吉布森D.S.
      • 邱J.
      • Mendoza E.A.
      • 巴克K.
      • 鲁尼M.E.
      • Labaer J.
      核酸可编程蛋白阵列幼年关节炎患者的循环和滑膜抗体分析。
      )
       Behcet's diseaseHUPROT.对CTDP1验证AAB(
      • 胡c.j.
      • 潘J.B.
      • wen x.t.
      • 吴Z.Y.
      • 陈S.
      • 莫瓦克斯。
      • 张F.C.
      • 钱J.
      • 朱H.
      • 李y.z.
      使用人蛋白质组微阵列方法鉴定Behcet疾病诊断的新型生物标志物。
      )
       Sarcoidosis3,072 priests阵列验证4 AAB(
      • 哈格马斯A.
      • 哈斯滕C.
      • Wiklundh E.
      • Lindskog C.
      • Mattsson C.
      • 安德森E.
      • Lundberg I.E.
      • Gronlund H.
      • Schwenk J.m.
      • EKLUND A.
      • Grunewald J.
      • Nilsson P.
      蛋白质组学分析揭示了结节病的自身免疫靶标。
      )
      癌症
       Ovarian cancer纯化5,005人类阵列验证4 AAB(
      • Hudson M.E.
      • Pozdnyakova I.
      • 海恩斯K.
      • 摩尔盖
      • 斯奈德米
      利用高密度蛋白微阵列鉴定卵巢癌中的差异表达蛋白质。
      )
      Nappa 5,177肿瘤抗原验证3 AAB(
      • 安德森·克斯。
      • 克莱默D.W.
      • Sibani S.
      • 壁板G.
      • Wong J.
      • 公园J.
      • 邱J.
      • Vitonis A.
      • Labaer J.
      卵巢癌血清学检测的自身抗体签名。
      )
       GliomaHUPROT.识别一组AAB(
      • Syed P.
      • Gupta S.
      • Choudhary S.
      • 潘达拉N.G.
      • ATAK A.
      • Richharia A.
      • 朱克..m.h.
      • epari s.
      • Noronha S.B.
      • Moiyadi A.
      • Srivastava S.
      胶质瘤血清样品的自身抗体分析,以鉴定使用人蛋白质组阵列的生物标志物。
      )
       Lung cancerHUPROT.验证3 AAB(
      • 潘J.
      • 陈德。
      • 李Y.
      • 刘S.
      • 胡斯
      • 罗莎C.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 朱H.
      • 钱J.
      • 黄扬
      用蛋白质阵列的方法鉴定血清生物标志物,用于使用蛋白质阵列的肺癌早期诊断。
      )
       Gastric cancerHUPROT.验证4 AAB(
      • 杨L.
      • 王J.
      • 李杰。
      • 张H.
      • 郭科
      • y
      • 朱诗。
      • 兰伯B.
      • 丁Y.
      • 徐M.
      • 李W.
      • 顾x。
      • QI C.
      • 朱H.
      • 邵Z.
      • 刘B.
      • Tao S.C.
      用人蛋白质组微阵列鉴定胃癌诊断的血清生物标志物。
      )
       Bladder cancerprotoarray验证2个aabs.(
      • orenes-pinero E.
      • BARDERAS R.
      • Rico D.
      • Casal J.I.
      • Gonzalez-Pisano D.
      • Navajo J.
      • 阿尔巴巴F.
      • Piulats J.M.
      • Sanchez-Carbayo M.
      膀胱癌组合蛋白质和组织阵列中的血清和组织分析。
      )
       Prostate cancer纯化123抗原验证3 AAB(
      • Adeola H.A.
      • 史密斯米
      • Kaestner L.
      • 布莱克本准噶。
      • Zerbini L.F.
      新型潜在血清学前列腺癌生物标志物在多元文化南非队列中使用CT100 +癌症抗原微阵列平台。
      )
       Colon cancerprotoarray验证3 AAB(
      • Babel I.
      • BARDERAS R.
      • Diaz -Uriarte R.
      • Martinez-Torrecuadrada J.L.
      • Sanchez-Carbayo M.
      • Casal J.I.
      使用高密度蛋白微阵列鉴定肿瘤相关自身抗原的血清结肠直肠癌的诊断。
      )
       Breast cancerNappa 4,988肿瘤抗原验证28 AAB(
      • 安德森·克斯。
      • Sibani S.
      • 壁板G.
      • 邱J.
      • Mendoza E.A.
      • Raphael J.
      • hainsworth E.
      • Montor W.R.
      • Wong J.
      • 公园J.G.
      • Lokko N.
      • logvinenko t.
      • Ramachandran N.
      • Godwin A.K.
      • 标记J.
      • ENGSTROM P.
      • Labaer J.
      自身抗体生物标志物的蛋白质微阵列签名用于早期检测乳腺癌。
      )
       myelodysplastic综合征HUPROT.验证3 AAB(
      • MIAS G.I.
      • 陈R.
      • 张Y.
      • Sridhar K.
      • 沙龙D.
      • 肖L.
      • 斯奈德M.P.
      • 格林伯格P.L.
      髓细胞增强综合征的特异性血浆自身抗体反应性。
      )
       MeningiomasHUPROT.识别一组AAB(
      • Gupta S.
      • Mukherjee S.
      • Syed P.
      • 潘达拉N.G.
      • Choudhary S.
      • 辛格v.a.
      • 辛格N.
      • 朱H.
      • epari s.
      • Noronha S.B.
      • Moiyadi A.
      • Srivastava S.
      使用人蛋白质组阵列的脑膜瘤患者自身抗体鉴定的评估。
      )
      传染性疾病
       Coronaviruses冠状病毒蛋白质组阵列识别一组ABS(
      • 朱H.
      • 胡斯
      • 乔纳G.
      • 朱克。
      • Kreiswirth N.
      • 威尔利下班
      • Mazzulli T.
      • 刘G.
      • 宋Q.
      • 陈P.
      • Cameron M.
      • 泰勒A.
      • 王J.
      • 陈W.
      • 康普顿S.
      • 斯奈德米
      使用冠状病毒蛋白微阵列进行严重的急性呼吸综合征诊断。
      )
       FlavivirusesZika /登革热蛋白质组阵列验证一组ABS(
      • rho h.S.
      • 潘J.
      • 拉莫斯P.
      • yoon k.j.
      • 麦地那F.A.
      • 李某。
      • Eichinger D.
      • 明g.l.
      • 慕尼州乔丹J.L.
      • 唐H.
      • Pino I.
      • 宋H.
      • 钱J.
      • 朱H.
      多路复用的生物标志物面板歧视Zika和Dengue病毒感染在人类中。
      )
      玉米菌菌纯化的MTB蛋白质组阵列确定14 ABS.(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      )
      Nappa 4,045 MTB.识别8 ABS(
      • 壁板G.
      • yu x.
      • 料斗M.
      • van duine J.
      • 钢铁J.
      • 公园J.
      • Wiktor P.
      • KAHN P.
      • 布伦纳A.
      • 威尔逊D.
      • jenny-avital e.r.
      • 邱J.
      • Labaer J.
      • Magee D.M.
      • Achkar J.M.
      使用高密度核酸可编程蛋白阵列鉴定结核血清学的抗体靶标。
      )
       Varicella带状疱疹病毒nappa 69 vzv.识别19 ABS.(
      • Ceroni A.
      • Sibani S.
      • Baiker A.
      • pothineni v.r.
      • Bailer S.M.
      • Labaer J.
      • 哈斯J.
      • 坎贝尔C.J.
      利用自组装蛋白微阵列对瓦氏菌扎带病毒(VZV)的IgG抗体免疫应答的系统分析。
      )
      P.铜绿假单胞菌Nappa 262. P.铜绿假单胞菌识别12 ABS(
      • Montor W.R.
      • 黄杰。
      • 胡Y.
      • hainsworth E.
      • 林奇S.
      • 克朗J.W.
      • ORDONEZ C.L.
      • logvinenko t.
      • 洛里斯。
      • Labaer J.
      自组装蛋白微阵列的全基因组铜绿假单胞菌外膜蛋白免疫原性研究。
      )
       Herpes simplex virusHSV-1&2 proteome array验证2 ABS(
      • Kalantari-dehaghi M.
      • 春S.
      • chentoufi a.a.
      • Pablo J.
      • 梁L.
      • Dasgupta G.
      • 莫里纳D.M.
      • Jasinskas A.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • Felgner J.
      • Hermanson G.
      • 本姆霍夫的L.
      • Felgner P.L.
      • 戴维斯D.H.
      通过蛋白质组级抗体分析发现疱疹病毒1和2中潜在的诊断和疫苗抗原。
      )
      L. interrogans.IVTT. 3,359. L. interrogans. array识别191 ABS.(
      • 保险费-Anquino C.
      • WUNDER JR,E.A.
      • Lindow J.C.
      • Rodrigues C.B.
      • Pablo J.
      • Nakajima R.
      • Jasinskas A.
      • 梁L.
      • 雷斯米斯。
      • ko a.i.
      • medeiros m.a.
      • Felgner P.L.
      蛋白质组学特征预测钩端子病变患者对乳化术抗原的Serorealctivity。
      )
      S. Typhi.IVTT. 2,724. S. Typhi. array识别93 ABS.(
      • 梁L.
      • Juarez S.
      • nga t.v.
      • Dunstan S.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • 戴维斯D.H.
      • 麦克森州S.
      • 贝克S.
      • Felgner P.L.
      用沙门氏菌抗原微阵列免疫分析鉴定了人类伤寒的新诊断生物标志物。
      )
      B. Melitensis.IVTT. 3,046 B. Melitensis. array识别33 ABS.(
      • 梁L.
      • 棕褐色X.
      • Juarez S.
      • Villaverde H.
      • Pablo J.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • getuzzo e。
      • SAITO M.
      • Hermanson G.
      • 莫里纳D.
      • Felgner S.
      • 明天W.J.
      • 梁X.
      • Gilman R.H.
      • 戴维斯D.H.
      • Tsolis r.m.
      • Vinetz J.M.
      • Felgner P.L.
      系统生物学方法预测人类中的布鲁氏菌甜发菌感染相关的抗体鉴定。
      )
       Human papillomavirusIVTT. 104 HPV阵列识别癌症中的E7 AB(
      • Luevano M.
      • 伯纳德H.U.
      • Barrera-Saldana H.A.
      • Tevino V.
      • 加西亚卡乐卡A.
      • Villa L.L.
      • 僧侣B.J.
      • 棕褐色X.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      • Kalantari M.
      蛋白质组微阵列对13例人乳头瘤病毒类型的体液免疫应答的高通量分析。
      )
      C.老年人IVTT. 451. C.老年人 array识别13 ABS.(
      • 摩尔松A.B.
      • jin y。
      • Kayala M.A.
      • Wingard J.R.
      • Clancy C.J.
      • nguyen M.H.
      • Felgner P.
      • Baldi P.
      • 刘H.
      念珠菌蛋白质微阵列的血清学分析显示念珠菌期间的永久性宿主病原体和阶段特异性反应。
      )
      F. Tularensis.IVTT. 1,741. F. Tularensis. array识别15 ABS.(
      • Sundaresh S.
      • 兰德尔A.
      • Unal B.
      • Petersen J.m.
      • Belisle J.T.
      • 哈特利M.G.
      • Duffield M.
      • Titball R.W.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      • Baldi P.
      从蛋白质微阵列到诊断抗原发现:对病原体Francisella Tularensis的研究。
      )
      其他疾病
       Asthmaprotoarray验证4 AAB(
      • 刘M.
      • Subramanian V.
      • 克里斯蒂C.
      • Castro M.
      • Mohanakumar T.
      对哮喘患者中自我抗原的免疫应答:临床和免疫病理学影响。
      )
       Kawasaki disease大肠杆菌 proteome array验证一组AAB(
      • Kuo H.C.
      • 黄玉..
      • 钟F.H.
      • 陈P.C.
      • Sung T.C.
      • 陈雅..
      • Hsieh K.S.
      • 陈C.S.
      • SYU G.D.
      川崎病使用大肠杆菌蛋白质组微阵列的抗体仿曲面。
      )
       Preeclampsia大肠杆菌 proteome array验证5个AAB(
      • HSU T.Y.
      • 林准事
      • nguyen M.T.
      • 钟F.H.
      • Tsai C.C.
      • 程H.H.
      • 赖Y.J.
      • 洪H.N.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌蛋白质组芯片的生态酰脲血浆抗体预抗原分析。
      )
       Bipolar disorder大肠杆菌 proteome array验证6个AAB(
      • 陈P.C.
      • SYU G.D.
      • Chung K.H.
      • Ho Y.H.
      • 钟F.H.
      • 陈P.H.
      • 林准事
      • 陈雅..
      • 蔡S.Y.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌蛋白质组微阵列双极性疾病的抗体分析。
      )
       Parkinson's diseaseprotoarray验证10 AAB(
      • 韩米
      • Nagele E.
      • Demarshall C.
      • ACHAREA N.
      • Nagele R.
      基于疾病特异性自身抗体谱的人血清诊断帕金森病的诊断。
      )
       Osteoarthritis3,840 priests阵列验证一组AAB(
      • 亨杰F.
      • Louriido L.
      • Ruiz-Romero C.
      • Fernandez-Tajes J.
      • Schwenk J.m.
      • Gonzalez-Gonzalez M.
      • Blanco F.J.
      • Nilsson P.
      • Fuentes M.
      综合蛋白阵列概念分析骨关节炎的自身抗体谱。
      )
       慢性肾病protoarray验证4 AAB(
      • Butte A.J.
      • Sigdel T.K.
      • Wadia P.P.
      • miklos d.b.
      • Sarwal M.M.
      蛋白质微阵列将血管紧张素和PRKRIP1作为慢性肾病中的自身抗体的新靶标。
      )
       炎症性肠病protoarray对FAM84A验证AAB(
      • vermeulen n。
      • de beeck k.o.
      • vermeire s.
      • 梵蒂森K.
      • Michiels G.
      • 芭蕾舞曲V.
      • Rutgeerts P.
      • Bossuyt X.
      蛋白质微阵列鉴定炎症性肠病中新型自身抗原。
      )
      大肠杆菌 proteome array识别一组AAB(
      • 陈C.S.
      • 沙利文S.
      • 安德森T.
      • Tan A.C.
      • Alex P.J.
      • Brant S.R.
      • 搭配C.
      • 贝瑞尔下午
      • TAROR M.V.
      • Burek C.L.
      • 王H.
      • 李R.
      • Datta L.W.
      • 吴y.
      • winslow r.l.
      • 朱H.
      • 李X.
      大肠杆菌蛋白质组芯片鉴定炎症肠疾病的新型血清生物标志物。
      )
       Meniere's diseaseprotoarray识别18个AAB(
      • 金S.H.
      • Kim J.Y.
      • 李H.J.
      • GI M.
      • Kim B.G.
      • Choi J.Y.
      自身免疫作为脑膜炎疾病病因发生的候选者:检测自身免疫反应和诊断生物标志物候选者。
      )
       慢性幽默排斥protoarray没有共同的aabs.(
      • Porcheray F.
      • Devito J.
      • yeap b.y.
      • 薛L.
      • 达尔古尔我。
      • 潘恩·
      • Girouard T.C.
      • S.MAN S.L.
      • COLVIN R.B.
      • 黄W.
      • Zorn E.
      人肾同种异体移植物的慢性幽默抑制伴有广泛的自身抗体反应。
      )
      aabs =自身抗体。 AABS如果没有指定,它们来自血液。 IVTT = 体外 转录和翻译。
      人蛋白质组微阵列已被用于鉴定超过13个自身免疫疾病的诊断AAB,包括自身免疫性肝炎(
      • Zingaretti C.
      • arigo m.
      • Cardaci A.
      • 莫罗米
      • Crasti M.
      • Sinisi A.
      • Sugliano E.
      • Cheroni C.
      • 玛拉贝塔
      • nogarotto r.
      • Bonnal R.J.
      • 马卡特利P.
      • Marconi M.
      • Zignego A.
      • Muratori P.
      • Invernizzi P.
      • Colombatto P.
      • Brunetto M.
      • 博诺芬
      • 德弗朗西斯科河
      • Geginat J.
      • Pagani M.
      • Muratori L.
      • Abrialigani S.
      • Bombaci M.
      通过蛋白质阵列鉴定新的自身抗原表明IL4中和在自身免疫性肝炎中的作用。
      ,
      • 宋Q.
      • 刘G.
      • 胡斯
      • 张Y.
      • 陶y
      • 韩义。
      • 曾H.
      • 黄W.
      • 李F.
      • 陈P.
      • 朱茹
      • 胡c.
      • 张某。
      • 李Y.
      • 朱H.
      • 吴L.
      采用蛋白质微阵列技术鉴定了新型自身免疫性肝炎特异性自身抗原。
      ), 强直性脊柱炎 (
      • 赖特C.
      • Sibani S.
      • 特鲁德D.
      • 菲舍尔r.
      • Kessler B.
      • Labaer J.
      • 虚弱的P.
      利用核酸可编程蛋白阵列检测带状脊柱膜炎患者多重自身抗体。
      ), 多发性硬化症 (
      • Ayoglu B.
      • 哈格马斯A.
      • Khademi M.
      • Olsson T.
      • Uhlen M.
      • Schwenk J.m.
      • Nilsson P.
      使用人蛋白片段阵列进行多发性硬化症的自身抗体分析。
      ,
      • Querol L.
      • 克拉克P.L.
      • Bailey M.A.
      • Cotsapas C.
      • 十字架。
      • Hafler D.A.
      • Kleinstein S.H.
      • Lee J.Y.
      • Yaari G.
      • 威利斯S.N.
      • O'Connor K.C.
      CSF的基于蛋白质阵列的分析识别RBPJ作为多发性硬化中的自身抗原。
      ),1型糖尿病(
      • 卞X.
      • Wasserfall C.
      • 壁板G.
      • 王J.
      • 王H.
      • 巴克K.
      • Schatz D.
      • 阿特金森米
      • 邱J.
      • Labaer J.
      使用蛋白质阵列跟踪1型糖尿病中的抗体免疫疫苗。
      ), 阿尔茨海默氏病 (
      • Nagele E.
      • 韩米
      • Demarshall C.
      • Belinka B.
      • Nagele R.
      基于人血清疾病特异性自身抗体谱的阿尔茨海默病的诊断。
      ), 类风湿关节炎 (
      • 埃腾I.
      • Balandraud N.
      • 拉克J.
      • 兰伯特N.
      • 马丁米
      • roudier J.
      类风湿性关节炎(RA)的新自身抗原:筛选8268蛋白阵列,患有RA患者的血清。
      )Sjögren在唾液中的综合症(
      • 胡斯
      • Vissink A.
      • 阿勒拿诺M.
      • 罗佐卡尔C.
      • 周H.
      • Kallenberg C.G.
      • Wong D.T.
      用蛋白质微阵列鉴定原发性Sjogren综合征的自身抗体生物标志物。
      ),原代胆汁肝硬化(
      • 胡c.j.
      • 黄W.
      • 刘G.Z.
      • 邓C.W.
      • 曾H.P.
      • 王L.
      • 张F.C.
      • 张X.
      • 河东J.s.
      • 黑人S.
      • 江L.Z.
      • 朱H.
      • 吴L.
      • 李y.z.
      使用人蛋白质组微阵列鉴定原发性胆汁肝硬化的新自身抗原。
      ),肌营养的外侧硬化(
      • 五月C.
      • Nordhoff E.
      • 卡尔干S.
      • Turewicz M.
      • 艾森凯母线
      • 金R.
      • 啰嗦
      • PESCH B.
      • Stephan C.
      • WOITALLA D.
      • 佩科斯B.
      • janaky t.
      • virok D.
      • Siklos L.
      • Engelhardt J.I.
      • Meyer H.E.
      高度免疫反应性IgG抗体针对蛋白阵列鉴定的肌萎缩侧硬化患者血清中的一组20人蛋白。
      ),雄性化学者(
      • LANDEGREN N.
      • 沙龙D.
      • Shum A.K.
      • 汗I.S.
      • Fasano K.J.
      • Hallgren A.
      • Kampf C.
      • Freyhult E.
      • ardesjo-lundgren b.
      • Alimohammadi M.
      • Rathsman S.
      • Ludvigsson J.F.
      • Lundh D.
      • Motrich R.
      • Rivero V.
      • 奉式
      • Giwercman A.
      • Gustafsson J.
      • Perheentupa J.
      • Husebye E.S.
      • 安德森姆。
      • 斯奈德米
      • kampe O.
      转谷氨酰胺酶4作为雄性化学性的前列腺自身抗原。
      ), 幼年特发性关节炎 (
      • 吉布森D.S.
      • 邱J.
      • Mendoza E.A.
      • 巴克K.
      • 鲁尼M.E.
      • Labaer J.
      核酸可编程蛋白阵列幼年关节炎患者的循环和滑膜抗体分析。
      ),Behcet的疾病(
      • 胡c.j.
      • 潘J.B.
      • wen x.t.
      • 吴Z.Y.
      • 陈S.
      • 莫瓦克斯。
      • 张F.C.
      • 钱J.
      • 朱H.
      • 李y.z.
      使用人蛋白质组微阵列方法鉴定Behcet疾病诊断的新型生物标志物。
      )和结节病(
      • 哈格马斯A.
      • 哈斯滕C.
      • Wiklundh E.
      • Lindskog C.
      • Mattsson C.
      • 安德森E.
      • Lundberg I.E.
      • Gronlund H.
      • Schwenk J.m.
      • EKLUND A.
      • Grunewald J.
      • Nilsson P.
      蛋白质组学分析揭示了结节病的自身免疫靶标。
      )。对于生物标志物鉴定,必须包括用于无偏筛选的最全面的人类蛋白质组收集,并使用额外的群组验证候选生物标志物以避免过度装备。这些要求通常会导致生物标志物研究的高价标签。歌曲 等等。 制定了通过将流程分为两个阶段来克服这个问题的策略。在I阶段,也称为生物标志物发现或筛选步骤,它们使用Huprot阵列从22例自身免疫性肝炎(AIH)患者和30名健康对照中的少量血清中调查AAB。在这种阶段,它们将数千个人类蛋白质缩小到11个候选自身抗原。在II期,也称为生物标记验证或验证步骤,它们用11个候选抗原制造了一种聚焦抗原阵列,以在44岁患者,50例健康对照组44岁的血清组成的血清中的较大群体中进行调查AAB和184名患者其他自身免疫性疾病作为疾病比较组。通过这种两相策略,它们鉴定并验证了三种新的抗原,RPS20,秃鹰样和杜蛋白酶,作为AIH的高度特异性生物标志物(
      • 宋Q.
      • 刘G.
      • 胡斯
      • 张Y.
      • 陶y
      • 韩义。
      • 曾H.
      • 黄W.
      • 李F.
      • 陈P.
      • 朱茹
      • 胡c.
      • 张某。
      • 李Y.
      • 朱H.
      • 吴L.
      采用蛋白质微阵列技术鉴定了新型自身免疫性肝炎特异性自身抗原。
      )。
      在翻译癌症研究中,重要的是识别早期诊断标志物,以允许早期治疗和干预。人类蛋白质组阵列广泛用于在10种癌症类型中剖面,包括卵巢癌(
      • Hudson M.E.
      • Pozdnyakova I.
      • 海恩斯K.
      • 摩尔盖
      • 斯奈德米
      利用高密度蛋白微阵列鉴定卵巢癌中的差异表达蛋白质。
      ,
      • 安德森·克斯。
      • 克莱默D.W.
      • Sibani S.
      • 壁板G.
      • Wong J.
      • 公园J.
      • 邱J.
      • Vitonis A.
      • Labaer J.
      卵巢癌血清学检测的自身抗体签名。
      ),胶质瘤(
      • Syed P.
      • Gupta S.
      • Choudhary S.
      • 潘达拉N.G.
      • ATAK A.
      • Richharia A.
      • 朱克..m.h.
      • epari s.
      • Noronha S.B.
      • Moiyadi A.
      • Srivastava S.
      胶质瘤血清样品的自身抗体分析,以鉴定使用人蛋白质组阵列的生物标志物。
      ),肺癌(
      • 潘J.
      • 陈德。
      • 李Y.
      • 刘S.
      • 胡斯
      • 罗莎C.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 朱H.
      • 钱J.
      • 黄扬
      用蛋白质阵列的方法鉴定血清生物标志物,用于使用蛋白质阵列的肺癌早期诊断。
      ), 胃癌 (
      • 杨L.
      • 王J.
      • 李杰。
      • 张H.
      • 郭科
      • y
      • 朱诗。
      • 兰伯B.
      • 丁Y.
      • 徐M.
      • 李W.
      • 顾x。
      • QI C.
      • 朱H.
      • 邵Z.
      • 刘B.
      • Tao S.C.
      用人蛋白质组微阵列鉴定胃癌诊断的血清生物标志物。
      ), 膀胱癌 (
      • orenes-pinero E.
      • BARDERAS R.
      • Rico D.
      • Casal J.I.
      • Gonzalez-Pisano D.
      • Navajo J.
      • 阿尔巴巴F.
      • Piulats J.M.
      • Sanchez-Carbayo M.
      膀胱癌组合蛋白质和组织阵列中的血清和组织分析。
      ), 前列腺癌 (
      • Adeola H.A.
      • 史密斯米
      • Kaestner L.
      • 布莱克本准噶。
      • Zerbini L.F.
      新型潜在血清学前列腺癌生物标志物在多元文化南非队列中使用CT100 +癌症抗原微阵列平台。
      ), 结肠癌 (
      • Babel I.
      • BARDERAS R.
      • Diaz -Uriarte R.
      • Martinez-Torrecuadrada J.L.
      • Sanchez-Carbayo M.
      • Casal J.I.
      使用高密度蛋白微阵列鉴定肿瘤相关自身抗原的血清结肠直肠癌的诊断。
      ), 乳腺癌 (
      • 安德森·克斯。
      • Sibani S.
      • 壁板G.
      • 邱J.
      • Mendoza E.A.
      • Raphael J.
      • hainsworth E.
      • Montor W.R.
      • Wong J.
      • 公园J.G.
      • Lokko N.
      • logvinenko t.
      • Ramachandran N.
      • Godwin A.K.
      • 标记J.
      • ENGSTROM P.
      • Labaer J.
      自身抗体生物标志物的蛋白质微阵列签名用于早期检测乳腺癌。
      ),myelodysplastic综合征(
      • MIAS G.I.
      • 陈R.
      • 张Y.
      • Sridhar K.
      • 沙龙D.
      • 肖L.
      • 斯奈德M.P.
      • 格林伯格P.L.
      髓细胞增强综合征的特异性血浆自身抗体反应性。
      )和脑膜瘤(
      • Gupta S.
      • Mukherjee S.
      • Syed P.
      • 潘达拉N.G.
      • Choudhary S.
      • 辛格v.a.
      • 辛格N.
      • 朱H.
      • epari s.
      • Noronha S.B.
      • Moiyadi A.
      • Srivastava S.
      使用人蛋白质组阵列的脑膜瘤患者自身抗体鉴定的评估。
      )。 orenes-pinero. 等等。 在原型进行血清分析,并确定了与膀胱癌相关的171个自身抗原。它们通过使用癌组织阵列验证了选定的候选者,并确认发动机不仅是一种自身抗原生物标志物,而且还与差的存活率有关(
      • orenes-pinero E.
      • BARDERAS R.
      • Rico D.
      • Casal J.I.
      • Gonzalez-Pisano D.
      • Navajo J.
      • 阿尔巴巴F.
      • Piulats J.M.
      • Sanchez-Carbayo M.
      膀胱癌组合蛋白质和组织阵列中的血清和组织分析。
      )。
      关于传染病,使用蛋白质微阵列的目的与自身免疫疾病或癌症完全不同,因为传染病中的血清抗体是正常免疫应答的一部分。蛋白质微阵列可用于研究传染病的方式包括血清型,鉴定预后的标志物,并鉴定用于疫苗发育的免疫原性蛋白质。为了服务于这些目的,必须根据所研究的病原体量身定制蛋白质阵列。通过对血清抗体进行分析血清抗体来应用Nappa技术对疫苗开发 P.铜绿假单胞菌 在水痘 - 带状疱疹病毒蛋白质组阵列(
      • Montor W.R.
      • 黄杰。
      • 胡Y.
      • hainsworth E.
      • 林奇S.
      • 克朗J.W.
      • ORDONEZ C.L.
      • logvinenko t.
      • 洛里斯。
      • Labaer J.
      自组装蛋白微阵列的全基因组铜绿假单胞菌外膜蛋白免疫原性研究。
      ,
      • Ceroni A.
      • Sibani S.
      • Baiker A.
      • pothineni v.r.
      • Bailer S.M.
      • Labaer J.
      • 哈斯J.
      • 坎贝尔C.J.
      利用自组装蛋白微阵列对瓦氏菌扎带病毒(VZV)的IgG抗体免疫应答的系统分析。
      )。因为 体外 表达阵列更灵活,大多数病原体蛋白阵列采用IVTT或Nappa建造。这种阵列包括MTB(
      • 壁板G.
      • yu x.
      • 料斗M.
      • van duine J.
      • 钢铁J.
      • 公园J.
      • Wiktor P.
      • KAHN P.
      • 布伦纳A.
      • 威尔逊D.
      • jenny-avital e.r.
      • 邱J.
      • Labaer J.
      • Magee D.M.
      • Achkar J.M.
      使用高密度核酸可编程蛋白阵列鉴定结核血清学的抗体靶标。
      ),VariCella带状疱疹病毒(
      • Ceroni A.
      • Sibani S.
      • Baiker A.
      • pothineni v.r.
      • Bailer S.M.
      • Labaer J.
      • 哈斯J.
      • 坎贝尔C.J.
      利用自组装蛋白微阵列对瓦氏菌扎带病毒(VZV)的IgG抗体免疫应答的系统分析。
      ), P.铜绿假单胞菌 (
      • Montor W.R.
      • 黄杰。
      • 胡Y.
      • hainsworth E.
      • 林奇S.
      • 克朗J.W.
      • ORDONEZ C.L.
      • logvinenko t.
      • 洛里斯。
      • Labaer J.
      自组装蛋白微阵列的全基因组铜绿假单胞菌外膜蛋白免疫原性研究。
      ), L. interrogans. (
      • 保险费-Anquino C.
      • WUNDER JR,E.A.
      • Lindow J.C.
      • Rodrigues C.B.
      • Pablo J.
      • Nakajima R.
      • Jasinskas A.
      • 梁L.
      • 雷斯米斯。
      • ko a.i.
      • medeiros m.a.
      • Felgner P.L.
      蛋白质组学特征预测钩端子病变患者对乳化术抗原的Serorealctivity。
      ), S. Typhi. (
      • 梁L.
      • Juarez S.
      • nga t.v.
      • Dunstan S.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • 戴维斯D.H.
      • 麦克森州S.
      • 贝克S.
      • Felgner P.L.
      用沙门氏菌抗原微阵列免疫分析鉴定了人类伤寒的新诊断生物标志物。
      ), B. Melitensis. (
      • 梁L.
      • 棕褐色X.
      • Juarez S.
      • Villaverde H.
      • Pablo J.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • getuzzo e。
      • SAITO M.
      • Hermanson G.
      • 莫里纳D.
      • Felgner S.
      • 明天W.J.
      • 梁X.
      • Gilman R.H.
      • 戴维斯D.H.
      • Tsolis r.m.
      • Vinetz J.M.
      • Felgner P.L.
      系统生物学方法预测人类中的布鲁氏菌甜发菌感染相关的抗体鉴定。
      ), 人乳头瘤病毒 (
      • Luevano M.
      • 伯纳德H.U.
      • Barrera-Saldana H.A.
      • Tevino V.
      • 加西亚卡乐卡A.
      • Villa L.L.
      • 僧侣B.J.
      • 棕褐色X.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      • Kalantari M.
      蛋白质组微阵列对13例人乳头瘤病毒类型的体液免疫应答的高通量分析。
      ), C.老年人 (
      • 摩尔松A.B.
      • jin y。
      • Kayala M.A.
      • Wingard J.R.
      • Clancy C.J.
      • nguyen M.H.
      • Felgner P.
      • Baldi P.
      • 刘H.
      念珠菌蛋白质微阵列的血清学分析显示念珠菌期间的永久性宿主病原体和阶段特异性反应。
      ), 和 F. Tularensis. (
      • Sundaresh S.
      • 兰德尔A.
      • Unal B.
      • Petersen J.m.
      • Belisle J.T.
      • 哈特利M.G.
      • Duffield M.
      • Titball R.W.
      • 戴维斯D.H.
      • Felgner P.L.
      • Baldi P.
      从蛋白质微阵列到诊断抗原发现:对病原体Francisella Tularensis的研究。
      )。少数病原体蛋白阵列从酵母纯化,包括MTB(
      • 邓杰。
      • BI L.
      • 周L.
      • 郭S.J.
      • 弗莱明J.
      • 姜H.W.
      • 周Y.
      • 顾J.
      • 钟Q.
      • 王Z.X.
      • 刘Z.
      • 邓R.P.
      • 高J.
      • 陈T.
      • 李W.
      • 王J.F.
      • 王X.
      • 李H.
      • GE F.
      • 朱G.
      • 张H.N.
      • 顾J.
      • wu f.l.
      • 张Z.
      • 王D.
      • 李Y.
      • 程L.
      • 他X.
      • Tao S.C.
      • 张X.E.
      结核分枝杆菌蛋白质组微阵列,用于蛋白质功能和免疫原性的全球研究。
      ),黄病毒(
      • rho h.S.
      • 潘J.
      • 拉莫斯P.
      • yoon k.j.
      • 麦地那F.A.
      • 李某。
      • Eichinger D.
      • 明g.l.
      • 慕尼州乔丹J.L.
      • 唐H.
      • Pino I.
      • 宋H.
      • 钱J.
      • 朱H.
      多路复用的生物标志物面板歧视Zika和Dengue病毒感染在人类中。
      )和疱疹单纯疱疹病毒(
      • Kalantari-dehaghi M.
      • 春S.
      • chentoufi a.a.
      • Pablo J.
      • 梁L.
      • Dasgupta G.
      • 莫里纳D.M.
      • Jasinskas A.
      • Nakajima-Sasaki R.
      • Felgner J.
      • Hermanson G.
      • 本姆霍夫的L.
      • Felgner P.L.
      • 戴维斯D.H.
      通过蛋白质组级抗体分析发现疱疹病毒1和2中潜在的诊断和疫苗抗原。
      )。
      还可以使用蛋白质微阵列检查免疫应答改变的其他疾病,以鉴定与疾病相关的AAB。迄今为止,使用蛋白质微阵列(包括哮喘)发现了九种炎症性疾病。
      • 刘M.
      • Subramanian V.
      • 克里斯蒂C.
      • Castro M.
      • Mohanakumar T.
      对哮喘患者中自我抗原的免疫应答:临床和免疫病理学影响。
      ),川崎病(
      • Kuo H.C.
      • 黄玉..
      • 钟F.H.
      • 陈P.C.
      • Sung T.C.
      • 陈雅..
      • Hsieh K.S.
      • 陈C.S.
      • SYU G.D.
      川崎病使用大肠杆菌蛋白质组微阵列的抗体仿曲面。
      ),Preclampsia(
      • HSU T.Y.
      • 林准事
      • nguyen M.T.
      • 钟F.H.
      • Tsai C.C.
      • 程H.H.
      • 赖Y.J.
      • 洪H.N.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌蛋白质组芯片的生态酰脲血浆抗体预抗原分析。
      ), 躁郁症 (
      • 陈P.C.
      • SYU G.D.
      • Chung K.H.
      • Ho Y.H.
      • 钟F.H.
      • 陈P.H.
      • 林准事
      • 陈雅..
      • 蔡S.Y.
      • 陈C.S.
      使用大肠杆菌蛋白质组微阵列双极性疾病的抗体分析。
      ),帕金森病(
      • 韩米
      • Nagele E.
      • Demarshall C.
      • ACHAREA N.
      • Nagele R.
      基于疾病特异性自身抗体谱的人血清诊断帕金森病的诊断。
      ),骨关节炎(
      • 亨杰F.
      • Louriido L.
      • Ruiz-Romero C.
      • Fernandez-Tajes J.
      • Schwenk J.m.
      • Gonzalez-Gonzalez M.
      • Blanco F.J.
      • Nilsson P.
      • Fuentes M.
      综合蛋白阵列概念分析骨关节炎的自身抗体谱。
      ),慢性肾病(
      • Butte A.J.
      • Sigdel T.K.
      • Wadia P.P.
      • miklos d.b.
      • Sarwal M.M.
      蛋白质微阵列将血管紧张素和PRKRIP1作为慢性肾病中的自身抗体的新靶标。
      ),炎症性肠病(
      • vermeulen n。
      • de beeck k.o.
      • vermeire s.
      • 梵蒂森K.
      • Michiels G.
      • 芭蕾舞曲V.
      • Rutgeerts P.
      • Bossuyt X.
      蛋白质微阵列鉴定炎症性肠病中新型自身抗原。
      ,
      • 陈C.S.
      • 沙利文S.
      • 安德森T.
      • Tan A.C.
      • Alex P.J.
      • Brant S.R.
      • 搭配C.
      • 贝瑞尔下午
      • TAROR M.V.
      • Burek C.L.
      • 王H.
      • 李R.
      • Datta L.W.
      • 吴y.
      • winslow r.l.
      • 朱H.
      • 李X.
      大肠杆菌蛋白质组芯片鉴定炎症肠疾病的新型血清生物标志物。
      )和meniere的疾病(
      • 金S.H.
      • Kim J.Y.
      • 李H.J.
      • GI M.
      • Kim B.G.
      • Choi J.Y.
      自身免疫作为脑膜炎疾病病因发生的候选者:检测自身免疫反应和诊断生物标志物候选者。
      )。

       GPCR-vird微阵列

      GPCRS形成人类最大的跨膜蛋白家族,由七个跨膜结构域组成。这种复杂的结构允许GPCR与各种配体结合,从质子,ATP,氨基酸,肽,蛋白质和许多其他未识别的配体的范围内结合。迄今为止,〜40%的FDA批准的药物靶向GPCR。因为需要脂质双层来维持GPCR的构象,所以纯化尝试经常破坏GPCR构象。克服这个障碍,胡 等等。 通过用编码人跨膜蛋白的ORF替换疱疹病毒-1(HSV-1)中的病毒包络基因来开发vird技术。来自哺乳动物细胞的这种重组病毒的生产使人受体嵌入病毒包膜中,具有正确的构象和功能(
      • 胡斯
      • 冯Y.
      • 亨森B.
      • 王B.
      • 黄X.
      • 李米
      • Desai P.
      • 朱H.
      vird:用于分析功能膜蛋白的病毒序列显示阵列。
      )。更重要的是,这些重组病毒在载玻片上排列,以促进高通量筛选。 SYU 等等。 消耗了vird技术以覆盖大部分非气味gpcrs(例如 315)进一步生化审讯(
      • SYU G.D.
      • 王S.C.
      • 马G.
      • 刘S.
      • Pearce D.
      • Prakash A.
      • 亨森B.
      • 翁路。
      • Ghosh D.
      • 拉莫斯P.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 董X.
      • 肖J.
      • 王S.
      • Kim K.S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      高含量Virion显示人GPCR阵列的开发和应用。
      )。我们证明GPCR-VIRD阵列可用于剖面特异性mAb(Fig. 2A)。在测试的20种商业mAb中,确定了10mAb待定的超特异性。其余的要么未能完全显示特异性,或者至少有几个偏离目标。有趣的是,所有有四种MAb都显示出中和活性的,在GPCR-VIRD阵列上被显示为超特异性。接下来,我们用已知的配体进行了特异性测试( Fig. 2B)并揭示了肽激素,生长抑制菌素-14的几个偏离目标。用Viriv Nano-振荡器验证了两种选择的偏离目标,用于实时和无标记检测(
      • 马G.
      • SYU G.D.
      • 山X.
      • 亨森B.
      • 王S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      使用病毒纳米振荡器测量配体与膜蛋白的配体粘合剂。
      )并且显示出显着的结合亲和力。最后,我们探讨了GPCR-VIRD阵列,临床菌株参与新生儿脑膜炎(B组 链球菌 K79)并确定了五个潜在的GPCR目标(Fig. 2C)。 Cysltr1进一步验证 体外体内 作为K79入侵的宿主受体。我们认为vird阵列是一种强大的平台,用于概况多种膜蛋白质相互作用。
      图缩略图GR2.
      Fig. 2GPCR的应用 - vir离子 Display(vird)微阵列。 315非气味GPCR展示在HSV-1信封上,以维持天然构象并形成全球最大的功能GPCR-VIRD阵列。 GPCR-VIRD阵列可用于筛选高度特定的生物学(A),配体(B),小分子药物(B)和病原体受体(C)。

       未来发展方向

      膜蛋白是最重要的蛋白质类别之一,因为它们在许多生物过程中发挥着重要作用,例如信号转导,细胞识别,细胞 - 细胞通信,运输和锚地,以命名几个。非常希望开发用于功能膜蛋白的高含量和高通量平台,以实现配体,生物和小分子药物的有意义的筛选。迄今为止,已经开发了许多方法以保持膜蛋白的天然构象,包括纳米蛋白(
      • Nath A.
      • 阿斯金斯下午
      • sligar s.g.
      磷脂双层纳米乳蛋白在膜膜和膜蛋白研究中的应用。
      ),MacroDiscs(
      • 公园S.H.
      • Berkamp S.
      • 厨师g.a.
      • Chan M.K.
      • Viadiu H.
      • 普德拉S.J.
      Nanodiscs对膜蛋白的NMR宏观蛋白酶。
      ),Salipro Nanoparticales(
      • Frauenfeld J.
      • 爱R.
      • ARMACH J.P.
      • Sonnen A.F.
      • Guettou F.
      • 莫尔格·
      • 朱L.
      • jegerschold c.
      • 弗莱希A.
      • Briggs J.A.
      • 加油H.
      • 低C.
      • 郑Y.
      • Nordlund P.
      用于膜蛋白的水蛋白 - 脂蛋白纳米粒子系统。
      ),病毒样颗粒(
      • Hirozane Y.
      • Motoyaji T.
      • 玛鲁T.
      • 冈田K.
      • 塔里恩
      使用类似病毒样颗粒和无标记结合测定产生热稳定的激动剂结合的GPR40 / FFAR1。
      ),和vird(
      • SYU G.D.
      • 王S.C.
      • 马G.
      • 刘S.
      • Pearce D.
      • Prakash A.
      • 亨森B.
      • 翁路。
      • Ghosh D.
      • 拉莫斯P.
      • Eichinger D.
      • Pino I.
      • 董X.
      • 肖J.
      • 王S.
      • Kim K.S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      高含量Virion显示人GPCR阵列的开发和应用。
      ,
      • 胡斯
      • 冯Y.
      • 亨森B.
      • 王B.
      • 黄X.
      • 李米
      • Desai P.
      • 朱H.
      vird:用于分析功能膜蛋白的病毒序列显示阵列。
      )。与vird不同,其他方法不容易扩大多路复用,高度平行的筛选,同时保持来自各种哺乳动物细胞系的大规模生产的试剂的灵活性。当viRd阵列与纳米振荡器技术(
      • 马G.
      • SYU G.D.
      • 山X.
      • 亨森B.
      • 王S.
      • Desai P.J.
      • 朱H.
      使用病毒纳米振荡器测量配体与膜蛋白的配体粘合剂。
      ),可以在无标记的,实时时尚的候选药物或生物学中同时筛选整个膜蛋白质,并且可以在单一实验中获得结合特异性和动力学。我们设想vird阵列技术可以扩展到所有种类的膜蛋白家族,并拥有发现生物学,药物和受体相互作用的承担。除了为膜蛋白量身定制的vird,所有其他人类蛋白质需要适当的表达系统,以获得最佳折叠和PTM。因此,希望使用哺乳动物表达系统。结合转染,转化和CRISPR敲入技术(
      • koch b.
      • Nijmeijer B.
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        • 朱H.
        使用微生物和人蛋白质组微阵列(双微阵列技术)来研究与血脑屏障的大肠杆菌相互作用的高通量芯片测定。
        肛门。化学。 2018; 90: 10958-10966