Prime-XS,欧洲蛋白质组学的基础设施

  • Reinout Raijmakers.
    隶属关系
    来自*生物分子质谱和Proteomics Group,乌得勒支大学乌得勒支技术和生物分子研究中心,Padualaan 8,Utrecht,3584 Ch,荷兰;
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  • Jesper V. Olsen.
    隶属关系
    哥本哈根大学康涅省卫生与医学院蛋白质研究中心研究中心蛋白质研究中心,Blegdamsvej 3B,DK-2200哥本哈根,丹麦;
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  • Ruedi Aebbersold.
    隶属关系
    §生物学研究所,分子系统生物学研究所,瑞士8093苏黎世埃尔希教;

    ‖瑞士苏黎世大学理学院的菲律物,瑞士苏黎世8093
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  • Albert J.r. Heck.
    一致
    To whom correspondence should be addressed: http://www.hecklab.nl; E-mail:
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    来自*生物分子质谱和Proteomics Group,乌得勒支大学乌得勒支技术和生物分子研究中心,Padualaan 8,Utrecht,3584 Ch,荷兰;
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      抽象的

      Prime-XS联盟是蛋白质组学的泛欧洲基础设施。作为这一特别问题的序幕分子& Cellular Proteomics在Prime-XS财团的研究活动中,我们作为本次问题的访客编辑,概述了本联盟的结构和活动,由欧洲联盟提供资金'第7件研究和技术发展框架计划。
      完整基因组序列的可用性在生物医学研究中启动了新的时代。由于人类基因组的第一次草案于2001年公布,重点从解释基因组序列和变异以了解基因产品的生物学功能:蛋白质。在这种转变中,出现了繁殖和快速发展的蛋白质组学领域。为了分析全球规模的蛋白质所需的技术需要大量的投资和专业知识,这些专业知识并不总是可以随时可用的工作人员从中受益。在过去的10年里,已经建立了许多蛋白质组学设施和联盟为用户提供必要的技术。这些设施和联盟促进了蛋白质组学对现代生活的应用。
      虽然当地举措往往可以缓解研究人员的基本蛋白质组学需求,但持续提供最先进的蛋白质组学技术需要持续的资金和专业知识,这是仅几个地点的可行性。此外,对这些技术的访问需求正在增长。鉴于这一趋势,第七个框架计划包括呼吁泛欧蛋白质组学基础设施。
      在成立Prime-XS之前,欧洲的蛋白质组学已经很好地成立,具有几个顶级研究实验室和在当地和国家层面运营的几种蛋白质组学设施。然而,欧洲蛋白质组学界并不完好组织。为了回应第七框架计划中的呼吁,制定了一项重大努力,组织社区,建立一个协调的计划,以便为欧洲生命科学研究界提供进入前型设施。由Albert Heck在Utrecht大学协调并在2011年开始的所产生的计划被命名为“蛋白质组学研究基础设施,最大化知识交流和访问”(Prime-XS)。
      Prime-XS是12个欧洲研究机构的联盟。它包括蛋白质组学专家,并在六种欧洲设施中提供蛋白质组学技术的机会(见 Fig. 1)。六个地点的蛋白质组学研究基础设施(仪器和人员)主要由国家来源资助,而不是直接由欧盟资助。因此,许多网站纳入国家路线图计划,用于大规模研究基础设施。欧盟资金为750万欧元用于三个不同的计划:开放对研究设施,联合研究举措和培训和网络活动的访问。提供的技术是先进的肽分离方法,许多最新的质谱平台,最新的针对性分析方法以及最先进的生物信息学工具。

       开放访问研究设施

      欧洲的所有研究人员都可以访问Prime-XS设施。该联盟网站具有应用系统,通过该应用系统,所有的研究提案都是由独立审阅者评估的,如果批准,则与所选访问站点相关联。
      提案的公开呼吁于2011年7月分发,此后,申请人持续提交了新的提案。截至2014年1月,提出了128个项目,其中104项被批准并在接入站点执行。地图in. Fig. 2 表明,这些项目来自21个不同的欧洲国家,说明整个欧洲的研究人员都需要获得最先进的蛋白质组学技术。该项目各不相同:有时客户研究人员一天待在一天;其他人嵌入了几周或几个月的地方。一些用户是蛋白质组学新手;其他人经验丰富的研究人员,他们希望培训和获取在本地无法使用的新颖或专业技术。 Prime-XS资助涵盖客人的费用以及消耗品和网站费用。虽然蛋白质组学研究往往具有相对长期的目标,但Prime-XS项目已经产生了几种出版物。有些问题在这个特刊上。
      图缩略图GR2.
      Fig. 2过去3年Prime-XS用户群的增长。

       联合研究举措

      Prime-XS研究人员建立了四项联合研究活动(JRAS)。
      使用的缩写是:JRA,联合研究活动。
      这些关注开发新技术和操作程序的标准化。

       高通量蛋白质组学的生物信息学

      该JRA旨在建立简化联盟内的数据生成,管理,分析和传播所必需的生物信息学支持。该软件开发的是开源,可供所有有关方面使用。

       促进蛋白质相互作用网络和蛋白质定位的技术

      该JRA专注于基于其行为的功能方面和确定复杂组分动态的功能方面的开发和实施方法的开发和实施。此外,该JRA涉及开发用于将这些蛋白质相互作用网络映射到亚细胞位置的方法,并表征蛋白质复杂贩运的动态。

       支持分析翻译后修改的技术

      此JRA解决了全球翻译后修改分析中的根本挑战,以开发强大,轻松的技术,减少复杂性和动态范围问题。目标是应用优异的色谱分离和/或亲和力富集,并通过小型化提高这些技术的敏感性。

       支持生物标志物发现的技术

      该JRA的目标是开发有针对性的,主要是肽特异性的方法,以监测数百种样品中数百个潜在的生物标志物。该方法应对体液和组织进行分析,并应全面,可重复,强大,经济效益。
      正如我们上面提到的那样,在这些JRAS中完成的一部分工作已经发布,其中一些最新的发现在这一特殊问题中。此外,Prime-XS网站为蛋白质组学研究人员提供了大约20个标准操作协议。这些包括例如磷酸富集,亲和纯化和选择性反应监测的专用方案。

       培训和网络活动

      Prime-XS的主要目标之一是在欧洲建立一个强大的蛋白质组学社区。财团组织一年度会议,所有涉及的研究人员都会讨论并讨论他们的进步和挑战(Fig. 3)。此外,JRA研究人员每年在讲习班或国际蛋白质组学会议上举行几次。 Prime-XS在培训课程中发挥了积极主动和支持的作用,例如Maxquant Summer School,欧洲夏季学校,意大利北夏天的春夏,维也纳末期的实用蛋白质组学研讨会,以及苏黎世的选择性反应监测课程。最后,该网站还举办了研究人员,以便进行动手培训。
      迄今为止,Prime-XS用户,网站和JRA的组合研究努力导致了100多种科学出版物。提供反映工作的影响和质量的一些说明性示例(
      • Altelaar A.F.M.
      • 慕尼宫
      • heck a.j.r.
      下一代蛋白质组学:迈向蛋白质组动力学的一体化视图。
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      • 莫里茨R.L.
      • Wollscheid B.
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      N-糖蛋白SRMATLAS:用于临床应用的一致和复用蛋白质定量的N-晶体料的质谱测定的资源。
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      • Giansanti P.
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      • Heck A.J.
      • Guryev V.
      深入综合基因组学及蛋白质组学分析中提取的定量和定性蛋白质组特征。
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      • 洛伦佐J.
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      • 玛特L.
      • Aviles F.X.
      • Gevaert K.
      • van damme p.
      蛋白质组衍生的肽文库研究羧肽酶的底物特异性谱。
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      • 戴安斯J.A.
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      • Pérez-Riverol Y.
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      • 王R.
      • Hermjakob H.
      蛋白质组学标识(骄傲)数据库和相关工具:2013年的状态。
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      对体内泛素胞间位点的蛋白质整体定量调查显示出广泛的调节作用。
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      • Schoelz C.
      • 瓦格纳S.A.
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      • 苏D.
      • 丹尼尔J.A.
      • C.
      赖氨酸琥珀酰化是在原核生物和真核生物中经常发生的修饰,并与乙酰化广泛重叠。
      )。欧洲蛋白质组学群落和研究成果在一起,财团的加强了。因此,开始讨论欧洲蛋白质组学基础设施的未来的时间是正确的,并且应该在当地,国家和欧洲基础设施之间伪造的联系。
      我们发现令人鼓舞的是,近几欧盟成员国最近的大量全国投资将综合论称为生物医学研究的重要技术。这拥有欧洲蛋白质组学基础设施的可持续性承担能力。认可,结合了Prime-XS从用户收到的积极反馈以及在其网站上的新科学突破的可能性,使得Prime-XS社区乐观讨好欧洲蛋白质组学的未来。
      此外,随着Prime-XS的成功,联盟可以用作其他大陆或跨大陆的倡议的模型,甚至可以由美国国家卫生研究院或人类蛋白质组织组成。
      我们希望您能在此专门系列中找到文章,有助于您自己的研究。

      参考

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        细胞代表。 2013; 5: 1469-1478
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        蛋白质组衍生的肽文库研究羧肽酶的底物特异性谱。
        摩尔。细胞。蛋白质组学。 2013; 12: 2096-2110
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        • 怜悯J.
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        • 王R.
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        蛋白质组学标识(骄傲)数据库和相关工具:2013年的状态。
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        对体内泛素胞间位点的蛋白质整体定量调查显示出广泛的调节作用。
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        赖氨酸琥珀酰化是在原核生物和真核生物中经常发生的修饰,并与乙酰化广泛重叠。
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