并行会议11:生物技术

        25.1
        蛋白质芯片和生物信息学:生物标志物发现的必备工具
        丹尼尔W.陈
        病理学,肿瘤学,放射学和泌尿外科教授;临床化学划分主任;生物标志物发现中心主任; Johns Hopkins医疗机构巴尔的摩,马里兰州21287-7065
        血清生物标志物的发现在诊断癌症等疾病中是重要的。高通量蛋白质组学技术,例如蛋白质芯片,与生物信息学的进展相结合,允许鉴定可用于临床应用的生物标志物。一个例子是表面增强的激光解吸电离(Seldi)飞行质谱(TOF-MS)的时间。与许多其他类型的高通量表达数据一样,蛋白质阵列数据通常是相对于小样本大小(样本数量)的大量变量(质量峰)。在分析筛选疾病相关的生物标志物的筛选数据时,重要的是从有限数量的样品中提取尽可能多的信息,并且避免选择其性能受到数据中的非疾病相关伪像影响的生物标志物。我们的小组开发了软件包,以计算每个单独的峰值朝向两个诊断群体的最佳分离的贡献。将显示来自血清或血浆的几例癌症生物标志物发现。
        25.2
        蛋白质组学分析使用全自动芯片基纳米电池泵系统
        Colleen K. Van Pelt1,盛张1,西安黄1,加里威廉姆斯2,标记H. Allen2
        1纽约伊萨卡的推荐生物科学;和 2Adviv Biosciences,Ltd。,诺威奇,英国
        最近开发了与质谱结合使用的全自动纳米电子涂布系统。纳米族是一种机器人输液装置,其容纳96孔板,96个一次性导电移液管和ESI芯片的齿条。该芯片是完全集成的单片电喷雾装置,其包括使用标准半导体工艺从硅晶片的平面表面蚀刻的10÷10阵列的喷嘴。这种自动纳米电泡系统提供低样品消耗和增强的电离,导致更高的灵敏度,类似于传统的拉毛细管纳米电气喷雾剂。然而,自动化系统为一组96个样品提供简单,一次性喷雾优化,在样品之间进行携带,并且增强的喷涂稳定性。
        为了证明纳米蛋白质组的能力分析,将讨论几项研究的结果,包括来自2D凝胶的蛋白质 大肠杆菌 粗细胞提取物,内葡聚糖酶催化结构域之间的非共价相互作用 T. Fusca. 使用同位素编码的亲和标签(ICAT)和使用同位素编码的亲和标签(ICAT)的蛋白质定量标准蛋白质的定量,并使用与铁离子加入的亲和层析柱的磷酸化肽分析。离线收集的液相色谱级分 大肠杆菌 还将显示粗细胞提取物。
        25.3
        蛋白质组学应用的样品制备平台技术
        M. Walid Qoronfleh.
        佩尔比奥科学,密尔沃基,威斯康星州53202-1009
        蛋白质组学对生物研究产生了深远的影响。在这个后基因组学时,需要开发可靠的方法来快速和方便地分析多种蛋白质样本。同样重要的是,复杂蛋白质混合物的预分馏和所需蛋白质级分的富集对蛋白质组分析至关重要。为此,我们开发了Swellgel™技术,多功能和新颖的亲和性Chroma-Tography平台。该技术利用所选择的色谱介质,所述色谱介质脱水以形成均匀的聚集体。在加入蛋白质样品时,圆盘将立即再水化,其中研究人员只需要执行一些简单的步骤以回收它们的蛋白质/兴趣分数。圆盘可以以各种形式(384-,96-,48-和24孔微孔板或柱)分配的各种尺寸(树脂体积25μlml)和附着在基质上的不同配体。 Swellgel™技术已应用于亲和纯化系统,例如用于GST标记的蛋白质的谷胱甘肽,用于他标记的蛋白质的金属螯合物,用于生物素化分子分离的琥辛嗪,以及抗体纯化的蛋白质A / g。将呈现数据施用糖果纤维素,从蛋白质脱盐/富集,从人血清样白蛋白和免疫球蛋白中除去丰富的蛋白质,以及磷蛋白和磷酸化肽的分离。与标准湿式色谱树脂相比,Swellgel™格式提供了这些色谱系统,具有额外的便利性,一致性,稳定性和特殊的灵活性。这些关键功能使Swellgel™技术成为促进蛋白质组学研究的样本需求的重要进步。
        25.4
        优先考虑蛋白质组:通过将序列连接通过3D结构来识别药物^相关目标
        John Overington.
        VP药物发现,inpharmatica,60夏洛特街,伦敦W1T 2Nu,英国
        Inpharmatica侧重于蛋白质3-D结构数据的应用,以鉴定药学上重要基因家族的远端相关同源物。我们开发了一种组合的生物信息化学和化疗性平台,显着提高了功能注释的产量和质量,并将这种注释与可脱绒性的估计相关。我们将描述将该技术应用于目标发现过程的一些具体示例。
        25.5
        从基因产品到疾病表型:癌症预测医学的抗体芯片
        Moncef Jendoubi,Christine Chavany,Jean-Francois Martini,Yue Xu和Rosaura Valle Maragen Inc.
        表征蛋白质组对理解噬菌体和因此疾病至关重要,导致潜在地发现治愈疾病的新和更好的方法。 Maragen已经开发出一种独特的基于抗体的方法,称为抗体抗体,直接将基因产物与疾病相关联。抗体的主要特征是在相对短的时间内和合理的成本中的多克隆抗体的高通量产生。在2002年底之前,Maragen将完成其对人类基因产品的100,000个多克隆抗体收集。
        为了直接识别患有疾病的蛋白质,使用我们专有的基质蛋白阵列技术以多重格式应用于多重格式的Maragen抗体收集。我们的技术可以应用于组织和生物液体。基于匹配的正常和疾病样本之间的差异剖面,我们因此鉴定了几种癌症相关的靶标,在主要癌症类型癌症中,以及血清中的分泌分子。我们打算将这种技术应用于其他主要人类疾病。
        体液中的癌症特异性靶标导致新一代诊断产品的发展,即用于预测医学的抗体芯片,适用于早期检测,疾病进展,转移性指示,毒性概况和治疗反应。分泌的生物标志物也是治疗产品的开发的候选者。
        抗体桥接基因型(基因序列)和表型(疾病状态)之间的差距,从而快速鉴定各种疾病特异性蛋白质,并验证了诊断和治疗应用的新靶标。
        25.6
        从细胞到凝胶井:蛋白质组学测定的模块化自动化平台
        Christoph Eckerskorn.
        Tecan-Munich,Feldkirchner Strasse 12a,85551 Kirchheim,德国
        目前的传统蛋白质组学技术对于许多研究人员对以下内容的需求不足: 灵敏度 (例如,检测未知,低丰富的蛋白质)的困难, 再现性 (例如,缺乏鲁棒,一致的蛋白质分级和2D-PAGE的方法), 吞吐量 (缺乏自动化系统和方法)。
        为了帮助解决蛋白质组学中的这些关键需求,Tecan开发了一个自动模块化平台。完整的平台包括:a 细胞维护系统 (细胞培养程序的自动化,以确保细胞准备和治疗),a 自由流动电泳系统 (一种新型半制剂,基于电荷,液体分离技术,用于细胞,细胞器细胞细胞和复杂蛋白质混合物的分馏),a 2D页系统 (来自IEF,凝胶铸造,SDS-页面和染色的全自动系统),以及一个 蛋白质加工系统 (由点拾取装置组成,然后在凝胶消化中和界面到质谱法)。仪器可以集成在各种组合中(例如, 自由流电泳 直接合并 LC-MS) 并允许研究人员为不同的蛋白质组学应用构建定制平台。目前的研究呈现了用自动化平台产生的蛋白质分数和鉴定数据,其中具有来自人血清,酵母和肝脏的样品。
        在目前的研究中,特别强调将被置于使用的组合 自由流电泳 古典 2D页。 该技术能够克服蛋白质组研究的最大挑战之一:通过强大的早期分馏来减少蛋白质样本的复杂性。