海报:质谱

        17.1
        基于蛋白质组学的诊断的小型化TOF质谱仪
        罗伯特酒店1,罗伯特英语1,本杰明加德纳1,安迪哈迪1和bettina warscheid2
        “''药理部门,约翰霍普金斯医学院,巴尔的摩,马里兰州21205;和 2马里兰州马里兰大学化学系,马里兰州大学公园
        已经开发了一种小型化的线性飞行时间质谱仪,主要用于通过蛋白质生物标志物鉴定生物体。因为已经提出了利用生物标志物的类似方法来诊断人类疾病或医疗条件,因此预计该技术也将用于护理点诊断。质谱仪的小型化通常暗示质量范围和质量分辨率的降低;然而,仪器能够记录肽和蛋白质,其肿块可达100kDa。高阶脉冲提取聚焦使得在3英寸(7.6厘米)质量分析仪上的1200中最多可分解的质量分辨率。质量相关的加速度(MCA)使质量分辨率能够保持在宽的质量范围内。肽和蛋白质的光谱以及来自细菌,孢子​​和其他生物样品的生物标志物,以证明性能。此外,正在开发出新的非线性离子光学设计以进一步提高质量分辨率。
        17.2
        综合2D毛细管LC作为MS蛋白质组学中的前端分离技术
        Marek Smoluch,Goran Mitulovic和Remco Swart Lc Packings Dionex公司,阿姆斯特丹,荷兰
        到目前为止二维聚丙烯酰胺凝胶电泳(2D页),然后是质谱(MS)是最广泛使用的蛋白质分离,定量和鉴定方法。然而,难以分析PI和分子量,低​​丰度蛋白和膜相关蛋白质中的极端蛋白质难以分析。因此,需要替代的高分辨率分析技术来分析复杂的蛋白质样品。
        如今,成功的替代方案是强阳离子交换 - (SCX)和反相(RP)色谱(2DLC)的组合。在单一步骤中消化蛋白质。将所得肽混合物注入SCX柱上并用盐步骤在RP柱上分离。该方法的主要优点是具有大的动态范围,增加峰值容量,对低丰富肽的敏感性较高,从而导致肽/蛋白质鉴定的优异序列覆盖。另外,可以通过完全自动化并直接耦合到纳米PrayMS的2D LC。
        在这项工作中,我们专注于几个影响2D LC的整体性能的变量。这些变量包括SCX列的大小,SCX静止阶段的类型,洗脱缓冲区和SCX和RP列的布置。
        发现所有这些因素都会影响肽的恢复和洗脱。将讨论用于鉴定(复杂)混合物中鉴定蛋白质的优化条件。
        17.3
        高成功蛋白质组学的Maldi-Tof样品制备
        Detlev Suckau.1,彼得伯恩特2,马丁舒瑞贝格1,汉诺兰根2
        1Bruker Daltonics,28359 Bremen,德国;和 2Hoffmann- La Roche,4070巴塞尔,瑞士
        人或细菌蛋白质组的全部表征是一项任务,今天在工业蛋白质组学中追求速度。作为一个粗略估计,目前需要使用2D凝胶斑点的50,000个Maldi指纹光谱来获得对蛋白质组的基本洞察力。遗憾的是,只有约60%的所有光谱通常提供蛋白质鉴定。因此,对工业蛋白质组学蛋白质鉴定的产量和成功率增加了急剧需求。在这里,我们提出了技术的技术,这提供了这些方面的重大改进。基本上,先进的样品制备方案和MALDI-TOF / TOF技术允许这些性能增加。随后开发了使用“Anchorchips”,即具有疏水性曲线的MALDI样品板的新型样品制备,随后从2D凝胶中自动消化蛋白质点的自动消化。消化和样品制备方法完全自动化以进行高通量分析。该方法不涉及任何其他纯化步骤,例如微柱等。使用直径为600μl的亲水样品贴剂的锚芯片,其允许多个样品处理步骤,例如在目标上漂洗和重结晶而不增加制备的样品贴片的尺寸。研究的样品来自人类胚胎肾细胞裂解物的凝胶。作为第一步蛋白质质量指纹的成功率为90%。作为第二步,在新的Maldi-TOF / TOF质谱仪上获得了第二步,获得了MS / MS光谱,这增加了超过95%的蛋白质鉴定率。
        17.4
        误差容错数据库匹配未解释的MS / MS数据
        David Creasy和John Cottrell
        矩阵科学,伦敦W1H 1PP,英国
        当审查来自数据库搜索的数据库搜索的数据库搜索数据集时,通常会有许多频谱仍然是无与伦比的。假设给定的MS / MS频谱包含足够的信息,即可用信号的合理数量的片段离子峰对噪声,有几种常见的未能找到肽匹配的原因:前体电荷的确定不正确,低估质量测量误差,酶非特异性,未经用过的化学和翻译后修饰,肽序列不在数据库中。通过试验和错误容易地处理前两个问题,并且是互动搜索的自然部分。要解决其他三个,我们已经调查了对未解释的MS / MS数据的数据库匹配的错误容忍模式。
        使用综合化学和翻译后修饰的综合列表,以及残留替代基质一起搜索所选数据库条目而无需酶特异性。串联测试修改,以避免如果可以组合的大量修改的所有排列,则避免灾难性的歧视丧失。
        新模式已被编码为吉祥物搜索引擎的扩展,并针对多个LC-MS / MS数据集进行测试。结果显示了许多额外的肽匹配,但需要仔细解释。这种方法的最显着限制是它只能揭示对已经具有至少一个显着肽匹配的蛋白质的新匹配。
        17.5
        Ettan Dige-Comequate和定量蛋白质组分析
        Firman Gouze,Andy Alban和Ian Currie
        Amersham Biosciences,Grove Center,White Lion Road,Amersham,HP7 9LL,英国
        二维电泳(2-DE)是一种强大的技术,使得来自复杂蛋白质部分的许多组分以在单个凝胶中可视化。然而,使用该技术的两种(或更多)不同样品的精确定量对比分析是有限的。 ETTAN®Dige-2-D荧光差凝胶电泳使得最多可在一个凝胶上运行三个样品,便于使用凝胶标准,以便在多个凝胶上允许在多个样品上进行精确比较。为了利用这种多路复用实验方法的好处,软件平台Decyder®是习惯开发的,以便快速准确地测定蛋白质表达的变化小至10%,统计信心大于95%。讨论了理论益处,并提出了实验数据以说明在存在和不存在凝胶标准中的蛋白质量子。
        17.6
        Qtrap技术在蛋白质组学分析中的应用
        亚历山大Podtelejnikov1,jakob bunkenborg.1,2,Bartosz Pilch.1,2,伊恩斯图尔特1,J. C. Yves Le Blanc3,jacek wisniewski.1和马蒂亚斯曼2
        1MDS蛋白质组学; 2南丹麦大学;和 3MDS SCIEX.
        分辨蛋白质复合物,蛋白质相互作用细胞网络的解密,鉴定细胞细胞器的蛋白质含量,术后翻译改性的定位,包括对全球规模的磷肽分析是蛋白质组研究中的一些成就。由于在生物质谱领域和新型质谱硬件的开发开发,这些研究是成功的。
        在这里,我们提出了新型四极线性离子阱仪(QTRAP)的蛋白质组学应用。与经典的离子阱和四极其仪器相比,QTRAP显示出显着的优势。它结合了经典离子阱的坚固性,易于解释的三重四极杆碎片模式和许多高灵敏度的扫描模式。在该研究中,我们证明了旨在通过在胰蛋白酶消化之前用Pngase F中酶促除去糖粉来鉴定血液样品的糖蛋白和定位W-糖基化位点的最新工作。通过LC-MS的甘肽快速分析显示了新型质谱技术(QTRAP)的效用来解决生物样品的复杂性。
        17.7
        在质谱前使用二维液相色谱法分析复合蛋白质体
        乌尔克里克斯·施韦伯里 - Hufnagel,Markus Lubeck,
        和卡斯滕巴塞曼
        Bruker Daltonik GmbH,28359 Bremen,德国
        研究蛋白质素对生命科学的核心感兴趣,因为蛋白质的表达和降解是高度动态的过程,其承认细胞适应在这方面的可能性,温度变化等的变化等情况,例如发现具有未知功能的蛋白质或具有未知功能的蛋白质对代谢途径的调查是主要主题。
        研究蛋白质素的经典方法是将蛋白质分离2-D电泳,以消费斑点,以酶促切割它们并通过质谱法研究它们。这允许识别蛋白质。然而,2-D电泳使得该程序非常苛刻和耗时。
        作为更快,更通用,更容易处理分离技术,我们在质谱前使用2-D色谱法。核糖瘤蛋白作为模型系统 (Cerirocices cerivi-sae) 有限的复杂性(<200蛋白)。在有效地处理和分析蛋白质混合物方面研究了它们。将显示如何在鉴定期间降低蛋白质损失以及可以比较两种略微不同的蛋白质组样品的策略。
        对于2-D色谱法的第一尺寸,将胰蛋白酶生成的质子化肽(pH2.5)结合到强阳离子交换柱中。通过注射浓度的增加的盐溶液,洗脱肽级分肽(Microflow)。对于第二维度,直接使用肽而不收集级分。通过反相分相色谱(Nanoflow)进一步分离它们。
        ASQuire3000Plus离子阱质谱仪(Bruker Daltonik GmbH)用于自动获取完全肽混合物的MS / MS(N)粒子。
        17.8
        通过IMac与树脂的浓缩改善了磷酸肽^ -1- ^ ^ ^和迈克尔加法
        安德鲁汤普森1,莎拉哈特1,2,Karin Barnouin1,2和rainer cramer1,2
        1Ludwig癌症研究所;和 2生物化学系和分子生物学,UCL
        已经采用了与同时迈克尔添加的固定化金属离子亲和层析和^ - 用同时迈克尔添加的协议,以鉴定P120 Catenin和糖蛋白胎蛋白的新型磷酸化位点。固定化的金属离子亲和色谱法富集用于磷酸化肽,并且使用β-消除/迈克尔加成用于同时洗脱并衍生化与色谱树脂结合的磷酸肽。该方法检测蛋白质低福摩尔浓度低的磷酸肽,磷酸盐的衍生化使得通过串联质谱或PSD /升力来精确测定磷酸化位点,避免由于离子抑制和磷酸盐磷酸磷的质谱序列引起的并发症。以这种方式的互补使用技术来规避各种方法固有的若干缺点。特别地,组合协议通过β-消除/迈克尔添加之前的磷酸肽的组合方案区分O-连接的糖基化肽,并通过β-消除/迈克尔添加衍生磷酸化合物从色谱树脂的肽的洗脱,将它们与未磷酸化的物种区分开色谱树脂。
        17.9
        基于二维质谱的映射肽混合物的视觉比较
        伊兰啤酒1,艾隆巴内亚2,itay maman.1和Arie Admon2
        1IBM研究实验室,以色列海法;和 2以色列技术研究所生物学系
        我们提出了一种用于分析质谱仪输出数据的新方法,以及比较肽混合物。此方法在2D-PEP软件工具中实现,并与2D-PAGE MAP显示相似;然而,而不是在凝胶中显示全蛋白质,肽在质量与疏水性的二维空间中示出。
        使用该工具,多种质谱谱谱谱的映射彼此顶部覆盖,每个地图都有不同的颜色。从PEP-MINER(1)工具中获取的MS / MS群集信息用于相互对齐地图的时间尺度。目视检查地图允许易于检测肽表达的差异。此外,地图用有用的信息注释,例如哪种PEP-遍布碎片(MS / MS)并且仍需要碎片;鉴定肽的序列;属于同一蛋白质的所有肽;和更多。地图还可以在过程中显示出问题,例如差的混合,阻塞列,不正确的洗脱梯度,不适当的碎片计划等。该工具可以产生碎片指令,以改善进一​​步质谱仪中的肽覆盖。
        2D-PEP,在MS域中运行,请补充PEP-MINER,分析MS / MS域。它们一起为用户提供肽混合物的完整视图。 1. Hupo海报:“Pep-Miner:高通量蛋白质组学变得简单”
        17.10
        PEP-MINER:高通量蛋白质组学变得简单
        伊兰啤酒1,艾隆巴内亚1,家伙korland2,羊毛莱赫特曼2和Arie Admon1
        1IBM研究实验室,以色列海法;和 2以色列技术研究所生物学系
        质谱迅速成为蛋白质组分析中的选择方法。它提供了基于精确的MS和来自复合蛋白质混合物的蛋白水解肽的精确MS和MS / MS数据的高通量蛋白质鉴定和表征。对大量质谱仪输出数据的分析在存储,计算能力和可理解性方面对严重挑战,并且被认为是理解和利用数据的方式的瓶颈。 PEP-Miner软件工具旨在消除此瓶颈。
        PEP-Miner基于从多个LC-MS / MS运行中收集的数据的频谱聚类。根据其互相相似度聚类光谱,其中每个簇包含代表一个肽的所有MS / MS光谱。由此产生的数据大小的减少很大,因为我们需要每簇仅存储一个代表性频谱。例如,在我们的一个项目中,我们将120,000个光谱减少到3,000个集群中。在准确度和信噪比方面,簇代表具有比原始光谱更好的质量,导致肽识别率改善。此外,PEP-MINER使用聚类信息来比较肽混合物而不需要预先鉴定肽。这是一个很大的优势,因为通常识别率低,渲染比较毫无意义。
        PEP-MINER以简洁且可读形式呈现累积的识别和比较信息,使得大众光谱谱系的蛋白质组分析简单,快速,全面。
        17.11
        使用预柱富集2D-NANOLC离子捕集质谱法进行新的纳米纳米HPLC柱。
        Alexander Wenner,Friedrich Mandel,Christian Sauber和Robert样本
        Agilent Technologies GmbH,Waldbronn 76337,德国
        发现纳米组合与纳米电池普罗斯MS / MS组合,提供可靠地检测来自酶蛋白质消化的肽的抗摩托酮量。随着两个正交分离技术的组合,离子交换和反相色谱,可以进行在线分馏和含有大量消化蛋白质的样品的分离。我们调查了使用具有新型2D-Nanoflow-LC /离子捕集MS系统的新系列纳米氧化物HPLC柱,用于鉴定复杂的蛋白质消化。使用自动扫描功能,包括自动MSN,ActiveExclusion和Max-Resscan,用于获取高质量的MS和MSN光谱。自动蛋白质数据库搜索完成鉴定酶消化的肽片段。
        发现关键的成功因子是系统和柱子具有高批量转易再现性的鲁棒性。梯度输送在100nl / min范围内的流速输送,与真正梯度简档的小延迟卷相结合,对完整系统的低分散和整体自动化功能被发现对于高性能且强大的系统是必不可少的。
        2D-Nanoflow-LC具有经典HPLC的鲁棒性,纳米电子涂布离子阱质谱与自动化数据分析和蛋白质数据库搜索的敏感性增强证明是一种强大的工具,用于鉴定来自2D凝胶的未知蛋白质的复杂混合物。
        17.12
        二维
        通过电喷雾电离串联质谱法进行色谱/电泳在凝胶中的蛋白质鉴定的凝胶中蛋白质鉴定
        郭汉张,小燕王,惠芝粉,崇峰徐,惠民宝,彭源阳
        复旦大学化学系,上海200433
        使用强阳离子交换(SCX)色谱法在HPLC-ESI-MS / MS分析之前,开发了一种用于从蛋白质消化的凝胶的肽的在线预浓度的新技术。肽被定向加载到毛细管SCX柱上而没有任何预处理,然后使用1M氨乙酸乙酸酯移位至LC-MS系统。相应地实现了30倍的浓度。用凝胶100ng BSA的胰蛋白酶肽验证该技术。通过较少的样品损失和通过SCX色谱法除去污染物的能力来检测更多的肽。因此,该方法提供较少的耗时,更有利的LC列保护。通过改性的CE系统也实现了肽的在线预浓度。该CE技术利用单毛细管,其中短截面已经用5微米ODS颗粒填充,而毛细管的未包装部分可以被切断为Ce毛细管。通过染色体吸附在柱床上注射分析物并吸附。通过注射小丙酮溶液的小塞进行吸附的分析物,然后将洗脱的样品用其电泳迁移率分离。该技术已被应用于预浓缩样品并通过ESI-MS分析去除矩阵。该研究得到国家基础研究优先计划,国家高新技术计划和上海科技发展计划的支持。
        17.13
        使用含有越来越多的疏水色谱材料的微柱优化蛋白质序列覆盖物的肽混合物
        马丁r. larsen.1,Stuart J. Cordwell2,和彼得罗epstorff1
        丹麦欧森德DK-5230,南丹麦大学生物化学与分子生物学系;和 2澳大利亚蛋白质组分析设施,悉尼NSW 2109,澳大利亚
        质谱法的敏感性允许直接来自凝胶基质的翻译后修饰(PTMS)的一定点表征蛋白质。然而,这种分析的成功取决于检测尽可能多的蛋白质序列的肽的能力并检测推定的修饰肽。最常见的PTMS增加给定肽的亲水性(例如,磷酸化和糖基化)。这与蛋白质组学中所有内凝胶消化中的90%的事实一起与胰蛋白酶作为切割酶进行,这产生相对小的肽,导致小的亲水改性肽。在现代样品制剂中容易损失这种肽,用于逆转相(RP)微柱用于脱落并浓缩肽混合物。
        在这研究中,描述了一种多层策略,其中含有越来越多的疏水色谱材料的GELOADER尖端微柱与质谱法组合使用。最终目标是从凝胶分离蛋白衍生的肽混合物中获得增加的序列覆盖,以定位推定的修饰肽。石墨粉末被描述为传统反相色谱材料的替代方案,用于脱盐和浓度的肽,特别是通过反相材料不保留的亲水性肽,或者在MS分析中被抑制。这导致使用RP微柱脱盐后在MS中通常观察到的肽的检测。
        17.14
        大气压的性能特征MALDI离子捕获质谱蛋白质和肽鉴定
        罗伯特样本1,Valerie Carlesso2,Friedrich Mandel.1和基督教秀1
        “'Agilent Technologies GmbH,Waldbronn 76337,德国;和 2Agilent Technologies,Massy 91745,法国
        传统上,基质辅助激光解吸电离(MALDI)在真空下完成并结合飞行时间(TOF)分析进行蛋白质鉴定。最近,马尔迪源在大气压(AP-MALDI)上运行并与离子阱质谱仪接口。我们将使用第二代AP-MALDI源呈现数据,显示用于分析蛋白质消化的亚毫微微肌瘤敏感性。
        优化的AP-MALDI源设计使用干燥气体加热激光解吸/电离区域(专利申请)导致亚毫微微摩尔MS和MS / MS肽敏感性。 MS和MS / MS Spectra都产生了良好的数据库搜索。样品消耗很少。 AP-MALDI源很容易迅速地与ESI源换档,整体系统操作简单且稳健..
        17.15
        纳米-Maldi MS用于分析复杂肽混合物
        Ekaterina Mirgorodskaya,Thomas Kreitler,Niklas Gustavsson,Dorothea Theiss,Hans Lehrach和Johan Gobom
        Max Planck分子遗传学研究所,柏林,德国
        开发了一种简单且坚固的纳米剥离耦合到MALDI MS。使用由LC系统触发的XYZ机器人,将LC-流出物的离散级分收集到MALDI基质的薄晶体层上,在预结的样品载体上制备。该制剂产生均匀的MALDI样品,其可以在自动模式下快速分析。离线耦合的优点是MS分析的可用时间与分析物洗脱时间窗体无关。这允许对所选示例组件的多个数据相关分析来检索详细的结构信息。使用1-和2-D凝胶分离的蛋白来证明纳米-MALDI MS与蛋白质表征和鉴定的直接MALDI MS混合分析的能力。 Nanolc-Maldi-tof MS导致蛋白水解消化的序列覆盖率显着增加,从而为蛋白质表征提供改进的数据集。 Nanolc的分离能力与MALDI-PSD分析检测部分序列信息的能力结合,允许蛋白质鉴定在含有混合物中许多蛋白质的裂解的肽的复杂样品中。
        17.16
        一种新的校准方法通过MARDI-TOF MS肽测绘改善蛋白质鉴定
        约翰戈伯姆1,托马斯克莱特勒1,Eckhard Nordhoff.2,汉斯莱克拉赫1
        1;和 2Scienion AG,柏林,德国
        质量准确度是MARDI-TOF MS肽测绘的蛋白质鉴定成功的重要参数。大数据集的处理需要可以自动执行的简单校准例程。然而,使用低阶近似函数的简化校准例程通常会损害质量准确性。我们最近发表了一种校准方法,通过使用高阶校准功能来提高质量准确性。校准方法由两个步骤组成:外部多项式校准和内部两点质量校正。外部校准使用含有覆盖整个批量感兴趣的众多分子种类的合成聚合物混合物进行。多项式校准函数准确地描述了在给定的实验条件下的M / Z与飞行时间平方的相关性,考虑到有系统的非线性导致例如造成的系统性非线性。通过延迟离子提取和离子偏转。然后使用内部两点校正来校正样本板位置依赖性误差。我们表明,该校准程序可以在大数据集的自动处理中实现,并通过与当前使用的校准程序相比,通过MALDI-TOF MS肽映射提高蛋白质鉴定。
        17.17
        真正的MS / MS和MS N 在MALDI QIT TOF MS
        Chris Sutton,Emmanuel Rapkis,Roy Edward和Rachel Martin
        Shimadzu Biotech,曼彻斯特,英国
        质谱仪是创建迄今为止蛋白质鉴定的蛋白质组学信息的关键仪器。但是,为了解决蛋白质 - IC中的下一级了解,即结构表征(蛋白质功能/活性后翻译后修饰的意义,蛋白质序列变异在特定蛋白质的功能/活动中的重要性,蛋白质 - 蛋白质相互作用和蛋白质稳定性/周转),需要新的工具,其可以提供比仅蛋白质识别更多的信息。许多其他技术将是必需的,但质谱仍将发挥重要作用。
        描述了一种新型质谱仪,其结合了MALDI已经开发成用于使用MS的部分消化产生的较大肽的片段较大的肽n 用于完整的结构表征。基质辅助激光解吸电离(MALDI)四极离子阱(QIT)飞行时间(TOF)质谱仪是一种具有常规MALDI优点的新型混合仪器(高通量的快速分析时间,缓冲耐受简化样品制备,分析单一光谱中的复杂混合物)和QIT的益处(MSn 结构研究的能力,前体选择的浇注分辨率,低于碎片操纵的低和高CID的控制)。此外,通过分别使用近垂直激光辐射和新的无缘无状的双级离子反射,由于离子产生的高效率和转移到QIT而导致灵敏度和质量分辨率的提高。将描述MALDI QIT TOF质谱仪的特性,并用应用于蛋白质的结构表征的实例描述和说明。
        17.18
        LC / MS和LC / MALDI使用QSTAR™XL,Q TRAP™质谱系统在蛋白质组学中的应用
        Justin Torpey.
        Applied Biosystems,Foster City,加利福尼亚州94404
        蛋白质组学包括广泛的技术,旨在确定细胞和互动伙伴中表达蛋白质的身份和数量。这涉及在质谱分析之前使用高分辨率分离的鉴定,表征和定量蛋白质。如今,这主要是两种方法:1D或2D凝胶电泳和多维液体染色体 - Raphy(MDLC)。由于在2D凝胶上分离低丰度,碱性和膜蛋白质,MDLC最近在蛋白质组织中获得了更多的普及。然而,凝胶是快速降低蛋白质样品的复杂性以进行进一步分析的绝佳方法。本演示文献将描述涉及凝胶和MDLC的工作流程,其专注于高分辨率蛋白质组学分析,并包括使用可切割的接头ICAT试剂和酵母蛋白的蛋白质鉴定涉及蛋白质表达分析的许多例子, 大肠杆菌 蛋白质,人成纤维细胞和小鼠肝微粒体使用LC / MS和LC / MALDI在QSTAR XL和Q陷阱上工作流。
        17.19
        纳米电泡MS和非共价蛋白-DNA复合物的MS / MS
        ChristelleVReuls,Vale; Rie Gabelica,Patriice Filee,Vale Rie Duval,Bernard Joris和Edwin de Pauw
        Lizeiensize,Biege,B4000比利时
        通过质谱法和串联质谱(MS / MS)研究了BLAI蛋白二聚体(野生型和GM2突变体)和其双链DNA算子之间的非共价复合物。强调纳米普通单级质谱中的产量问题。相对强度大大依赖于毛细管尖端的形状和毛细管 - 锥距离。这导致难以评估复合物的相对稳定性,即仅从蛋白质-DNA混合物的MS1光谱。使用MS / MS的竞争实验是确定相对结合亲和力的更好方法。组氨酸标记的BLAIWT(BLAIWTHIS)和GM2突变体之间的竞争表明,两种蛋白质对DNA算子具有类似的亲和力,它们共聚化以形成杂杂体复合物。纳米Pray的低样品消耗允许MS / MS光谱在不同的电荷状态下记录具有1μl样品的不同电荷状态。二聚体上的MS / MS实验表明,GM2二聚体在气相中比野生型二聚体在气相中更为稳定。复合物上的MS / MS实验表明,两种蛋白质需要相同的碰撞能量来离聚复杂。这表明来自蛋白质-DNA复合物的单体损失中的速率限制步骤出现来自蛋白质-DNA界面的破裂而不是蛋白质 - 蛋白质界面。蛋白质-DNA复合物通过损失高度电荷的单体而解散。该单体携带总电荷的三分之二和总质量的三分之一。 MS / MS在杂瘤中的实验还表明,两种蛋白质BLAIWTHIS和BLAIGM2在碎片中具有略微不同的电荷分布。这强调需要更好地理解生物分子复合物的解离机制,这些分子复合物可以在解离过程中给予伴侣的构象的更多迹象。
        17.20
        差分蛋白质组学:Dige和Icat应用对人巨噬细胞研究的比较
        Caroline Tokarski.1,Cecile Cren-Olive1,Nadia Bencherif2,佛罗伦萨·孔2和基督教罗兰托1
        1Universite des Sciences et Technologies de Lille,UMR CNRS 8009,59655 Villeneuve D'Ascq Cedex,法国;和 2Institut Pasteur de Lille,Inserm Unite 325,De recherches sur Les Lipoproteines et l'atherosclerose,59000里尔,法国
        蛋白质表达谱的研究称为差分蛋白质组学,是一种强大的工具,提供了诊断和潜在药物的推定靶标。然而,定量是差分蛋白质组学的关键步骤。最近出现了两种新方法来解决这个问题:(i)基于荧光的差异凝胶电泳(Dige)和(II)同位素编码的亲和标记(ICAT),其依赖于质谱法。在这项工作中,我们在定量,准确性,可靠性和检测灵敏度方面比较差动显示蛋白质IC的两种方法。我们还比较通过传统染色的数据,例如通过Dige方法获得的胶体Coomassie蓝色和银染色。
        我们选择从人类呈递或不存在心血管疾病症状的巨噬细胞上进行微分蛋白质组学。实际上,在动脉瘤冠状动脉疾病期间,炎症的单核细胞和巨噬细胞的数量显着增加;后一种孤立酶具有更高的蛋白水解活性。这些基质金属蛋白剂是责任破坏和构成细胞外基质的结构元素的紊乱。因此,使用差分蛋白质组学使得能够比较患有冠状动脉疾病与健康疾病的患者的MMP表达谱,为巨噬细胞中的蛋白质调节提供了新的和有趣的信息。
        17.21
        全自动化的DE Novo测序策略全Q-TOF电喷雾LC-MS / MS数据集
        J. Langridge.1,A.华莱士1,K. Compson.1,A. Millar.1,p.年轻1,R. O'Malley1,N. Swainston.1,J.熟练2和J. Hoyes1
        1Waters Corporation,曼彻斯特,英国浮子路;和 2最大熵数据顾问,剑桥,英国
        可以以自动化方式获取和数据库可以获得大量MS / MS光谱,从而快速识别大量蛋白质样本。然而,当搜索已知的蛋白质序列时,所获取的许多谱不提供精确匹配。因此,许多良好的质量光谱可以保持不匹配。目前,对此的解决方案是手动推导出这些光谱的一些序列,并执行进一步的数据库搜索。然而,当涉及大量光谱时,这是不可行的。
        这里引入了许多MS / MS谱的批量提交,使得在完成数据库搜索时,所有无与伦比和得分的光谱都被引导到自动排序算法。通过双重应用贝叶概率分析,通过新型肽序列的自动推导来鉴定光谱。应用概率碎片模型来比较终止的Markov链蒙特卡罗生成的试验序列对单电荷的,解剖的MS / MS光谱。计算最可能序列的总体置信值,以及对每个单独残留物的分配的概率置信度。结果集成在单一的Java界面中,从中可以通过提交爆炸来进行新的肽序列可以进行同源性。
        使用两种蛋白质混合物,我们显示MS / MS光谱的De Novo测序产生与数据库搜索发现的那些相同的肽序列。此外,发现在数据库搜索中未被匹配的一些光谱被肽产生,这些肽是本身通过胰蛋白酶非特异性切割的结果。
        17.22
        通过同位素编码的亲和标签(ICAT)LC-MS策略使用替代方法进行蛋白质表达分析
        S. Leicester1,p.年轻1,R. O'Malley1,A. Millar.1,A.华莱士1,K. Compson.1,D. Goodlett.2,S. purvine.1,和J. Langridge1
        1Waters Corporation,Floats Road,Wythenshawe,曼彻斯特,英国;和 2系统生物学研究所,西雅图,华盛顿
        使用LC-MS / MS的使用直接分析胰蛋白酶体的直接分析的基于凝胶的策略可以常规地用于定性蛋白质组学。然而,最近,已经对使用同位素编码的亲和标签(ICAT)来产生大量兴趣,以进行蛋白质组水平的基因表达的定量研究(1-4)。
        该技术基于化学修饰从两种不同状态中分离的蛋白质的半胱氨酸残基,用轻质和重的同位素标记的试剂。然后将两个细胞状态合并,用胰蛋白酶和含半胱氨酸的含肽的肽,优先通过与抗生物素蛋白塔结合来食用。通过毛细管LC-ESI MS和与生物信息学偶联的MS / MS询问所得肽混合物,以提供相对定量信息和鉴定样品中所含的相关蛋白质。我们之前描述的(5)执行LC-MS实验的双通策略,以提供相对定量信息,并且只靶向差异表达的那些肽的肽以识别在第二LC-MS / MS实验中。虽然这已被证明是一种可靠且强大的方法,但它要求进行两项实验并在数据处理方面进行密集。
        在这张海报中,我们提出了一种替代的单遍方法,将ICAT化学与可变流动色谱方法相结合,以改善可以从单一注射样品中鉴定的肽的动态范围和数量。
        1. gygi等。 (1999) 自然生物技术 17, 994-999.
        2. ODA等人。 (1999) Proc。 Natl。阿卡斯科。美国 96, 6591-6596.
        3. Pasa-Tolic等人。 (1999) J.IM。化学。 SOC。 121, 7949-7950.
        Chakraborty等。 (2000) J.Chromatography. 745, 197-210.
        5.莱斯特等人。 第六次阿伯利会议的诉讼程序, San Diego, CA.
        17.23
        使用“自我校准”方法通过MALDI-TOF-MS通过肽质量指纹改善蛋白质鉴定
        J. Brown,A. Wallace,K. Compson和D. GoStick
        Waters Corporation,Floats Road,Wythenshawe,Manchester,M23 9Lz英国
        轴向MALDI-TOF质谱仪数据可能需要对质量尺度的小校正来补偿离子解吸速度,样品和源透镜之间的间隙变化,样品/基质的晶体结构和其他热效应。在类似的浓度下添加内部参考参考分析物可以提供优质精度优于10ppm的RMS。由于分析物浓度并不总是已知,这对于大型样品集而言变得不切实际。也可以使用在样品板上的附近的参考来实现校正,这提供了优于50ppm的质量精度。已经开发了一种算法,调整校准因子,以最小化预期和观察到的“典型”肽(1)之间的总体差异。它还过滤噪声峰或非典型肽(例如糖基化物种)的数据。研究了来自标准的数据和来自96个小鼠蛋白质消化物,并讨论了噪音峰值和噪声峰的效果和改性肽的效果。
        理论和匹配的肽质量之间的差异优于20ppm rms。 1. Mann(1995)可能的肽质量, 43 asms。
        17.24
        使用LDI-QQTOF质谱法在蛋白质生物芯片阵列上的直接表位映射
        宁唐和苏格兰·韦伯格
        Ciphergen Biosystems,Inc。,弗里蒙特,加利福尼亚州94555
        我们描述了一种基于由固定在蛋白质生物芯片上固定的抗体捕获的抗原的酶消化的快速表位映射方法。已经证明了这种技术的效用用于β-淀粉样肽和肿瘤坏死因子 α (TNFA)。该方法不需要纯抗原并且适用于探测构象表位。表位映射 ß - 首先使用胰蛋白酶首先进行淀粉样肽1-40。抗体6e10阵列上结合的1-40肽的所有检测到的胰蛋白酶片段包括氨基酸1-16。当β-淀粉样肽肽与抗体结合时,在胰蛋白酶消化中保护Arg-5。羧肽酶用于进一步从C末端缩小表位。羧肽酶消化的时间过程显示将β-淀粉样肽肽1-40粘合到肽1-15中。 β-淀粉样肽1-16与抗体6E10阵列结合,羧肽酶消化证实表位是肽1-15。通过胰蛋白酶的TNFA的表位映射已经显示出单一肽(M / Z = 2901.4415 [M + H] +)在pH 4缓冲液洗涤,pH8缓冲液洗涤和pH 7 PBS后结合,具有0.1%Triton X-100洗涤。使用LDI-QQTOF方法对该肽的MS / MS分析已将其鉴定为TNFA的C末端肽。没有观察到羧肽酶的这种胰蛋白酶片段的切割。仔细检查包括缓冲液含量,pH,培养温度和时间的蛋白水解条件以获得最佳消化,而不会干扰抗体与表位之间的识别。