MSSTATSQC:纵向系统适用性监测和针对蛋白质组学实验的质量控制*

      选定的反应监测(SRM)是针对目标检测和量化的强大工具 复合基质中的肽。 SRM的一个重要目标是获得肽 (1)适用于调查的量化,(2)可重复 跨越实验室和运行。第一个目标是通过系统适应性实现 测试(SST),验证质谱仪器是否按规定执行。 第二个目的是通过质量控制(QC)实现的,它提供了进程 样品简介的质量保证。 SST和QC的一个共同之处是纵向 数据的性质。虽然SST和QC在蛋白质组学中受到了很多关注 社区,目前使用的统计方法有限。这份手稿提高了 在蛋白质组学中目前使用的SST和QC的统计方法。 它适应现代纵向统计过程控制方法,如 同时和时间加权控制图和改变点分析,到SST和 SRM实验的QC讨论其优势,并提供实用的指导方针。 模拟数据集的评估,以及临床蛋白质组学的数据集 癌症(CPTAC)联盟的技术评估证明了这些方法 大大提高了我们实时监测,早期检测和预防的能力 色谱与仪器问题。我们在开源中实现了这些方法 基于R的软件包MSSTATSQC及其基于Web的图形用户界面。他们 可用于独立,或与自动管道集成。虽然 这些例子专注于目标蛋白质组学,本手稿中的统计方法 更普遍地涂抹于定量蛋白质组学。

      参考

        • Picotti P.
        • Aeberberold R.
        基于反应监测的蛋白质组学:工作流,潜在,陷阱和未来方向。
        NAT。 meth。 2012; 9: 555-566
        • 加利斯S.
        • Duriez E.
        • Domon B.
        选择的反应监测适用于蛋白质组学。
        J.质谱。 2011; 46: 298-312
        • Bantscheff M.
        • Lemeer S.
        • Savitski m.m.
        • Kuster B.
        蛋白质组学中的定量质谱:2007年至今的批判性评论更新。
        肛门。生物丹纳尔。化学。 2012; 404: 939-965
        • carr s.a.
        • Abbatiello S.E.
        • Ackermann B.L.
        • 博赫斯C.
        • Domon B.
        • 德意曲e.w.
        • 授予R.P.
        • Hoofnagle A.N.
        • HüttenhainR.
        • Komen J.m.
        • Liebler D.C.
        • 刘涛。
        • 麦克莱恩B.
        • MANI D.R.
        • 曼斯菲尔德E.
        • Neubert H.
        • Paulovich A.G.
        • 重新勒
        • Vitek O.
        • Aeberberold R.
        • 安德森L.
        • 贝瑟姆R.
        • Blonder J.
        • Boja E.
        • Botelho J.
        • Boyne M.
        • Bradshaw R.A.
        • 伯灵名A.L.
        • 陈德。
        • Keshishian H.
        • Kuhn E.
        • kinsinger c.
        • 李继夫
        • 李S.W.
        • 莫里茨R.
        • OSS-Prieto J.
        • rifai n。
        • 里奇J.
        • Rodriguez H.
        • srinivas p.r.
        • Townsend R.R.
        • van Eyk J.
        • Whiteley G.
        • Wiita A.
        • Weintraub S.
        生物学和药物中的靶向肽测量:使用拟合方法的质谱法的质谱型测定显影的最佳实践。
        摩尔。细胞。蛋白质组学。 2014; 13: 907-917
      1. 美国药典(美国P.)(2012年)(2012年)一般第一章分析仪器资格。

      2. 美国药典(美国P.)(2007年)(2007年)一般第一章验证百强方法。

      3. 食品和药物管理局(FDA)。 (1994)审稿人指导:色谱方法验证(CDER-FDA),

        • Abbatiello S.E.
        • 席克宁B.
        • MANI D.R.
        • Zimmerman L.J.
        • 霍尔S.C.
        • 麦克莱恩B.
        • Albertolle M.
        • 艾伦S.
        • Burgess M.
        • Cusack M.P.
        • Ghosh M.
        • Hedrick V.
        • 举行。
        • Inerowicz H.D.
        • 杰克逊A.
        • Keshishian H.
        • kinsinger c.r.
        • Lyssand J.
        • Makowski L.
        • Mesri M.
        • Rodriguez H.
        • Rudnick P.
        • Sadowski P.
        • SEDRANSK N.
        • Shaddox K.
        • 冰鞋S.J.
        • Kuhn E.
        • 史密斯D.
        • Whiteaker J.R.
        • 惠特韦尔C.
        • 张某。
        • 博赫斯C.H.
        • 费舍尔S.J.
        • 吉布森B.W.
        • Liebler D.C.
        • maccoss m.j.
        • neubert t.a.
        • Paulovich A.G.
        • Regnier F.E.
        • Tempst P.
        • carr s.a.
        大规模的实验室研究,开发,分析验证和应用高度复用,定量肽测定以测量血浆中的癌症相关蛋白。
        摩尔。细胞。蛋白质组学。 2015; 1
      4. 美国药典(美国P.)(2012年)(2012年)一般第章色谱。 1,

        • Swartz M.E.
        • Krull I.S.
        分析验证手册。 CRC出版社, 博卡拉顿2012: 23-24
        • 董米。
        • 保罗·罗
        • Gershanov L.
        获得峰值完美:HPLC的系统适用性。
        今天化学。工作。 2001; 10: 38-42
        • Briscoe C.J.
        • 斯蒂斯米尔。
        • Hage D.S.
        生物分析LC / MS / MS中的系统适用性。
        J. Pharm。生物化。肛门。 2007; 44: 484-491
        • 削弱W.A.
        统计方法在制造问题中的应用。
        J. Franklin Inst。 1938; 226: 163-186
        • 削弱W.A.
        一些统计方法应用于物理和工程数据分析。
        贝尔系统。技术。 j。 1924; 3: 43-87
        • 莱维斯。
        • 詹宁斯e.r.
        在临床实验室中使用控制图。
        是。 J. Clin。 Pathol。 1950; 20: 1059-1066
        • 蒙哥马利D.C.
        统计质量控制介绍。 约翰瓦里& Sons, 2007: 385-414
        • Westgard J.O.
        • 苗条T.
        统计控制规则的电源功能。
        临床。化学。 1979; 25: 863-869
        • Bramwell D.
        研究蛋白质组学中的统计过程控制概论。
        J.蛋白质组学。 2013; 95: 3-21
        • Bourmaud A.
        • 加利斯S.
        • Domon B.
        基于多同位素内标的蛋白质组学实验的质量控制。
        Eupa开放蛋白质组学。 2015; 8: 16-21
        • Bereman M.S.
        • 约翰逊R.
        • Bollinger J.
        • 老板Y.
        • 舒尔曼N.
        • 麦克莱恩B.
        • Hoofnagle A.N.
        • maccoss m.j.
        通过LCS / Ms的蛋白质组学实验的统计过程控制的实施。
        J.IM。 SOC。质谱。 2014; 25: 581-587
        • Bereman M.S.
        • 伯利J.
        • 沙姆达五。
        • Nathe C.
        • eCkels J.
        • 麦克莱恩B.
        • maccoss m.j.
        一种监测液相色谱串联质谱蛋白质组学实验中的系统性能的自动化管道。
        J.蛋白质组。 2016; 15: 4763-4769
        • 团队R.C.
        R:统计计算的语言和环境。 统计计算的基础, 维也纳,奥地利2015
        • 贝尔A.W.
        • 德意曲e.w.
        • au c.e.
        • kearney r.e.
        • Beavis R.
        • SECHI S.
        • Nilsson T.
        • Bergeron J.j.m.
        HUPO测试样品研究揭示了质谱基蛋白质组学中的常见问题。
        NAT。 meth。 2009; 6: 423-430
        • Rudnick p.a.
        • 克劳瑟K.R.
        • kilpatrick l.e.
        • tchekhovskoi d.v.
        • Neta P.
        • Billheimer D.D.
        • 黑人r.k.
        • 双打下午。
        • Cardasis H.L.
        • 火腿J.L.
        • Jaffe J.D.
        • kinsinger c.r.
        • Mesri M.
        • neubert t.a.
        • 席克宁B.
        • Tabb D.L.
        • TEGELER T.J.
        • VEGA L.
        • variyath上午
        • 王米
        • 王P.
        • Whiteaker J.R.
        • Zimmerman L.J.
        • carr s.a.
        • 费舍尔S.J.
        • 吉布森B.W.
        • Paulovich A.G.
        • Regnier F.E.
        • Rodriguez H.
        • Spiegelman C.
        • Tempst P.
        • Liebler D.C.
        • Stein S.E.
        • 网络C.
        • AZ T.
        • 约克。
        • 研究A.
        椎管素蛋白质组学中液相色谱 - 串联质谱体系评价性能度量。
        摩尔。细胞。 BIOL。 2009; 9: 225-241
        • 马Z.Q.
        • Polzin K.O.
        • Dasari S.
        • Chambers M.C.
        • 席克宁B.
        • 吉布森B.W.
        • Tran B.Q.
        • Vega-Montoto L.
        • Liebler D.C.
        • Tabb D.L.
        Quameter:LC-MS / MS蛋白质组学仪表的多用户性能指标。
        肛门。化学。 2012; 84: 5845-5850
        • Pichler P.
        • Mazanek M.
        • Dusberger F.
        • WeilnböckL.
        • HUBER C.G.
        • Stingl C.
        • Luider T.M.
        • Straube W.L.
        • KöcherT.
        • Mechtler K.
        SIMPATIQCO:一种基于服务器的软件套件,便于监控Orbitrap仪器上的LC-MS性能度量的时间路线。
        J.蛋白质组。 2012; 11: 5540-5547
        • 泰勒里芬
        • 舞蹈J.
        • 泰勒r.j.
        • 王子J.T.
        金属算子:基于质谱的蛋白质组学的质量评估。
        生物信息学。 2013; 29: 2948-2949
        • Bennett K.L.
        • 王X.
        • bystrom c.e.
        • Chambers M.C.
        • 安排T.M.
        • dangott l.j.
        • Elortza F.
        • Leszyk J.
        • 莫里娜H.
        • 莫里茨R.L.
        • Phinney B.S.
        • 汤普森J.W.
        • 奖金M.K.
        • Tabb D.L.
        2012/2013 ABRF蛋白质组学研究组研究:评估常规肽液相色谱串联质谱分析中的纵向血管内变异性。
        摩尔。细胞。蛋白质组学。 2015; 14: 3299-3309
        • 麦克莱恩B.
        • Tomazela d.m.
        • 舒尔曼N.
        • Chambers M.
        • 芬尼G.L.
        • Frewen B.
        • 肯尼尔·
        • Tabb D.L.
        • Liebler D.C.
        • maccoss m.j.
        天际线:用于创建和分析目标蛋白质组学实验的开源文档编辑器。
        生物信息学。 2010; 26: 966-968
        • Beeley C.
        使用闪亮的Web应用程序开发。 包邮邮艺有限公司, 伯明翰,U.K.2016
        • 沙姆达五。
        • eCkels J.
        • 泰勒G.K.
        • 舒尔曼N.J.
        • stergachis a.b.
        • Joyner S.A.
        • 闫诗
        • Whiteaker J.R.
        • Halusa G.N.
        • 席克宁B.
        • 吉布森B.W.
        • Colangelo C.M.
        • Paulovich A.G.
        • carr s.a.
        • Jaffe J.D.
        • maccoss m.j.
        • 麦克莱恩B.
        全景:一个有针对性的蛋白质组学知识库。
        J.蛋白质组。 2014; 13: 4205-4210
        • Abbatiello S.E.
        • MANI D.R.
        • 席克宁B.
        • 麦克莱恩B.
        • Zimmerman L.J.
        • 冯X.
        • Cusack M.P.
        • SEDRANSK N.
        • 霍尔S.C.
        • addona t.
        • 艾伦S.
        • 迪克德
        • Ghosh M.
        • 举行。
        • Hedrick V.
        • Inerowicz H.D.
        • 杰克逊A.
        • Keshishian H.
        • kim J.W.
        • Lyssand J.S.
        • 莱利C.P.
        • Rudnick P.
        • Sadowski P.
        • Shaddox K.
        • 史密斯D.
        • Tomazela D.
        • 华兰人A.
        • Waldemarson S.
        • 惠特威尔C.A.
        • 你j.
        • 张某。
        • kinsinger c.r.
        • Mesri M.
        • Rodriguez H.
        • 博赫斯C.H.
        • 降低C.
        • 费舍尔S.J.
        • 吉布森B.W.
        • Liebler D.
        • Maccoss M.
        • neubert t.a.
        • Paulovich A.
        • Regnier F.
        • 冰鞋S.J.
        • Tempst P.
        • 王米
        • carr s.a.
        液相色谱 - 多反应监测 - MS(LC-MRM-MS)中仪器性能定量评估系统适用性方案的设计,实施和多路评价。
        摩尔。细胞。蛋白质组学。 2013; 12: 2623-2639
        • Page E.S.
        连续检查方案。
        Biometrika。 1954; 41: 100-115
        • 霍金斯下午
        • OLWELL D.H.
        累积总和图表和质量改进的图表。 Springer Science.& Business Media, 纽约2012
        • 霍金斯下午
        一个刻度参数的cusum。
        J. Qual。技术。 1981; 13: 228-231
        • Tartakovsky A.
        • Nikiforov I.
        • Basseville M.
        顺序分析:假设检测和变换点检测。 CRC出版社, 博卡拉顿2014
        • Samuel T.R.
        • Pignatiello JR,J.J.
        • Calvin J.A.
        用X控制图识别步骤更改的时间。
        Qual。 eng。 1998; 10: 521-527
        • Samuel T.R.
        • Pignatiello JR,J.J.
        • Calvin J.A.
        识别正常过程方差中的步骤变化的时间。
        Qual。 eng。 1998; 10: 529-538
        • Pignatiello JR,J.J.
        • Samuel T.R.
        估计SPC应用中的正常过程的变化点。
        J. Qual。技术。 2001; 33: 82
        • 绅士r.c.。
        • Carey V.J.
        • 贝茨下午
        • Bolstad B.
        • 偷偷摸摸的M.
        • Dudoit S.
        • 埃利斯B.
        • Gautier L.
        • GE Y.
        • 绅士J.
        • 霍希克斯。
        • Hothorn T.
        • Huber W.
        • IACUS S.
        • Irtizarry R.
        • 休息
        • 李C.
        • Maechler M.
        • rossini a.j.
        • Sawitzki G.
        • 史密斯C.
        • Smyth G.
        • Tierney L.
        • 杨杰。
        • 张继夫
        Biocometion:用于计算生物学和生物信息学的开放软件开发。
        基因组Biol。 2004; 5: R80
      广告