蛋白质还原和烷基化的系统评价显示含碘试剂的巨大非特异性副作用*

  • TorstenMüller.
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    德国波恩大学生物化学与分子生物学研究所
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  • 多米尼克冬天
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    德国波恩大学生物化学与分子生物学研究所
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  • 作者脚注
    *这项工作得到了欧洲联盟的Marie Curie Sklodowska计划的支持。
    本文含有补充材料。
    §目前的TM:德国海德堡德国癌症研究中心。
      半胱氨酸残基的还原和烷基化是几乎任何蛋白质组学的一部分 工作流程。尽管它经常使用,最新迄今无系统调查 不同条件对蛋白质组学研究结果的影响。 在这项研究中,我们比较了常见的还原试剂(二硫噻唑醇,Tris-(2-羧乙基) - 膦, 和β-巯基乙醇)和烷基化试剂(碘乙酰胺,碘乙酸,丙烯酰胺, 和氯乙酰胺)。使用凝胶摘要以及SAX分级溶液 摘要HeLa细胞的细胞溶质级分,我们评估了13种不同的减少 和烷基化条件导致相当不同的鉴定率。 我们观察到7个氨基酸的异地烷基化反应的强烈差异为 以及在肽N末端,鉴定所有试剂的单一和双加合物。 使用二甲基标记,质量耐受搜索和合成肽实验, 我们通过含碘烷基化试剂确定了甲硫氨酸残基的烷基化 作为差异的主要因素之一。我们观察到的差异超过 含有鉴定的含有甲硫氨酸肽光谱匹配数的9倍 含碘和非碘烷基化试剂之间的凝胶消化样品。 这是因为氨基甲酰化和羧甲基化蛋氨酸的形成 侧链和ESI电离或MS / MS中产生的突出中性损失 碎片,强烈降低含甲硫氨酸肽的鉴定率。 我们用丙烯酰胺作为烷基化试剂获得最佳效果,而最高 用二硫噻唑醇还原时获得肽光谱匹配的数量 和β-巯基乙醇分别用于溶液和凝胶内消化样品。

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