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用于计算机辅助注释的MS / MS光谱的专家系统*

  • Nadin Neuhauser.
    脚注
    隶属关系
    Max-Planck Biochemistry研究所蛋白质组学与信号转导,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国
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  • 安妮特米科尔斯基
    脚注
    隶属关系
    Max-Planck Biochemistry研究所蛋白质组学与信号转导,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国
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  • JürgenCox.
    隶属关系
    Max-Planck Biochemistry研究所蛋白质组学与信号转导,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国
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  • Matthias Mann.
    一致
    应该解决对应的通信:蛋白质组学和信号转导,Max-Planck生物化学​​研究所,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国
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    Max-Planck Biochemistry研究所蛋白质组学与信号转导,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国
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  • 作者脚注
    *这项工作得到了欧洲联盟7的资金支持 TH. 框架项目前景(时间表和空间中的蛋白质组学规范,Grant Health-F4-2008-201645)。
    本文包含补充表S1。
    ¶这些作者的贡献平等。
      基于质谱(MS)的重要型蛋白质组学的重要步骤是鉴定 肽通过它们的片段光谱。无论识别得分如何, 几乎所有串联MS(MS / MS)光谱都包含未分配的剩余峰值 由搜索引擎。这些峰值可能是人类专家可解释的,但规模 现代蛋白质组学的实验使得这种不切实际。在计算机科学,专家 系统是一项成熟的技术,用于实施面试产生的规则清单 与从业者。我们在这里开发了这样的专家系统,利用文学 知识以及大体积高质量和纯碎片光谱。 有趣的是,我们发现即使具有高质量的准确性数据,规则集也可以快速 变得过于复杂,导致过度注释。因此,我们建立了严谨 虚假发现率,通过从大集合中随机插入峰值计算 其他MS / MS光谱,并使用它来开发优化的知识库。这个规则 设置正确注释几乎所有中等或高丰度的峰。高分辨率 HCD数据,MS / MS光谱中的片段峰的中值强度覆盖增加 搜索引擎注释单独为86%的58%。由此产生的注释性能 超越人类专家,特别是在复杂的光谱上,例如较大的磷酸化 肽。我们的系统也适用于高分辨率碰撞诱导的解离 数据。它可以作为MaxQuant的一部分,并且通过仅需要的Web服务器 MS / MS光谱和相应的肽序列,其输出出版物 质量,注释MS / MS光谱(www.biochem.mpg.de/mann/tools/)。它为基于MS的蛋白质组学领域的初学者提供专家知识 帮助高级用户专注于不寻常和可能的新型片段离子。

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