SYSPTM:翻译后修改的蛋白质组学研究的系统资源*

  • 洪莉
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  • 小凤兴
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  • 郭辉鼎
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  • 川王
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  • 陆谢
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  • 作者脚注
    *全国高科技r提供的资金支持这项工作&D程序(863)2006AA02Z334;中国国家基础研究计划(2006CB910700,2009CB918404)(对Y.L);中国国家自然科学基金(30621091);科技部(2006CB943900,2007CB947904,2007CB947100,2007CB948000),关键研究计划(CAS)KSCX2-YW-R-112(至Z.);预防和治疗主要传染病的重点项目(2008ZX10002-021);和上海自然科学基金08ZR1415800(至L. X.)。
    本文的在线版本(可提供 http://www.mcp.org)含有补充材料。
    ‖这位作者的两位作者都贡献了这项工作。
      随着翻译后改性(PTM)研究的快速扩增 基于大规模蛋白质组学工作,对适合的需求越来越大 存储库分析PTM数据。在这里,我们呈现了一个策划的网络可访问的PTM数据 基地,sysptm。 SYSPTM为蛋白质组学提供系统和复杂的平台 PTM研究不仅配备了手动策划多型知识库 修改数据,但也具有四个完全开发的深入数据挖掘工具。 目前,SYSPTM包含详细的数据,详细说明了117,349实验确定的PTM网站 在33,421种蛋白质中,涉及近50分PTM类型的,包括公共资源,包括 五个数据库和四个Web服务器和超过一百个同行评审质量 光谱纸。蛋白质注释包括PFAM域,GEGG PATHWAYS,GO 功能分类,ortholog组集成到数据库中。 已经开发了四个在线工具并纳入其中包括Ptmblast,以比较 用户的PTM数据集具有SYSPTM中的PTM数据; ptmpathway,将ptm蛋白质映射到Kegg 途径; Ptmphylog,发现可能保守的PTM网站;和ptmcluster, 找到多站点修改的集群。 sysptm的工作流程被证明 通过分析由MS / MS识别的内部磷酸化数据集。它显示出来 在SYSPTM中,单型和多型修改的作用可以系统地系统地 在完全生物学环境中调查。 sysptm可能是一个重要的贡献 修改研究。 SYSPTM在线免费提供 www.sysbio.ac.cn/sysptm..

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