使用泛素修饰的彩易福彩组来监测彩易福彩稳态功能

      泛素系统对于维持适当的彩易福彩稳态至关重要 跨越真核生物的功能。虽然一般酶促建筑 从基板中添加和去除泛素是很好的定义,全面的方法 对细胞泛络靶标的调查刚刚开始出现。最近的 泛素改性肽富集的进展大大增加了数量 鉴定的内源性泛源性靶标,以及网站的数量 在这些基材内的泛素附着。在此,我们评估当前的策略 使用基于质谱的彩易福彩组学来表征泛素和泛素状的 修改。使用现有数据,我们描述了泛素修改的特征 彩易福彩组,讨论现有的生物解释的策略 未来泛素的彩易福彩组学研究。

      参考

        • Komander D.
        • 强奸M.
        泛素代码。
        安努。 Rev. Biochem。 2012; 81: 203-229
        • 威廉姆森A.
        • Werner A.
        • 强奸M.
        泛胀气巨大的巨大:解密蜂窝代码。
        摩尔。细胞。 2013; 49: 591-600
        • Bustos D.
        • bakalarski c.e.
        • 杨Y.
        • 彭J.
        • Kirkpatrick D.S.
        通过肽的免疫亲和富集进行泛素化位点。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2012; 11: 1529-1540
        • Kirkpatrick D.S.
        • 丹尼斯C.
        • Gygi S.P.
        泛素称重:基于质谱的彩易福彩组学的扩张作用。
        NAT。细胞。 BIOL。 2005; 7: 750-757
        • Sylvestersen K.B.
        • 年轻的C.
        • Nielsen M.L.
        通过质谱法表征泛络菌位点的研究进展。
        Curr。拍摄。化学。 BIOL。 2013; 17: 49-58
        • 彭J.
        • 施瓦茨D.
        • eliasj.e.
        • Thororen C.C.
        • 诚变。
        • Marsischky G.
        • Roelofs J.
        • 芬利D.
        • Gygi S.P.
        一种了解彩易福彩泛素的彩易福彩组学方法。
        NAT。 Biotechnol。 2003; 21: 921-926
        • Kirkpatrick D.S.
        • Weldon S.F.
        • TSAPRAILIS G.
        • Liebler D.C.
        • gandolfi a.j.
        从人体细胞中表达他标记的泛素的人细胞彩易福彩组学鉴定。
        彩易福彩组学。 2005; 5: 2104-2111
        • Tagwerker C.
        • 轻弹K.
        • 崔米
        • Guerrero C.
        • 窦啊。
        • 奥尔B.
        • Baldi P.
        • 黄兰
        • Kaiser P.
        在完全变性条件下两步纯化的串联亲和标签:在泛素分析和彩易福彩复合物鉴定中的应用与体内交联。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2006; 5: 737-748
        • Kim J.Y.
        • 安德森·e.D.
        • Huynh W.
        • 爱A.
        • ozato K.
        干扰素刺激巨噬细胞中泛素连接核蛋白的彩易福彩组学调查。
        J.干扰素细胞因子res。 2011; 31: 619-628
        • Danielsen J.M.
        • Sylvestersen K.B.
        • Bekker -Jensen S.
        • Szklarczyk D.
        • Poulsen J.W.
        • 喇叭H.
        • Jensen L.J.
        • mailand n。
        • Nielsen M.L.
        赖氨酸泛菌菌的质谱分析揭示了位点水平的滥交。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2011; 10 (M110.003590.)
        • Hjerpe R.
        • 托马斯y.
        • Kurz T.
        NEDD8过表达通过遍突素途径导致泛素底物的Neddylation。
        J.Mol。 BIOL。 2012; 421: 27-29
        • Hjerpe R.
        • aillet f.
        • Lopitz-Otsoa F.
        • 郎V.
        • 英格兰P.
        • Rodriguez M.S.
        使用串联泛素结合实体有效保护和泛菌蛋白的分离。
        Embo Rep。 2009; 10: 1250-1258
        • 施y.
        • Chan D.W.
        • Jung S.Y.
        • Malovannaya A.
        • 王Y.
        • 秦吉。
        人内源性蛋白泛素泛素位点的数据集。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2011; 10 (M110.002089.)
        • Matsumoto M.
        • 哈克萨达玛斯。
        • Oyamada K.
        • 奥达Y.
        • Nishimura T.
        • Nakayama K.I.
        对人泛素相关彩易福彩组的大规模分析。
        彩易福彩组学。 2005; 5: 4145-4151
        • vasilescu J.
        • 史密斯J.C.
        • 梯队M.
        • FIGEYS D.
        免疫亲和力纯化和质谱法从人MCF-7乳腺癌细胞中染色彩易福彩的彩易福彩组学分析。
        J.彩易福彩组。 2005; 4: 2192-2200
        • Matsumoto M.L.
        • 董克。
        • yu c.
        • PHU L.
        • 高X.
        • 汉诺·罗恩
        • hymowitz s.g.
        • Kirkpatrick D.S.
        • Dixit V.M.
        • Kelley R.F.
        直链多泛素特异性抗体的工程和结构特征。
        J.Mol。 BIOL。 2012; 418: 134-144
        • Matsumoto M.L.
        • Wickliffe K.E.
        • 董克。
        • yu c.
        • Bosanac I.
        • Bustos D.
        • PHU L.
        • Kirkpatrick D.S.
        • hymowitz s.g.
        • 强奸M.
        • Kelley R.F.
        • Dixit V.M.
        K11连接的细胞循环控制中的络吡啶术通过K11键的特异性抗体揭示。
        摩尔。细胞。 2010; 39: 477-484
        • 牛顿K.
        • Matsumoto M.L.
        • Wertz i.e.
        • Kirkpatrick D.S.
        • LILL J.R.
        • 谭杰。
        • Dugger D.
        • 戈登N.
        • 西德湖S.
        • courtouse f.a.
        • Komuves L.
        • 法国下午
        • Ferrando R.E.
        • 林C.
        • Compaan D.
        • yu c.
        • Bosanac I.
        • hymowitz s.g.
        • Kelley R.F.
        • Dixit V.M.
        泛素链编辑通过络合蛋白键合的抗体揭示。
        细胞。 2008; 134: 668-678
        • 王H.
        • 松山A.
        • 棕色S.A.
        • 周J.
        • GUY C.S.
        • 曾子P.H.
        • 福布斯K.
        • Nicholson T.P.
        • 谢泼德P.W.
        • 黑客H.
        • 卡琳米
        • Vignali D.A.
        赖氨酸-63连接多拷贝特异性单克隆抗体的非抗体蛋白泛络分析。
        Proc。 Natl。阿卡。 SCI。美国。 2008; 105: 20197-20202
        • PHU L.
        • Izrael-Tomasevic A.
        • Matsumoto M.L.
        • Bustos D.
        • Dynek J.N.
        • Fedorova A.v.
        • bakalarski c.e.
        • Arnott D.
        • Deshayes K.
        • Dixit V.M.
        • Kelley R.F.
        • vucic d.
        • Kirkpatrick D.S.
        改进了用于表征复合遍霉蛋白信号的定量质谱法。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2011; 10 (M110.003756.)
        • 徐G.
        • Paige J.s.
        • jaffrey s.r.
        泛素残余免疫亲和性分析的全局分析赖氨酸泛素。
        NAT。 Biotechnol。 2010; 28: 868-873
        • 金W.
        • 贝内特e.j.
        • Huttlin E.L.
        • 郭阿。
        • 李杰。
        • 可能A.
        • Sowa M.E.
        • RAD R.
        • 赶紧J.
        • 梳理M.J.
        • 哈珀J.W.
        • Gygi S.P.
        泛素改性彩易福彩组的系统和定量评估。
        摩尔。细胞。 2011; 44: 325-340
        • 巴克利S.M.
        • Aranda-Orgilles B.
        • Strikoudis A.
        • 阿帕斯托尔E.
        • Loizou E.
        • Moran-Crusio K.
        • Farnsworth C.L.
        • Koller A.A.
        • dasgupta R.
        • Silva J.C.
        • Stadtfeld M.
        • Hochedlinger K.
        • 陈娥。
        • AIFANTIS I.
        遍霉素 - 蛋白酶体系的多能性和细胞重新编程调节。
        细胞干细胞。 2012; 11: 783-798
        • Emanuele M.J.
        • elia a.e.
        • 徐Q.
        • Thoma C.R.
        • Izhar L.
        • LENG Y.
        • 郭阿。
        • 陈y.n.
        • 赶紧J.
        • HSU P.W.
        • Yen H.C.
        • elldege s.j.
        模块化Cullin环连接酶基材的全局鉴定。
        细胞。 2011; 147: 459-474
        • 李克.A.
        • 哈伯勒L.P.
        • 安德鲁斯P.S.
        • Stokes M.P.
        • 鼬T.
        • Silva J.C.
        • 黑色r.a.
        • DOEDENS J.R.
        通过彩易福彩和肽水平的定量彩易福彩组学来鉴定泛素连接酶鉴定。
        J. Biol。化学。 2011; 286: 41530-41538
        • na c.h.
        • 琼斯D.R.
        • 杨Y.
        • 王X.
        • 徐Y.
        • 彭J.
        基于抗体的葡萄球菌的大鼠脑肿瘤中的突触蛋白泛素化。
        J.彩易福彩组。 2012; 11: 4722-4732
        • Povlsen L.K.
        • Beli P.
        • 瓦格纳S.A.
        • Poulsen S.L.
        • Sylvestersen K.B.
        • Poulsen J.W.
        • Nielsen M.L.
        • Bekker -Jensen S.
        • mailand n。
        • C.
        全系统对泛力的分析动态揭示了PAF15泛级基质在DNA损伤旁路中的关键作用。
        NAT。细胞。 BIOL。 2012; 14: 1089-1098
        • Sarraf S.A.
        • 拉曼M.
        • Guarani-Pereira V.
        • Sowa M.E.
        • Huttlin E.L.
        • Gygi S.P.
        • 哈珀J.W.
        Parkin依赖性Ubiquitylome响应线粒体去极化的景观。
        自然。 2013; 496: 372-376
        • Udeshi N.D.
        • MANI D.R.
        • Eisenhaure T.
        • Mertins P.
        • Jaffe J.D.
        • 克劳瑟K.R.
        • Hacohen N.
        • carr s.a.
        蛋白酶体和脱硫酶抑制后彩易福彩泛素体内变化的定量方法。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2012; 11: 148-159
        • Udeshi N.D.
        • Svinkina T.
        • Mertins P.
        • Kuhn E.
        • MANI D.R.
        • 乔J.W.
        • carr s.a.
        精制制备和使用抗κ{epsilon} -GG抗体,使单一彩易福彩组学实验中的10,000只泛素化位点进行常规量化。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2013; 12: 825-831
        • 瓦格纳S.A.
        • Beli P.
        • Weinert B.T.
        • Nielsen M.L.
        • Cox J.
        • C.
        对体内泛素胞间位点的彩易福彩整体定量调查显示出广泛的调节作用。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2011; 10 (M111.013284)
        • 瓦格纳S.A.
        • Beli P.
        • Weinert B.T.
        • Scholz C.
        • Kelstrup C.D.
        • 年轻的C.
        • Nielsen M.L.
        • 奥尔森J.V.
        • 刹车肉C.
        • C.
        彩易福彩组学分析揭示了鼠组织中发散的泛醌条件模式。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2012; 11: 1578-1585
        • Goncarov T.
        • Niessen K.
        • de Almagro M.C.
        • Izrael-Tomasevic A.
        • Fedorova A.v.
        • varfolomeev E.
        • Arnott D.
        • Deshayes K.
        • Kirkpatrick D.S.
        • vucic d.
        Otub1调节C-IAP1稳定性以调节信号通路。
        Embo J. 2013; 32: 1103-1114
        • 汉k.j.
        • 福斯特D.G.
        • 张n.Y.
        • Kanisha K.
        • Dzieciatkowska M.
        • sclafani r.a.
        • 汉森K.C.
        • 彭J.
        • 刘C.W.
        特异性素特异性蛋白酶9x脱硫蛋白酶并稳定脊髓肌萎缩彩易福彩存活电机神经元。
        J. Biol。化学。 2012; 287: 43741-43752
        • 李杰。
        • D'Angiolella V.
        • Seeley E.S.
        • 金斯。
        • Kobayashi T.
        • 傅W.
        • Campos E.I.
        • Pagano M.
        • Dynlacht B.D.
        USP33通过CentRiolar蛋白CP110的脱水来调节Centrosome生物生物。
        自然。 2013; 495: 255-259
        • 童X.
        • Buelow K.
        • 瓜哈A.
        • Rausch R.
        • 尹l。
        USP2A蛋白脱硫蛋白酶响应炎症信号而稳定昼夜彩易福彩Cry1。
        J. Biol。化学。 2012; 287: 25280-25291
        • 杨卫生。
        • 施希芬。
        脱硫酶USP37调节致癌融合蛋白PLZF / RAA稳定性。
        oncogene。 2012; (ePub: doi: //doi.org/10.1038/onc.2012.537)
        • Whitby F.g.
        • 夏G.
        • pick
        • 山C.P.
        人泛素样彩易福彩NEDD8的晶体结构和与遍霉素途径酶的相互作用。
        J. Biol。化学。 1998; 273: 34983-34991
        • Beltrao P.
        • 阿尔巴尼语V.
        • Kenner L.R.
        • Swaney D.L.
        • 伯灵名A.
        • Villen J.
        • lim w.a.
        • 弗雷泽J.s.
        • Frydman J.
        • krogan n.j.
        彩易福彩后改性的系统功能优先化。
        细胞。 2012; 150: 413-425
        • Hagai T.
        • Toth-Petroczy A.
        • Azia A.
        • levy y。
        泛素定位的起源和演化。
        摩尔。 Biosyst。 2012; 8: 1865-1877
        • 高D.
        • WAN L.
        • inuzuka h.
        • 伯格A.H.
        • 曾荫坊。
        • 翟德
        • Shaik S.
        • 贝内特E.
        • tron a.e.
        • 瓦迪J.A.
        • 刘阿。
        • Gygi S.P.
        • 哈珀J.W.
        • Decaprio J.A.
        • TOKER A.
        • 魏W.
        Rictor与Cullin-1形成复合物,以促进SGK1泛素化和破坏。
        摩尔。细胞。 2010; 39: 797-808
        • 黄F.
        • Kirkpatrick D.
        • 江X.
        • Gygi S.
        • Sorkin A.
        激酶结构域中均匀化eGF受体内化和降解的差分调节。
        摩尔。细胞。 2006; 21: 737-748
        • 轻弹K.
        • uni i.
        • wohlschlegel j.a.
        • Capati C.
        • 麦当劳W.H.
        • yates j.r.
        • Kaiser P.
        通过单个Lys 48连接的泛素链与突出的转录因子Met4无关调节。
        NAT。细胞。 BIOL。 2004; 6: 634-641
        • Scherer D.C.
        • Brockman J.A.
        • 陈祖
        • Maniatis T.
        • 巴拉德D.W.
        信号诱导的I KappaBα的降解需要特异性泛素化。
        Proc。 Natl。阿卡。 SCI。美国。 1995; 92: 11259-11263
        • deshaies r.j.
        SCF和Cullin /环H2的泛素蛋白连接酶。
        安努。 rev. cell dev。 BIOL。 1999; 15: 435-467
        • Dimova N.v.
        • hathaway n.a.
        • 李B..
        • Kirkpatrick D.S.
        • Berkowitz M.L.
        • Gygi S.P.
        • 芬利D.
        • 国王R.W.
        APC / C介导的多个MOOU相互作用为细胞周期蛋白B1提供替代降解信号。
        NAT。细胞。 BIOL。 2012; 14: 168-176
        • Kravtsova-idanteiv Y.
        • 科恩斯。
        • Ciechorover A.
        通过单一泛素部分而不是多化的修饰足以进行P105 NF-κB前体的蛋白酶体加工。
        摩尔。细胞。 2009; 33: 496-504
        • Shabek N.
        • 赫曼 - 巴克因斯基y.
        • Buchsbaum S.
        • 勒克森O.
        • Haj-Yahya M.
        • Hejjaoui M.
        • Lashuel H.A.
        • Sommer T.
        • Brik A.
        • Ciechorover A.
        蛋白酶体底物的尺寸决定了其降解是否将通过单核或多核化介导。
        摩尔。细胞。 2012; 48: 87-97
        • ZIV I.
        • Matiuhin Y.
        • Kirkpatrick D.S.
        • erpapazoglou z.
        • 莱昂斯。
        • Pantazopoulou M.
        • 金W.
        • Gygi S.P.
        • Haguenauer-Tsapis R.
        • 瑞斯雷
        • Glickman M.H.
        • Kleifeld O.
        一种扰动的泛素景观区分泛素在贩运和蛋白水溶液中。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2011; 10 (M111.009753)
        • Kirkpatrick D.S.
        • hathaway n.a.
        • 汉娜J.
        • Elsasser S.
        • 赶紧J.
        • 芬利D.
        • 国王R.W.
        • Gygi S.P.
        体外泛素泛蛋白B1的定量分析显示复杂链拓扑。
        NAT。细胞。 BIOL。 2006; 8: 700-710
        • 强奸M.
        • 雷迪S.K.
        • Kirschner M.W.
        通过APC的多氢化的处理能量决定了衬底劣化的顺序。
        细胞。 2006; 124: 89-103
        • 西部M.H.
        • 邦纳下午
        组蛋白2A,异统称八种彩易福彩。
        生物化学。 1980; 19: 3238-3245
        • goldknopf i.l.
        • BUSCH H.
        染色体缀合物 - 蛋​​白A24的非甾酮和组蛋白2A多肽之间的异肽连锁。
        Proc。 Natl。阿卡。 SCI。美国。 1977; 74: 864-868
        • 锄头C.
        • Pfander B.
        • 摩尔多瓦G.L.
        • Pyrowolakis G.
        • jesthchs.
        Rad6依赖性DNA修复与泛素和SUMO的PCNA的改性有关。
        自然。 2002; 419: 135-141
        • 王F.
        • Chan C.H.
        • 陈克。
        • 关X.
        • 林H.K.
        • 佟Q.
        SIRT1或SIRT2的FOXO3的脱乙酰化导致SKP2介导的FOXO3泛素化和降解。
        oncogene。 2011; 31: 1546-1557
        • Gronroos E.
        • 地狱U.
        • 哈丁C.H.
        • 爱立信J.
        通过乙酰化和泛素化之间的竞争控制Smad7稳定性。
        摩尔。细胞。 2002; 10: 483-493
        • 奥尔森J.V.
        • vermeulen M.
        • 桑塔马里亚A.
        • Kumar C.
        • 米勒M.L.
        • Jensen L.J.
        • GNAD F.
        • Cox J.
        • Jensen T.S.
        • nigg e.a.
        • 布鲁纳克斯。
        定量磷蛋白酶在有丝分裂期间揭示了广泛的全磷酸化位点。
        SCI。信号。 2010; 3: ra3
        • 吴R.
        • 哈斯W.
        • Dephoure N.
        • Huttlin E.L.
        • 翟德
        • Sowa M.E.
        • Gygi S.P.
        一种测量绝对彩易福彩磷酸化化学物质测定的大规模方法。
        NAT。方法。 2011; 8: 677-683
        • Clague M.J.
        • urbe s.
        泛素:相同的分子,不同的降解途径。
        细胞。 2010; 143: 682-685
        • 好的 iyoneda T.
        • Barriere H.
        • Bagdany M.
        • rabeh下午
        • 杜克。
        • Hohfeld J.
        • 年轻的J.C.
        • Lukacs G.L.
        外周彩易福彩质量控​​制从质膜中去除展开的CFTR。
        科学。 2010; 329: 805-810
        • 米斯基N.
        • Shema E.
        • 领域Y.
        • Schuster M.
        • SEGAL E.
        • oren m.
        单体素H2B与人细胞中高表达基因的转录区域相关。
        NAT。细胞。 BIOL。 2008; 10: 483-488
        • Yen H.C.
        • 徐Q.
        • Chou d.m.
        • 赵Z.
        • elldege s.j.
        哺乳动物细胞中的全局彩易福彩稳定性分析。
        科学。 2008; 322: 918-923
        • Benanti J.A.
        • 张S.K.
        • 布拉迪M.C.
        • toczyski d.p.
        彩易福彩组学筛选揭示调节糖酵解 - 葡糖原开关的SCFGRR1靶标。
        NAT。细胞生物。 2007; 9: 1184-1191
        • Trotschel C.
        • Albaum S.P.
        • Wolff D.
        • 施罗德S.
        • 韦斯曼A.
        • Nattkemper T.W.
        • 诗人A.
        彩易福彩周转方式以多标签方法:从数据计算到评估。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2012; 11: 512-526
        • Boisvert F.M.
        • 林Y.W.
        • Lamont D.
        • Lamond A.I.
        亚细胞彩易福彩组学分析亚细胞彩易福彩组学分析及DNA损伤诱导的变化。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2010; 9: 457-470
        • van wijk s.j.
        • Fiskin E.
        • 盖茨基米
        • Pampaloni F.
        • 侯J.
        • 野生P.
        • Kensche T.
        • Grecco H.E.
        • Bastiaens P.
        • 迪克斯I.
        基于荧光的传感器监测线性和K63连接的泛素链中的定位和功能。
        摩尔。细胞。 2012; 47: 797-809
        • 贝内特e.j.
        • shaler t.a.
        • 伍德曼B.
        • Ryu K.Y.
        • Zaitseva T.S.
        • Becker C.H.
        • 贝茨G.P.
        • Schulman H.
        • kopito r.r.
        亨廷顿疾病中泛素系统的全球变化。
        自然。 2007; 448: 704-708
        • 毁伤器e.b.
        • na c.h.
        • 徐P.
        • seyfried n.t.
        • Duong D.M.
        • 诚变。
        • 驾驶M.
        • Rees H.
        • LAH J.J.
        • Levey A.I.
        • 赶紧J.
        • 彭J.
        三种蛋白水解胁迫中的络合蛋白键合型材表明了阿尔茨海默病的病因。
        J. Biol。化学。 2011; 286: 10457-10465
        • Kaiser S.E.
        • 莱利B.E.
        • shaler t.a.
        • Tevino R.S.
        • Becker C.H.
        • Schulman H.
        • kopito r.r.
        用于测量细胞泛素池的彩易福彩标准绝对量化(PSAQ)方法。
        NAT。方法。 2011; 8: 691-696
        • 徐P.
        • Duong D.M.
        • seyfried n.t.
        • 诚变。
        • 谢Y.
        • 罗伯特J.
        • 赶紧J.
        • Hochstrasser M.
        • 芬利D.
        • 彭J.
        定量彩易福彩组学揭示了非传统泛素链在蛋白酶体降解中的功能。
        细胞。 2009; 137: 133-145
        • Dosztanyi Z.
        • CSizmok V.
        • TOMPA P.
        • 西蒙I.
        IUPRED:Web服务器基于估计的能量含量预测彩易福彩的本质上非结构化区域。
        生物信息学。 2005; 21: 3433-3434
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