人类蛋白质组大规模自上而下的蛋白质组学:膜蛋白,线粒体和衰老*

  • 亚当D.凯瑟曼
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    化学部门和分子生物科学,生命过程化学研究所,蛋白质组学卓越中心,以及罗伯特H. Lurie综合癌症中心,西北大学,伊利诺伊州埃文斯顿60208
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  • Kenneth R. Durbin
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  • Dorothy R. Ahlf.
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  • 布莱恩P.早期
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  • John C. Tran.
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  • Paul M. Thomas.
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  • Neil L. Kelleher
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    应解决对应的通信:Neil Kelleher教授,Tel.:1-847-467-4362,传真:1-847-467-3276;
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  • 作者脚注
    *根据奖励号码R01 GM067193(N.L.K.),由国立卫生学院的扼杀度支持这项工作得到了支持。 UIUC中心提供了额外的载体,用于细胞上的细胞信号传导(P30 DA018310),芝加哥生物医学联盟,在芝加哥社区信任的Searle基金的支持下,罗伯特H. Lurie综合癌症中心。
    本文含有补充材料。
      自上而下的蛋白质组学是作为常规鉴定的可行方法 数百到数千个蛋白质。在这项工作中,我们报告最大的自上而下 迄今为止的研究,鉴定来自转化的人类的1,220个蛋白质 细胞系H1299以假的发现率为1%。多种分离策略是 使用,包括聚焦分离线粒体,导致显着 改善蛋白质组覆盖率相对于先前的工作。总共347个线粒体蛋白 被鉴定,包括低于30kDa和过度的线粒体蛋白质的〜50% 75%的亚基构成大氧化磷酸化的大络合物。 发现三百份鉴定的蛋白质是整体膜蛋白 含有1到12个跨膜螺旋,不需要无具体的富集 或修改的LC-MS参数。观察到超过5,000种蛋白质orts,许多窝藏 翻译后修饰,包括超过含有脂质的十几种蛋白质 锚(一些先前未知)和许多其他具有磷酸化和甲基化的其他人 修改。未处理和衰老H1299细胞之间的比较揭示了几个 对蛋白质组的变化,包括HMGA2的高磷酸化。这项工作说明了 自上而下蛋白质组织表征大量完整的新兴能力 蛋白质文件以高吞吐量的方式。

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