肽鉴定的荟萃蛋白酶蛋白酶方法,其包含组装不确定性和基因组变异*

      匹配的偏见和/或MetaTransfriptomic数据,目前经常被使用,可以 对元标串联质谱(MS / MS)数据分析是有用的参考。这里 我们开发了一种用于鉴定肽和蛋白质的软件管道 使用衍生自匹配的梅毒(和MetaTransfrescomic)的蛋白质的Mescroteomic MS / MS数据 作为搜索数据库的数据,基于两种新颖方法Graph2pro(发布)和 var2pep(新)。 Graph2pro保留并使用Metagenome集会的不确定性 基于参考的MS / MS数据分析。 var2pep考虑了Metagenomic / MetaTransfriptomic中发现的变异 测序读取不保留在组件中(contigs)。新软件 管道提供两种工具的一次停止应用,它支持使用MetageNome 从常用的装配商组装,包括梅根特和离婚者。测试时 在两种多个OMIC微生物组数据集中,我们的管道显着 通过大约两倍改善了元素MS / MS光谱的鉴定率, 比较传统的Contiv-或基于读取的方法(单独识别var2pep 根据数据集的不同,5.6%至24.1%的独特肽)。我们也表明了这一点 鉴定的变体肽对于微生物谱的功能性谱是重要的。 所有结果表明,要考虑大会很重要 不确定因素和基因组变体,以促进元标称MS / MS数据解释。

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