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跖骨组:综合的定量元标准方法揭示了复合微生物瘤中分类学和蛋白质功能之间的连接*

  • 迦勒W. Easterly
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    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • Ray Sajulga.
    隶属关系
    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • Subina Mehta.
    隶属关系
    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • 詹姆斯约翰逊
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    明尼苏达大学明尼苏达大学的明尼苏达超级普通研究所,MN
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  • 匍匐Kumar.
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    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学

    明尼苏达大学明尼苏达大学的生物信息学与计算生物学,MN
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  • Shane Hubler.
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    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • Bart Mesuere.
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    特应大学计算机科学与统计数据,格文特,比利时

    Vib-Ugent Medical Biotechnology,Vib,特跟,比利时
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  • 乔尔·鲁德尼
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    ‡明尼苏达大学牙科学院,明尼阿波利斯,MN
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  • 蒂莫西J. Griffin
    隶属关系
    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • Pratik D. Jagtap.
    一致
    应当解决对应的通信:7-136 MCB,420华盛顿Ave Se,生物化学系,分子生物学和生物物理学系,明尼苏达大学,明尼阿波利斯,MN 55455;电话:612-816-4232;
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    明尼苏达大学,明尼阿波利斯大学的生物化学,分子生物学和生物物理学
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  • 作者脚注
    *我们致谢于赠送国家癌症研究所 - 癌症研究所的信息技术(NCI-ITCR)授予1U24CA199347和国家科学基金会(美国)授予1458524至T.G。我们还想承认极端科学和工程发现环境(XSEDE)研究分配BIO170096至P.D.J.使用JetStream基于云的计算资源进行科学计算(//jetstream-cloud.org/)在印第安纳大学保持。我们还承认明尼苏达超级计算研究所的支持,维护和更新银河实例。
      微生物组研究提供了对微生物影响的有希望的洞察力 生物系统。 Metaprootomics,社区中微生物蛋白的研究 水平,整合基因组,转录组和蛋白质组学数据以确定分类学 和微生物组的功能状态。但是,标准的Metaprootomics软件是 受几个限制,通常只支持光谱计数,强调 探索性分析而不是假设检测,很少提供能力 分析功能和分类的相互作用 - 即征集的互动性 对于不同的过程。
      在这里,我们展示了Metaquantome,这是一种分析的新型多方面的软件套件 通过利用复杂的分类学和功能层次结构来实现微生物组 总结肽级定量信息,强调无标签强度 方法。对于具有多个实验条件的实验,Metaquome提供 差分丰度分析,主成分分析和聚集热量 地图可视化,以及单个样本或实验的探索性分析 状况。我们使用两种方法对标准方法进行基准测试分析 以前发布的数据集:(1)人工组装的微生物社区数据集 (分类基准测试)和(2)具有一系列重组人蛋白的数据集 spiked into an 大肠杆菌 背景(功能基准测试)。此外,我们证明了使用metaquomome 在先前发表的人口腔微生物数据集上。
      在分类学和功能基准分析中,跖骨量化 分类和功能性比标准总结的方法更准确。 我们使用口头微生物组数据集来展示Metaquantome的生产能力 出版物质量数字和阐明口腔微生物组的生物过程。 Metaquantome能够进行高级调查,即属术数据集 广泛适用于与微生物组相关的研究。为了获得的利益, 灵活,可重复的分析,Metaquome是开源和可用的 命令行和银河系。

      图形概要

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        • 希尔梅曼S.
        • BrugèreJ.-f.
        • PEYRETAILLADE E.
        • 佩雷特P.
        ASAIM:基于星系的框架来分析Microbiota数据。
        傻瓜。 2018; 7
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