定义,比较和改善质谱法中的ITRAQ定量彩易福彩组学数据*

  • Lina Hultin-Rosenberg
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  • 作者脚注
    *该项目已获得Karolinska Institutet(Karolinska Institutet(Karolinska),瑞典研究委员会,瑞典癌症协会,斯德哥尔摩癌症协会和FP7欧盟项目Glycohit的金融支持。
    本文包含补充图。 S1至S12和表S1至S4。
      本研究的目的是为彩易福彩的决定产生基础 数量是可靠的,并寻找准确且精确的彩易福彩量化的方法。 为了研究这一点,我们使用了数千次肽测量来估计方差 由ITRAQ(相对和绝对量化的异armaric标签)的偏差 复合人样品中的质谱。 A549细胞裂解物以比例混合 2:2:1:1:2:2:1:1,通过高分辨率等电聚焦和液相色谱分离 并由三种质谱平台分析; LTQ Orbitrap Velos,4800 Maldi-Tof / TOF 和6530 q-tof。我们调查了ITRAQ记者离子的差异和偏差 数据受到常见实验变量的影响,例如样品量,样品分级, 碎片能量和仪表平台。基于此,我们建议了一个 实验设计的概念和彩易福彩量化的方法。通过使用 每次运行中重复样本,每个实验都是基于其内部验证的 实验变异。复制品用于计算肽重量,独特 到实验,用于彩易福彩量化。通过加权肽 根据记者离子强度,我们可以减少量化的相对误差 在彩易福彩水平并分配反映彩易福彩的每种彩易福彩的总重量 定量信心。我们还展示了这种方法的可用性 癌细胞系实验以及肺癌组织的临床数据组 样品。总之,我们在本研究中开发了一种改进的方法 霰弹枪彩易福彩组学中的彩易福彩量化并引入了一种评估量化的方法 对于肽少量彩易福彩。实验设计和发达的算法减少了 复杂生物样品分析中的相对彩易福彩量化误差。

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