海报会议A.

        A.1
        在病理学蛋白质组学研究中使用ITRAQ八年的经验教训
        Mia Jullig.1,马丁米德奇奇1,加入库珀1,2
        1莫里斯威尔金斯中心,奥克兰大学,奥克兰,新西兰; 2英国曼彻斯特大学
        我们的研究团队长期以来,蛋白质组学持有关键来解锁病理学。在过去的八年中,我们越来越多地使用基于LC-MS / MS的ITRAQ标签方法,以进一步了解各种感兴趣组织中许多病理学的理解。
        从我们的第一个项目利用ITRAQ,它变得清楚的是,对于获得蛋白质比的LC-MS / MS输出的手动处理优选使用由专有的定量蛋白质组织软件自动产生的比率。
        例如,我们已经确定了两种相对常见的氨基酸图案,其产生与某些ITRAQ报道离子的MS / MS M / Z值重叠,并且如果未占用,可能会干扰定量结果。此外,在研究组之间系统地不同程度的错过胰蛋白酶切割可以偏离结果,因为未切割的肽通常不太适合于通过LC-MS / MS检测。可能损害相对定量的其他因素包括耗尽生物流体中的可变成功。高丰富的蛋白质血浆,以及疾病中一种或多种高度丰富的蛋白质的大量变化。
        我们正在不断制定克服这些问题的战略。然而,尽管如此,每个新的组织和病理学都伴随着自己的挑战,突出了对每个项目的量身定制的方法,而不是普通公式的应用。
        我们在此提出了我们目前的方法来从ITRAQ标记样本中手动处理LC-MS / MS数据,以及一些案例,示出了上面的潜在缺陷,并演示如何管理这些缺陷。
        A.2
        整个动物15N代谢脉冲追踪标签显示哪种蛋白质持续
        杰弗里萨斯1,布兰登富山2,Varda Levram-ellisman3,Roger Tsien.3,马丁hetzer.2,约翰yates.1
        1美国加利福尼亚州的Scripps研究所; 2Salk Institute,拉霍亚,加利福尼亚州,美国; 3HHMI和大学。加利福尼亚圣地亚哥,加州,美国
        以前已经认识到了具有特殊长寿的蛋白质,并显示出高度专业化的生物学功能。这些极长的植物蛋白(ELLP)与年龄依赖性劣化有关,从降低的生育和听力损失降低到神经元的功能下降。虽然先前识别的ELLPS如眼镜晶体晶体,但缺乏造成衰老损伤基础理论的重要模型,缺乏系统识别极其长期存在的蛋白质组的系统方法。我们现在已经对15N标记的代谢脉冲进行了深度蛋白质组学质谱分析,以确定ELLP蛋白质组。
        为了系统地搜索ELLP,我们产生了“重”啮齿动物,具有代谢标记协议的代谢标记协议,并估计近乎完整的标签效率。我们将这些动物追逐14N持续0,3,9,26,78或104周,此时它们立即被牺牲。这些Chase周期大致在日志(时间)中等间隔。通过标准生化技术进行组织收割和分馏通过LCLC在露天的精英质谱仪上分析肽。用综合蛋白质组学管道(IP2,综合蛋白质组学应用)进行蛋白质鉴定和定量分析,使用可生成,DTASELECT2和人口普查进行。
        如预期的那样,我们发现几乎所有蛋白质(>99%)在啮齿动物组织中在少于几天内再循环,并且相对少量的蛋白质在体内长寿命。具有薄膜细胞的整体组织,其不会超过比那些具有快速细胞补充的组织更多的ellps。 ellps可以根据共享特征轻松分组。许多Ellps位于细胞核中,是大蛋白质复合物的组分,包括核体/染色质和核孔隙络合物。有趣的是,我们发现,这些多子单元组件的核心蛋白通常很长,而外围亚基也是如此。许多细胞外ELLP具有结构作用,包括髓鞘碱性蛋白质,层状蛋白和胶原蛋白。这些蛋白质的寿命与它们的分子功能一致,并且可以从大多数蛋白质降解机制屏蔽。我们还发现了大脑中的新ELLP,该大脑定位到轴突和突触,是目前和有效的调查领域。
        通过检查几个月的中间追逐时期,我们发现了另一类意外的ELLP。这些ellps不像其他人在与生物体的生命时间中保持细节环境中。相反,它们可能在开发期间专门发挥关键持久职能。一个这样的例子是少量基因特异性转录因子,其可能负责可以驱动细胞规格的基因激活程序。另一个意外的例子是跨膜蛋白,其有助于在发育过程中脑的细胞图案化。总之,ELLP蛋白质组代表了一组非凡的蛋白质,这可能有助于将未来的调查激励到其潜在的抗衰老或发育活动中。
        这些努力的外卖信息是,虽然几乎所有蛋白质都迅速翻转了有限数量的蛋白质,但在必要的生物过程中表现出异常的寿命和功能。
        A.3
        通过精子蛋白质组的镜片进化
        蒂莫西karr.
        亚利桑那州立大学,坦佩,阿兹,美国
        虽然众所周知,与原核(≈300AA)相比,真核蛋白(≈500AA)平均约三分之二较长,但对于这些差异负责的进化机制,尚未共识。给定蛋白质的长度部分地通过其功能的蜂窝环境确定。在快速生长环境中以高浓度(例如,代谢酶)存在的小效蛋白的选择性压力是可以理解的。然而,与原核生物相比真核细胞的复杂性可能需要延长培养专用功能的蛋白质(例如,细胞骨骼和膜蛋白)。对细胞型特异性蛋白质蛋白的了解可以允许更深入地了解细胞水平的蛋白质长度变化。遗憾的是,高吞吐量MS技术和数据分析才刚刚开始实现复杂二倍体细胞蛋白质蛋白质(可能含有向上至10,000个蛋白质)的深度覆盖。然而,MS已经证明了用于定义精子蛋白质,一种细胞类型的蛋白质组复杂性。我分析了各种物种的精子蛋白质长度,包括果蝇,小鼠,大鼠,人和猕猴,并将它们与这些物种的平均全蛋白质长度进行比较。显着,且不例外,分析的所有物种的平均精子蛋白长度明显长于整个蛋白质组。 DMEL精子蛋白质长度大于整个蛋白质组长度的平均值(950AA与507AA)的平均值。这些数据集还提供了对复杂的杂沙烷内单个细胞蛋白质蛋白质的变化的洞察力,并且可能为进化压力(选择)具有成形蛋白质长度的程度提供指标。因此,蛋白质长度进化可能已经通过与精子官能度(即动力,高轴向比)相关的性状驱动。这代表了全细胞蛋白质组长度的第一次分析,为未来功能,生物信息和进化分析的细胞蛋白质组进化中的未来功能,生物信息和进化分析提供了基础。
        A.4
        MEK和PI3K双抑制ELICITS途径和线粒体泛素
        雏菊bustos.,Joshua Baughman,Lilian Phu,Taner Dogan,William F. Forrest,Klaus P. Hoeflich,唐纳德S. Kirkpatrick
        Genentech,所以。旧金山,加州,美国
        已经开发了MEK(GDC-0973)和PI3K(GDC-0941)的小分子抑制剂用于治疗癌症,有效地在临床前模型引发肿瘤细胞死亡。我们之前证明,这些抑制剂在A2058黑色素瘤细胞中的组合诱导涉及扩增蛋白质磷酸化与细胞凋亡(Kirkpatrick等人)的响应的DNA损伤(Kirkpatrick等。PNAS 2013)。这些结果是在用GDC-0973和GDC-0941处理后的各个时间点在各种时间点标记磷酸肽的自由定量质谱。与这些研究平行,通过K-GG免疫亲和富集进行泛素底物分析。使用靶向来自遍霉素(-GG)的抗体捕获K-Gg肽,其在胰蛋白酶后残留在胰蛋白酶消化后保持与底物赖氨酸(K)残基。采用线性混合效果建模(石灰)在蛋白质水平上组装K-GG肽数据,选择候选人进行后续分析。在这些时刻结果注意到抑制剂靶向途径中的早期响应底物,DNA损伤反应和细胞死亡调节网络,如MEK1,PRKDC和PGAM5。在处理后的第一小时内最大地诱导MEK1的泛素,而PRKDC和PGAM5的广泛染色在稍后的时间点,其在下游响应中的作用作用一致。与这些同时同时,在致凋亡状态承诺时,线粒体底物如细胞色素底物(如细胞色素C,Miro2,ImmT和ChCH3)的显着增加。超过8h的细胞用4xEC50 GDC-0973和GDC-0941组合的组合显示出超过25个线粒体基材的泛素,包括代谢调节剂,结构组分和凋亡效应。评估这些线粒体蛋白的亚细胞素分布,令人惊讶的是注意,许多人在膜间空间(IMS)或线粒​​体基质中存在许多存在。该发现表明,在细胞凋亡期间,受损的外部线粒体膜和/或破坏线粒体蛋白质进口的破坏使得细胞溶胶泛素蛋白质进口能够进入该基材簇。这些结果说明了泛素碱谱系时间分析如何响应途径特异性抑制而揭示动态蛋白质组,并且可以对疏松受未知功能化合物影响的途径有价值。
        A.5
        由串联质谱法鉴定的已灭绝野牛Latifrons的保存蛋白质
        Alexander Barrett.,Ryan C. Hill,Travis Nemkov,Angelo D'Alessandro,Monika Dzieciatkowska,Kirk C. Hansen
        科罗拉多大学丹佛,丹佛,美国
        使用简化样品制备程序和串联质谱(MS)的蛋白质组学分析应用于从灭绝的野牛脱脂液上获得蛋白质鉴定,从而产生肽鉴定到超过45牛蛋白的肽鉴定。我们的分析导致了广泛的纤维状胶原序列覆盖率,包括体内产生的翻译后修饰的鉴定。在古代蛋白质集中首次鉴定羟基吡咯烷酰基化,思想参与胶原纤维形成和骨矿化的修饰。来自其他研究的数据的荟萃分析表明该修饰可以富集在保存完好的史前样本中。该分析出土了潜在的“胶原蛋白代码”,其识别出可随时间保存胶原蛋白的翻译后修改。
        A.6
        小鼠内源性Tau修饰的质谱分析
        Giselle Knudsen.1,Myghan Morris.2,3,Sumihiro Maeda.2,Jonathan C. Trinidad4,亚历山德拉Ianoviciu1,Alma L. Burlingame1,Lennart Mucke.2
        1加州大学,旧金山,加州,美国; 2美国加利福尼亚州旧金山的Gladstone神经疾病研究所; 3约翰霍普金斯大学医学院,巴尔的摩,MD,美国; 4印第安纳大学,布卢明顿,美国
        微管相关的蛋白质Tau致力于阿尔茨海默病(Ad)和其他神经退行性疾病的发病机制。减少TAU水平改善人淀粉样蛋白前体蛋白(Heamp)转基因小鼠的涉及相关的突触,网络和行为异常。我们使用了质谱法,表征了从野生型或幸存小鼠中分离的内源性Tau的翻译后修饰。我们在野生型小鼠的63个地点确定了六种不同类型的Tau修饰。 TAU修饰在Heap Hypertype小鼠之间相似,支持Hepumoy of Tau的生理形式使得幸存小鼠中神经元功能障碍的假设。我们的数据提供了有明确的证据,该证据支持乙酰化​​和泛素靶向相同的赖氨酸残基,选择位点也被赖氨酸甲基化靶向。我们的数据不支持内源性TAU广泛的O-GLCNAC修改的假设。复杂的生理TAU后翻译后修饰表明,TAU通过多样化的途径进行广泛调节。
        A.7
        基于抗体的蛋白质组学分析进展
        Matthew P. Stokes.,洪博顾,查尔斯L. Farnsworth,Jian Min Ren,Kimberly A. Lee,Jeffrey C. Silva
        1Cell Signaling Technology,Inc。,Danvers,Ma,美国
        蛋白质和肽的免疫亲和纯化(IAP)是一种强大的工具,用于富集样品用于后续LC-MS / MS分析。这些基于抗体的方法长期用于探测用于翻译后修饰的(PTM)肽,其通常不会被样品中的相对丰度的相对丰度较低。使用简并肽文库产生抗体,其选择性地识别特定PTM,但对PTM周围的氨基酸无症状。除了改性残余物之外,还可以在文库中固定有限数量的氨基酸,以产生识别特定序列基质的抗体,例如用于蛋白激酶的共有基板序列。该方法已成功应用于许多PTM,包括磷酸化,乙酰化和泛素。最近,许多进步允许使用IAP方法显着提高性能和增加的蛋白质组覆盖。已经开发出新的抗体以覆盖更多PTM,包括甲基 - 精氨酸,甲基赖氨酸和琥珀酰基赖氨酸。也提高了现有的抗体,允许鉴定单个LC-MS / MS运行中更加平移的翻译后修饰的肽。这些包括更新的磷酸酪氨酸抗体,以及新的单克隆乙酰赖氨酸试剂(由七种单克隆抗体组成),其提供任何可用乙酰赖氨酸抗体的乙酰化肽鉴定的最高数量。 PTMSCan Direct,利用特异性特异性抗体的鸡尾酒对关键信号蛋白的磷酸盐的IAP LC-MS / MS方法已经更新,以包括更多的试剂(因此覆盖更多途径),并使用单个亲和力覆盖更多的蛋白质/位置试剂。 IAP LC-MS / MS协议也适用于机器人平台,例如Agilent Assaymap Bravo系统,允许富集协议的自动化用于探测蜂窝信号传导的较大规模实验。
        A.8
        蛋白质组学 相对 转录组织鉴定癌症生物标志物:脑衍生的转移性乳腺癌细胞的情况
        马修D. DUN1,罗伯特J.Chalkley2,谢里安凯恩1,拉尔夫A. Bradshaw2, Hubert Hondermarck.1
        1生物医学科学学院&澳大利亚新南威尔士州纽卡斯尔大学健康和医学院的药房; 2美国加利福尼亚大学药学化学系,旧金山,加州,美国
        转录组织和蛋白质组学在搜索中已成为常见的方法,以识别新的癌症生物标志物。然而,目前尚不清楚蛋白质和mRNA表达匹配的癌症相关变化如何,因为尚未报告来自相同一组癌症样品的研究。在这里,我们在蛋白质组中进行了比较了变化 相对 与父母线MDA-MB-231相比,脑衍生的转移性乳腺癌细胞系中的转录组231-BR,其也是高度转移但没有器官选择性。通过往复标记这些细胞系中的每种细胞系进行比较蛋白质组学分析 13C6 L-赖氨酸(Silac分析)。使用胰蛋白酶/溶液C混合物顺序地消化可溶性和膜提取物,并通过用易于NLC超细液相色谱系统(Thermo)进行的色谱法分析Q-辐射加(Thermo Fisher Scientific)。通过蛋白质探测器(UCSF)的搜索比较,从原始数据中提取定量测量,并且在量化中仅使用具有大于10的信号到噪声的峰值。在用Affymetrix GeneChip平台mRNA提取和外显子分析后获得转录组数据。在231-BR / MDA-MB-231细胞比较中定量约2,500个蛋白质,产生超过169个蛋白质的列表,上调超过2倍(具有至少两种肽并测序相互测序)。当将其与转录组数据(〜9,800转录物)进行比较时,在蛋白质水平观察到的变化与mRNA水平的那些之间的变化之间发现了52%的相关性。 Ingenueny途径分析显示了与细胞侵袭和转移的放松管制有关的变化模式。特别地,与神经元引导和存活分子EphrinB1相关的信号传导途径,基质金属蛋白酶MMP1和组织转谷氨酰胺酶TGM2似乎与大脑中转移性肿瘤细胞的植入和发育有关。总之,这些数据表明蛋白质组学和转录组数据是互补的,而不是在寻求新的癌症生物标志物中验证,并且可以参与收购脑转移表型的转录后法规的多个水平。
        这项工作是部分由纽卡斯尔澳大利亚大学,猎人癌研究联盟,美国美国一般医学科学研究所,8P41GM103481和NIH 1S101016229的生物医学技术研究中心计划。
        A.9
        在食肉锥蜗牛中的单独捕食和防御鸟类的演变
        SébastienUtertre.1,2, Ai-Hua Jin1,Irina Vetter.1,3,布雷特汉密尔顿4,Kartik Sunagar.5,6,Vincent Lavergne.1,Valentin dutertre.1,布莱恩G. Fry1,7,agostinho Antunes.5,6,Deon J. Verter4,8,保罗F. Alewood1,Richard J. Lewis1
        1分子生物科学研究所;澳大利亚昆士兰州大学; 2Institut desBiomoléculesMax Mousseron,CNRS,UniversitéMontpellier,法国; 3澳大利亚昆士兰大学药房学院; 4病理署,母校南布里斯班,澳大利亚南布里斯班; 5Cimar / Ciimar,Centro Interdiachar deInvestigaçãoMarinhaE Ambiantal,Universide Do Porto,葡萄牙; 6Dept. de Biologia,Universidade Do Porto,葡萄牙; 7澳大利亚昆士兰大学生物科学学院毒液演变实验室, 8澳大利亚昆士兰大学医学系
        有毒的动物被认为在捕食和防御中注射相同的毒素组合,可能会在猎物和捕食者身上利用保守的目标药理学。令人惊讶的是,我们发现锥形蜗牛可以迅速,可逆地改变它们的毒液组成,以应对掠夺性或防御刺激。在本研究中,从杀手锥蜗牛康塞格地理学中收集了捕食和防御诱发的毒液。还解剖了一个样品,将毒液分为12个部分进行蛋白质组学分析。通过标准LC-MS和MALDI想象分析了所然的毒液。对减少,还原/烷基化和酶析消化的毒液样品进行信息依赖性获取。分级捕食和防御诱发的毒液,并使用高通量CA评估各部分的活性2+ 成像测定。在这里,我们表明防御诱发的毒液显着比捕食诱发的毒液更复杂,肽组合物中具有有限的重叠。 C. Geographus的防御诱发的毒液含有高水平的麻痹性毒素,其易于阻断神经肌肉受体,与其对人类的致命作用一致。相比之下,C.地理位置捕食诱发的毒液含有特异性特异性毒素在人体目标中主要无活性。捕食和防御诱发的毒液源自毒液管道的远端和近端区域,解释了不同的刺激可以产生两个不同的毒液。专门的防御性envenomation战略在蠕虫,软体动物和鱼狩猎锥蜗牛中广泛发展。我们提出了防御性毒素,最初在祖先蠕虫狩猎锥蜗牛中发展,以防止头部和鱼类捕食,已被重新捕食到掠食性毒液中,以促进鱼类和软体动物饮食的多样化。
        A.10
        用于亲和纯化/质谱数据的标准化评分系统
        徐立1,本杰明白2,鲁迪的guerra.2,朱杰陈1
        1德克萨斯大学,MD安德森癌症中心,休斯顿,德克萨斯州,美国; 2赖斯大学,休斯顿,德克萨斯州
        使用与质谱(AP / MS)偶联的亲和纯化的蛋白质 - 蛋白质相互作用提供了巨大的识别蛋白质功能。许多基于AP / MS的研究已经进行,并未发现数十万个PPI。然而,由于非特异性相关蛋白的出现有效地利用这些数据,并且在不同研究中的数据再现性相对较低的数据再现性,它仍然具有挑战性。在这里,我们提出了一种用于无标记AP / MS数据的Minkowski距离的概率评分方法,其将标准化概率分数分配以以数据驱动方式进行交互。我们提供了一种知识驱动模式,使用可用的AP / MS Datasets作为控制器,以及使用自定义负控的无知模式,以处理不同类型和数据集的尺度。与其他算法相比,它在识别真正的阳性和消除我们测试的AP / MS数据集中的真实阳性和消除误报时更有效地工作。使用此方法,我们过滤了我们的实验室和其他实验室生成的TAP / MS数据,并实现了高的间接数据再现性。我们希望这一新的计算工具能够更有效地直接对蛋白质的深入功能性研究,并有助于构建统一的人类蛋白质互乱组。
        A.11
        人蛋白脯氨酸羟基化位点的大规模蛋白质组学特征
        Dalila Bensaddek.,桑德拉C. Moser,Brian Ortmann,Sonia Rocha,Jason R. Swedlow,Angus I. Lamond
        基因监管中心中心,邓迪,苏格兰,GB
        脯氨酸羟基化是通过脯氨酰4-羟基 - 羟基酶催化的人类的大量翻译后修饰,分别产生4-羟脯氨酸和3-羟脯氨酸。脯氨酰-4羟基酶有三种同种型,称为脯氨酰羟化酶结构域蛋白质pHDS(PHD1-3或EGLN1-3)。
        脯氨酸残基的羟基化在感测分子氧水平中起着关键作用。在正常氧水平(常氧)PHDS催化脯氨酸羟基化在缺氧诱导因子单α(HIF1-α)的氧依赖性降解域(ODDD)内。这促进其与von Hippel Lindau蛋白(PVH1)的结合,其用作E3泛素连接酶复合物的靶向组分,该蛋白酶介导快速降解HIF1-α。
        除了HIF之外,使用目标质谱方法,我们最近鉴定了CEP192作为新型PHD1基板* 1。发现临界中心组分Cep192,通过PHD1在脯氨酸1717上羟基化,并靶向E3泛素连接酶SCF / SKP2的蛋白酶体降解。通过调节CEP192水平,PHD影响离心重复和中心成熟的过程,有助于调节细胞周期进展。类似地,我们已经将Centromere蛋白N CENP-N鉴定为pHD2的基材。需要在CENP-N中的特异性脯氨酸残基的羟基化是有丝分裂进展(提交的稿件)。这些最近的研究结果表明脯氨酸羟基化与细胞周期调节之间的重要联系。
        因此,我们通过PHD酶进行了对脯氨酸残留物的人蛋白质的系统分析,以鉴定新的基材并潜在地揭示生物调节机制中的脯氨酸羟基化的新作用。为了促进PHD底物的大规模定量蛋白质组学研究,必须优化通过质谱法可靠地检测羟脯氨酸的工作流程。
        脯氨酸羟基化导致小质量增量(16DA),并导致改性氨基酸,其与亮氨酸和异亮氨酸相似,这呈现出检测中的潜在技术困难,这主要涉及为什么羟脯氨酸修饰的遗址尚未被广泛表征出来。然而,羟基化改变改性肽的化学性质,使它们比其未修饰的对应物更亲水。色谱行为的这种差异使得脯氨酸 - 羟基化肽允许富集。我们已经表明,我们可以使用亲水相互作用色谱(HILIC)来富含含羟基化的脯氨酸 - (HyPro)含有肽,以增加其在随后的反向相LC-MS分析中的检测。
        使用这种方法,我们使用高分辨率质谱法对PHD1-3基板进行了大规模的定量分析。我们已经鉴定出超过2,000种羟基化的脯氨酸(HyPro) - 悬浮在从人U2OS细胞系中分离的蛋白质中的肽,对应于约1,000蛋白。这包括先前鉴定的PHD基材,例如PKM2 * 2和HCLK2 * 3以及许多新型基板。初始分析表明,鉴定的HyPro位点延伸到最初在HIF1-α中氧依赖性降解结构域(ODDD)中的PPD酶(PHD1-3)鉴定的LXXLAP基序。 * 4.
        参考
        1. Moser,S.等人。 PHD1将细胞周期进展链接到通过CEPTOSOMAL CEP192的羟基化的氧气感测。发展单元26,381-392,DOI:10.1016 / J.Devcel.2013.06.014(2013)。
        2.罗,W.等。丙酮酸激酶M2是缺氧诱导因子1.细胞145,732-744,DOI的pHD3刺激的共觉器。http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.054 (2011).
        3.谢,L.等。 HClK2的PHD3依赖性羟基化促进DNA损伤反应。临床调查杂志122,2827-2836,DOI:10.1172 / JCI62374(2012)。
        4. Epstein,A. C. R.等人。 C. Elegans EGL-9和哺乳动物同源物定义一系列二氧化酶,其通过脯氨酰化调节HIF。电池107,43-54,DOI:http://dx.doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00507-4(2001)。
        A.12
        使用辐射加EMR质谱仪探测蛋白质 - 配体和蛋白质 - 蛋白质相互作用
        Jonathan B. Johnston.1,žygyroe-žž2,迈克特纳卡1,申盛关1,保罗·鲁兹德蒙特拉诺1,大卫agard.2,Alma L. Burlingame1
        部门。 1药学化学, 2加州大学,加利福尼亚州的生物化学与生物物理学
        用辐射加EMR玻璃靶质谱仪调查蛋白质 - 配体和蛋白质 - 蛋白质相互作用。由于其高灵敏度和高分辨率能力,这种质谱仪在这些生物分析研究领域卓越。数据将介绍该分析平台的几种应用,以解决涉及配体结合和高阶蛋白质相互作用的复杂生物问题。检查的系统包括:糖皮质激素受体,细胞色素p450s和核小体。
        A.13
        Phoxtrack - 用于解密蛋白质的不偏不倚的方法,这些蛋白质是翻译后修改的原因
        Sascha Sauer.,Christopher Weidner,Cornelius Fischer,Magdalena Kliem
        Max-Planck-分子遗传学研究所,柏林,德国
        生理学主要是通过微调翻译修改(PTM)信号传导的微调控制。诱导PTM信号传导的整组激酶和其他酶的分析可以提供细胞状态的整体视图,并产生对实验测试的无偏析假设。定量质谱允许对PTM进行综合分析,包括例如检测几十千个磷酸水。然而,应用用于发现潜在的调节酶的目前的数据分析工具患有巨大的效率。为了克服这一瓶颈,我们介绍了菲萨克特拉克(因果激酶的磷酸X追踪分析),策略和用户友好的软件工具,用于分析大型PTM数据集。与其他工具相比,Phoxtrack利用全套定量蛋白质组学数据,并应用非参数统计,以确定定义的激酶特异性磷酸序列是否表明各种生物条件之间的统计学意义,同意差异。由此,菲萨克特拉克可以有效地提取综合蛋白质组学数据集的后翻译信息,以对关键调节蛋白和推断分子途径进行疏忽。将介绍用于基准偶氮技术的各种案例研究,包括信号通路的构建。 Phoxtrack将在未来几年内维持,并作为非商业用途自由用途 http://phoxtrack.molgen.mpg.de/。用户还将找到一个教程,另外可以提供反馈: //groups.google.com/d/forum/phoxtrack-discuss.
        A.14
        通过良官能软件排除毒液分析
        马歇尔伯尔尼1,Doron Kletter.1,大卫芬义2,大卫摩根术2,Beastrix Ueberheide.2,尼古拉斯伯尔尼1,威尔弗雷德1,永J.克拉1,克里斯托弗贝克尔1
        1蛋白质指标,圣卡洛斯,加州,美国; 2纽约大学,纽约,纽约,美国
        来自蜗牛,蜘蛛,蛇等生物的毒液代表了丰富的生物活性分子来源,潜在的药物引导和研究工具。毒液为蛋白质组学分析带来了许多特殊挑战:(1)粗毒液可含有100个或更多个个体毒素,一些相当低的丰度; (2)蛋白质数据库通常不完全或不准确; (3)毒素具有高达〜10kDa的肿块,因此可能难以获得良好的碎片覆盖率; (4)毒素含有多种二硫键,在海洋蜗牛的情况下,许多后期改性; (5)毒液含有多个序列变体,具有不同效力,功效和选择性,因此在序列分配中实现绝对精度是重要的。一种成功的数据采集方法衍生半胱氨酸以增加电荷状态,然后在高电荷的前体上使用ETD碎片。该方法产生复杂的光谱,反过来呈现数据分析的挑战。
        在这里,我们展示了我们如何在各种生物分析毒液中的使用。致答案包括更多标准蛋白质组学搜索引擎中未发现的许多功能:高级ETD评分,考虑到许多ETD特定现象;修改精细控制,可实现大型修改搜索;和通配符搜索,它找到了意外的修改和序列变体。我们使用和通过Cononic进行评分和注释数据库序列,并自动和手动生成De Novo候选者。我们发现,一个毒液成分的成功测序通常导致许多相关毒素的鉴定。我们还发现,通过统一分析3至10kDA和Z = 4 +至Z = 14 +范围的分子,该分析是应变标准的自下而上的搜索引擎,但不足以证明简化的证明自上而下搜索引擎中的评分和搜索策略。使用我们的策略,我们能够在螺旋蜗牛,蜘蛛和蝎子的粗毒液直接从2到8 KDA的粗毒液中直接从60多个序列结束。
        致谢:NIH Grant R43 GM103362支持这项工作。
        A.15
        治疗诱导的凋亡肽作为小鼠模型中的疗效生物标志物
        朱莉娅海员,詹姆斯A.井
        加利福尼亚大学,旧金山,加州,美国
        细胞凋亡,一种编程细胞死亡的形式,是在整个美唑烷中的必要细胞功能和保守的过程。许多化学治疗诱导肿瘤细胞凋亡,并且在疾病组织中选择性地诱导细胞凋亡的成功治疗。然而,仍然难以预测和跟踪诊所的治疗效果。途径的信号是有吸引力的疗效生物标志物靶标,因为药物暴露后几乎立即发生凋亡生物化学变化。对肺癌等疾病的治疗疗效生物标志物有很大的需求,许多患者表现出耐药性。细胞凋亡的主要作用者是蛋白酶,尤其是半胱天冬,其粘合成千上万的蛋白质,导致细胞的拆除。井展实验室已经开发出阳性富集标记方法,以鉴定凋亡蛋白水解肽,最近的数据显示成千上万的裂解事件。由于小鼠通常用于研究癌症和药物功效,我将基于进化,动力学和药物和细胞型模式产生小鼠数据集和分析肽,以揭示具有生物标志物电位的重要凋亡子集。然后,我将使用检测到的肽作为在小鼠模型中制造生物标志物面板的基础,专门关注多个骨髓瘤。本研究旨在发现和验证鼠凋亡相关肽,分类它们,并创建准确的生物标志物面板以预测治疗响应。
        A.16
        组织工程支架的细胞外基质定量:使用QConcat方法分析大鼠肺的方法
        瑞安山1,伊丽莎白A. Calle2,Laura E. Niklason2,kirk c. hansen1
        1科罗拉多大学 - 丹佛,美国助理公司奥罗拉; 2耶鲁大学,纽黑文,CT,美国
        细胞外基质(ECM)是大分子的复杂Milieu,其结构和功能在组织和器官形态发生中发挥着积分作用。已显示ECM组成和结构的变化介导细胞增殖,分化和生长,作为用于组织工程努力的器官支架的关键组分。已经显示出脱细胞化支架的有效再播种取决于保持天然ECM结构完整性和弹性。脱细胞化程序的关键目标是保留器官的微体系结构,并保留指导成功透露的组织特异性分子提示。 ECM支架(胶原蛋白,层状,纤维连接蛋白)中丰富蛋白表达的局部变化与细胞重新掺杂和随后的增殖的差异相关。认为保留ECM形态允许细胞在重组期间被引导回组织特异性地基,并且这些分子提示的丰度的小变化可能会大大影响转速过程。然而,用于表征天然和细胞组织的蛋白质组成的目前的方法未能准确地量化ECM蛋白。因此,我们通过使用QConcat方法分析了通过分析杂交溶解和不溶分和(2)的精确定量蛋白质水平来增加蛋白质覆盖率的更完整和准确的蛋白质表征方法。使用该方法,我们具有绝对量化的210肽,代表102个ECM靶向和细胞蛋白。初始结果表明,使用常见的蛋白质组学方法,丢弃高达70%的纤维蛋白是脱细胞化支架的主要结构部件。此外,各种脱细胞化程序导致肺中的ECM蛋白质的明显曲线。我们的方法允许更准确地定量用于器官工程实验的肺组织中的蛋白质水平。通过肺样本的ECM蛋白的准确表征应通过产生读出的读出来帮助提前组织工程努力,这些读出可以与功能结果相关联以推动进一步的发展。
        A.17
        翻译引发因子EIF4E在C.秀丽隐杆线上的作用的蛋白质组学分析
        Juan Oss-Prieto1,玛丽亚Quimis Ponce2,秦东2,A. L. Burlingame1,Robert E. Rhoads2
        1加利福尼亚大学,旧金山,旧金山,USA; 2路易斯安那州立大学健康科学中心在Shreveport,La,美国
        翻译引发是一种多步骤过程,其中一系列发起因子多肽依次粘合到mRNA中,以构建增加尺寸的复合物。对于大多数真核mRNA,引发依赖于7-甲基胍(M7G) - 占地5'-端子帽结构。帽插入真核引发因子4e(EIF4E)中的窄袋中。当EIF4E在翻译中激活时,EIF4G与EIF4E的相对(“背部”)侧绑定,并且EIF4G反过来依次绑定到RNA Helicase EIF4A,翻译多(A) - 桥接蛋白,EIF3等启动因素。当EIF4E在翻译中无活性时,EIF4G结合位点被其他EIF4E结合蛋白封闭。已经显示出不同的EIF4E结合蛋白来调节各种生物系统中该发起因子的活性。
        五个eif4e-family成员被称为ife-1至ife-5,在Caenorhabdiseltegans中表达,但多个家庭成员的生理学理由尚不清楚。 IFE-1基因的破坏表明,IFE-1是雌雄同体和雄性中的精子发生所必需的,导致精子细胞在细胞因子中失效并在卵母细胞发育中产生中度缺陷。为了进入其它分子机制,我们在M7GTP-Sepharose上使用了亲和层析,纯化与EIF4E共同纯化的蛋白质,并在野生型和IFE-1敲除菌株之间比较,推理蛋白质在IFE-1中唯一存在的蛋白质 - 筛选复合物将在突变体中耗尽。用偶联至质谱法定量与ITRAQ技术进行比较来自野生型和突变菌株的蛋白质。我们鉴定了来自900个蛋白质的7500只肽,虚假发现率为0.3%。其中,使用至少3个肽量化439个蛋白质。 ITRAQ数据表明,IFE-1水平在突变萃取物中减少了至少8倍,但是蛋白质印迹显示IFE-1是不可检测的。 ITRAQ的低估是由于定量比的良好表征压缩。野生型和突变体之间的所有其他IFE家庭成员都没有变化。在突变提取物中耗尽三种蛋白质与IFE-1相同的程度:P颗粒异常蛋白1(PGL-1),P颗粒异常蛋白2(PGL-2),以及CID同源物1(CID-1),终端脲酸盐转移酶(Tutase)。另外150个蛋白质变为较小程度。致酶将残留物添加到各种RNA物种中以引发它们的降解,最合适的是组蛋白MRNA和miRNA。因此,CID-1可以改变mRNA或miRNA的水平,以促进种系计划或在配子发生过程中抑制体细胞程序。
        对于突变体和野生型蠕虫的帽结合复合物之间的所有蛋白质,我们还测量了它们在总细胞提取物中的水平,以确定这些变化是由于总细胞水平的差异。例如,IFE-1可以可以想象参与其中一些蛋白质的合成。由于适用于CID-1和大多数其他蛋白质的适用于蛋白质印迹的抗体,因此我们使用单一反应监测(SRM)使用基于MS的无标记定量来量化其相对水平。 CID水平在总蛋白质提取物中没有不同。
        NIH Grants Nigms 8P41GM103481,1S10RR02662和R01 GM020818支持这项工作。