比较单体甲基尿苷彩易福彩组学表明,彩易福彩精氨酸甲基转移酶1(PRMT1)是精氨酸单甲基化的重要因素 Toxoplasma Gondii.

  • 拉玛R. Yakubu.
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    来自纽约布朗克斯的Albert爱因斯坦医学院病理部;
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  • 娜塔莉C. Silmon de Monerri
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  • 爱德华犬
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    纽约布朗克斯艾伯特爱因斯坦医学院生物化学系;

    纽约布朗克斯艾伯特爱因斯坦医学院发育与分子生物学系;
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  • Kami Kim
    一致
    应解决谁的通讯:Albert爱因斯坦医学院,1300米尔斯帕克大道,Bronx,NY,10461。
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  • Louis M. Weiss.
    一致
    应解决谁的通讯:Albert爱因斯坦医学院,1300米尔斯帕克大道,Bronx,NY,10461。
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    来自纽约布朗克斯的Albert爱因斯坦医学院病理部;

    纽约布朗克斯·艾伯特爱因斯坦医学院传染病医学司;
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  • 作者脚注
    本文含有补充材料。
      精氨酸甲基化是在核和细胞质蛋白上发现的常见后改变,其具有转录调节,RNA代谢和DNA修复的作用。原生动物寄生虫Toxoplasma Gondii.具有复杂的生命周期,需要转录可塑性并具有独特的转录调节途径。精氨酸甲基化可能在该生物体中发挥转录调控和剪接生物学的重要组成部分。这T. Gondii.基因组含有五种推定的彩易福彩精氨酸甲基转移酶(PRMT),其中PRMT1对于细胞分裂和生长是重要的。为了更好地理解后期改变的后期改性单甲基精氨酸(MMA)的功能T. Gondii.,我们使用采用抗MMA特异性抗体的亲和纯化进行MMA蛋白的彩易福彩组学分析,然后进行质谱。精氨酸单甲基族T. Gondii.含有大量RNA结合蛋白和多个APIAP2转录因子,表明在RNA生物学和转录调节中的精氨酸甲基化作用。令人惊讶的是,90%的彩易福彩被检测为在先前的磷彩易福彩研究中被磷酸化,这引发了在该生物体中的MMA和磷酸化之间相互作用的可能性。支持这一点,许多激酶也是精氨酸甲基化。因为prmt1被认为是一个主要的prmtT. Gondii.,缺乏MMA特异性PRMT的生物体,我们应用了比较彩易福彩组学,了解PRMT1可能有助于MMA彩易福彩组T. Gondii.。我们鉴定了许多推定的PRMT1底物,包括RNA结合蛋白,转录调节剂(例如AP2转录因子)和激酶。这些数据共同突出了MMA和PRMT1在精氨酸甲基化中的重要性T. Gondii.作为大量过程的潜在调节因子,包括RNA生物学和转录。
      精氨酸甲基化发生在细胞质和核蛋白上,并且在许多途径中具有重要功能,包括表观遗传和转录调节,RNA剪接和DNA损伤反应(
      • Bedford M.T.
      • 克拉克斯。
      哺乳动物中彩易福彩精氨酸甲基化:谁,谁,以及为什么。
      )。在分子水平下,精氨酸的甲基化不会通过增加疏水性和空间障碍而改变彩易福彩或核酸结合亲和力,防止氢键(
      • Bedford M.T.
      • 克拉克斯。
      哺乳动物中彩易福彩精氨酸甲基化:谁,谁,以及为什么。
      ,
      • Bedford M.T.
      • Frankel A.
      • Yaffe M.B.
      • 克拉特S.
      • leder p.
      • 理查德S.
      精氨酸甲基化抑制富含脯氨酸的配体与SRC同源性3的结合,但不是WW,结构域。
      )。在涉及与S-腺苷甲硫氨酸的甲基转移反应的情况下,精氨酸甲基化增加了氢键能力(
      • 霍洛伊茨S.
      • Trevel R.C.
      生物结构中的碳 - 氧氢键。
      )。虽然许多精氨酸甲基化研究的焦点已经是精氨酸的组蛋白(
      • 莫里纳 - 塞拉诺D.
      • Schiza V.
      • Kirmizis A.
      表观遗传修饰之间的交叉谈话:组蛋白精氨酸甲基化的课程。
      ),这种翻译后修饰(PTM)也发生在具有不同功能的大量非组蛋白蛋白上。例如,转录因子的精氨酸甲基化可以通过防止泛素介导的破坏所需的磷酸化事件来抑制它们的降解(
      • yamagata k。
      • DaiToku H.
      • Takahashi Y.
      • namiki k。
      • 生真K.
      • Kako K.
      • Mukai H.
      • Kasuya Y.
      • Fukamizu A.
      Foxo转录因子的精氨酸甲基化抑制了Akt的磷酸化。
      )。最大的非甾酮精氨酸甲基化彩易福彩是RNA结合蛋白(RBP);在某些情况下,精氨酸甲基化负调节RBP对RNA的结合(
      • 魏H.M.
      • 胡H.H.
      • 常G.Y.
      • 李y.j.
      • 李玉。
      • 张H.H.
      • 李C.
      细胞核酸结合蛋白的精氨酸甲基化不会影响其亚细胞定位,但阻碍了RNA结合。
      )在其他人中,增强了绑定(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。 RBP在精氨酸甲基化蛋白中的过度陈述被认为与甘氨酸 - 精氨酸(GAR)基序的高频率有关,其被催化精氨酸甲基化的酶靶向(
      • Najbauer J.
      • 约翰逊B.A.
      • 年轻A.L.
      • aswad d.w.
      具有与甘氨酸相似的序列的肽,用RNA与RNA相互作用的精氨酸的基序通过在许多彩易福彩中的甲基转移酶改性精氨酸有效地识别。
      )。然而,对于人类的精氨酸甲基化的详尽研究,这种优先挑战,其中仅在GAR主题中发现(主要是新的)8030甲基化位点的三分之一(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
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      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      ),建议在序列上下文依赖方式中不会发生精氨酸单甲基化。
      精氨酸甲基化由彩易福彩精氨酸甲基转移酶(PRMT)介导
      所用的缩写是:PRMT,彩易福彩精氨酸甲基转移酶; APIAP2,APICOMPLANAN Apetala 2转录因子; arg,精氨酸(r); CDPK,钙依赖性蛋白激酶; CARM1,共催胶相关的精氨酸甲基转移酶1; Cys,半胱氨酸(c); DUF,未知功能的域;额外,细胞外; FDR,虚假发现率;去,基因本体;甘氨酸 - 精氨酸; H3R2ME2,组蛋白3二甲基精氨酸2; H4R3ME2,组蛋白4二甲基精氨酸3; HFF,人类包皮成纤维细胞; JMJD6,含Jumonji域域6; Kegg,Kyoto基因组百科全书; Lys,Lysine(L); MGF,吉祥物通用格式;满足,甲硫氨酸; MMA,单甲基精氨酸; ADMA,NG-NG - 不对称二甲基碱; SDMA,OMEGA NG-NG-ymbetric Dimethyl族; Padis,肽基精氨酸离氨酶; PBS,磷酸盐缓冲盐水; PTM,翻译后修改; prmt1comp,prmt1补充 T. Gondii. 拉紧; PRMT1KO,PRMT1淘汰赛 T. Gondii. 拉紧; RBD,RNA结合结构域; RBP,RNA结合蛋白; RRM,RNA识别主题;斯蒂,丝氨酸苏氨酸酪氨酸; SPT6,TY 6的抑制器; TRP,色氨酸(W); Tyr,酪氨酸(Y); wt,野生型。
      ,
      1所用的缩写是:PRMT,彩易福彩精氨酸甲基转移酶; APIAP2,APICOMPLANAN Apetala 2转录因子; arg,精氨酸(r); CDPK,钙依赖性蛋白激酶; CARM1,共催胶相关的精氨酸甲基转移酶1; Cys,半胱氨酸(c); DUF,未知功能的域;额外,细胞外; FDR,虚假发现率;去,基因本体;甘氨酸 - 精氨酸; H3R2ME2,组蛋白3二甲基精氨酸2; H4R3ME2,组蛋白4二甲基精氨酸3; HFF,人类包皮成纤维细胞; JMJD6,含Jumonji域域6; Kegg,Kyoto基因组百科全书; Lys,Lysine(L); MGF,吉祥物通用格式;满足,甲硫氨酸; MMA,单甲基精氨酸; ADMA,NG-NG - 不对称二甲基碱; SDMA,OMEGA NG-NG-ymbetric Dimethyl族; Padis,肽基精氨酸离氨酶; PBS,磷酸盐缓冲盐水; PTM,翻译后修改; prmt1comp,prmt1补充 T. Gondii. 拉紧; PRMT1KO,PRMT1淘汰赛 T. Gondii. 拉紧; RBD,RNA结合结构域; RBP,RNA结合蛋白; RRM,RNA识别主题;斯蒂,丝氨酸苏氨酸酪氨酸; SPT6,TY 6的抑制器; TRP,色氨酸(W); Tyr,酪氨酸(Y); wt,野生型。
      将其催化的精氨酸甲基化的类型分类为IV(补充表S1)。个人PRMT家族成员在其生化特性和底物特异性方面有显着差异(
      • Herrmann F.
      • pibly p.
      • Eckerich C.
      • Bedford M.T.
      • fackelmayer f.o.
      人彩易福彩精氨酸甲基转移酶在PRMT家族的八个典型成员的体内特性中的体内特性。
      ),建议他们具有非冗余功能。四种类型的精氨酸甲基化各自具有潜在不同的功能。虽然MMA是可能的二甲基化(OMEGA-NG-DIMethyl垄)之前的中间步骤,但可以通过所有PRMT催化,MMA作为终端PTM的重要性已经阐述(
      • Bachand F.
      彩易福彩精氨酸甲基转移酶:从单细胞真核生物到人类。
      )。 I型和II型PRMT可以将第二甲基转移到Aginine上的相同或其他氮,形成ω ng-ng. - metric ichetric indeThyl族(ADMA)或ω ng-ng. - 分别对称二甲基碱(SDMA)。已经确定了少数III类PRMT; prmt7在人类(
      • Zurita-Lopez C.I.
      • Sandberg T.
      • 凯莉r.
      • 克拉克斯。
      人彩易福彩精氨酸甲基转移酶7(PRMT7)是一种形成ω-Ng-单甲基化精氨酸残基的III型酶。
      ), C. Elegans. (
      • Takahashi Y.
      • DaiToku H.
      • Yokoyama A.
      • Nakayama K.
      • kim j.d.
      • Fukamizu A.
      C. Elegans. prmt-3具有III型彩易福彩精氨酸甲基转移酶活性。
      ),Kinetoplastidae(
      • ferreira t.r.
      • alves-ferreira e.v.c.
      • defina t.p.a.
      • Walrad P.
      • Papadopoulou B.
      • Cruz A.K.
      在Leishmania主要的RBP相关的精氨酸甲基转移酶7的改变表达影响了寄生虫感染。
      ),Choanoflagellates和促葡萄质蛋白酶(
      • FISK J.C.
      • Sayegh J.
      • Zurita-Lopez C.
      • Menon S.
      • PRESNYAK V.
      • 克拉克斯。
      • 阅读L.K.
      来自原生动物寄生虫胰蛋白酶瘤Brucei的III型彩易福彩精氨酸甲基转移酶。
      )。其中仅锥虫瘤素PRMT7港口专门终端MMA甲基转移酶活性。催化甲基的IV型PRMTS在精氨酸的胍氮中催化,是罕见的,但存在于真菌和植物中(
      • McBride A.E.
      • Zurita-Lopez C.
      • regis A.
      • Blum E.
      • 康博伊A.
      • elf s.
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      彩易福彩精氨酸甲基化在念珠菌彩易福彩中:在核运输中的作用。
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      • Niewmierzycka A.
      • 克拉特S.
      S-腺苷甲硫氨酸依赖性甲基化在酿酒酵母中。
      )。
      横跨大量组织和细胞类型,估计不同类型的修饰的比例为约3:2:1,适用于ADMA / MMA / SDMA(
      • Paik W.K.
      • 金斯。
      ,
      • 松山M.
      ε-甲基化赖氨酸和胍丙氨酸 - N-甲基化精氨酸的彩易福彩。 3.性质和哺乳动物的存在和分布。
      )。虽然MMA通常被认为是暂时性修改,但MMA的特异性特异性调节(
      • Sylvestersen K.B.
      • 喇叭H.
      • Jungmichel S.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      人体细胞精氨酸甲基化位点的彩易福彩组学分析揭示了转录逮捕期间的动力调节。
      )和限制一些刺激的刺激(
      • FISK J.C.
      • Sayegh J.
      • Zurita-Lopez C.
      • Menon S.
      • PRESNYAK V.
      • 克拉克斯。
      • 阅读L.K.
      来自原生动物寄生虫胰蛋白酶瘤Brucei的III型彩易福彩精氨酸甲基转移酶。
      )表明MMA在其自己的生物学相关。重要的是,在不同类型的甲基修饰之间存在动态相互作用,ADMA能够阻断同一基板上的SDMA和MMA(
      • Dhar S.
      • Vemulapalli V.
      • PATANANAN A.N.
      • Huang G.L.
      • di lorenzo A.
      • 理查德S.
      • 梳理M.J.
      • 郭阿。
      • 克拉克斯。
      • Bedford M.T.
      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
      )。然而,尽管PRMT型决定了甲基修饰的类,但人类中的MMA蛋白微血体研究证明了特定的PRMTS确定基质的功能,如HNRNPul1的结合能力与PRMT4和PRMT1的敲低的变化所示但不是prmt5(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。这些发现在一起延长了甲基化机械的调节能力,表明需要不同的PRMT酶来调节相同基质的单独的生物学功能。
      直到最近,精氨酸甲基化被认为是永久性修饰;然而,最近的研究表明这种PTM的动态调节。例如,在放线霉素D诱导的转录骤停血下,单甲基化位点降低,而相应的二甲基和彩易福彩表达水平没有(
      • Sylvestersen K.B.
      • 喇叭H.
      • Jungmichel S.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      人体细胞精氨酸甲基化位点的彩易福彩组学分析揭示了转录逮捕期间的动力调节。
      )。此外,由Jumonji域蛋白JMJD6介导的肿瘤坏死因子受体相关因子6对肿瘤坏死因子受体相关因子6的可逆甲基化对Toll样受体信号传导非常重要(
      • Tikhanovich I.
      • 库拉维S.
      • Artigues A.
      • Villar M.T.
      • Dorko K.
      • Nawabi A.
      • 罗伯茨B.
      • Weinman S.A.
      TNF受体相关因子6的动态精氨酸甲基化调节Toll样受体信号传导。
      )。 JMJD6还去甲基化物组蛋白3(H3R2ME2)和组蛋白4(H4R3ME2)(
      • 诚变。
      • 海尔斯J.
      • 沙班班S.
      • Bedford M.T.
      精氨酸甲基转移酶CARM1调节转录和mRNA加工的偶联。
      ),提供动态组蛋白甲基化的机制(
      • NG S.S.
      • 岳W.W.
      • Oppermann U.
      • Klose R.J.
      染色质生物学的动态彩易福彩甲基化。
      )。最近的工作具有含有肽肽的精氨酸脱氨酶(Padis),作为推定的去甲基酶,其通过将精氨酸脱氨至瓜氨酸来起作用,从而防止甲基化[在(
      • 汤普森P.R.
      • 快速W.
      通过彩易福彩精氨酸离去咪钛酶的组蛋白瓜氨酸:精氨酸甲基化是绿光还是障碍物?
      )]。这些发现表明,精氨酸甲基化PTMS比以前认为更动态。
      与其他简单的真核生物相比,PRMT酶在许多王国范围内与原生动物中存在的延长刺痛(
      • FISK J.C.
      • 阅读L.K.
      寄生原生动物中的彩易福彩精氨酸甲基化。
      )。每个原生动物有机体中存在的各种各样的刺激因素都不同,这表明PRMTS可能在不同寄生虫的生物学中具有独特的作用。 Toxoplasma Gondii. 是一种重要的人类和兽医病原体,具有复杂的生命周期,具有多轮感染不同宿主和细胞类型。在宿主组织中,它在快速复制的Tachyzoite阶段和生长缓慢,囊肿形成的Bradyzoite形式之间可逆地区分,这两种在这种感染的发病机制中都很重要。在生命周期过渡期间发生转录的变化(
      • RADKE J.R.
      • Behnke M.S.
      • Mackey A.J.
      • Radke J.B.
      • Roos D.S.
      • 白色m.w.
      弓形虫转录组。
      )和PTM是重要的监管机构 T. Gondii. cell cycle (
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。在以前的工作中,我们确定了多种单甲基化精氨酸残基 T. Gondii. histones (
      • Nardelli S.C.
      • Che F.Y.
      • silmon de monerri n.c.
      • 肖H.
      • 别人偏袒
      • 马德里艾利特C.
      • 天使S.O.
      • 沙利文w.j.
      • Angeletti R.H.
      • 金库克。
      • Weiss L.M.
      Toxoplasma Gondii的组蛋白代码包括保守和独特的后翻译修改。
      ,
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。 T. Gondii.,编码五个PRMT,其中四个预测是I型PRMT,其预测为II型酶,基于与人类同源物的序列相似性(补充表S1)。 I型PRMTS,TGPRMT1和TGPRMT4,具有彩易福彩精氨酸甲基转移酶活性和修饰组蛋白(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ,
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
      • 亚伦T.
      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。 TGPRMT4定位于寄生虫的核心,其中它涉及基因调节和寄生虫发育(
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
      • 亚伦T.
      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。此外,TGPRMT4的抑制诱导与BradyzoITes的分化,从而支持在调节生命周期过渡时对精氨酸甲基化的作用。 TGPRMT2是一个非甘露透止的TGPRMT,报道与PRMT6的同源性弱,I型PRMT(
      • FISK J.C.
      • 阅读L.K.
      寄生原生动物中的彩易福彩精氨酸甲基化。
      )。
      另一方面,TGPRMT1主要定位于细胞溶溶胶和PericentRiolar地区,并确保在寄生虫复制期间对子细胞进行正确的偏析(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。像人类prmt1(
      • Dhar S.
      • Vemulapalli V.
      • PATANANAN A.N.
      • Huang G.L.
      • di lorenzo A.
      • 理查德S.
      • 梳理M.J.
      • 郭阿。
      • 克拉克斯。
      • Bedford M.T.
      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
      ),TGPRMT1不是生存性必需的,但是TGPRMT1的缺失导致同步复制的丧失和破坏细胞周期,以及基因表达的变化(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。在哺乳动物细胞中,PRMT1是主要的精氨酸甲基转移酶,负责90%的ADMA沉积(
      • 唐杰。
      • Frankel A.
      • 厨师r.j.
      • 金斯。
      • Paik W.K.
      • 威廉姆斯k.r.
      • 克拉特S.
      • Herschman H.R.
      PRMT1是哺乳动物细胞中的主要类型I彩易福彩精氨酸甲基转移酶。
      )。 TGPRMT1也被认为是精氨酸甲骨内的主要贡献者 T. Gondii. 并且似乎负调节组蛋白H3单甲基化(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。 TGPRMT1消融对精氨酸甲基杂物的影响 T. Gondii. 不明;哺乳动物细胞中PRMT1的丧失导致MMA和SDMA的增加,由其他刺激(
      • Dhar S.
      • Vemulapalli V.
      • PATANANAN A.N.
      • Huang G.L.
      • di lorenzo A.
      • 理查德S.
      • 梳理M.J.
      • 郭阿。
      • 克拉克斯。
      • Bedford M.T.
      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
      )。这表明PRMT1也在调节其他刺激的底物特异性方面发挥作用,并且在三种类型的精氨酸甲基化之间存在相互作用。尚不清楚这也发生在 T. Gondii.. 在没有III型PRMT7同源物的情况下 T. Gondii.,符合MMA被其他类型的PRMTS催化,作为中间体或末端改性。
      扩大我们对精氨酸甲基化的理解, T. Gondii. 映射MMA彩易福彩组并与先前表现出的PRMT1 KO寄生虫的MMA彩易福彩组进行比较(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。 TGPRMT1是用于介导单甲基化的合适候选者 T. Gondii.。这 T. Gondii. 精氨酸单体甲基汞在核和细胞质彩易福彩中富集,并且彩易福彩结合核酸,例如RNA结合蛋白,大量代表。令人惊讶的是,近90%的MMA彩易福彩先前被证明是磷蛋白酶磷酸化的靶标(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。在PRMT1 KO中,观察到MMA蛋白的显着降低,表明TGPRMT1负责相当大的MMA。还鉴定了推定的TGPRMT1单体虫碱基底物,其包括激酶和RNA结合蛋白。这些发现在一起致力于MMA作为核活动的重要调节因素,并表明TGPRMT1是MMA的主要调节因子 T. Gondii.. 此外,磷酸化和精氨酸甲基化之间的串扰可能在该生物体中的细胞周期检查点控制中起作用。

      实验步骤

       细胞培养

      十五150厘米2 含有人包皮成纤维细胞(HFF)的平板在Dulbecco改良的老鹰媒介(Gibco - Life Technologies,Grand Island,Ny)中汇集到融合中,含有10%胎牛血清(Gibco - Life Technologies),1% l-Glutamine(Gibco - Life Technologies)和1%青霉素/链霉素(Gibco - Life Technologies)。 HFF感染了2.5×108 新鲜裂开 T. Gondii. Tachyzoites [菌株:RhδHXGPRT.,Rhδ.HXGPRT.Δku80,Rhδ.HXGPRT.Δprmt1 (PRMT1KO),RHΔHXGPRTΔPRMT1:: PRMT1RFP(PRMT1COMP)](
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。为了收获细胞内Tachyzoites,在37℃下将感染的细胞用5%CO孵育2 并在寄生虫前收获,在〜36 h后染色。通过吸入培养基并用10mL磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤外细胞外曲沸物。使用细胞刮刀收获感染的细胞并在500ml烧杯中收集。将悬浮液通过27g针三次,使用手动压力机到机械破裂感染的细胞,通过3微米过滤器(GE水)真空过滤寄生虫悬浮液 &过程技术,Trevose,PA)去除宿主细胞碎片。将滤液均匀地分成50ml锥形管,并在4℃下以3000rpm以3000rpm离心20分钟。吸出上清液,将多个粒料重悬于22ml 1×PBS中。然后将悬浮液在4℃下以3000rpm以3000rpm离心20分钟。通过抽吸除去上清液,将干沉淀储存在-80℃之前的裂解和彩易福彩萃取。为了收获细胞外的Tachyzoites,通过在感染后的〜48小时内离心来收获细胞,漂浮寄生虫。在在-80℃下储存之前,将沉淀重悬于PBS中并在上述过滤真空。

       制备裂解物和肽

      寄生虫颗粒在10ml尿素裂解缓冲液中溶解(20米m hepes ph 8.0,9.0 m urea, 1 mm 钠脱钒酸钠(活化),2.5米m 焦磷酸钠,1米m β-甘油 - 磷酸盐)。然后将悬浮液在冰上冷却1分钟,然后在Fisher Scientific Sonic Discember Model 500(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA)上以35%幅度以35%幅度进行30秒。这重复了三次。然后以20,000×离心样品 g 在4℃下15分钟。将清除的上清液转移到新的50ml锥形管中。将封端的管置于干冰/乙醇浴中30分钟或直至彩易福彩提取物完全冷冻。在免疫亲和富集之前将样品储存在-80℃。

       样品制备

      根据uo制备样品 等等。 (
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      )。简而言之,将样品还原,烷基化,胰蛋白酶消化,冻干并储存在-80℃。使用彩易福彩A琼脂糖珠和甲基化基序特异性抗体进行肽免疫亲和纯化(Fig. 1A)。用于免疫沉淀的抗体是可商购的:ME-R4-100(CST#8015,Cell Signal Technology,Danvers,MA)和R * GG(D5A12)(CST#8711,Cell信号传导技术),并从新西兰白用以下抗原文库免疫的兔子:( XXXXXXXR * XXXXXX),其中X表示所有天然存在的氨基酸的混合物,其与色氨酸(W),半胱氨酸(C),酪氨酸(Y)和第二库(XXXXXXXR * GGXXX)为了反射精氨酸 - 甘氨酸富含背景,其中发生单甲基化(
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      )。通过质谱法分析洗脱的肽。在反相高压液相色谱柱上分离单甲基富集的肽,之后使用侧面谱谱仪来收集串联质谱。样品制备和LC-MS / MS根据(
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      )。
      图缩略图GR1.
      Fig. 1MMA肽和数据集的亲和纯化。 A,亲和纯化策略图。 T. Gondii. 从受感染的细胞(顶部)或作为游离浮动细胞外寄生虫(底部)收获Tachyzoites并过滤以除去宿主细胞碎片。寄生虫裂解并用胰蛋白酶消化以释放肽(绿线)。使用升高在R *和R * GG基序(* =精氨酸甲基化的位点)的两种单克隆抗体的混合物使用两种单克隆抗体的混合物纯化MMA改性肽(红色点)富富含免疫亲和性纯化。通过LC-MS / MS和数据库搜索使用材料和方法中描述的参数来鉴定纯化的肽。 B,数据集图。 “所有数据”代表本研究中鉴定的所有370个MMA彩易福彩。分析六种生物样品,两种技术复制(提出了两种重复的合并数据)。三种数据集由野生型细胞外卵巢中检测到的彩易福彩组成:两种生物学复制来自野生型(WT)细胞内RHδHXGPRT. Tachyzoites(WT1,WT2),来自细胞内RHδ的一个数据HXGPRT.Δku80 tachyzoites(wt3)。三种数据集由检测到的彩易福彩组成:(
      • Bedford M.T.
      • 克拉克斯。
      哺乳动物中彩易福彩精氨酸甲基化:谁,谁,以及为什么。
      )细胞外野生型寄生虫(额外); (
      • Bedford M.T.
      • Frankel A.
      • Yaffe M.B.
      • 克拉特S.
      • leder p.
      • 理查德S.
      精氨酸甲基化抑制富含脯氨酸的配体与SRC同源性3的结合,但不是WW,结构域。
      ) TGPRMT1 敲除(PRMT1KO)寄生虫;和 (
      • 霍洛伊茨S.
      • Trevel R.C.
      生物结构中的碳 - 氧氢键。
      ) TGPRMT1 敲除寄生虫遗传互补 prmt1mrfp. (PRMT1COMP) (
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。在细胞内野生型寄生虫中的任何三种生物学重复中存在的所有彩易福彩都包含在“细胞内联合”中。所示的其他数据集源自初始数据集的比较分析和彩易福彩清单的手动滤波。候选“TGPRMT1基板”数据集代表WT内部联合数据集中存在的彩易福彩,但不在PRMT1KO数据集中。 “高置信TGPRMT1基板”数据集包括TGPRMT1基板数据集中的那些彩易福彩(IE。 不存在于PRMT1KO中,在PRMT1Comp中恢复甲基化。 “PRMT1KO独家”数据集包括PRMT1KO中存在的彩易福彩,不存在于WT内联的联合数据集中。

       实验设计与统计理由

      在该研究中,制备和分析了以下六种生物样品:(1,2)RHδHXGPRT. intracellular (n = 2,2生物复制(WT1和WT2)中的每一个的技术复制),(3)RHδprmt1ΔHXGPRT. (n = 2,技术复制),(4)RHδHXGPRT.Δprmt1:: PRMT1RFP. (n = 2,技术复制),(5)RHδHXGPRT.Δku80 细胞内(WT3)(n = 2,技术复制)和(6)RHδHXGPRT.Δku80 extracellular (n = 2,技术复制)。将每个生物样品的技术复制合并并分析为单个样品,如本手稿的结果部分所介绍。 RHΔ.prmt1ΔHXGPRT. 是一个菌株,其中tgprmt1被淘汰(prmt1ko)和rhδHXGPRT.Δprmt1:: PRMT1RFP. (prmt1comp)是补充的 PRMT1 敲除寄生虫 TGPRMT1 已遗传恢复(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。描绘了在比较分析初始数据集的生物样本和复合数据集的动画片(Fig. 1B)。 RHδ.HXGPRT. 分析细胞内生物样品作为组合数据集。 RHΔ.HXGPRT.Δku80 分析细胞外寄生虫,以研究MMA蛋白和寄生虫生物学的变化,因为先前观察到G0样状态的细胞周期停滞(
      • Lescault P.J.
      • Thompson A.B.
      • Patil V.
      • Lirssi D.
      • 伯顿A.
      • Margarit J.
      • 邦德J.
      • Matrajt M.
      基因组数据揭示弓形虫巨蜥分化突变体也对切换成新的细胞外脱藻矿状态也受损。
      ,
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      )PTM彩易福彩蛋白酶(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      ,
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      ,
      • 薛b。
      • 杰弗斯五。
      • 沙利文w.j.
      • Uversky V.N.
      细胞内和细胞外毒素弓形虫的乙酰胺中彩易福彩内在病症。
      )。
      RHΔ.HXGPRT.Δku80 细胞内和rhΔ.HXGPRT.Δku80 细胞外寄生虫样品由与用于研究泛素彩易福彩组的研究的相同的裂解物制备 T. Gondii. (
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。具体地,从已经耗尽的流动样品中纯化了MMA肽的染色肽。用Rhδ获得MMA肽的类似收率HXGPRT.Δku80 细胞内寄生虫流过RHδHXGPRT. 从全细胞裂解物中获得的样品(Fig. 1B)。此外,在昆虫素数据集的错误耐受搜索(来自矩阵科学的吉祥物,2.5.1版),我们没有检测到任何MMA位点,表明少于泛素富集步骤中丢失了少数,如果有的话,如果有的话,则缺失。 MMA和泛素靶向的彩易福彩之间也没有重叠(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。

       数据库搜索

      来自LC-MS / MS的原始质谱使用彩易福彩组发现者1.2(Thermo Fisher Scientific)软件转换为吉祥物通用格式(MGF)文件,然后搜索组合数据库(参赛作品= 27608) HOMO SAPIENS. (从2015年2月25日的Uniprot.org下载)彩易福彩和 Toxoplasma Gondii. ME49(从Toxodb.org,版本12)使用内部吉祥物搜索引擎(Matrix Science,2.5.1,波士顿,MA)和吉祥物默认诱饵数据库获得彩易福彩,以获得彩易福彩和肽%FDR。使用以下搜索参数:胰蛋白酶,三个错过的裂缝;固定修饰氨基甲酰甲基化(CYS);氧化的可变改性(得到)和甲基(Arg);单同质肿块;肽质量耐受5.0 ppm;产物离子质量耐受0.4 da。使用相同的参数或包括以下可变修饰来进行误差搜索:甲基化(R),氧化(M),琥珀酰基(k),磷酸(STY)。从这些搜索获取的DAT文件将上传到脚手架Q +(Proteome软件,版本4.3.2,Proteome Software,Inc,Portland,Oregon)。以下过滤器用于彩易福彩和肽验证:95%的最低彩易福彩概率,1和95%肽概率的最小数量肽。排除了人成纤维细胞的污染物蛋白。随着免疫沉淀技术导致具有MMA改性的肽的选择性纯化,并且仅在彩易福彩中的单一肽可能具有该PTM,我们包括在我们的数据集中的单肽鉴定彩易福彩。这些设置基于以前的技术经验(Cell Signaling Inc.)和我们以前的彩易福彩组学研究,使用类似的免疫亲和性方法(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。这些文件将导出到脚手架PTM(彩易福彩组软件版本2.1.2.1)。 ascore算法(
      • Beausoleil S.A.
      • VillénJ.
      • 格柏S.A.
      • 赶紧J.
      • Gygi S.P.
      基于概率的高通量蛋白磷酸化分析和现场定位方法。
      )用于本地化MMA网站,应用95%的局部化置信度。该数据的彩易福彩诱饵FDR为7.8%,肽诱饵FDR为1.1%。质谱彩易福彩组学数据通过骄傲的伙伴存储库沉积到ProteomexChange联盟,其中数据集标识符PXD004083和10.6019 / PXD004083。

       彩易福彩和肽命中的生物信息学分析

      使用从以下数据库获得的信息分类为亚细胞室和官能团的MMA蛋白:PFAM( http://pfam.xfam.org), http://tdrtargets.org,Uniprot(http://uniprot.org),Supfam(http://supfam.org), http://prosite.expasy.org,toxodb(htttp://www.toxodb.org.)和文学搜索(2015年12月)。基因本体学(GO)和KEGG途径分析均在Toxodb中进行(http://www.toxodb.org)。使用自定义R脚本进行富集分析,用于在先前定义的基因组中富集MMA蛋白的富集的超距测试(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      ,
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      ,
      • Gaji R.Y.
      • Behnke M.S.
      • 雷曼米。
      • 白色m.w.
      • Carruthers V.B.
      细胞周期依赖性,弓形虫弓形虫的细胞间透射伴随着寄生虫基因表达的显着变化。
      )。这 p 使用Bonferroni校正方法调整富集的价值,并使用Bonferroni校正方法进行控制,并对随机富集进行控制,产生1000个随机基因集和一个 p 获得随机富集的价值。这些值用于生成标准化 p 价值,“调整” p 划分实验的价值 p 随机浓缩的价值 p 价值。围绕R甲基位点的六个氨基酸残基的基序标志用支架PTM软件获得。用icelogo软件(含量)产生描述氨基酸残基富集和耗尽的热量(http://iomics.ugent.be/icelogoserver/main.html)。

      结果

       细胞内Tachyzoites精氨酸单甲基胺的一般特征

      研究精氨酸单甲基族 Toxoplasma Gondii.,我们用两种野生型I型感染人包皮成纤维细胞 T. Gondii. strains, RHΔHXGPRT. or RHΔHXGPRT.Δku80。本研究分析的所有寄生虫是在标准培养条件下种植的Tachyzoites(pH7,5%Co2) 体外。选择性地收获细胞内寄生虫,因为该阶段高度转录活性,并且精氨酸甲基化通常对涉及转录的彩易福彩(
      • Bedford M.T.
      • 克拉克斯。
      哺乳动物中彩易福彩精氨酸甲基化:谁,谁,以及为什么。
      )。
      制备寄生虫裂解物,通过LC-MS / MS的亲和纯化纯化MMA肽(Fig. 1)。从细胞内脱羟胞胎,在309个独特的MMA彩易福彩上鉴定了470个MMA位点(>95%彩易福彩置信度,7.7%蛋白诱饵FDR)。使用Ascore算法本地化网站(
      • Beausoleil S.A.
      • VillénJ.
      • 格柏S.A.
      • 赶紧J.
      • Gygi S.P.
      基于概率的高通量蛋白磷酸化分析和现场定位方法。
      )应用了95%的定位置信度的截止值。分析了细胞内野生型寄生虫的三种生物复制(每个技术重复)。两个是rhδHXGPRT. 而另一个来自菌株RhδHXGPRT.Δku80,生长和毒力高度相似的菌株,常用于生成 T. Gondii. 遗传突变体。来自Rhδ的MMA肽HXGPRT.Δku80 用流动通过富含染色肽的富集实验纯化 T. Gondii. (
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )作为输入。总体而言,139个彩易福彩和346个MMA位点对所有细胞内数据集共常见(彩易福彩信心>95%,7.8%蛋白诱饵FDR)。
      在其他生物中的精氨酸甲基胚芽(MMA,ADMA,SDMA)的调查中,在人HCT116细胞的910个彩易福彩上检测到1970年精氨酸甲基化位点(ADMA和MMA)(
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      )在精氨酸甲骨中检测到676个彩易福彩上的1332甲基丙氨酸 锥虫瘤布鲁斯群,另一个原生动物寄生虫(
      • Lott K.
      • 李杰。
      • FISK J.C.
      • 王H.
      • 阿丽塔准噶。
      • 曲J.
      • 阅读L.K.
      锥虫的全局彩易福彩组学分析显示出由精氨酸甲基化影响的独特彩易福彩和保守的细胞过程。
      )。本研究仅关注单甲基化;假设ADMA:MMA:SDMA的比率 T. Gondii. 类似于人类(
      • Paik W.K.
      • 金斯。
      ,
      • 松山M.
      ε-甲基化赖氨酸和胍丙氨酸 - N-甲基化精氨酸的彩易福彩。 3.性质和哺乳动物的存在和分布。
      ),我们检测到可比较的彩易福彩数和MMA位点 T. Gondii. 对于在人体细胞中观察到的那些(
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      )。
      免疫亲和纯化实验可以偏压高丰度彩易福彩。将数据集内的彩易福彩覆盖与从转录表达数据产生的基因组进行比较,因为代表其mRNA从0到100%表达百分比(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。 MMA彩易福彩富含其转录物表达水平在0至5至80%的表达百分比(补充图S1A),表明在精氨酸甲基胺中存在高度和低表达的彩易福彩。
      精氨酸甲基化通常发生在GAR区域中,因此在免疫沉淀的MMA肽,使用特异于R * GG和R *(* =甲基位点)的抗体。与现有文献一致,验证我们的方法,围绕MMA网站的氨基环境 T. Gondii. 富含甘氨酸和精氨酸残留物(补充图S2)。这个主题非常类似于人体MMA蛋白(补充图。S2A;改编自 (
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      ))建议人与人类和人类之间的基质特异性 T. Gondii. 精氨酸甲基转移酶。检测到的大多数MMA站点发生在RGG,RG或XRX衬底图案上(补充图S2)仅匹配与其他主题的细胞内野生型数据集中少量彩易福彩(补充图S3)。与整体相比,周围精氨酸甲基化位点周围的氨基酸残基的热图 T. Gondii. 彩易福彩组显示在 补充图。S2B。丙氨酸,丝氨酸和脯氨酸在中央精氨酸侧翼的区域中富集,但被排除在立即周围甲基化精氨酸残基的位置之外。大多数带电和疏水的残留物在MMA肽和异亮氨酸中耗尽,赖氨酸和谷氨酸在所检查区域内的所有位置耗尽(补充图。S2B)。

       许多MMA彩易福彩定位于细胞核并结合核酸

      用预测(基于GO术语)或已知的本地化和源自文献的函数来手动注释精氨酸甲基化蛋白。近30%鉴定的细胞内寄生虫MMA彩易福彩是假设的彩易福彩。 T. Gondii. 精氨酸甲基化蛋白浓缩在核(38%)和细胞质中(30%)(Fig. 2A;彩易福彩缺少生物学功能和细胞室术语术语注释被排除在人体细胞中,MMA大致分布在细胞质和核隔室中(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。与所有人的背景相比 T. Gondii. 彩易福彩,MMA彩易福彩组在核彩易福彩的统计学上富集(Fig. 2C)。修饰了几种细胞骨架蛋白,包括肌肌素J,F,E和肌蛋白重链。 β-管蛋白,我们的组先前证明在C末端甲基化,也被修饰(
      • 肖H.
      • El Bissati K.
      • verdier-pinard p.
      • Burd B.
      • 张H.
      • 金库克。
      • FISER A.
      • Angeletti R.H.
      • Weiss L.M.
      对弓形虫的翻译后​​修饰α-和β-管蛋白包括新型C-末端甲基化。
      )。在线粒体或寄生虫蛋白蛋白体细胞器中检测到几种MMA彩易福彩,尽管应该注意,整个预测彩易福彩组的相对较少的彩易福彩已经位于这些隔室中 T. Gondii..
      图缩略图GR2.
      Fig. 2推断蜂窝隔室和MMA蛋白的功能。 A,描绘由亚细胞室分类的精氨酸单体甲基汞的125个蛋白的饼图。不包括未知本地化的彩易福彩(184例蛋白; 64%假设蛋白)。 B,描绘由功能(分子和生物学)分类的MMA蛋白的饼图,不包括未知彩易福彩(102蛋白; 93%假设蛋白)。未知的彩易福彩被排除在手动注释之外。假设彩易福彩构成甲基杂物的29%,包括彩易福彩,没有足够的信息可用于将它们分配给细胞舱。 C,使用(1所述)使用细胞室基因套装甲基蛋白的富集分析(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )表明MMA彩易福彩富含彩易福彩,该彩易福彩定位于细胞核; -日志2(调整 p 值)与虚线显示,表明有显着的浓缩(调整 p 价值= 0.05)。 D,分子函数明显术语(p value <在细胞内野生型寄生虫的MMA彩易福彩组中富集的0.05)表明MMA蛋白富集与核酸结合相关的GO术语。 GO术语是从Toxodb.org获得的; -日志2 (调整 p 显示值),虚线表示调整后 p value of 0.05.
      MMA彩易福彩具有各种功能(Fig. 2B)但在DNA和RNA结合蛋白中富集(Fig. 2D)。这些DNA和RNA结合蛋白中的许多由MMA高度修饰,高达7个MMA位点(补充表S2)。含有RNA识别基序的彩易福彩是最充分的MMA改性核酸结合蛋白,构成29%的核酸结合蛋白和6%的总量 T. Gondii. 精氨酸单体甲基胺。在预测的82个彩易福彩中含有RNA识别基序(RRM)(使用PFAM域搜索鉴定),23是精氨酸单甲基化。拼接因子是精氨酸单甲基化,包括TGME49_319530,重要的是替代拼接 T. Gondii. (
      • yeoh l.m.
      • Goodman C.D.
      • N.E.
      • 范门G.G.
      • McFadden G.I.
      • 拉尔夫S.A.
      富含丝氨酸 - 精氨酸富含(SR)剪接因子调节弓形虫Gondii中千基因的替代剪接。
      ),如人类的同源物(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。此外,我们在大量拼接因子和死箱螺旋酶上检测到精氨酸甲基化。这些发现表明MMA在RNA生物学中具有重要作用 T. Gondii..
      Apetela 2(APIAP2)是保守的APICOMPLEARAN转录因子,调节APICOMPLANAN生命周期的发育阶段(
      • 巴拉吉S.
      • Madan Babu M.
      • IYER L.M.
      • aravind l.
      发现AP2-整合酶DNA结合结构域的APICOMPLYPLA的主要特异性转录因子及其含义。
      )。检测到10个APIAP2作为精氨酸甲基化(AP2VIIA-4,AP2VIIA-5,AP2VIIA-7,AP2VIII-2,AP230II-4,AP2X-1,AP2XI-5,AP2XII-1,AP2XII-5,APVIIB-1)。值得注意的是,精氨酸甲基化位点永远不会落在AP2结构域内(补充表S3),建议任何功能调节是变构的。还检测到许多其他候选调节剂的转录,例如MMA改性,例如一般转录因子E和转录伸长因子(SPT6)。

       精氨酸单体甲基汞的丰富特异性彩易福彩

      TGPRMT4的精氨酸甲基化已涉及作为负调节器 T. Gondii. differentiation (
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
      • 亚伦T.
      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。为了确定精氨酸单体甲基汞是否富含阶段特异性彩易福彩,我们计算了特异性阶段特异性基因套装的富集(
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      )在MMA彩易福彩组中。令人惊讶的是,MMA彩易福彩在基因套上统计富集,在Bradyzoites或Tachyzoites中特别上调(补充图1B)。
      删除TGPRMT1 T. Gondii. 导致细胞周期缺陷(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      [因此,精氨酸甲基化可参与细胞周期动力学。 T. Gondii. 具有8小时的细胞周期,由不同的G1和S / M调节的子系统划分组组成(
      • Behnke M.S.
      • Wootton J.C.
      • 雷曼米。
      • Radke J.B.
      • 卢卡斯o.
      • 纳瓦斯J.
      • Sibley L.D.
      • 白色m.w.
      通过两个子侦查om进行协调进展是弓形虫弓形虫的Tachyzoite循环。
      )。基因集由G1和S / M相的不同时间点上调的基因组成(
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      )用于确定MMA蛋白是否富集用于细胞周期调节基因。与其他后期修改不同(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      ),精氨酸甲基化蛋白在S / M调节基因中没有显着富集,仅富集彩易福彩,其基因在4.8小时内在MID-G1相中调节上调(Fig. 3)。
      图缩略图GR3.
      Fig. 3MMA彩易福彩富集在G1中调的基因中。 使用对应于8小时内循环的12min时间点的预定义基因组测试MMA蛋白,用于富集G1调节基因(
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      )。 -日志2 (p 值)与虚线显示,表明有显着的浓缩(调整 p 价值= 0.05)。没有发现S / M基因的显着富集。

       在T.Gondii中的MMA和磷酸化之间的相互作用

      PTM之间的串扰发生在许多有机体中 T. Gondii. (
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。 PTM可以促进或抑制另一个PTM的发生,或以组合方式行事。此外,相邻的后翻透修饰可以通过掩蔽甲基化位点或通过空间障碍来防止精氨酸甲基化(
      • Bedford M.T.
      • 理查德S.
      精氨酸甲基化。
      )。为了探索精氨酸甲基化和其他PTM之间的串扰,我们分析了在先前公布的彩易福彩组PTM数据集测量磷酸化,赖氨酸乙酰化,赖氨酸琥珀酰琥珀酰化,Sublation和泛素化(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      ,
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      ,
      • 敌人。
      • 儿童M.A.
      • Majmudar J.D.
      • Krishnamurthy S.
      • 范德琳W.A.
      • 沃德G.E.
      • 马丁B.R.
      • Bogyo M.
      毒药蛋白在弓形虫彩易福彩彩易福彩分析。
      ,
      • 李X.
      • 胡X.
      • 万王。
      • 谢G.
      • 李X.
      • 陈德。
      • 程泽。
      • yi x.
      • 梁S.
      • 谭F.
      原生动物寄生虫毒素弓形虫在原生动物甲状腺系中的系统鉴定。
      ,
      • 杰弗斯五。
      • 沙利文w.j.
      赖氨酸乙酰化是在原生动物寄生虫毒素弓形虫的不同功能和定位彩易福彩的普遍存在的彩易福彩。
      ,
      • 布劳恩L.
      • Cannella D.
      • Pinheiro上午
      • Kieffer S.
      • Belrhali H.
      • 加入J.
      • Hakimi M.A.
      小泛素样改性剂(SUMO) - 弓形虫弓形虫系统。
      )和o-glcnac彩易福彩组(Silmon de Monerri&金,未发表的)。该分析的结果显示在 Fig. 4。精氨酸甲基胺在磷酸化中显着富集(-Log2 p 价值305.1),泛滥(-Log2 p 值13.5)和乙酰化彩易福彩(-Log2 p 价值33.9)。值得注意的是,我们观察到具有精氨酸单甲基胺中的磷彩易福彩的最大相互作用,代表89%的MMA蛋白。
      图缩略图GR4.
      Fig. 4MMA和其他PTM之间的串扰。 通过测试在其他PTM彩易福彩蛋白中检测到的彩易福彩是显着富集的彩易福彩,通过测试精氨酸甲基化和脱脂,脱脂和磷酸化的其他PTM之间的相互作用。 -日志2 调整 p 绘制的值,虚线表示统计上显着(调整 p 价值= 0.05)富集。
      在各种类型和三种彩易福彩磷酸酶的七种蛋白激酶上检测MMA位点。 T. Gondii. 拥有一大族钙依赖性蛋白激酶(CDPK),其具有信号传导,宿主细胞侵袭和细胞划分的作用(
      • Nagamune K.
      • 莫雷诺S.N.
      • 钦伊e.n.
      • Sibley L.D.
      ApiCoMplex寄生虫中的钙调控和信号。
      )。其中,CDPK2A和CDPK7是MMA在N末端区域的两个位点上修饰,这对于功能调节很重要(
      • Ingram J.R.
      • KnoppenHauer K.E.
      • Markus下班。
      • Mandelbaum J.
      • ramek A.
      • 山Y.
      • Shaw D.E.
      • Schwartz T.U.
      • Ploegh H.L.
      • Louriido S.
      ApiCoMplex钙依赖性蛋白激酶的变构激活。
      )。在两个细胞周期相关激酶上,还检测MMA位点,依赖于细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶(CDK)和丝氨酸 - 精氨酸蛋白激酶(SRPK)。

       GCN5B复合物中精氨酸甲基化位点的验证

      赖氨酸乙酰转移酶GCN5B是转录的主调节剂 T. Gondii. (
      • 王J.
      • 迪克森S.E.
      • l.m.
      • 刘涛。
      • 杰弗斯五。
      • 奇特米
      • Calloway M.
      • Cannella D.
      • Ali Hakimi M.
      • 金库克。
      • 沙利文w.j.
      赖氨酸乙酰转移酶GCN5b与AP2因子相互作用,并且是弓形虫增殖所必需的。
      )。因为精氨酸甲基化通常参与基因调控,所以在转录因子和其他核蛋白上发生,所以GCN5B是通过精氨酸甲基化调节的候选者。王 等等。 免疫沉淀的GCN5B及其相互作用伴侣,并确定了20种彩易福彩,包括含RRM彩易福彩(
      • 王J.
      • 迪克森S.E.
      • l.m.
      • 刘涛。
      • 杰弗斯五。
      • 奇特米
      • Calloway M.
      • Cannella D.
      • Ali Hakimi M.
      • 金库克。
      • 沙利文w.j.
      赖氨酸乙酰转移酶GCN5b与AP2因子相互作用,并且是弓形虫增殖所必需的。
      )。在重新检查PTMS的这种数据后,我们在20个免疫沉淀蛋白中的五个中检测到精氨酸单甲基化:肌蛋白F,ADA2-A转录共膜剂SAGA组分,转录伸长因子SPT6,含有彩易福彩的RNA识别基序(RRM)结构域(TGME49_262620)和一个未知功能的假设彩易福彩(TGME49_280590)。此外,通过数据库搜索GCN5B免疫沉淀质谱数据中的MMA修饰,包括AP2VIII-4(TGME49_272710)和β管蛋白(TGME49_266960)(TGME49_266960)(TGME49_266960)(TGME49_266960)(包括AP2VIII-4(TGME49_272710)(TGME49_266960)的MMA修饰,鉴定为本研究中单甲基化的另一种彩易福彩。补充表S4)。

       细胞外寄生虫精氨酸单甲基胺的变化

      映射MMA彩易福彩组的一个原因 T. Gondii. 是确定MM​​A是否在细胞外的Tachyzoites中动态调节。在转录逮捕期间,精氨酸甲基化变化(
      • Sylvestersen K.B.
      • 喇叭H.
      • Jungmichel S.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      人体细胞精氨酸甲基化位点的彩易福彩组学分析揭示了转录逮捕期间的动力调节。
      ),表明它是动态的。在细胞外的Tachyzoites中,细胞周期以G0样状态被捕(
      • Lescault P.J.
      • Thompson A.B.
      • Patil V.
      • Lirssi D.
      • 伯顿A.
      • Margarit J.
      • 邦德J.
      • Matrajt M.
      基因组数据揭示弓形虫巨蜥分化突变体也对切换成新的细胞外脱藻矿状态也受损。
      ,
      • 奇特米
      • 邱W.
      • 白色m.w.
      • 金库克。
      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      )观察到PTM彩易福彩组的变化(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      ,
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      ,
      • 薛b。
      • 杰弗斯五。
      • 沙利文w.j.
      • Uversky V.N.
      细胞内和细胞外毒素弓形虫的乙酰胺中彩易福彩内在病症。
      )。为了确定这些变化是否伴随着改变的MMA,我们调查了细胞外寄生虫的精氨酸单体甲基汞。细胞外 T. Gondii. RHΔHXGPRT.Δku80 使用抗MMA抗体收获自发流出的,裂解并进行免疫亲和性纯化。这产生了198个精氨酸甲基化蛋白(7.7%蛋白诱饵FDR)和288个MMA位点。在这些彩易福彩中,185与在细胞内寄生虫中检测到的309mMA彩易福彩重叠,14个彩易福彩在细胞外的Tachyzoites中唯一改性。细胞外的Tachyzoites中有181个MMA位点。这表明细胞外脱藻岩中的MMA总体上减少,与在据报道的G1细胞周期停滞期间,在细胞外寄生虫中发生(
      • Lescault P.J.
      • Thompson A.B.
      • Patil V.
      • Lirssi D.
      • 伯顿A.
      • Margarit J.
      • 邦德J.
      • Matrajt M.
      基因组数据揭示弓形虫巨蜥分化突变体也对切换成新的细胞外脱藻矿状态也受损。
      )。
      总的来说,细胞外卵囊的MMA彩易福彩组合具有细胞内Tachyzoites的许多特征。在细胞外的Tachyzoites中鉴定的大量MMA彩易福彩是核,虽然这种富集不再是统计学意义( Fig. 2C)。来自细胞外卵泡的MMA彩易福彩在G1相中富含4.8小时的基因富集,但不是S / M相(Fig. 3),并在Tachyzoite和Bradyzoite基因套装中富集(补充图S1B)。还观察到相同的高度显着富集磷蛋白(Fig. 4)。此外,细胞外Tachyzoites中MMA位点的氨基酸环境没有显着变化(补充图。S2A)。
      被检测为MMA的14个彩易福彩仅在细胞外脱藻酸盐中修饰,由三种代谢酶(磷脂酰肌醇3-和4-激酶,磷酸糖蛋白酶,磷酸性酶,丝氨酸酶(DUF676)彩易福彩)和几种假想彩易福彩组成。通过去术语分析检查未检测到在细胞外卵泡中单甲基化的精氨酸的彩易福彩,但是在细胞内的卵胞胎中进行,并且这并未证明这些彩易福彩的富集用于任何特定功能。在细胞外的精氨酸单甲基汞中不存在于细胞内Tachyzoites(AP2VIIA-7,AP2XI-5,AP2XII-1)和其他转录调节剂中的Aginaine的APIAP2转录因子(AP2VIIA-7,AP2XI-5,AP2XII-1)和其他转录调节剂()在细胞外的精氨酸单甲基汞中不存在于SWI2 / SNF2染色质复合彩易福彩中
      • Walker R.
      • GISSOT M.
      • HUOT L.
      • Alayi T.D.
      • 热D.
      • Marot G.
      • Schaeffer-Reiss C.
      • 范杜塞尔A.
      • 金库克。
      • 汤姆哈维S.
      弓形虫转录因子TGAP2XI-5调节寄生虫毒力和宿主侵袭的基因的表达。
      )。

       TGPRMT 1破坏MMA彩易福彩扰动

      MMA是甲基化的初始步骤,其添加可以理论上可以通过任何类型的PRMT催化。在哺乳动物细胞中,在烧蚀PRMT1中,观察MMA和SDMA的增加(
      • Dhar S.
      • Vemulapalli V.
      • PATANANAN A.N.
      • Huang G.L.
      • di lorenzo A.
      • 理查德S.
      • 梳理M.J.
      • 郭阿。
      • 克拉克斯。
      • Bedford M.T.
      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
      )通过其他PRMT建议衬底清除。在 T. Gondii.已经研究了很少的TGPRMT,并且尚不知道在删除TGPRMT1上是否发生相同的效果。 T. Gondii. 除了锥虫炎外,还缺乏III型PRMT7同源物,因此在这些生物体中进行的酶未知,因此缺少III型PRMT7同源物。最近的工作表明TGPRMT1是主要的PRMT T. Gondii. (
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ,
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
      • 亚伦T.
      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )TGPRMT1可能能够催化MMA添加 T. Gondii.。因此,了解TGPRMT1对全球精氨酸甲基化的贡献,并剖析TGPRMT1敲除表型的潜在机制,我们调查了细胞内TGPRMT1敲除Tachyzoites(PRMT1KO)的MMA彩易福彩组和遗传互补菌株(PRMT1Comp)(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ),收获36小时的活动。在RHδ中产生PRMT1KO和PRMT1COMP菌株HXGPRT. strain background (
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )因此Rhδ的MMA彩易福彩组HXGPRT. 用作野生型菌株进行菌株进行比较。分析数据集总结在 Fig. 1.
      在野生型Tachyzoites(139蛋白)的所有三种重复中鉴定的MMA彩易福彩中,在PRMT1KO寄生虫中未检测到50%。这些彩易福彩可以由TGPRMT1底物和彩易福彩或肽组成,其丰度接近该研究的检测阈值。通过比较野生型的MMA彩易福彩,敲除和互补菌株,鉴定了更可能是TGPRMT1底物的彩易福彩。在PRMT1Comp和野生型寄生虫中检测到的彩易福彩,但不是PRMT1KO寄生虫被认为是高可能的TGPRMT1基材。
      使用这些严格标准,识别了68个高置信度TGPRMT1候选基板并列入 补充表S5。 PRMTS经常表现出底物特异性的变化。分析了候选TGPRMT1底物的MMA位点周围的氨基酸环境,它们与全局MMA序列偏好类似, IE。 在该数据集中,没有TGPRMT1特异性基质,尽管平均脯氨酸在PRMT1基材中的改性的精氨酸残基侧翼较小。
      与全局MMA蛋白一样,候选TGPRMT1基板具有各种功能。 GO分析没有揭示在TGPRMT1基板中丰富的任何特定途径,表明TGPRMT1具有多种功能,或者它是主稳压器。大多数TGPRMT1基质定位于核,这意外考虑TGPRMT1的定位于肠蠕动区域中的浓度的TGPRMT1到胞嘧啶(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。可能是TGPRMT1底物的感兴趣的两个细胞骨架蛋白是肌蛋白E,其功能未知,SPM2(Fig. 5),亚粒细胞微管的组分,其中一些调节划分(
      • 陈C.T.
      • 凯莉米
      • 莱昂J.
      • nwagbara B.
      • ebert p.
      • Ferguson D.J.
      • Lowery L.A.
      • Morrissette N.
      • Gubbels M.J.
      划分的弓形虫EB1捆绑主轴微管,以确保精确的染色体隔离。
      )。在核底物中,鉴定了含有组蛋白羟甲基转移酶的设定结构域,在彩易福彩N末端的单个MMA位点在R287中。两个AP2转录因子,AP2VIII-2(Fig. 6)和ap2xii-1(补充图S4),是高度自信的TGPRMT1底物,以及几个RNA结合蛋白。
      图缩略图GR5.
      Fig. 5微管相关蛋白SPM2的光谱及其在细胞内和PRMT1Comp中的MMA位点。 LC-MS / MS光谱的微管相关蛋白SPM2衍生的肽(Sadvsr * gacfspAgvtr)显示MMA位点(A)WT2中的精氨酸R27,误差为-0.14ppm和(B)在PRMT1 COMP中的R27,误差为1.7 ppm。 C,微管相关蛋白SPM2的示意图,具有MMA位点(黄色)和预先映射丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点(绿色)(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。
      图缩略图GR6.
      Fig. 6AP2 VIII-2的光谱及其在细胞内和PRMT1 COMP中的两个MMA位点。 AP2VIII-2衍生肽的LC-MS / MS光谱(AAAPGDSQATLSTPR *(A,C)和DGDAPLVSLEVLALAASGR *(B,D))显示MMA位点:WT3中的R275,误差为-1.4 ppm(A),WT3中的R1808,误差为1.9(B),PRMT1Comp中的R275,误差为-1.4 ppm(C)和r1808在prmt1comp中,误差为0.30 ppm(D);在PRMT1KO寄生虫中没有任何这些网站检测到。 E. AP2VIII-2的示意图,MMA位点(黄色)和先前映射丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点(绿色)(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。
      遵循与整个精氨酸单体甲基叶片相同的趋势,48个候选TGPRMT1底物蛋白也是磷酸化的靶标(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。在细胞内Tachyzoites中鉴定的激酶,依赖于钙依赖性蛋白激酶7(CDPK7)被鉴定为推定的TGPRMT1底物。在细胞内脱羟胞胎(R463和R805)中检测到两个MMA位点(Fig. 7)。 CDPK7涉及细胞分裂,有趣的是,CDPK7敲除寄生虫表现出与TGPRMT1突变体寄生虫相似的缺陷(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ,
      • Morlon-Guyot J.
      • 浆果L.
      • 陈C.T.
      • Gubbels M.J.
      • 勒布伦M.
      • 哇哇哇哇哇哇
      弓形虫冠状钙依赖性蛋白激酶7涉及寄生虫划分的早期步骤,对寄生虫存活至关重要。
      )。此外,在N末端的R17上在R17上检测到单个MMA部位在TGPRMT1本身上。
      图缩略图GR7.
      Fig. 7在CDPK7上检测到的MMA网站。 CDPK7衍生的肽(TGTLSQPR *)的LC-MS / MS光谱(TGTLSQPR *),在R463中显示MMA,来自样品WT2,误差为0.47ppm(A)在prmt1comp菌株中,误差为0.11 ppm(B),但在PRMT1KO寄生虫中未检测到。 C,CDPK7与MMA位点(黄色)和先前映射丝氨酸和苏氨酸磷酸化位点(绿色)的示意图(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。
      因为在哺乳动物细胞中,PRMT1 KO中的MMA全局降低意外(
      • Dhar S.
      • Vemulapalli V.
      • PATANANAN A.N.
      • Huang G.L.
      • di lorenzo A.
      • 理查德S.
      • 梳理M.J.
      • 郭阿。
      • 克拉克斯。
      • Bedford M.T.
      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
      ),我们执行了2D-PAGE免疫标条(补充图S5)使用等量的PRMT1KO和PRMT1COMP Tachyzoite彩易福彩裂解物并使用甲基化特异性抗体检查MMA,SDMA和ADMA修饰的这些印迹(补充方法)。 SDMA抗体没有免疫印迹反应性。 PRMT1Comp寄生虫相对于PRMT1 KO具有更多的MMA和ADMA改性彩易福彩,与PRMT1一致负责大量观察到的MMA和ADMA活性 T. Gondii..

      讨论

      精氨酸甲基化在寄生矿石分裂和分化中起重要作用(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ,
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
      • 亚伦T.
      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。在本文中,我们已经证明MMA非常丰富 T. Gondii. 并且,这种PTM在泛素化和磷酸化的可比水平上发现,如人类最近显示的那样(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。 MMA彩易福彩组 T. Gondii. 可能由彩易福彩组成,这些彩易福彩是终甲基化的以及那些瞬时单甲基化的那些,后来转化为SDMA和ADMA。 MMA蛋白占总数的近4% T. Gondii. 彩易福彩组,表明MMA是这种生物体的丰富修饰。本研究专注于MMA。虽然我们无法评估ADMA的全部范围 T. Gondii.,我们的2D页免疫标签(补充图S5B)提供证据表明PRMT1对MMA和ADMA修改很重要 T. Gondii. 彩易福彩;此外,PRMT1 KO表型表明这些修饰在该病原体的生物学中具有重要的功能。将来,探讨每种修改(即MMA,ADMA和SDMA)的贡献将是有趣的,以全球精氨酸甲基化。比较彩易福彩组学应该有助于鉴定在许多ApiCoMplexa中发现的MMA位点以及那些是独特的 T. Gondii. 并且可能在该生物体中具有特异性生物学功能。
      令人惊讶的是,相当大部分的MMA彩易福彩组也是通过Tachyzoites的磷酸化靶向。虽然许多PTM可以调节相同的彩易福彩,但在其他生物中观察到我们的知识,磷酸化和精氨酸甲基化的这种显着共调节并没有。磷酸化和精氨酸甲基化通常是相互排斥的[例如 (
      • 杨杰夫。
      • Chiou Y.Y.
      • 傅S.L.
      • Shih I.Y.
      • 翁。
      • 林W.J.
      • 林C.H.
      HNRNPK的精氨酸甲基化对DNA损伤通过局部调节产生凋亡的凋亡。
      )]但是精氨酸甲基化也可以促进磷酸化(
      • Nakakido M.
      • 邓诗
      • 铃木T.
      • 多头N.
      • Nakamura Y.
      • Hamamoto R.
      PRMT6通过精氨酸甲基化增加癌细胞中P21CDKN1A的细胞质定位,使细胞毒性剂更耐药。
      )。在细胞周期期间在几个时间点上富集的基因中检测到磷酸磷蛋白彩易福彩中的彩易福彩,包括MID-G1相(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。 MMA也富集在MMS中,在G1期中升高,并且检测到许多这些彩易福彩被检测为在先前的细胞内和细胞外Tachyzoites上的磷彩易福彩研究中磷酸化(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )。这一时间点可能代表一个中间G1检查点,并在磷酸化峰值中重合(
      • de Monerri S.
      • 娜塔莉C.
      • 拉玛R.
      • Yakubu A.L.
      • 陈P.J.
      • 聂人。
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      毒素弓形虫的彩易福彩彩易福彩组揭示了彩易福彩泛素在细胞循环过渡中的作用。
      )。这些数据在一起表明磷酸化与MMA蛋白在中间G1相中上调上调的基因之间的相互作用。我们还观察到在单体甲基胺中泛素化的显着富集。在人体细胞中,赖氨酸泛素化位点在未改性的精氨酸残基的区域中富集,因此需要进一步的研究来评估两种PTM之间的串扰是否显着(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。
      总的来说,精氨酸单甲基族 T. Gondii. 富含核彩易福彩和结合核酸如RNA的彩易福彩。 RNA结合蛋白(RBP)是精氨酸甲基化的关键靶标 T. Gondii. 和其他生物。 RBP的精氨酸甲基化调节大量RNA方法,例如前mRNA剪接,RNA稳定性和翻译。精氨酸甲基化剪接因子调节基因组替代剪接(
      • yeoh l.m.
      • Goodman C.D.
      • N.E.
      • 范门G.G.
      • McFadden G.I.
      • 拉尔夫S.A.
      富含丝氨酸 - 精氨酸富含(SR)剪接因子调节弓形虫Gondii中千基因的替代剪接。
      )在人类和我们的研究中检测到,暗示精氨酸甲基化可能在调节剪接活性方面发挥保守作用。通过精氨酸甲基化和磷酸化改性的其他核彩易福彩包括几种APIAP2转录因子(补充表S3)。 PTM之间的合作可能在该生物体中的转录控制中发挥重要作用。
      精氨酸甲基化在表观遗传调节中起着关键作用,作为组蛋白代码的一部分(
      • Bedford M.T.
      • 克拉克斯。
      哺乳动物中彩易福彩精氨酸甲基化:谁,谁,以及为什么。
      )。组蛋白的精氨酸残留物在几个位点上单甲基化 T. Gondii. (
      • Nardelli S.C.
      • Che F.Y.
      • silmon de monerri n.c.
      • 肖H.
      • 别人偏袒
      • 马德里艾利特C.
      • 天使S.O.
      • 沙利文w.j.
      • Angeletti R.H.
      • 金库克。
      • Weiss L.M.
      Toxoplasma Gondii的组蛋白代码包括保守和独特的后翻译修改。
      )。在目前的研究中,我们没有识别任何组蛋白肽,然而,在我们以前的组蛋白PTM的研究中,组蛋白H4R3的甲基化似乎是分类计量的(
      • Nardelli S.C.
      • Che F.Y.
      • silmon de monerri n.c.
      • 肖H.
      • 别人偏袒
      • 马德里艾利特C.
      • 天使S.O.
      • 沙利文w.j.
      • Angeletti R.H.
      • 金库克。
      • Weiss L.M.
      Toxoplasma Gondii的组蛋白代码包括保守和独特的后翻译修改。
      )。虽然亲和纯化方法非常敏感(
      • 郭阿。
      • 顾人
      • 周J.
      • 蒙角。
      • 王Y.
      • 李克.A.
      • 杨五。
      • Aguiar M.
      • Kornhauser J.
      • 贾X.
      • ren J.
      • Beausoleil S.A.
      • Silva J.C.
      • Vemulapalli V.
      • Bedford M.T.
      • 梳理M.J.
      彩易福彩甲基化的免疫亲和力富集和质谱分析。
      ),组蛋白的MMA的丰度可以低于本研究的检测限,因为我们在亲和纯化之前未富格以组蛋白富格。或者,未检测组蛋白的MMA位点可能是因为抗体特异性的偏差。没有序列特异性的R-甲基抗体的组合和识别R-甲基-GG基序的一种,用于编码RG基序的大多数鉴定的位点(补充图2)。组蛋白是高碱性的,并且在其主要序列中发现了非常少量的甘氨酸残基。
      通常发生精氨酸甲基化,我们确认的是精氨酸甲基化位点的特征 T. Gondii. 通过分析鉴定的网站周围的序列。 GAR主题的重要性 T. Gondii. 最近关于TGSOSSB,单链DNA和RNA结合蛋白的研究突出显示。伯利拉 等等。 表明,去除TGSOSSB的RGG部分导致严重的健身缺陷(
      • Boulila Y.
      • 汤姆哈维S.
      • GISSOT M.
      RGG基序蛋白涉及弓形虫杆菌应激介导的反应。
      )。我们在谷物结构域内检测到C Terminus TGSOSSB上的精氨酸甲基化。这些发现突出了在寄生虫活性至关重要的过程中碱基甲基化的特定精氨酸甲基化的可能作用。
      RBP通过RNA识别基序(RRM)与RNA相互作用。含86 rrm彩易福彩编码的彩易福彩 T. Gondii. (
      • Suvorova E.S.
      • 奇特米
      • Kratzer S.
      • l.m.
      • Conde de Felipe M.
      • 巴鲁B.
      • Markillie M.L.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      • 白色m.w.
      发现细胞周期进展所需的拼接调节器。
      )19 rrm彩易福彩是在62个MMA位点甲基化的精氨酸。在5个RRM蛋白(TGME49_270880,TGME49_265250,TGME49_2930,TGME49_304760,TGME49_262620)中,MMA位点属于RRM结构域,表明MMA在RNA结合的非酶促调节中的作用。相反,MMA似乎在酶促RNA结合结构域(RBD)的调节中在酶促RNA结合结构域(RBD)中起作用很少或没有作用,如在其中任何四个MMA修饰的死箱或 - 麦克奈特RNA螺旋酶结构域中所缺乏的MMA位点所支持的 T. Gondii. 甲基姆并受到人类最近类似的结果的支持(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。然而,SF2(TGME49_319530)表示该观察结果的显着例外,因为其MMA位点(R88和R108)在其RBD中发现,并且在人类MMA中,提出在核内的SF2组件中发挥新的调节作用(
      • Larsen S.C.
      • Sylvestersen K.B.
      • MUND A.
      • Lyon D.
      • Mullari M.
      • Madsen M.v.
      • 丹尼尔J.A.
      • Jensen L.J.
      • Nielsen M.L.
      对精氨酸单甲基化的彩易福彩全组分析显示出在人细胞中的广泛发生。
      )。
      在其他物种中,当在人工诱导转录逮捕时,MMA减少(
      • Sylvestersen K.B.
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      • Jensen L.J.
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      人体细胞精氨酸甲基化位点的彩易福彩组学分析揭示了转录逮捕期间的动力调节。
      )。细胞外卵囊的MMA彩易福彩组,被认为是生长的增长(
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      基因设定富集分析(GSEA)弓形虫Gondii表达数据集链接细胞周期进展和Bradyzoite发育计划。
      ),不同于细胞内Tachyzoites,在细胞外卵囊中鉴定的181位MMA位点;众所周知,其他PTM在细胞外的Tachyzoites中改变丰富(
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      细胞内和细胞外毒素弓形虫的乙酰胺中彩易福彩内在病症。
      )。在一起,PTM涉及细胞外Tachyzoites中细胞周期控制的调节因素。为了确认这些差异,需要定量彩易福彩组学评估彩易福彩丰度的变化。
      精氨酸甲基化也是寄生虫分化的潜在调节剂。在该研究中,发现MMA彩易福彩在Bradyzoite特异性蛋白以及Tachyzoite特异性蛋白中统计富集,表明精氨酸甲基化在调节分化中起着一些作用。支持这一点,Saksouk和同事们之前表明,抑制I型TGPRMT4(由这些作者称为Carm1)诱导Bradyzoite分化(
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
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      • 贻贝克。
      • 加入J.
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      • Hakimi M.A.
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      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。在 T. Brucei.,精氨酸甲基化的模式在生命周期形式之间有所不同(
      • Lott K.
      • 李杰。
      • FISK J.C.
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      • 阿丽塔准噶。
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      • 阅读L.K.
      锥虫的全局彩易福彩组学分析显示出由精氨酸甲基化影响的独特彩易福彩和保守的细胞过程。
      );确定全球MMA是否与Tachyzoites和Bradyzoites之间有趣 T. Gondii..
      TGPRMT1被认为是主要的精氨酸甲基转移酶 T. Gondii. (
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
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      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
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      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
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      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。在PRMT1KO寄生虫中,与野生型寄生虫的所有三个MMA彩易福彩彩易福彩共同的彩易福彩相比,不存在70种彩易福彩。对于这些彩易福彩的比例(33个蛋白),在遗传互补的寄生虫中恢复精氨酸甲基化。虽然定量彩易福彩组学将为TGPRMT1的贡献提供更明确的答案,但该数据表明TGPRMT1是精氨酸单甲基汞的主要贡献者。相比之下,人类和人类的PRMT1丧失 T. Brucei. 导致MMA增加(
      • Dhar S.
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      丧失我的主要I型精氨酸甲基转移酶PRMT1导致其他刺激的衬底清除。
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      • 阅读L.K.
      锥虫的全局彩易福彩组学分析显示出由精氨酸甲基化影响的独特彩易福彩和保守的细胞过程。
      ),归因于在不存在PRMT1的情况下被其他PRMTS释放的衬底清除。虽然目前的研究没有使用质谱法调查精氨酸二甲基化,但是2D-PAGE免疫印迹分析提供了TGPRMT1对ADMA有贡献。 TGPRMT1敲除菌株的ADMA和SDMA彩易福彩的进一步表征可以进一步定义TGPRMT1甲基化在生物学中的功能 T. Gondii..
      虽然PRMT类型具有不同的属性(
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      人彩易福彩精氨酸甲基转移酶在PRMT家族的八个典型成员的体内特性中的体内特性。
      ),人类的不同刺激性有一定程度的冗余(
      • FISK J.C.
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      寄生原生动物中的彩易福彩精氨酸甲基化。
      ) 和 T. Brucei. (
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      彩易福彩精氨酸甲基转移酶之间的功能相互作用在锥虫瘤Brucei中。
      )。是否在五个tgprmts T. Gondii. 功能中的重叠尚不清楚。 TGPRMT4对寄生虫活性至关重要,表明其功能不能通过另一种甲基转移酶补偿(
      • Saksouk N.
      • Bhatti M..
      • Kieffer S.
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      • 贻贝克。
      • 加入J.
      • Wullivan JR,W.J.
      • Hakimi M.A.
      • 史密斯A.T.
      组蛋白改性复合物调节与原生动物寄生虫毒素弓形虫的分化相关的基因表达。
      )。 TGPRMT1不是必需的,尽管敲除寄生虫受损(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
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      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      )。当通过PRMT1 KO寄生虫中的微阵列评估TGPRMT表达时,观察到TGPRMT4的次要增加(变化1.18倍)(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
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      • Angeletti R.H.
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      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ),表明,不会发生冗余TGPRMT的补偿mRNA响应PRMT1KO。集体这些数据表明TGPRMT1在 T. Gondii. 具有无法通过另一个TGPRMT补偿的独特功能。
      PRMT1通常用作二聚体(
      • 张X.
      • 郑X.
      主要彩易福彩精氨酸甲基转移酶PRMT1的结构及其与底物肽结合的分析。
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      • 施瓦茨D.
      • Gygi S.P.
      从大规模数据集鉴定彩易福彩磷酸化基序的迭代统计方法。
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      • Pandey K.
      • Takemae H.
      • Akashi H.
      使用激酶抑制剂类似物1NM-PP1显示出弓形虫CDPK1在侵袭步骤中的作用。
      )。在TGPRMT1上检测到的R17的单个MMA位点对于调节酶来说可能是重要的。在T22和S30时,磷酸化位点非常接近R17(
      • Treeck M.
      • 桑德斯J.L.
      • eliasj.e.
      • Boothroyd J.C.
      疟原虫和弓形虫的磷蛋白彩易福彩揭示了寄生虫内外的异常适应。
      )考虑到精氨酸甲基化和磷酸化的假设互动性质,这可能表明了两个相对的TGPRMT1功能的调节模式。该调节是否反映了另一种甲基转移酶的自甲基乙烯化或调节。
      在本研究中鉴定了许多候选TGPRMT1底物。大部分候选TGPRMT1基质定位于核。虽然TGPRMT1主要是一种细胞溶质酶,但具有在肠蠕动的调节中作用的胞嘧啶酶(
      • El Bissati K.
      • Suvorova E.S.
      • 肖H.
      • 卢卡斯o.
      • Upadhya R.
      • 可能。
      • Angeletti R.H.
      • 白色m.w.
      • Weiss L.M.
      • 金库克。
      Toxoplasma Gondii. arginine methyltransferase 1 (PRMT1) Is Necessary for centrosome dynamics during tachyzoite cell division.
      ),甲基化可以改变基材的亚细胞定位或彩易福彩 - 彩易福彩相互作用。 TGPRMT1催化在PericentRiolar地区的形成(甚至是SDMA)的形成。为了回答这些问题,将需要进一步的彩易福彩组学研究,评估TGPRMT1敲除寄生虫中的ADMA和SDMA。
      它以前报告过 锥虫瘤布鲁斯群 通过SDMA改性的MMA和Epsilon管蛋白改性的SDMA进行修饰α管蛋白,表明甲基化可能在细胞蛋白和细胞骨架支持和细胞内转运等过程中起作用作用(
      • Lott K.
      • 李杰。
      • FISK J.C.
      • 王H.
      • 阿丽塔准噶。
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      • 阅读L.K.
      锥虫的全局彩易福彩组学分析显示出由精氨酸甲基化影响的独特彩易福彩和保守的细胞过程。
      )。后者的证据来自于涉及的血管内输送,囊泡转运彩易福彩和囊泡融合的底物上发现的精氨酸甲基化(
      • Lott K.
      • 李杰。
      • FISK J.C.
      • 王H.
      • 阿丽塔准噶。
      • 曲J.
      • 阅读L.K.
      锥虫的全局彩易福彩组学分析显示出由精氨酸甲基化影响的独特彩易福彩和保守的细胞过程。
      )。
      Apetela 2(APIAP2)是保守的APICOMPLEARAN转录因子,调节APICOMPLANAN生命周期的发育阶段(
      • 巴拉吉S.
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      发现AP2-整合酶DNA结合结构域的APICOMPLYPLA的主要特异性转录因子及其含义。
      )。通过预防遍突蛋白介导的破坏所需的磷酸化事件,转录因子的精氨酸甲基化可以抑制它们的降解(
      • yamagata k。
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      Foxo转录因子的精氨酸甲基化抑制了Akt的磷酸化。
      )。有趣的是,我们观察到在精氨酸单甲基胺中的磷蛋白组中最大的相互作用,代表89%的MMA蛋白,支持在调节磷酸磷蛋白酶中的精氨酸甲基化的作用 T. Gondii.. 这种调节的一个可能的例子是AP2XI-5,其在R647甲基化,并涉及在晚期表达的毒力因子的转录调节 T. Gondii. cell cycle (
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      弓形虫转录因子TGAP2XI-5调节寄生虫毒力和宿主侵袭的基因的表达。
      )。
      总的来说,这里提出的数据表明MMA是一种丰富的动态PTM T. Gondii. 调节其他功能中的RNA生物学和转录。未来的工作应解决其他类型的精氨酸甲基化对精氨酸单甲基化物的贡献以及精氨酸甲基化在分化中的潜在作用。 TGPRMT1似乎在该修改的调节中发挥作用,本研究中的TGPRMT1底物的鉴定显着促进了我们对寄生虫生物学中TGPRMT1功能的理解。

      致谢

      我们感谢奥巴河农业大学肯塔加罗博士,日本兽医大学,为他养成兔子抗真的1的礼物。

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