通过数据无关采集质谱敏感人造血干细胞和祖细胞的敏感定量蛋白质组学*[S]

  • Sabine Amon.
    脚注
    隶属关系
    来自‡生物科学系,分子系统生物学研究所,瑞士8093苏黎世,苏黎世;
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  • Fabienne Meier-Abt
    脚注
    隶属关系
    来自‡生物科学系,分子系统生物学研究所,瑞士8093苏黎世,苏黎世;

    §苏黎世大学医院苏黎世,瑞士8091;
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  • Ludovic C. Gillet.
    隶属关系
    来自‡生物科学系,分子系统生物学研究所,瑞士8093苏黎世,苏黎世;
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  • Slavica Dimitrieva.
    隶属关系
    Zurich,Eth苏黎世和苏黎世大学,瑞士8057,瑞士苏黎世和苏黎世大学枢零基因组学中心;
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  • 亚历山大P.A.三种糖
    隶属关系
    §苏黎世大学医院苏黎世,瑞士8091;
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  • Markus G. Manz.
    隶属关系
    §苏黎世大学医院苏黎世,瑞士8091;
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  • Ruedi Aebbersold.
    一致
    应该解决对应的通信
    隶属关系
    来自‡生物科学系,分子系统生物学研究所,瑞士8093苏黎世,苏黎世;

    ‖瑞士苏黎世大学理学院的菲律物,瑞士苏黎世8057
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  • 作者脚注
    * R.A.持有Biognosys AG的股票,它在文章涵盖的字段中运行。其余的作者声明没有竞争的财务利益。
    [S] 本文包含补充材料表S1-S6和图3. S1-S19。
    ‡‡ 这些作者同等贡献这项工作。
    1 使用的缩写为:CMPcommon髓variationDDAdata依赖性acquisitionDIAdata无关acquisitionFDRfalse发现rateGMPgranulocyte - 巨噬细胞progenitorsGOgene ontologyHSChematopoietic干cellsHSPChematopoietic干细胞和祖cellsMEPmegakaryocyte - 红细胞progenitorsMPPmultipotent祖细胞progenitorsCVcoefficient。
      多细胞生物中的生理过程取决于功能和相互作用 在上下文中运行的专用细胞类型。其中一些细胞类型很少见 因此只能以微量批量获得。例如,组织特异性茎和 祖细胞是数值稀缺的,但功能高度相关,并且实现 开发,组织维护和疾病中的关键作用。而低数量 通过基因组学和转录组织常规分析细胞,相应的蛋白质组学分析 迄今为止由于方法论限制而无法实现分析。在这里,我们 描述基于独立数据采集的敏感和鲁棒的定量技术 质谱。我们量化了25,000套造血蛋白质组的蛋白质组 茎/多能祖细胞(HSC / MPP)和三个致癌的祖细胞亚群 骨髓分化途径(常见骨髓祖细胞,巨核细胞 - 红细胞 祖细胞和粒细胞 - 巨噬细胞祖细胞),由荧光激活分离 来自五个健康捐赠者的细胞分类。平均而言,确定了5,851次蛋白质基团 每个样品。定量为4,131个严格过滤的蛋白质基团的子集 在20个样本中比较,为每个亚population定义独特的签名。 蛋白质组学和转录组谱的比较表明HSC / MPP特异性发散 细分酶维持和静止诱导等生化功能的调节 酶,包括异柠檬酸脱氢酶。这些对维护至关重要 茎和在蛋白质组上检测,但没有转录组,水平。该方法是 同样适用于几乎任何稀有细胞类型,包括健康和癌症茎 细胞或生理学上和病理渗透细胞群。因此 提供对详细生化理解的基本新信息 细胞开发与健康与疾病的功能。

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