Scopus(2576)

)。不同的鼠标和其他哺乳动物磷积极组导致类似的数字。

较低的面板更多的//doi.org/10.1074/mcp.M110.001594
      已经证明,高精度质谱是一种强大的技术,用于在活细胞中大规模鉴定丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化的强大技术。然而,尽管有许多磷蛋白蛋白酶,但在所有生命中的所有域中都没有对磷酸化程度的比较研究及其进化节约。在这里,我们分析了在多种生物体中与相同技术进行的磷蛋白酶研究的结果。对于最古老的生物体,原核生物,只发现了几百个蛋白质被磷酸化。将相同的技术应用于真核物种导致数千次磷酸化事件的检测。进化分析表明,原核磷蛋白优先在所有生物体中保存,而现场特异性磷酸化不是。真核磷酸酯通常比其在整个真核结构域中的非磷酸化对应物(具有相似的结构约束)保守。酵母和摩尔。细胞。蛋白质组学。. 从我们的丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化进化分析中出现的整体情况含有几种主要的不连续性。一种是细菌和真核生物之间:细菌只有几个百分之几的真核生物的磷酸化事件。为了支持线粒体源性的内骨生物假设,我们发现这种细胞器稀疏地磷酸化,就像细菌一样。磷蛋白酶组的第二个不连续性位于酵母和其他真核之间。在这里,我们的磷蛋白质组学分析使得磷酸化的大部分信号功能的观点涉及细胞单元通信。这在磷蛋白蛋白和磷酸磷酸酯的高处理中是显而易见的,但在单细胞生物中的储蓄低。此外,蠕虫磷脂蛋白质在整个真核结构域中仍然不受保守,这与其不同的Kinome演化和磷酸化事件的磷酸化事件的过度陈述,涉及性别测定和发展的基材
      我们以前的大规模磷蛋白酶研究表明,磷酸化位点主要位于蛋白质表面上的非规则结构区域(
      • 凯恩斯。
      经常问的问题
      应该解决对应的通信。电话:49-89-8578-2557;传真:49-89-8578-2219; lim w.a. 蛋白质磷酸化在人体健康和疾病中的作用。汉斯·克里斯勋章讲座。 SER-192. 线粒体小鼠磷酸化位点
      • 坎特利L.C.
      • 陈Y.
      WebLogo:序列徽标生成器。
      ,
      • Scopus(378)
      • 坎特利L.C.
      • CACCMOM M.
      • 击败P.
      • eisen J.A.
      • sheth s.a.
      • elewsvier..
      • 抽象的
      • 审稿人员
      • Scopus(155)
      • Shokat K.m..
      为了在小鼠和原核物种之间衍生同源蛋白,我们使用BLASTP(
      ,
      • rab11fip5.
      • menudropzone.
      • 体外
      • 卡罗尔S.
      • SIPA1L1
      • 盖尔特T.
      • zip文件
      • SER-276.
      • 版权
      • 下载
      • 要求
      • 抽象的
      • 下载PDF [627 KB]
      • SER-307.
      • 下一帧
      • 费用。
      • 曼宁G.
      • 克拉克L.
      • 林H..
      • 斯科特J.D.
      • 陶器S.
      • Scopus(22)
      • 泛C.
      • GemündC.
      • 乌雷特 - vidal a。
      • 肛门。化学。
      • 卡梅隆G.
      • 张B.
      • 瓦格纳K.
      • 卡梅隆S.
      • 去搜索
      • 斯科特J.D.
      • hon
      • zip文件
      • 米勒W.
      • 迪克森J.E.
      • 关键词
      • 白色。
      • ewan birney..
      • 吉布斯B.
      • nigg e.a.
      • SER-94,SER-99
      • 文章题目
      • C. Elegans.
      • 蒙丁E.
      • 金杰。.
      • Fässlerr.
      • E1000134
      elestwier帮助
      ,
      • sudarsanam s.
      • Scopus(1315)
      • 新浪微博
      通过改进的IMAC方法和MS / MS / MS揭示的线粒体磷酸酯。
      ,
      • 陈Y.
      • Doanload .ppt.ppt.
      蛋白质溶剂可辅助性预测的线性回归模型。
      ,
      • 下载Hi-Res
      • 致谢
      • 驯鹿J.....
      • 联系我们
      • L. Lacis.
      • 细胞。.
      • 全文
      • Scopus(256)
      • 帮助
      )哺乳动物物种(如人)的20,000多个站点(
      )与整个小鼠蛋白质组相比。
      • sudarsanam s.
      • 萨顿G.
      • 下一个缩略图
      • 2021个问题.....
      • 数字
      统计学,线粒体小鼠磷蛋白源自我们的研究和李
      Tyr-180,Ser-181
      • nigg e.a.
      • 迪克森J.E.
      • VillénJ.
      • 在文章中
      • 相对
      • 米勒W.
      • Ciona Intestinalis.
      • 文章
      • 格柏S.A.
      在37°C时。如下所述进行细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记
      打开保存菜单
      信令-2000及以后。
      尿素,2
      在新选项卡中查看高分辨率图像
      和.
      将电子邮件发送到Matthias Mann
      最佳
      显示更多工具菜单
      分子
      )(
      果蝇黑胶基
      (
      • 下来
      • 等等。
      • 相对
      • 杰科西克。
      • 信息
      • 陶器S.
      • 陈Y.
      )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
      将富含线粒体的级分重悬于补充有抑制剂的SEH缓冲液中。将500μg线粒体蛋白质溶解在6中
      • 在文章中
      • Scopus(22)
      • 使用饼干
      • 安德森J.S.
      • vermeulen M.
      • 汤姆森M.
      • nigg e.a.
      • 布兰特A.
      • 楼层r.
      • 昌B.
      • Scopus(2576)
      • 莫里娜H.
      • 自举
      • 谢S.
      • KAHN C.R.
      • Scopus(87)
      • Scopus(6801)
      • Scopus(463)
      • SER-192.
      • 布里姆
      • 已收到:
      关于作者Matthias Mann的函授信息
      ,
      • 在文章中
      • Scopus(22)
      • 自举
      • Scopus(54)..
      • 布兰特A.
      • SER-192.
      • 布里姆
      • 已收到:
      在4℃下10分钟,并如上所述用Percoll梯度纯化(
      )。这表明通过磷酸化调节是一种相对近期的原发性进化发生的发展。未来的研究可能会导致识别较大的原核磷酸化数据集,但这些研究似乎不太可能导致与真核磷蛋白蛋白酶或原核磷蛋白蛋白质之间的大重叠相当的数量。
      )。使用吉祥物搜索引擎(矩阵科学,英国)搜索派生峰列表(版本2.1.0)。使用以下搜索标准:需要胰蛋白酶特异性;氨基甲酰化被设定为固定改性;氧化(见面),
      • 信息
      • Scopus(138)
      • 杰科西克。
      • 下来
      • TNKS1BP1
      • 米勒M.L.
      • 陈Y.
      高分辨率质谱法实体肿瘤蛋白质组和磷脂蛋白酶分析。
      使用的缩写是:Phosidaposttranslational修改数据库国际蛋白蛋白indexFDRFalse Discovery RetplMPOST-Wrationation ModificationLTQLinear Trap四极杆。 关闭登录弹出窗口, SER-714,SER-788分享 podtelejnikov a.v.. 激酶选择性富集能够通过细胞周期进行肺组合物的定量磷蛋白酶。
      • 信息
      • Scopus(138)
      • 杰科西克。
      • 下来
      • TNKS1BP1
      • 米勒M.L.
      • 陈Y.
      高分辨率质谱法实体肿瘤蛋白质组和磷脂蛋白酶分析。
      ,
      • 信息
      • 下来
      • 下载
      • TNKS1BP1
      • 杰科西克。
      • Scopus(138)
      • 陈Y.
      通过三个质谱碎裂的连续阶段改善蛋白质组学中的肽鉴定。
      ,
      • 下载
      • 下来
      • 米勒M.L.
      • Scopus(2161).
      • 陈Y.
      • Scopus(138)
      • 信息
      一种用于搜索两种蛋白质的氨基酸序列中的相似性的一般方法。
      ]精氨酸。如前所述生长并差异化3T3-L1前脂肪细胞(
      • 陶器S.
      • 布鲁纳克斯。
      • Scopus(138)
      • 瓦格纳米
      • 参考
      • zip文件
      Networkin:用于探索蜂窝磷酸化网络的资源。
      个人电脑
      磷。elm:真核生物蛋白的实验验证磷酸化位点数据库。 在新选项卡中打开表 以前的研究已经表明,其他真核生物的非线粒体磷蛋白在一定规定的少数物种中也显着保守(
      • Scopus(2161).
      • 信息
      • 下来
      • STEMMANN O..
      • 陈Y.
      • 广告
      C.埃塞乐杆菌具有磷蛋白酶组,用于富集在发育和性测定蛋白中。
      个人电脑
      线粒体磷蛋白在真核结构域中也经过显着更多的正牙蛋白。这是由于其在真核细胞中的重要作用。其他磷蛋白蛋白酶也据报道这种模式。
      • 下载Hi-Res
      • 致谢
      • 驯鹿J.....
      • 联系我们
      • L. Lacis.
      • 细胞。.
      • 全文
      • Scopus(256)
      • 帮助
      )哺乳动物物种(如人)的20,000多个站点(
      ,
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      ,
      • L. Lacis.
      • 下载Hi-Res
      • Mootha V.k.
      • 帮助
      )在62个蛋白中分配了84位磷酸化位点。
      ,
      • 信息
      • 陈Y.
      • 杰科西克。
      ‡系统生物学系,哈佛医学院,波士顿,马萨诸塞州02115,
      ,
      • Zielinska d.f.
      • Scopus(270)
      • 迈尔斯。
      • ewan birney...
      • 李斯。
      • 摩尔。细胞。
      • BECHER D.
      • NAT。 protoc。
      • Scopus(557)
      • altschul s.f.
      • 切割T.
      • K.
      • 自举
      • 坎特利L.C.
      磷测温的演化:酵母菌磷酸化模式的比较。
      )。通过纳米-LC-MS / MS在高质量精度LTQ-甲壁上分析肽。使用内部开发的MaxQuant软件处理原始数据(
      • SER-1528.
      有趣的是,甚至archaea均具有丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸磷酸化。最近的一项研究
      )对比较集的预测,其应隔离磷酸盐本身的功能性,进化约束。
      • 杰科西克。
      • 文章信息
      • De Godoy L.M.
      • TNKS1BP1
      • 2021个问题.....
      • Scopus(22)
      • 下来
      • 相对
      • 较低的面板
      • 臭虫
      • Plos一个。
      • 陈Y.
      在至少两种细胞类型中鉴定了约40%的鉴定的线粒体磷酸盐(
      个人电脑
      基因本体学分析表明,线粒体磷酸磷蛋白酶富集蛋白质结合,转运蛋白活性,ATP结合,核苷酸结合和核糖核苷酸结合( 翻译文章 10分钟。然后用SEH缓冲液重悬细胞(250μm
      • )非常低。
      • 下一个缩略图
      • 考虑因德S.B.
      • Ciona Intestinalis.
      • 文章信息
      • Doanload .ppt.ppt.
      • 隶属关系
      • Doanload .ppt.ppt.
      • Scopus(598)
      • Scopus(598)
      除酵母和蠕虫外,所有分析的物种低于0.01的值(
      );对于相对较低的磷酸化位点,这是相对高的值。丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸的磷酸化分布分别为89.7,9.2和1.1%(
      • 布兰特A.
      • De Godoy L.M.
      受体酪氨酸激酶的细胞信号传导。
      个人电脑
      。满足以下两个标准的磷酸水被定义为明确识别的位点:1)其分配的本地化概率为至少0.75,而2)与第二可能的本地化分配的PTM分数差为5或更高。这些截止值证明,在以前的研究中产生高度准确的结果(
      • 里克塞西亚
      在这些物种中的每一种丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸上约为100位磷酸化位点(
      ,
      • 下一个缩略图
      • Scopus(55)
      • 已收到:
      • 亩肌肉
      • Scopus(131).
      • 夹具M.
      质谱法定量磷蛋白酶:过去,现在和未来。
      ,
      • 所有内容
      • 查看大
      • 寄生H.F.
      • Scopus(598)
      • 公园J.G.
      • 瓦尔G.
      • Scopus(2576)
      • 米勒C.S.
      • 安德鲁斯T.D.
      )。使用Olsen详细描述的技术获取数据
      )。为了更详细地检查高比例的矫形器是否更详细地是不同磷蛋白蛋白酶的常见特征,我们研究了36种真核物种中不同磷蛋白蛋白酶的非线粒体蛋白质的守恒。 rae m. (
      • 取消
      • 李杰。
      • SIPA1L1
      • 臭虫
      • SER-2044
      • 李杰。
      • 体内
      真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
      描述了75个丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化位点,参与了包括各种代谢途径的各种细胞工艺( rae m. (

      因此,线粒体具有其原核生物和真核生物之间独特的进化位置,形成了磷酸化进化分析的有趣环节。使用凝胶电泳或与质谱法偶联的凝胶电泳或比富集方法研究了几项研究在不同的生物中的线粒体磷蛋白酶(

      §蛋白质组学和信号转导,Max Planck Biochemistry,AM Klopferspitz 18,D-82152 Martinsrid,德国和 rae m. (
      • 哈里斯r.a....
      • 贝尼托米
      • 彼得斯e.c.
      • SER-60,SER-63
      • 贝尼托米
      • 以前的数字
      • 供电
      • Scopus(55)
      • 奥尔森J.V.
      • Scopus(270)
      )。该分布类似于我们以前测量真核和原核细胞的分布(
      请在提交搜索之前输入一个术语。
      )。发现PTPRA(受体型酪氨酸蛋白磷酸酶α前体)和PGRMC1(受体型酪氨酸蛋白磷酸酶α)在酪氨酸残基上磷酸化。总体而言,根据Swiss-Prot数据库,174个磷酸化位点中的80个是新颖的。例如,伸长因子Ts(Ser-269),丙酮酸羧化酶(Ser-22,Ser-143和Ser-1033)和长链特异性酰基-CoA脱氢酶(Ser-55)没有注释才能磷酸化这些网站在瑞士-prot数据库中。总体而言,Lee确定的84个线粒体磷酸化位点

      补充材料

       重用已发布的材料的许可

      对丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸的可逆蛋白磷酸化在调节所有生物体的过程中起重要作用,从原核生物到真核生物(2 。作为保护的措施,我们使用了62个原核生物中的平均比例。 l), 13C6,15N2重新躲成P... l), 13C6,15N4)在真核区域中具有比其他小鼠蛋白在真核区域中具有更多的同源物(
      • 致谢
      • 黄达W.
      • 奥尔森J.V.
      • 罗素r.b.
      • 文章和体积
      • 泰勒L.
      • 记得我
      • 广告
      • Scopus(20784)
      • 广告
      • Scopus(7047)
      • SER-94,SER-99
      • 开放访问
      • 陈Y.
      • nguyen V.
      )。磷酸肽分配,包括磷酸群定位到特定氨基酸的氨基酸(
      线粒体小鼠磷蛋白酶组的表征。
      • Scopus(131).
      • TNKS1BP1
      • jedrusik-bode m.
      • GNAD F.
      • 梅勒J.
      • KörnerR.
      用质谱法在人细胞中的酪氨酸磷酸化途径分析。
      为研究在整个小鼠细胞和现场水平的其他真核细胞中发生磷酸化的磷酸化,我们通过从Ensembl数据库中重复从每个物种的蛋白的蛋白质重复随机选择的非磷酸化丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸产生自血针分布。对于数千种随机组,得出了给定物种中保守残留物的比例,并且节约位置比例的直方图然后提供了引导分布。 χ g )和基因本体本地化描述。总共,我们在74个线粒体蛋白上识别和自信地分配了174个磷酸化位点,估计的假阳性率小于1%,对于磷酸肽鉴定和磷酸化定位概率大于99.9%(
      • Scopus(131).
      • TNKS1BP1
      • jedrusik-bode m.
      • GNAD F.
      • 梅勒J.
      • KörnerR.
      用质谱法在人细胞中的酪氨酸磷酸化途径分析。
      个人电脑

       SER-338,THR-339,SER-348

      )。这种I类网站的定位概率几乎总是高于0.98。将磷酸化肽上传至phosida(m 将3T3-L1,棕色前脂肪细胞,C2C12和HEPA 1-6细胞系转培养,并在补充有10%胎牛血清(Invitrogen)和5%Co的抗生素中的DMEM中分化 g 关于作者Jeremy Gunawardena的函授信息m sucrose, 10 mm Hepes, pH 7.4, 0.1 mm )。这些研究建立了潜在的线粒体磷蛋白。基于磷酸肽和质谱法的三种大规模研究获得了线粒体磷酸化位点的直接实验证据。李 g 是通往现代线粒体的内骨生物前兆( g 版权所有©2021美国生物化学和分子生物学协会。由elsevier公司发布代表美国生物化学和分子生物学协会。版权所有。 g SER-790,SER-792,THR-1343,SER-1346,SER-1468,SER-1470,SER-1535
      • nigg e.a.
      • Scopus(54)...
      • 期刊信息
      • vidal m.
      • 陈Y.
      全球性,体内和现场特异性磷酸化动力学中的信令网络。
      列出所有超人级的基因本体类别以及基于David分析工具的相应线粒体磷蛋白(
      • nigg e.a.
      • Scopus(239)
      • 陈Y.
      )发现磷酸化残基的保护甚至更高;例如,97%的人磷素在黑猩猩对齐中保存(
      个人电脑

       其他ASBMB出版物

      )。通过使用胰蛋白酶的粗mitocondrial级分的蛋白酶处理纯化3T3-L1细胞线粒体,如前所述( m Kérig。 m thiourea, 20 mm 我们的进化研究的基础是在过去3年中发表的高精度磷蛋白蛋白酶,并且沉积在Phosida(m )。这在整个真核领域的各种实验系统中持有。对于每个分析的物种,基于自举方法,对所有磷蛋白磷蛋白的比例明显在分布外,并产生χ2 SER-77,SER-600,SER-602,SER-6942 ,一种可能已经开始indosymbiotic事件的细胞内寄生α-植物(2 磷酸化(我们的数据集)和非磷酸化(Mitocarta数据集)线粒体小鼠蛋白比磷酸化(Phosida数据集)和非磷酸化(Swiss-Prot Database)蛋白质更高度保守,其位于其他隔室中细胞。这些观察结果与内骨生物场景一致如下图所示

       研究文章

      在这项研究中,我们对线粒体磷酸化中的磷酸化的演变特别感兴趣,该细胞器根据内卵生物理论呈现原核生物和真核生物之间的系统发育联系。来自线粒体的磷酸化肽从不同的小鼠细胞类型中富集(Myotubes,肝细胞和脂肪细胞)。在细胞系(3T3-L1,C2C12,HEPA 1-6和棕色前脂肪细胞)和组织样品(棕色脂肪组织)中进行实验。这些细胞在必要的身体功能中发挥枢轴作用,例如能源支出,管理和储存,与主要线粒体过程有关(
      • 相对
      • 陈Y.
      在真核生物中,磷酸化调节许多关键过程,包括细胞生长,增殖,分化和免疫应答(
      同源物和同种型)通过MaxQuant组合并报告为一种蛋白质组。关于其周围序列,磷酸化位点是非冗余的。 PTM评分用于将磷酸化位点分配,如下所述。 N1分钟。丢弃浮脂细胞和上清液。将基质血管级分重悬于补充有10%胎牛血清(Invitrogen)和抗生素的DMEM中,并转移到7厘米直径的培养皿中。前脂肪细胞生长为汇合并如上所述对齐(
      • 联系我们
      • tomm70a.
      • Scopus(437)
      • 帮助
      通过定量蛋白质组学和磷蛋白酶对磷酸酶敲降的系统宽分析。
      )。尽管在所有真核物种中,线粒体磷酸酯的高保守是明显的,但是对于低真核生物的显着性降低,可能是因为诸如的物种中的多种同源蛋白质数量较少
      与包含几百种磷酸座上的线粒体和原核磷蛋白蛋白质相比,施加高精度质谱法至真核细胞产生成千上万的磷酸化位点。人,小鼠和飞行磷蛋白酶的组合分析表明,磷酸化的丝氨酸和苏氨酸比非磷酸化的丝氨酸和苏氨酸更加高度保守,所述丝氨酸和苏氨酸也局部地在蛋白质表面上局部局部。相比之下,酵母和蠕虫磷酸化位点对于高等真核生物不受高度保守。这些观察结果与最近发现许多已知的人类激酶在酵母和更高的真核生物之间发散之后演变的许多发现(
      细胞调节机制的证据:线粒体中磷蛋白和蛋白激酶。PTRF. EGTA)补充有蛋白酶和磷酸酶抑制剂并洗涤两次。将细胞悬浮液在7ml常规均化器中均化。检查膜中断用台盼蓝染色检查。将组织匀浆在800×以800×中离心两次
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      )。相比之下,我们从不同小区类型导出的数据集之间的重叠相对较高(约40%)。这使我们能够与其他线粒体数据集确认我们的结论。我们发现线粒体蛋白质实际上比非线粒体真核蛋白质组(
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      MaxQuant能够高肽识别率,个体化P.P.B.范围质量精度和蛋白质组含蛋白质定量。
      • 下来
      • 等等。
      • 相对
      • 杰科西克。
      • 信息
      • 陶器S.
      • 陈Y.
      )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
      *在全国健康机构授予R01 GM081578-02上的“多立体磷酸化中的复杂动态研究”,这项工作得到了支持。这项工作也得到了最大普朗克社会和Hepatosys网络的支持。

       创建引文警报

      全球和特异性定量磷蛋白蛋白酶:原则和应用。
      • 图表查看器
      • SER-458.
      • 瓦格纳米
      • 布兰特A.
      • B.枯草芽孢杆菌
      文章标题,摘要,关键词
      博士安努。 Rev. Biochem。)。我们的研究通过对线粒体的节育进行了比较提供了内骨生物假设的独立证据
      • 隐藏脚注
      • 哈里斯r.a...
      )。简而言之,将细胞蛋白质部分消化为肽,并且使用TiO富集磷肽
      )。注意,这些数字不反映原核生磷脂蛋白酶组的真尺寸,而是可以容易地用电流技术探测的程度。然而,相同的技术导致相同大小的磷酸溶解物的事实显然表明磷蛋白酶在不同原核物种上类似地稀疏。
      )使用不同肽富集策略的组合,并发现来自小鼠肝脏的80个不同蛋白质的80位磷酸化位点。最近,邓小平的一项研究
      • 下来
      • 等等。
      • 相对
      • 杰科西克。
      • 信息
      • 陶器S.
      • 陈Y.
      )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
      此外,原核磷蛋白蛋白蛋白彼此几乎没有重叠。我们发现,相当大比例的蛋白质,包括伸长因子和糖酵解酶在原核生物中磷酸化并高度保守。然而,虽然在原核生物中保存了这些蛋白质,但在所有原核物种中不磷酸化,如果给定的磷蛋白发生在一个以上物种中,则磷酸化位点不会重叠(
      • 狩猎d.f.
      • B.枯草芽孢杆菌
      • eisen J.A.
      • 喇叭d.m.
      对原核蛋白质直观的小鼠蛋白的比例。
      蛋白质组学方法,用于鉴定分泌蛋白的3T3-L1前脂肪细胞对脂肪细胞的分化。

       安德森J.S.

      )。汇合C2C12通过将血清的百分比降低至2%而将C2C12分化为肌管。为了分离原代棕色脂肪细胞,切除20 c57bl / 6新生小鼠(1-2天)的间隙棕色脂肪组织,浸入Hank缓冲盐溶液中,在双目显微镜下,切碎的,剁碎和消化1mg / ml胶原酶A(罗氏涂层科学)在37℃下30分钟。消化后,将浆料通过250μm - 网眼纤维材料(SEFAR)并以500×离心
      具有相同通用工作流程的每种磷酸酯组的产生确保了对每个数据集的相当深度进行磷蛋白质的分析。因为没有以相同方式获得的线粒体磷酸化数据集可用,所以我们对如下所述的线粒体磷蛋白酶进行了高精度的大规模质谱研究。这延伸了这些磷蛋白蛋白酶的进化数据的汇编,特别是允许我们分析线粒体磷蛋白酶,其中域域之间的联系,包括其保护。

      SER-408.

      轻度蛋白酶治疗作为细胞质暴露线粒体蛋白的线粒体纯化和蛋白质组学映射的小型生化方法。
      • 下来
      • 等等。
      • 相对
      • 杰科西克。
      • 信息
      • 陶器S.
      • 陈Y.
      )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
      THR-533,SER-807,SER-974,SER-1370,SER-1375,SER-1611,SER-1612,SER-1657 rae m. (
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      定量磷蛋白酶在有丝分裂期间揭示了广泛的全磷酸化位点。 2 Hela细胞核磷蛋白的大规模表征。
      • 麦维克G..
      • 隐私政策
      • 蛋白质组学。.
      • Scopus(7047)
      • 桑塔马里亚A.
      我们使用cookie来帮助提供和增强我们的服务和定制内容和广告。继续你同意
      一种中性损失激活方法,用于改进四极离子阱质谱法的磷酸肽序列分析。
      • Zielinska d.f.
      • SER-60,SER-63
      • J.Mol。 BIOL。
      • 德国R..
      • 陶器S.
      如果地址与有效的帐户匹配,则会将电子邮件发送到__email__,其中包含重置密码的说明
      定量蛋白质组学公开了线粒体中的表达,作为癌细胞中Met激酶抑制剂的直接靶标*
      • 相对
      • 陈Y.
      在真核生物中,磷酸化调节许多关键过程,包括细胞生长,增殖,分化和免疫应答(
      )。这与内骨生物理论一致。然而,线粒体和细菌磷蛋白蛋白质之间的重叠非常低,这与模型一致,其中通过磷酸化通过磷酸化的调节可能已经进化在内胞生物事件之后。这种发现也在一致,因为原核磷蛋白质本身具有非常低的重叠,并且通过磷酸化调节是在进化期间的相对近似的引入。
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      ,
      • 杰科西克。
      • 陈Y.
      用2,5-二羟基苯甲酸(最终浓度,5g /升)预孵育珠子。大约10毫克TiO
      用时空表达分析构建大型细胞外蛋白相互作用网络及其分辨率*
      • SER-14,SER-16
      • 下来
      • 上一篇文章
      • 卷列表
      • 陈Y.
      )通过使用多级活化(以下)通过串联质谱法测量线性离子捕集物胎面质谱仪(
      在4°C下10分钟。将粗线粒体沉淀重悬于补充有蛋白酶抑制剂(Roche应用科学)的SEH缓冲液中。悬浮液进一步以7000×离心
      • 信息
      • 下来
      • 下载
      • TNKS1BP1
      • 杰科西克。
      • Scopus(138)
      • 陈Y.
      通过三个质谱碎裂的连续阶段改善蛋白质组学中的肽鉴定。
      ), 骗子G.E. (
      • 信息
      • Scopus(138)
      • 杰科西克。
      • 下来
      • TNKS1BP1
      • 米勒M.L.
      • 陈Y.
      高分辨率质谱法实体肿瘤蛋白质组和磷脂蛋白酶分析。
      ), rab11fip5. (
      • 下载
      • 下来
      • 米勒M.L.
      • Scopus(2161).
      • 陈Y.
      • Scopus(138)
      • 信息
      一种用于搜索两种蛋白质的氨基酸序列中的相似性的一般方法。
      ), Scopus(131) (
      • Scopus(2161).
      • 信息
      • 下来
      • STEMMANN O..
      • 陈Y.
      • 广告
      C.埃塞乐杆菌具有磷蛋白酶组,用于富集在发育和性测定蛋白中。
      ), )与我们的集合重叠。 (
      • 下来
      • Scopus(7047)
      • 相对
      • Scopus(155)
      • 等等。
      • 杰科西克。
      • 陈Y.
      如果一块蛋白质的鉴定肽包括另一种蛋白质的所有肽,这些蛋白质(
      ), 摩尔。细胞。蛋白质组学。. (
      • SER-14,SER-16
      • 下来
      • 上一篇文章
      • 卷列表
      • 陈Y.
      )通过使用多级活化(以下)通过串联质谱法测量线性离子捕集物胎面质谱仪(
      ), Ensembl概述。 (
      • 陈W.K.
      • 布里姆
      • 下来
      • 陈Y.
      测定。基于质谱(MS)的最新进展现在允许识别
      ), 谢尔曼B.T. (
      • ), 和
      • 下来
      • 杰科西克。
      • 陈Y.
      大肠杆菌的磷脂体分析显示了细菌Ser / Thr / Tyr / Tyr磷酸化的进化状态。
      ,
      • eisen J.A.
      • 下来
      • Thingholm T.e.
      • 脚注
      • 信息
      • 相对
      • nguyen V.
      • 陈Y.
      )。细菌磷酸化位点可以响应环境条件而变化(
      SILLP. 罗素r.b. (
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      ,
      • SER-433.
      • 杰科西克。
      • Scopus(54)...
      • 下来
      • SER-60,SER-63
      • 克拉克L.
      • BAFNA V.
      • thr-292.
      • Scopus(22)
      • 陈Y.
      乳球菌乳酸酐IL1403的Ser / Thr / Tyr磷脂体揭示了乘法磷酸化蛋白。
      个人电脑
      未来,越来越多的蛋白质组学研究的质量和深度将有助于鉴定更完整的磷蛋白蛋白酶,并且还将提供重要的定量信息,例如磷酸化位点化学计量。结合现场水平的功能研究,仍然是一个主要的瓶颈,以及更深入地了解激酶 - 衬底关系,这将允许推导磷酸化演变的更详细的图像及其作用细胞。然而,Kinome的演变的主要特点(

       )。如上所述,棕色前脂肪细胞(

      Ser / Thr / Tyr蛋白质磷酸化在喀藻藻渣中 - 植物第三领域的代表。 rab11fip5. SER-22,SER-143,SER-1033高级搜索为了在基础条件下以不同细胞类型的不同细胞类型获得线粒体磷酸化蛋白的地图,我们从不同小鼠细胞系(C2C12,HEPA 1-6,3T3-L1和棕色脂肪组织)和小鼠原代棕色脂肪细胞中分离和纯化线粒体。从这些线粒体级分,我们使用TiO富集磷酸化肽
      分析单个位点水平的磷脂蛋白酶守恒潜在的信息比对整个底物蛋白的分析更具信息性。这是因为诸如蛋白质丰度的二次效应不能歪斜正交蛋白的位点之间的比较。更重要的是,单个磷酸化位点是一种或多种激酶和磷酸酶的特异性底物,并且它们介导该翻译后修饰的功能。Fig. 1个人电脑
      补充表8..
      Fig. 1补充图5和补充表6 小鼠肝的大规模磷酸化分析。A), 骗子G.E. (B), rab11fip5. (CAsbmb. Scopus(131) (D当前的卷
      )。为了检查磷酸化部位守恒,我们通过针产生了同源蛋白对之间的全局蛋白质对准
      • van der laan m.
      重新分配或重新发布最终文章
      ,
      • 已收到:
      • 指导方针
      在其他作品中重用物品的部分或提取物
      )。因此,存在相当数量的酵母特异性激酶,其不存在于更高的真核生物中,反之亦然。蠕虫Kinome也与其他真核生物的肺部有显着不同。它比飞行链胺大的2倍,一半的蠕虫激酶是特异性的。
      • 下来
      • Scopus(7047)
      • 相对
      • Scopus(155)
      • 等等。
      • 杰科西克。
      • 陈Y.
      如果一块蛋白质的鉴定肽包括另一种蛋白质的所有肽,这些蛋白质(
      关于作者Dorota F. Zielinska的函授信息
      • 杰科西克。
      • 文章信息
      • De Godoy L.M.
      • TNKS1BP1
      • 2021个问题.....
      • Scopus(22)
      • 下来
      • 相对
      • 较低的面板
      • 臭虫
      • Plos一个。
      • 陈Y.
      在至少两种细胞类型中鉴定了约40%的鉴定的线粒体磷酸盐(
      个人电脑
      来自不同细胞类型的线粒体通过生化方法来富集。基于验证的线粒体储存库和注释(Mitocarta和基因本体论)进一步过滤鉴定为MS被MS磷酸化的蛋白质。这是完成的,因为所有生化方法都有一些局限性,使得不可能将任何细胞元馏分净化以完成均匀性。在没有这种过滤的情况下,源自线粒体馏分的相对较小的细胞骨污染的磷酸化位点否则将占据磷素,特别是当从几种细胞类型中加入磷蛋白质时。跳到主要内容原核生物有两种单独的磷酸化事件。除了典型的组氨酸/天冬氨酸磷酸化之外,已经研究了几十年,也存在丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化,最近通过MS进行分析( 2 真核生物,原核生物和线粒体中磷酸化的进化约束
      )提供和使用包括结构特征,潜在的激酶和保护等上下文信息。它们构成应允许允许磷酸化事件的一般模式推导的资源。具体而言,这些数据库中近期用于古物组织,原核和多种真核磷蛋白蛋白酶的数据应该能够调查这种翻译后修改的进化史。
      )。质量准确度在PPB范围内,每个数据集的错误发现率低于1%。注意,磷酸化位点的检测的高精度是指最小化误报。另一方面,磷蛋白质数据集中不知道假阴性的百分比。来自MS / MS碎片光谱的磷酸群肽的特异性定位分配在MaxQuant中测定,其含有一种预测磷酸化位点定位的算法( 2 SER-41,SER-43 p 测量的线粒体磷酸蛋白酶组成74个线粒体蛋白质的174个磷酸化位点。虽然线粒体是真核细胞的一部分,但我们的分析明确表明,就它们的磷脂蛋白酶大小而言,它们与原核生物相似。富含磷酸磷蛋白酶的基本蛋白质涉及结合和转运。相对稀疏的线粒体磷酸蛋白酶在该细胞器中识别难题难题。因此,不同鉴定的线粒体磷蛋白蛋白质之间的重叠预计不会高。事实上,我们只有13%的磷酸盐与李的先前线粒体研究重叠
      ©2010 ASBMB。目前由elsevier公司发布;最初由美国生物化学协会发表的生物化学和分子生物学。2 原核磷酸化位点重叠。 p 线粒体基质磷酸酯:额外线粒体钙的影响。 图缩略图GR3.)。中位数吉祥物得分和中位数PTM得分分别为47.36和147.94。中位绝对质量偏差为0.29ppm。 COX和MANN描述了MAXQUANT中质量保证的其他参数( p )收集并组织了数千种鉴定的磷酸水。这些数据库以及网络in等专用分析环境(
      线粒体和细菌可能与α-植物祖传祖先共享,因此进化有关。系统发育分析表明线粒体祖先的最接近的相对是PTRF. 巫师II全球海洋抽样探险:扩大蛋白质家庭的宇宙。补充图4连胜飞行,小鼠和人的磷酸化位点比相同蛋白质的非磷酸肌腱更加保守,具有在较高的真核生物中具有相同结构特征的相同蛋白质。相比之下,酵母和蠕虫磷酸化位点对于高等真核生物不受高度保守。引导方法和χ
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      )。在大规模磷蛋白质的出现之前,估计丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化以影响所有蛋白质的三分之一(联系信息模型芽孢杆菌枯草芽孢杆菌的丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷脂体。
      )。此外,我们检查所识别的线粒体磷酸酯的周围序列以导出推定的对应激酶。磷酸化位点与各种激酶的基序显着匹配,包括酪蛋白激酶II,钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶II型和蛋白激酶D(2 )。在我们的进化分析中使用了来自Phosida中可用的九种物种的11个高质量磷酸化套装。它们共同包含来自大肠杆菌的39,574位磷酸化位点(
      • 施密特A.
      • Scopus(131).
      • 凯恩斯。
      • 伍德威克k.c.。
      作者Florian Gnad的函授信息
      )。因此,周围的序列区域可能分散到这种程度上,即结构效果(环形区域的快速序列演化)有效地与功能的约束压力竞争(激酶衬底图案的慢序列演化)。要正确评估磷酸水储存程度,因此考虑到结构效果是重要的。我们通过根据Sable根据循环区域选择的网站来完成此操作(

       SER-1950,SER-1978,SER-1982,SER-2049,SER-2051

      邓,N.,张,J.,Zong,C.,Wang,Y.,Lu,H.,Yang,P.,Wang,W.,Young,GW,Wang,Y.,Korge,P.,Lotz ,C.,Doran,P.,Liem,Da,Apweiler,R.,Weiss,JN,Duan,H.,Ping,P。(2010年9月7日)磷酸磷蛋白酶体分析揭示了心肌细胞主要途径的调节遗址。摩尔。细胞。蛋白质组学10.1074 / MCP.M110.000117,2 值高于6,其对应于 rae m. (
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      )。这些发现与模型一致,该模型通过磷酸化在脑内生物事件后演化的线粒体蛋白。
      • 相对
      • 陈Y.
      在真核生物中,磷酸化调节许多关键过程,包括细胞生长,增殖,分化和免疫应答(
      个人电脑
      进化中的一个关键事件是前核的内聚有害,使得能够发展更复杂的生命,真核细胞。线粒体基因分析表明α-植物
      • 探索日记
      • 下一帧
      • 密码
      • 布里姆
      • Plos Biol。
      • 分享
      • 磷酸水座
      • 在文章中
      • SLC25A46..
      • 盖子G.
      • 萨顿G.
      • boneh a。
      • 迈尔斯。
      • Scopus(1269)
      • 8月4日,
      • B.枯草芽孢杆菌
      枯草芽孢杆菌SER / THR / TYR蛋白质磷酸化的动态。
      网址:网站:McPro-site; ctype:string:日志内容;文章:pii \:pii \:s1535947620311555; pagegroup:string:string:文章视图; wgroup:string:string; page:string:迁移的网站;页面:字符串:显示全文;期刊:McPro;问题:问题:PII \:S1535947620x60531; RequestedJournal:Journal:McPro;产品:产品:产品:产品:产品\:HA文章 高手 补充表7.在真核进化研究中,我们研究了在Ensembl数据库中包含的36种真核物种中的线粒体磷酸磷蛋白酶的保存,并且跨越真核领域。基于χ
      • 相对
      • 陈Y.
      在真核生物中,磷酸化调节许多关键过程,包括细胞生长,增殖,分化和免疫应答(
      将珠子加入每个样品中并在室温下温育60分钟。用80%乙腈洗涤两次,从0.2%三氟乙酸,在40%乙腈(pH1.5)中,在40%乙腈(pH1.5)中,在真空离心机中几乎完全干燥,并重新悬浮在10μl1%的珠子中三氟乙酸,2%乙腈在水中进行LC-MS分析。
      文章免费注册用户名和密码
      打开数字菜单条款和条件坎贝尔D.Scopus(656)
      Scopus(92)P70335Rock1乳球菌乳酸
      驯鹿J..P18052图像自然。
      驯鹿J....Q3UJK3Fam54bSer-117,Thr-120
      驯鹿J..Q06185Atp5iSer-68
      泰勒斯。Q9ERG0Lima1,相对定位特异性氨基酸频率周围磷酸化位点。
      驯鹿J....Q9CZR8COMT.袖口J.
      权限P26443Glud1糖类研究
      重新躲成P.Q05920 - [收到修订形式:
      ewan birney...Q99KK9Hars2Ser-66
      格柏S.A.Q99L88Sntb1打开完整表格
      2021个问题.O54724表演线粒体磷蛋白酶组的表征
      福斯特L.J..P51174关闭Ser-55
      2021个问题.....Q91W06细胞。TYR-825
      重新躲成P.Q9DCC8Tomm20SER-509,SER-521
      Scopus(68)Q01279后退赵玉。
      Scopus(54)Q60932Vdac2
      麦维克G.Q60932Vdac1SER-108,SER-147
      Scopus(54).Q02013Aqp1SER-151.
      料斗r.k.A2APH4Usp24布洛克A.
      ]赖氨酸和Q9WTQ5Akap12赵玉。.
      Scopus(54)..P97315Csrp1thr-123.
      2021个问题..Q924Z4Lass2Ser-165,Ser-166,Ser-188,Ser-194
      蛋白质组学。.Q91VA6SER-693.SER-262.
      哈里斯r.a.Q8C064静g图形查看器(在新标签中打开)
      寄生H.F.P14602Hspb1jørgensent.j.
      哈里斯r.a...Q03265Atp5a1分子和细胞蛋白质组学
      米勒M.L.Q9Z1T1Ap3b1Phosida.
      福斯特L.J.O88587lSER-871,SER-873
      较低的面板Q9CQF4忘记密码?
      Scopus(75)P67778MB)接触
      寄生H.F.Q9CRD0电子邮件SER-135,SER-138
      2021个问题...Q63918例如)。在线数据库(如磷)(
      venter J.C..P53986翟y本文包含补充图。 1-5和表1-8。
      2021个问题.....P55288Cdh11文本.
      2021个问题...P99027Rplp2翻译后修改
      驯鹿J.....Q9JLR9Higd1aSer-8
      彼得斯e.c.Q8K1Z0Coq9硫脲,20米
      基因符号Q922R8Pdia6作者
      Scopus(22)P54310DOI:标准PDF(在新标签中打开)
      蛋白质组学。.P51912Slc1a5开放访问徽标
      Scopus(83)Q8K0D5Gfm1Ser-92
      2021个问题....P09470最佳.GREFF Z.
      重新躲成P.Q8BGV8Smcr7l评论&透视
      Scopus(68).P63038Hspd1Ser-70
      基因符号.Q9CPQ3Tomm22前帧
      开放访问SLC25A46.elewsvier.IYER V.
      STEMMANN O.Q9D8T7图像jedrusik-bode m.
      ewan birney.O55022Pgrmc1查看大图像
      Scopus(69)P59017SER-433.SER-100,SER-235
      2021个问题P50136金杰。荔枝研究杂志
      P2642-2653,P35486Pdha1原核生物中的非线粒体蛋白(
      福斯特L.J.Q5ND52Rnmtl1Ser-42
      驯鹿J....Q3UHX2Pdap1特殊问题
      米勒M.L.Q3UY58Farp1蛋白质组学鉴定
      泰勒斯。.Q3U0Q9Tns1金属亲和力基质在2,5-二氢苯甲酸存在下(
      哈里斯r.a..德国R.史密斯J.表I.
      米勒M.L.Q9CQS4李H.K.Thr-45
      基因符号Q8CGN5看法基本的局部比对搜索工具。
      ewan birney..P27546Map4蛋白质易位到线粒体中。
      重新躲成P..O70404Vamp8Ser-5
      基因符号泛C.推特金S.C.
      哈里斯r.a...P58871MACEK B.精密蛋白质组学:高分辨率和高质量精度的情况。
      基因符号Q6ZQ33允许BCL2L13
      Shokat K.m.Q8BX70Vps13c大肠杆菌
      蛋白质组学。Q2YDW1Eif3jTHR-78,SER-81
      Scopus(75)Q3UM62Fam38a摩尔。细胞。 BIOL。
      venter J.C.Q6ZQ33Fat1体外
      2021个问题..Q9WTI7Myo1c英语
      Scopus(22)Q9JMH9Myo18a奥尔森工作流程后色谱法
      镰刀A.Q3UJU9Fam82cSer-15,Ser-45
      驯鹿J...Q3TSX8GNAD F.安德森J.O.
      2021个问题Q3UFQ5Ttc7bTHR-632,SER-634
      基因符号Q9D0L7Armc10osheimer g.j.
      驯鹿J.Q5SWU9) 和伯灵名A.L.
      大规模蛋白质组学研究中使用的质谱平台的比较评价。临床蛋白质组学有趣的是,在飞行中,与蠕虫的哺乳动物大致相同的系统发育距离,磷酸化的丝氨酸比在较高的真核生物上的非磷酸化丝氨酸更加保守(Fig. 2A使用二氧化钛微柱的肽混合物的高度选择性富集磷酸化肽。
      • 杰科西克。
      • 奥尔森J.V.
      • 下来
      • 信息
      • TNKS1BP1
      • van belle C.
      • 陈Y.
      大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
      ,
      • 信息
      • 陈Y.
      • 杰科西克。
      ‡系统生物学系,哈佛医学院,波士顿,马萨诸塞州02115,
      我们为来自10,000套随机选择的人类蛋白质的给定物种的引导分发,被注释为“已知”在Ensembl中。每种随机组含有多种蛋白质作为给定的磷素。对于每组,我们计算了所选物种中的矫形表的比例,并且这些10,000个比例的直方图提供了自举分布。由此产生的直方图反映了对数的正轨比例分布说明了感兴趣组(磷酸)和随机选择的集合之间的显着差异。 rae m. (
      • 取消
      • 李杰。
      • SIPA1L1
      • 臭虫
      • SER-2044
      • 李杰。
      • 体内
      真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
      Halbacterium salinarum.
      补充表4.
      Fig. 2从酵母到人的蛋白激酶信号传导的演变。 A创造性的公共归因(CC到4.0) B小鼠肝细胞系的定量磷脂蛋白酶体分析显示出磷酸酶抑制剂的特异性。 C但是,线粒体和大肠杆菌的原核磷蛋白蛋白酶(
      如果您不记得密码,可以通过输入电子邮件地址并单击“重置密码”按钮重置它。然后,您将收到一封包含用于重置密码的安全链接的电子邮件Fig. 2B创建引文警报(在新标签中打开) 图缩略图GR1. )表征小鼠心脏线粒体小鼠磷酸磷蛋白酶,覆盖181个蛋白质的磷酸酯。调查酵母,驯鹿
      • Scopus(83).
      • Scopus(302)
      • J.Mol。 BIOL。
      磷酸钠 - 果蝇KC167细胞系统生物学研究的磷脂蛋白酶体资源。
      )。平均而言,与13%的非线粒体蛋白相比,在任何原核病症中保存了大约35%的线粒体蛋白(Mitocarta数据集)。磷酸化蛋白观察到相同的模式。总体而言,28%的磷酸化线粒体蛋白(来自我们的集合以及李HEPES,pH 7.4,0.1米我们发现保守磷酸化位点的比例显然超出了自举分布,并计算出的χ Fig. 2C (
      • 参考
      • 电子邮件*
      • jørgensent.j.
      • Scopus(123)
      搜索本作者的文章
      个人电脑

       线粒体蛋白质概要阐明了综合体疾病生物学。

      测试验证了这些观察结果的统计学意义。他们同意最近的发现,即许多已知的人类激酶在酵母和较高的真核生物之间发散后进化( 林德林酵母中体内蛋白质磷酸化位点高精度鉴定和生物信息分析。
      • )非常低。
      • 下一个缩略图
      • 考虑因德S.B.
      • Ciona Intestinalis.
      • 文章信息
      • Doanload .ppt.ppt.
      • 隶属关系
      • Doanload .ppt.ppt.
      • Scopus(598)
      • Scopus(598)
      除酵母和蠕虫外,所有分析的物种低于0.01的值(
      )。如图所示,相应的激酶的宽谱也反映在整个位置特异性氨基酸频率 金杰。. SER-203,SER-204,SER-218,SER-359,SER-363)磷蛋白质已经清晰。HEPES,pH 7.4;用二硫噻唑醇减少;用碘乙酰胺烷基化;用内蛋白酶Lys-C(1:50,W / W)(Waco)消化3小时;用10米稀释4次Fig. 3 - 乙酰化(蛋白质)和磷酸化(SER / THR / TYR)被设定为可变修饰。我们对含有51,292个蛋白质的国际蛋白质指数(IPI)鼠标数据库版本3.37进行了吉祥物搜索,含有51,292个蛋白质,其中175次常见的污染物和所有逆转序列已添加( rae m. (
      • 取消
      • 李杰。
      • SIPA1L1
      • 臭虫
      • SER-2044
      • 李杰。
      • 体内
      真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
      虽然在原核物种中只发现了几百份磷酸化事件,但类似的实验条件和努力产生了从酵母到人的真核生物中的数千名磷酸化事件的检测(
      补充表3.
      Fig. 3原核生物中线粒体磷蛋白酶体的进化守恒 对于所有分析的原核生物,磷蛋白质非常稀疏。原核磷酸化位点几乎没有保守,并且在所有四种研究的原核磷蛋白蛋白质中只有一个位点相同。该发现与一种模型兼容,其中特异性磷酸化与细菌种类的适应与其本日生态龛( Scopus(99)20%的飞磷酸素和16%的非磷酸化飞丝在人类中保存)(
      Rickettia prowazekii的基因组序列和线粒体的起源。
      • 信息
      • 下来
      • 下载
      • TNKS1BP1
      • 杰科西克。
      • Scopus(138)
      • 陈Y.
      通过三个质谱碎裂的连续阶段改善蛋白质组学中的肽鉴定。
      ), 骗子G.E. (
      • 信息
      • Scopus(138)
      • 杰科西克。
      • 下来
      • TNKS1BP1
      • 米勒M.L.
      • 陈Y.
      高分辨率质谱法实体肿瘤蛋白质组和磷脂蛋白酶分析。
      Asbmb. rab11fip5. (
      • 下载
      • 下来
      • 米勒M.L.
      • Scopus(2161).
      • 陈Y.
      • Scopus(138)
      • 信息
      一种用于搜索两种蛋白质的氨基酸序列中的相似性的一般方法。
      在先前的生物信息学分析真核磷蛋白蛋白质中,我们确定磷酸化位点,尤其是丝氨酸和苏氨酸的磷酸化位点往往位于蛋白质的快速进化的环和铰链区域中。我们认为小鼠和其他真核生物的Phosida丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷蛋白蛋白酶,包括人,飞,蠕虫和酵母,其迄今为止代表了对真核磷蛋白蛋白的最全面的进化研究。蛋白质水平的结果显示所有真核生物之间的共性。在真核结构域内,鉴定的磷酸蛋白具有比非磷酸化蛋白更多的正牙蛋白( 骗子G.E.值没有统计学意义,这表明磷酸化和非磷酸化残基具有相同程度的保护程度。

       Ser-367,Ser-372,Ser-374,Ser-488,Ser-580,Ser-581,Ser-615,Ser-617,Ser-620

      为了进一步区分线粒体蛋白质和由生化制剂引起的污染物,对这些蛋白质的线粒体定位被手动验证,这些蛋白质对Mitocarta数据库进行了验证( 2 )。即使对于酵母,物种即使是从小鼠中排出的物种,这是这种情况。 rae m. (
      • 取消
      • 李杰。
      • SIPA1L1
      • 臭虫
      • SER-2044
      • 李杰。
      • 体内
      真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
      )。传统上,使用单一纯化的蛋白质中检测到磷酸化。使用假发现率值表示极高的统计显着性(参见“实验程序”)。
      )(参见“实验程序”)。线粒体小鼠蛋白在原核生物中更高度保守,而不是位于其他细胞器中的小鼠蛋白质(
      • 下来
      • 等等。
      • 相对
      • 杰科西克。
      • 信息
      • 陶器S.
      • 陈Y.
      )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
      )数据集)以原核物种保守,与20%的磷酸化的非线粒体蛋白相比。这些观察结果与预期的内酯假设预期的线粒体原核特征一致。
      在真核领域内,我们发现线粒体和非线粒体磷蛋白具有比非磷酸化蛋白更多的正畸。这在各种实验系统中保持了真实;例如,为了分析哺乳动物磷酸化保守,我们使用从两种不同人细胞系以及小鼠细胞系和小鼠组织获得的数据。我们对37个真核生物中的全局对准的分析表明,线粒体小鼠磷酸化位点比相同蛋白质的非亚磷酸盐肌磷酸盐更加保守,其具有较高的真核生物的结构特征。这种观察结果的重要性随着更远距离相关的低真核生物而降低。细胞。摩尔。生活SCI。)。酵母守恒研究表明,在人直营中保存了〜13%的磷酸化丝氨酸,与非磷酸化丝氨酸的数量相同。在蠕虫中观察到相同的趋势。在这两个物种中, 新内容警报.

      eisen J.A.

      尽管对各种生物的大量磷脂蛋白酶组,但我们对每个人的了解并不全面。测量的哺乳动物磷酸化位点的巨大和持续增加使得清楚的是,整个磷酸酯组的鉴定远非完整。事实上,虽然估计所有哺乳动物蛋白质的三分之一的含有磷酸化,但最近的发展甚至表明所有蛋白质的大多数蛋白质至少在某些情况下均有磷酸化。作为实际问题,所有关于磷酸化的进化研究都限于目前鉴定的磷蛋白。然而,已知磷酸酯的数量对不同的原核物种和线粒体的数量非常相似,而真核生物的磷蛋白蛋白酶范围为超过3000至超过20,000个位点。这据称,可以在此时使用大规模的磷蛋白蛋白酶比较。为此,我们利用了最近的高分辨率磷酸化数据和磷脂酶环境的可用性,这整合了生物学背景,以量化磷酸化对蛋白质组的限制。我们专注于Phosida的磷素,因为它含有各种生物的磷蛋白蛋白酶,所述磷蛋白蛋白酶通过高精度获得并用相同的严格标准分析。其他磷酸化数据库,例如磷和磷酸。仅关注哺乳动物磷蛋白蛋白酶。虽然它们比Phosida更全面,但它们还包含低分辨率数据集,难以控制整体假阳性率。更重要的是,通过广泛发散的实验性工作流动,从而可以排除比较分析,获得这些数据集。源自Phosida的数据集,但以相同的方式分析,源自不同的调查。为了排除这种情况可能导致任何偏差,我们比较了磷酸膜的变化和非变化的子集,这表明我们的进化研究的结果对于全磷酸酯组是有效的。例如,通过EGF刺激而不受影响的人磷酸化位点显示几乎与所有其他人磷酸座上相同的保护模式。此外,我们的磷蛋白蛋白酶几乎总是含有用于在刺激物时改变的每种磷酸肽的“基础磷酸化肽”。后一种观察还认为我们已经涵盖了刺激特异性磷酸糖胺的相当大比例。我们得出结论,关于磷酸化残留量保护的一般趋势应该已经包含在我们的分析中。
      )。为了在真核生物物种之间衍生出直晶体,我们检查了与编码非磷酸化丝氨酸的三胞胎或苏氨酸的三胞胎组成的三胞胎发育关系和保护,以基于CDNA对准,如下所提供的cDNA对准Ensembl。
      • 下载
      • 下来
      • 米勒M.L.
      • Scopus(2161).
      • 陈Y.
      • Scopus(138)
      • 信息
      一种用于搜索两种蛋白质的氨基酸序列中的相似性的一般方法。
      )。细菌磷蛋白参与蛋白质合成,碳水化合物代谢和磷酸丙烯酸吡啶物依赖性磷酸转移酶系统。最近的磷脂蛋白酶研究
      • 关闭信息
      • COHN M.A.
      • Miron i.M.
      • Aeberberold R.
      • 高级搜索.
      • 期刊信息
      • eliasj.e.
      • 编辑委员会
      • 施密特A.
      • , 和
      • SER-41,SER-43
      • yooseph s.
      • 料斗r.k.
      • 徐Y.
      • 电子邮件/用户名
      • 新闻界的论文
      • 下一篇文章
      • jørgensent.j.
      • Scopus(656)
      • SER-116.
      • Scopus(998)
      • 登录
      • Scopus(138)
      • 孟德利
      • 权限
      • Scopus(123)
      • 全文
      • Scopus(111)
      • 吉尔伯特J.
      • 下一个数字
      • 伯灵名A.L.
      • vafai s.b.
      • 泰勒斯。..
      用大卫生物信息学资源对大型基因清单的系统和综合分析。
      )。 Mitocarta数据库包含约1100个线粒体蛋白质。因此,磷酸化与所有线粒体蛋白的比例约为7%,其类似于细菌磷蛋白蛋白质。例如,在大肠杆菌中,已知约100个(3%)蛋白质中的100个磷酸化。相比之下,估计真核细胞中的所有蛋白质中的一半以上是磷酸化的。
      为了研究现场水平的线粒体磷酸化保守,我们衍生出在Ensembl数据库中的不同真核生物的直核蛋白中的磷酸化丝氨酸/苏氨酸和非磷酸化丝氨酸/苏氨酸的培养,这些蛋白质在Ensembl数据库中注释。因为真核磷蛋白蛋白瘤的鉴定远非完整,我们将我们的分析限制对氨基酸保守,这意味着在大多数情况下,在小鼠中磷酸化并保守在另一种物种中没有实验证据。我们发现线粒体磷酸酯磷酸盐往往比其他真核生物中的非磷酸化丝氨酸/苏氨酸更加保守(
      • 施密特A.
      • Scopus(131).
      • 凯恩斯。
      • 伍德威克k.c.。
      作者Florian Gnad的函授信息
      丙酮酸/乙酰基辅利用,氧化磷酸化和脂肪酸氧化)。小鼠线粒体的磷脂蛋白质代表了该细胞器中蛋白质磷酸化的丰富新的作用来源,并形成线粒体与原核生物和真核生物的比较的基础。
      )几乎没有重叠。发现伸长因子G和伸长因子TS在线粒体中磷酸化,以及所有研究的细菌。然而,在蛋白质的不同残留物上鉴定了这些伸长因子的磷酸化事件。在线粒体中磷酸化的其他同源蛋白质和至少一个选定的细菌是组氨基-TRNA合成酶,60-KDA热休克蛋白,以及类似于核苷 - 二磷酸激酶的蛋白质。“该蛋白质是唯一一种具有磷酸化位点(苏氨酸123)的蛋白质,发现在线粒体和细菌中磷酸化(丝氨酸123PTRF. 碳酸氢铵;并进一步用胰蛋白酶(1:50,w / w)(promega)过夜。胰蛋白酶在羧基侧赖氨酸或精氨酸处切割肽链,除了脯氨酸之后。 Lys-C在赖氨酸残留物中切割。将得到的肽混合物在TiO上捕获
      我们分析建立了线粒体和非线粒体磷酸酯组的系统发育研究,作为激酶编码基因的进化研究的富有成效的辅助。近期磷酸化演化的研究数量增加及其调节表明了该领域的目前的兴趣。例如,诸如酵母物种上的磷酸化模式的最近比较表明,激酶 - 底物相互作用比转录因子 - 启动子相互作用更缓慢地改变2个数量级,蛋白激酶对表型多样性很重要(
      在1100纳米HPLC系统(Agilent)上进行液相色谱,偶联至LTQ-壁图质谱仪(Thermo Fisher)。肽(5μl)在140分钟的水/乙腈梯度上洗脱。通过以下采集参数在正离子模式下操作LTQ-orbitrap。在orbitrap分析仪(分辨率60,000)中记录的全扫描之后是LTQ分析仪中五种最强烈的肽离子的MS / MS。在所有MS / MS事件中启用多级激活,以改善磷酸肽的碎片光谱。原始MS Spectra以Quant.exe处理,我们内部内置软件MaxQuant的第一个模块(版本1.0.13.13)( rae m. (
      • 取消
      • 李杰。
      • SIPA1L1
      • 臭虫
      • SER-2044
      • 李杰。
      • 体内
      真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
      )。对所有哺乳动物磷蛋白蛋白酶观察到相同的模式。注意,在哺乳动物物种之间的残留水平的保守可以非常高。例如,92%的人丝氨酸在黑猩猩和人类的直观蛋白质中保守。然而,即使在这种情况下,我们的人类磷酸水研究( Fig. 3)。因此,存在相当数量的酵母特异性激酶,其不存在于更高的真核生物中,反之亦然。蠕虫Kinome也与其他真核生物的肺部有显着不同。它比飞行链胺大的2倍,一半的蠕虫激酶是特异性的。这表明大多数磷酸化事件在从酵母的较高真核发散后发化,这与异常大量的线虫特异性激酶有一致性。
      )。最后,为了进一步降低数据集中的非线粒体蛋白的概率,我们仅保留了在Mitocarta储存库中或基因本体注释中定义为线粒体的蛋白质。
      保守和非保守磷酸水比例与保守和非保守对应的比例的差值(非磷酸化SER / THR / TYR)。在某些情况下,膦酸睾嘌呤的保护与磷素的守恒不同,可能是由于数据集中的磷酸磷酸数量大致10倍。因此,更详细地讨论了对丝氨酸残留物的分析。对于没有一种调查的生物,可以找到关于在正交蛋白的比定中守恒的显着模式,因为数据集中存在的这些残基数的数量较少。
      已经证明,高精度质谱是一种强大的技术,用于在活细胞中大规模鉴定丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸磷酸化的强大技术。然而,尽管有许多磷蛋白蛋白酶,但在所有生命中的所有域中都没有对磷酸化程度的比较研究及其进化节约。在这里,我们分析了在多种生物体中与相同技术进行的磷蛋白酶研究的结果。对于最古老的生物体,原核生物,只发现了几百个蛋白质被磷酸化。将相同的技术应用于真核物种导致数千次磷酸化事件的检测。进化分析表明,原核磷蛋白优先在所有生物体中保存,而现场特异性磷酸化不是。真核磷酸酯通常比其在整个真核结构域中的非磷酸化对应物(具有相似的结构约束)保守。酵母和 勺子W. (
      • SER-14,SER-16
      • 下来
      • 上一篇文章
      • 卷列表
      • 陈Y.
      )通过使用多级活化(以下)通过串联质谱法测量线性离子捕集物胎面质谱仪(
      个人电脑
      接下来,我们为来自10,000套丝丝,苏氨酸和酪氨酸的给定物种的引导分布产生,该序列是从具有正轨的磷酸化蛋白中随机选择的。只有那些残留物被包括在分析中,该分析显示与磷酸化残留物(循环中的高可访问性和定位)相同的预测结构约束。对于每组,我们计算了所选物种中保守残留物的比例,并且这些10,000个比例的直方图提供了引导分布。使用MATLAB(MATHWORKS)说明所得到的直方图。
      • rusch d.b.
      • Scopus(6801)
      • 查看大
      • 脚注
      • 张B.
      • Scopus(75).
      • 高级搜索
      • Scopus(68)..
      真核生物,原核生物和线粒体中磷酸化的进化约束
      个人电脑
      为了使对磷蛋白蛋白质与线粒体和线粒体之间的磷蛋白酶的比较分析,在这里,我们基于类似于应用于原核和真核磷蛋白蛋白蛋白蛋白蛋白蛋白鉴定的技术条件,通过实验确定高精度线粒体小鼠磷酸磷蛋白酶。然后,我们对鉴定的磷蛋白和磷酸化位点进行了详细的进化研究,在原核生物和真核生物中进行了鉴定的磷蛋白和磷酸化位点。这允许原核生物,线粒体和真核生物的磷脂蛋白初始比较。
      • 施密特A.
      • Scopus(131).
      • 凯恩斯。
      • 伍德威克k.c.。
      作者Florian Gnad的函授信息
      SER-475,SER-506,SER-517,SER-901,SER-1046

      海德堡K.B.

      酵母线粒体的分析磷蛋白揭示磷酸化在ATP合酶组装中的作用。

      没有帐户?

      MELSOPP C.

        • 凯恩斯。
        经常问的问题
        李W. 2000; 100: 113-127
        • 坎特利L.C.
        • 陈Y.
        WebLogo:序列徽标生成器。
        PRKCDBP. 2003; 422: 198-207
        • Scopus(378)
        • 坎特利L.C.
        • CACCMOM M.
        • 击败P.
        • eisen J.A.
        • sheth s.a.
        • elewsvier..
        • 抽象的
        • 审稿人员
        • Scopus(155)
        • Shokat K.m..
        为了在小鼠和原核物种之间衍生同源蛋白,我们使用BLASTP(
        在新标签中查看大图像 2003; 100: 443-448
        • rab11fip5.
        • menudropzone.
        • 体外
        • 卡罗尔S.
        • SIPA1L1
        • 盖尔特T.
        • zip文件
        • SER-276.
        • 版权
        • 下载
        • 要求
        • 抽象的
        • 下载PDF [627 KB]
        • SER-307.
        • 下一帧
        • 费用。
        • 曼宁G.
        • 克拉克L.
        • 林H..
        • 斯科特J.D.
        • 陶器S.
        • Scopus(22)
        • 泛C.
        • GemündC.
        • 乌雷特 - vidal a。
        • 肛门。化学。
        • 卡梅隆G.
        • 张B.
        • 瓦格纳K.
        • 卡梅隆S.
        • 去搜索
        • 斯科特J.D.
        • hon
        • zip文件
        • 米勒W.
        • 迪克森J.E.
        • 关键词
        • 白色。
        • ewan birney..
        • 吉布斯B.
        • nigg e.a.
        • SER-94,SER-99
        • 文章题目
        • C. Elegans.
        • 蒙丁E.
        • 金杰。.
        • Fässlerr.
        • E1000134
        elestwier帮助
        venter J.C.. 2004; 14: 925-928
        • sudarsanam s.
        • Scopus(1315)
        • 新浪微博
        通过改进的IMAC方法和MS / MS / MS揭示的线粒体磷酸酯。
        Scopus(69). 2008; 8: 4433-4443
        • 陈Y.
        • Doanload .ppt.ppt.
        蛋白质溶剂可辅助性预测的线性回归模型。
        在新标签中查看大图像 2008; 105: 18132-18138
        • 下载Hi-Res
        • 致谢
        • 驯鹿J.....
        • 联系我们
        • L. Lacis.
        • 细胞。.
        • 全文
        • Scopus(256)
        • 帮助
        )哺乳动物物种(如人)的20,000多个站点(
        在新标签中查看大图像 2004; 101: 12130-12135
        • sudarsanam s.
        • 萨顿G.
        • 下一个缩略图
        • 2021个问题.....
        • 数字
        统计学,线粒体小鼠磷蛋白源自我们的研究和李
        Scopus(69). 2004; 4: 1551-1561
        • nigg e.a.
        • 迪克森J.E.
        • VillénJ.
        • 在文章中
        • 相对
        • 米勒W.
        • Ciona Intestinalis.
        • 文章
        • 格柏S.A.
        在37°C时。如下所述进行细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记
        下载.zip(8.58 2004; 5: 79
        • 下来
        • 等等。
        • 相对
        • 杰科西克。
        • 信息
        • 陶器S.
        • 陈Y.
        )。最近的大型磷蛋白酶研究表明,超过一半的真核蛋白质是磷酸化的(
        Scopus(441) 2007; 8: R250
        • 在文章中
        • Scopus(22)
        • 使用饼干
        • 安德森J.S.
        • vermeulen M.
        • 汤姆森M.
        • nigg e.a.
        • 布兰特A.
        • 楼层r.
        • 昌B.
        • Scopus(2576)
        • 莫里娜H.
        • 自举
        • 谢S.
        • KAHN C.R.
        • Scopus(87)
        • Scopus(6801)
        • Scopus(463)
        • SER-192.
        • 布里姆
        • 已收到:
        关于作者Matthias Mann的函授信息
        李W. 2007; 129: 1415-1426
        • 在文章中
        • Scopus(22)
        • 自举
        • Scopus(54)..
        • 布兰特A.
        • SER-192.
        • 布里姆
        • 已收到:
        在4℃下10分钟,并如上所述用Percoll梯度纯化(
        和.加入号码。 2008; 36: 德国R..
        • 信息
        • Scopus(138)
        • 杰科西克。
        • 下来
        • TNKS1BP1
        • 米勒M.L.
        • 陈Y.
        高分辨率质谱法实体肿瘤蛋白质组和磷脂蛋白酶分析。
        下载数字(PPT) 2007; 6: 697-707
        • 信息
        • 下来
        • 下载
        • TNKS1BP1
        • 杰科西克。
        • Scopus(138)
        • 陈Y.
        通过三个质谱碎裂的连续阶段改善蛋白质组学中的肽鉴定。
        下载数字(PPT) 2008; 7: 299-307
        • 下载
        • 下来
        • 米勒M.L.
        • Scopus(2161).
        • 陈Y.
        • Scopus(138)
        • 信息
        一种用于搜索两种蛋白质的氨基酸序列中的相似性的一般方法。
        Scopus(69). 2008; 8: 3486-3493
        • 陶器S.
        • 布鲁纳克斯。
        • Scopus(138)
        • 瓦格纳米
        • 参考
        • zip文件
        Networkin:用于探索蜂窝磷酸化网络的资源。
        Scopus(69). 2007; 7: 3509-3526
        • Scopus(2161).
        • 信息
        • 下来
        • STEMMANN O..
        • 陈Y.
        • 广告
        C.埃塞乐杆菌具有磷蛋白酶组,用于富集在发育和性测定蛋白中。
        法国S. 2009; 4: e4777
        • 杰科西克。
        • 奥尔森J.V.
        • 下来
        • 信息
        • TNKS1BP1
        • van belle C.
        • 陈Y.
        大鼠线粒体鉴定新酪氨酸磷酸化蛋白。
        李W. 2006; 127: 635-648
        • L. Lacis.
        • 下载Hi-Res
        • Mootha V.k.
        • 帮助
        )在62个蛋白中分配了84位磷酸化位点。
        在新标签中查看大图像 2007; 104: 1488-1493
        • 信息
        • 陈Y.
        • 杰科西克。
        ‡系统生物学系,哈佛医学院,波士顿,马萨诸塞州02115,
        Proc。 Natl。阿卡。 SCI。美国。 2009; 49: 199-221
        • Zielinska d.f.
        • Scopus(270)
        • 迈尔斯。
        • ewan birney...
        • 李斯。
        • 摩尔。细胞。
        • BECHER D.
        • NAT。 protoc。
        • Scopus(557)
        • altschul s.f.
        • 切割T.
        • K.
        • 自举
        • 坎特利L.C.
        磷测温的演化:酵母菌磷酸化模式的比较。
        信息图标 2007; 3: 139
        • SER-1528.
        有趣的是,甚至archaea均具有丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸磷酸化。最近的一项研究
        摩尔。系统。 BIOL。 2001; 268: 5001-5010
        • 杰科西克。
        • 文章信息
        • De Godoy L.M.
        • TNKS1BP1
        • 2021个问题.....
        • Scopus(22)
        • 下来
        • 相对
        • 较低的面板
        • 臭虫
        • Plos一个。
        • 陈Y.
        在至少两种细胞类型中鉴定了约40%的鉴定的线粒体磷酸盐(
        舒尔茨P.G. 2010; 3: ra3
        • )非常低。
        • 下一个缩略图
        • 考虑因德S.B.
        • Ciona Intestinalis.
        • 文章信息
        • Doanload .ppt.ppt.
        • 隶属关系
        • Doanload .ppt.ppt.
        • Scopus(598)
        • Scopus(598)
        除酵母和蠕虫外,所有分析的物种低于0.01的值(
        PRKCDBP. 1998; 396: 133-140
        • 布兰特A.
        • De Godoy L.M.
        受体酪氨酸激酶的细胞信号传导。
        补充图3 2007; 76: 723-749
        • 里克塞西亚
        在这些物种中的每一种丝氨酸,苏氨酸和酪氨酸上约为100位磷酸化位点(
        补充表5. 2002; 59: 213-219
        • 下一个缩略图
        • Scopus(55)
        • 已收到:
        • 亩肌肉
        • Scopus(131).
        • 夹具M.
        质谱法定量磷蛋白酶:过去,现在和未来。
        sheth s.a. 2008; 582: 1104-1110
        • 所有内容
        • 查看大
        • 寄生H.F.
        • Scopus(598)
        • 公园J.G.
        • 瓦尔G.
        • Scopus(2576)
        • 米勒C.S.
        • 安德鲁斯T.D.
        )。使用Olsen详细描述的技术获取数据
        下载.ppt. 2006; 45: 2524-2536
        • 取消
        • 李杰。
        • SIPA1L1
        • 臭虫
        • SER-2044
        • 李杰。
        • 体内
        真核结构域线粒体磷蛋白酶的进化保护
        下载数字(PPT) 2007; 6: 669-676
      1. 因此,线粒体具有其原核生物和真核生物之间独特的进化位置,形成了磷酸化进化分析的有趣环节。使用凝胶电泳或与质谱法偶联的凝胶电泳或比富集方法研究了几项研究在不同的生物中的线粒体磷蛋白酶(

        • 哈里斯r.a....
        • 贝尼托米
        • 彼得斯e.c.
        • SER-60,SER-63
        • 贝尼托米
        • 以前的数字
        • 供电
        • Scopus(55)
        • 奥尔森J.V.
        • Scopus(270)
        )。该分布类似于我们以前测量真核和原核细胞的分布(
        下载数字(PPT) 2007; 6: 1896-1906
        • 致谢
        • 黄达W.
        • 奥尔森J.V.
        • 罗素r.b.
        • 文章和体积
        • 泰勒L.
        • 记得我
        • 广告
        • Scopus(20784)
        • 广告
        • Scopus(7047)
        • SER-94,SER-99
        • 开放访问
        • 陈Y.
        • nguyen V.
        )。磷酸肽分配,包括磷酸群定位到特定氨基酸的氨基酸(
        下载数字(PPT) 2002; 1: 213-222
        • Scopus(131).
        • TNKS1BP1
        • jedrusik-bode m.
        • GNAD F.
        • 梅勒J.
        • KörnerR.
        用质谱法在人细胞中的酪氨酸磷酸化途径分析。
        SER-387,THR-389 2001; 21: 319-329
        • nigg e.a.
        • Scopus(54)...
        • 期刊信息
        • vidal m.
        • 陈Y.
        全球性,体内和现场特异性磷酸化动力学中的信令网络。
        下载数字(PPT) 2006; 5: 608-619
        • nigg e.a.
        • Scopus(239)
        • 陈Y.
        )发现磷酸化残基的保护甚至更高;例如,97%的人磷素在黑猩猩对齐中保存(
        SER-128,THR-410 2006; 5: 3277-3287
        • 相对
        • 陈Y.
        在真核生物中,磷酸化调节许多关键过程,包括细胞生长,增殖,分化和免疫应答(
        SER-260,SER-261 2008; 26: 1367-1372
        • 联系我们
        • tomm70a.
        • Scopus(437)
        • 帮助
        通过定量蛋白质组学和磷蛋白酶对磷酸酶敲降的系统宽分析。
        生物化学。 2005; 2: 667-675
        • 图表查看器
        • SER-458.
        • 瓦格纳米
        • 布兰特A.
        • B.枯草芽孢杆菌
        文章标题,摘要,关键词
        Scopus(2161). 1990; 215: 403-410
        • 隐藏脚注
        • 哈里斯r.a...
        )。简而言之,将细胞蛋白质部分消化为肽,并且使用TiO富集磷肽
        Scopus(2161). 1970; 48: 443-453
        • 狩猎d.f.
        • B.枯草芽孢杆菌
        • eisen J.A.
        • 喇叭d.m.
        对原核蛋白质直观的小鼠蛋白的比例。
        J.蛋白质组。 2005; 12: 355-369
        • 麦维克G..
        • 隐私政策
        • 蛋白质组学。.
        • Scopus(7047)
        • 桑塔马里亚A.
        我们使用cookie来帮助提供和增强我们的服务和定制内容和广告。继续你同意
        下载数字(PPT) 2005; 4: 873-886
        • Zielinska d.f.
        • SER-60,SER-63
        • J.Mol。 BIOL。
        • 德国R..
        • 陶器S.
        如果地址与有效的帐户匹配,则会将电子邮件发送到__email__,其中包含重置密码的说明
        镰刀A. 2004; 76: 3590-3598
        • 杰科西克。
        • 陈Y.
        用2,5-二羟基苯甲酸(最终浓度,5g /升)预孵育珠子。大约10毫克TiO
        在新标签中查看大图像 2004; 101: 13417-13422
        • SER-14,SER-16
        • 下来
        • 上一篇文章
        • 卷列表
        • 陈Y.
        )通过使用多级活化(以下)通过串联质谱法测量线性离子捕集物胎面质谱仪(
        SER-128,THR-410 2009; 8: 4039-4049
        • 关闭信息
        • COHN M.A.
        • Miron i.M.
        • Aeberberold R.
        • 高级搜索.
        • 期刊信息
        • eliasj.e.
        • 编辑委员会
        • 施密特A.
        • , 和
        • SER-41,SER-43
        • yooseph s.
        • 料斗r.k.
        • 徐Y.
        • 电子邮件/用户名
        • 新闻界的论文
        • 下一篇文章
        • jørgensent.j.
        • Scopus(656)
        • SER-116.
        • Scopus(998)
        • 登录
        • Scopus(138)
        • 孟德利
        • 权限
        • Scopus(123)
        • 全文
        • Scopus(111)
        • 吉尔伯特J.
        • 下一个数字
        • 伯灵名A.L.
        • vafai s.b.
        • 泰勒斯。..
        用大卫生物信息学资源对大型基因清单的系统和综合分析。
        奥尔森J.V. 2007; 5: e16
        • 下来
        • Scopus(7047)
        • 相对
        • Scopus(155)
        • 等等。
        • 杰科西克。
        • 陈Y.
        如果一块蛋白质的鉴定肽包括另一种蛋白质的所有肽,这些蛋白质(
        Scopus(69). 2009; 9: 4642-4652
        • 陈W.K.
        • 布里姆
        • 下来
        • 陈Y.
        测定。基于质谱(MS)的最新进展现在允许识别
        下载数字(PPT) 2009; 8: 1908-1920
        • ), 和
        • 下来
        • 杰科西克。
        • 陈Y.
        大肠杆菌的磷脂体分析显示了细菌Ser / Thr / Tyr / Tyr磷酸化的进化状态。
        Scopus(69). 2008; 8: 4534-4546
        • eisen J.A.
        • 下来
        • Thingholm T.e.
        • 脚注
        • 信息
        • 相对
        • nguyen V.
        • 陈Y.
        )。细菌磷酸化位点可以响应环境条件而变化(
        SER-128,THR-410 2008; 7: 5314-5326
        • SER-433.
        • 杰科西克。
        • Scopus(54)...
        • 下来
        • SER-60,SER-63
        • 克拉克L.
        • BAFNA V.
        • thr-292.
        • Scopus(22)
        • 陈Y.
        乳球菌乳酸酐IL1403的Ser / Thr / Tyr磷脂体揭示了乘法磷酸化蛋白。
        缠扰J. 2008; 31: 438-448
        • van der laan m.
        重新分配或重新发布最终文章
        李W. 2000; 103: 211-225
        • 已收到:
        • 指导方针
        在其他作品中重用物品的部分或提取物
        补充表2 2005; 30: 286-290
        • rusch d.b.
        • Scopus(6801)
        • 查看大
        • 脚注
        • 张B.
        • Scopus(75).
        • 高级搜索
        • Scopus(68)..
        真核生物,原核生物和线粒体中磷酸化的进化约束
        奥尔森J.V. 2009; 7: 研究
        • 施密特A.
        • Scopus(131).
        • 凯恩斯。
        • 伍德威克k.c.。
        作者Florian Gnad的函授信息
        补充表2 2002; 27: 514-520
        • 探索日记
        • 下一帧
        • 密码
        • 布里姆
        • Plos Biol。
        • 分享
        • 磷酸水座
        • 在文章中
        • SLC25A46..
        • 盖子G.
        • 萨顿G.
        • boneh a。
        • 迈尔斯。
        • Scopus(1269)
        • 8月4日,
        • B.枯草芽孢杆菌
        枯草芽孢杆菌SER / THR / TYR蛋白质磷酸化的动态。
        李W. 2008; 134: 112-123
        • Scopus(83).
        • Scopus(302)
        • J.Mol。 BIOL。
        磷酸钠 - 果蝇KC167细胞系统生物学研究的磷脂蛋白酶体资源。
        Scopus(123) 2009; 4: 44-57
        • 参考
        • 电子邮件*
        • jørgensent.j.
        • Scopus(123)
        搜索本作者的文章
        venter J.C.. 2004; 14: 1188-1190