糖类:建立蛋白质组学以推进糖类课程

  • Lance Wells.
    一致
    应解决对应的谁:Lance Wells,复合碳水化合物研究中心,格鲁吉亚大学,315 Riverbend Road,雅典,GA 30602,Tel。:706-542-7806,传真:706-542-4412,
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    复合碳水化合物研究中心和彩易福彩化学系和分子彩易福彩学系,格鲁吉亚大学,雅典,格鲁吉亚30602
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  • 杰拉德W. HART.
    一致
    杰拉德W. HART.,彩易福彩化学系,约翰霍普金斯医学院,725 N.Wolfe St.,Baltimore,MD 21205-2185,Tel.:410-614-5993,传真:401-614-8804,
    隶属关系
    马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯医学院彩易福彩化学系21205
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      聚糖是生命碳水化合物,核酸,脂质和蛋白质的四个主要彩易福彩分子的构建块之一。有趣的是,其他三个主要彩易福彩分子要么含有(ribo.- 或者 Deoxyribo核酸)或可以用(Glyco.脂质和脂质 Glyco.蛋白质)碳水化合物。为了引用糖类血管彩易福彩领域的领导者之一,加州大学在圣地亚哥的Ajit Varki,“尽管从地球生命起源以来,但在地球生命起源以来,彩易福彩进化的强大力量似乎未能产生任何没有致密和复杂的细胞表面聚糖阵列的活细胞“(
      • Varki A.
      塑造Golgi糖基化机械的进化力:为什么细胞表面聚糖是普及的活细胞。
      )。鉴于聚糖和/或甘油序列对所有生命领域的重要性及其参与几乎所有影响人类的病理生理病症,这些彩易福彩分子的检测和分析是理解生活的基础。最近的一个国家科学学院报告(
      • 沃尔特D.
      • Aoki-Kinoshita K.F.
      • Bendiak B.
      • Bertozzi C.R.
      • Boons G.J.
      • Darvill A.
      • 哈特G.W.
      • Kiessling L.L.
      • Lowe J.
      • 月亮r.j.
      • 保尔森J.C.
      • Sasisekharan R.
      • varki A.P.
      • 黄C.H.
      转化糖科学:未来的路线图。
      )结论是,虽然需要更好地了解糖科学的理解,以便推进人类健康和可持续性的改善,但这些彩易福彩分子的努力和投资在其他彩易福彩科学领域的支出背后滞后。本报告还提出,需要强大的糖类数据分析平台和严格注释的甘草/甘草杂交化数据库来向前移动。
      在若干方面,蛋白质组学的脚步术中含有糖类分析。这为玻璃领域提供了模拟成功的机会,并希望避免蛋白质组学的一些陷阱。然而,与模板衍生的核酸和蛋白质不同,甘油结构的产生由复杂的非模板过程控制。此外,与由线性方式中的一个特定连杆中主要添加的结构块组成的DNA / RNA和蛋白质不同,碳水化合物由单糖组成,其可以通过各种键入彼此彼此添加,并且更常见地分支比线性。这两个事实为分析和彩易福彩信息学社区产生了相当大的挑战。为了面对这一挑战,会议于2012年在2012年在乔治州雅典的甘尔久法分析中举行会议,该研究中心是在复杂的碳水化合物研究中心,其目的是开发出版物的基于质谱的综合数据的指导。此处提出了由于该会议而开发的指南。雅典关于殖民地数据的出版指南代表了许多人的思想和努力,其中许多人是祖国和彩易福彩信息学领域的领导者,包括Sanjay Agriavat,Parastoo Azadi,拉尔夫布拉德肖,阿尔马伯格拉姆,马修坎贝尔,罗伯克特·克朗,Cathy Costello, Rick Cummings,Bob Haltiwanger,Jerry Hart,Stuart Haslam,Niclas Karsson,Carsten Kettner,Daniel Kolarich,Ryan McBride,Al Merrill,Nicki Packer,Vern Reinhold,Rene Renzinger,Pauline Rudd,Doug Sheeley,Weston Struwe,Michael Tiemeyer,Lance Wells ,Iain威尔逊,威尔约克和乔佐亚。这些指南以及清单也可在线提供 分子和细胞蛋白质组学 website.
      在这一特殊问题中,我们突出了各种各样的糖类方法,通过迷你评价和研究文章,不仅推动了我们对聚糖和甘道缀合物的结构性复杂性和功能多样性的理解,而且还建立了现有的工具和技术由蛋白质组学界。

       雅典出版甘醇研究指南

      通过方法的组合,通常通过方法鉴定自由或释放的聚糖,甘肽或糖脂。许多研究依赖于收购质谱和这些数据的转化为适合分析和解释的格式。报告报告质谱甘曲缀合物分析的文章杂志需要以下信息。

       明确定义甘草结构分析水平及其与研究中涉及的彩易福彩学问题的关系

      一些糖类研究只需要基于测量的质量值和已知的彩易福彩合成途径提供可能的结构类的分析,而其他糖类可能需要详细的结构分析来解决彩易福彩问题。作者必须清楚地定义所呈现的结构分析的水平以及如何通过适当的结构论点支持它们。在“Glycan或Glycoconjugate识别”部分中的MS分析更明确概述了这一点。建议作者使用概述的甘草符号表示 糖彩易福彩学的必需品 when possible (
      • Varki A.
      • 康明斯R.D.
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      • 斯坦利P.
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      • Etzler M.E.
      糖彩易福彩学的必需品。
      )。

       搜索参数和验收标准

      本节适用于自由的聚糖和从甘道章中释放的聚糖。随着蛋白质的糖基化是柱(CO - ) - 翻译修饰,本课程的蛋白质,肽和PTM指南进一步涵盖了该主题(可在 分子和细胞蛋白质组学 web site).
      以下支持信息应包括在基于MS的分析的稿件的实验部分中。

       峰值清单

      这是指用于从原始数据创建“峰值列表”的方法和/或程序(包括版本号和/或日期)以及在这些峰值列表中创建的参数,特别是任何可能影响的处理后续数据库/手动搜索的质量。示例包括平滑,信噪比阈值,充电状态分配,去同位素等。在已经执行了峰列表集合的附加定制处理时(例如 群集和/或过滤),应引用方法和/或程序(包括版本号和/或日期)。

       搜索引擎

      必须提供用于数据库搜索的所有程序的名称和版本(或发布日期),以及所使用的内部能量沉降和解离方法以及允许的适当的片段类型。

       数据库/光谱库

      必须提供所有数据库或库的名称和版本(或发布日期)。如果在内部编译数据库或库,则需要完整描述序列或光谱的源,以及用于库生成的软件。应该包括每个数据库/库中实际搜索的条目数。

       固定/可变修改

      必须提供所有修改的列表(还原末端,渗透,乙酰化,金属离子等),并且作者必须说明它们是否固定或变量。

       排除已知的污染物

      必须识别来自预先指定污染物的峰值(或是否使用任何这些峰值用于校准)。还必须说明是否考虑了来自隔离方法或来自源自源碎片的降解产物。

       特异性

      必须提供用于产生聚糖或酶缀合物(酶或化学物质)的所有方法,包括任何假定的特异性,以及用于量化释放/捕获效率的任何努力的性质。

       临界点

      应说明用于接受单个光谱的标准以及理由。

       Isobaric /异构分配

      应该陈述用于分配特定单独结构的标准(和/或假设)以及良好化。

       甘草或糖凝固物鉴定

      应在结果(或补充)部分中指定所识别的每个甘草的信息。

       所有任务

      必须提供注意与预期释放特异性的任何偏差的列表(在一个或多个表中)。

       前体电荷和质量/充电(M / Z)

      这些值应列出同一表中的每个分配(包括实验和理论之间的偏差),并且有效的数字应与仪器的实际性能一致。

       观察到的修改

      应在同一表中为每个分配列出这些更改(降低结束,增合量等)。

       分配的群众数量

      对于仅基于测量质量的标识,应在识别表中列出匹配和无与伦比的峰值,匹配和无与伦比(在上面的标准)中。

       得分(如果使用)

      相关分数(根据所用的软件)和所进行的搜索所获得的任何相关统计信息,必须为表中的每个甘草提供。对于异甲状腺/异构物种,选择一个或多个结构的基本原理必须包含在文本中。
      对于所有标识,必须可以查看光谱。提交(使用注释光谱的提交(用稿件),或者必须将光谱放在公共数据库中。由作者(或其员工)维护的网站是不可接受的。此外,以文件格式提交补充数据,允许可视化光谱(m/z 强烈鼓励分配的每个糖类的强度列表)。

       结构作业

      必须在实验和结果部分中清楚地概述基于文学的彩易福彩假设,包括基于文学的彩易福彩假设,包括单糖组合物和连杆。

       量化

      呈现定量结果的手稿必须提供以下信息:
      (a)所有相关的量化数据(作为识别表的一部分)以及描述如何处理原始数据以产生这些测量。
      (b)描述如何验证测量的彩易福彩学可靠性(使用彩易福彩重复,统计方法,独立实验等)。基于单一彩易福彩实验的研究通常是不可接受的(用于测试彩易福彩信息系统的数据集)。如果无法获得来自相同源的彩易福彩学( 例如 患者样品),必须获得足够多的类似彩易福彩样品,适当地证明,以确保推导出的结论是声音。
      (c)描述相关系统误差效应的处理(不完全标记,从重叠前体离子的干扰等)。
      (d)描述随机误差问题的处理(拒绝异常值,通过阈值选择等分类排除数据等)。
      (e)使用重复和统计方法适当地进行定量的不确定性估计。必须提供用于确定误差分析的样本(技术和彩易福彩学)和方法的数量。标准方法(标准偏差,S.E., t 可以使用测试等)或专用软件,并且必须适当引用。
      (f)对病症/异构物种的描述描述了如何定量。

      参考

        • Varki A.
        塑造Golgi糖基化机械的进化力:为什么细胞表面聚糖是普及的活细胞。
        冷泉哈布。持久。 BIOL。 2011; 3: 1-14
        • 沃尔特D.
        • Aoki-Kinoshita K.F.
        • Bendiak B.
        • Bertozzi C.R.
        • Boons G.J.
        • Darvill A.
        • 哈特G.W.
        • Kiessling L.L.
        • Lowe J.
        • 月亮r.j.
        • 保尔森J.C.
        • Sasisekharan R.
        • varki A.P.
        • 黄C.H.
        转化糖科学:未来的路线图。
        国家院校出版社, 华盛顿特区。2012
        • Varki A.
        • 康明斯R.D.
        • Esko J.D.
        • 冻结H.H.
        • 斯坦利P.
        • Bertozzi C.R.
        • 哈特G.W.
        • Etzler M.E.
        糖彩易福彩学的必需品。
        冷泉实验室压力机, 纽约冷泉港2009