用于开放访问彩易福彩的质谱彩易福彩质量指标的建议(对阿姆斯特丹原则的必然结果)*

      支持蛋白质组学彩易福彩的快速和开放共享的政策正在通过该领域的领先期刊实施。蛋白质组学社区正在采取措施,以确保彩易福彩被公开访问,并且具有高质量,这是一个具有挑战性的任务,需要开发和部署测量和记录彩易福彩质量指标的方法。 2010年9月18日,美国国家癌症研究所召集了“蛋白质组学彩易福彩质量指标国际研讨会”在澳大利亚悉尼,识别和解决开发和使用开放接入蛋白质组学彩易福彩的方法的问题。研讨会的利益攸关方枚举了质谱彩易福彩中彩易福彩质量评估框架的关键原则,该彩易福彩将满足研究界,期刊,资助机构和彩易福彩存储库的需求。与会者讨论并同意两种主要使用质量指标的主要需求:1)软件分析伴随的综合质量指标和2)标准的不断变化的清单。与会者强调了增加教育和培训计划的重要性,以促进蛋白质组学中可靠的议定书。此研讨会报告探讨了历史性的先例,关键讨论和必要的下一步,以提高开放访问彩易福彩的质量。通过协议,本文同时发布蛋白质组研究杂志, 分子和细胞蛋白质组学, 蛋白质组学, 和蛋白质组学 Clinical Applications作为对研究界的公共服务。同行评审过程是由期刊选定的裁判小组进行的协调努力。
      2010年9月18日,国际蛋白质组学社区的成员在澳大利亚悉尼悉尼的一天研讨会,由国家癌症研究所(NCI)召集
      使用的缩写是:
      NCI.
      国家癌症研究所
      MCP.
      分子和细胞蛋白质组学
      hupo-psi.
      人类蛋白质组织的蛋白质组学标准倡议
      mzml.
      质谱标记语言
      SRM.
      选定的反应监测
      阿布鲁夫
      生物分子资源设施协会。
      1使用的缩写是:NCI.
      国家癌症研究所
      MCP.
      分子和细胞蛋白质组学
      hupo-psi.
      人类蛋白质组织的蛋白质组学标准倡议
      mzml.
      质谱标记语言
      SRM.
      选定的反应监测
      阿布鲁夫
      生物分子资源设施协会。
      美国国家卫生研究院。该研讨会被召开,解决了缺乏用于采用和使用开放接入蛋白质组学彩易福彩的质量指标的广泛可分行的政策,特别是关于用于基于肽离子的碎裂鉴定和量化蛋白质的串联质谱彩易福彩。可以为蛋白质捕获的彩易福彩实施并行努力。
      明确的彩易福彩策略辅助其他彩易福彩驱动的研究领域的进展。 DNA测序的彩易福彩释放策略使得广泛访问来自人类基因组项目的彩易福彩和其他大规模排序工作(

      人类基因组序列彩易福彩释放的政策。美国能源部人体基因组项目,华盛顿,D.C。

      ,

      分享来自大规模生物研究项目的彩易福彩:三方责任制度(2003年)伦敦惠康信托

      )。开发关于微阵列实验(MIAME)的最低信息定义了微阵列实验的报告标准(
      • Brazma A.
      • HAINAMP P.
      • Quackenbush J.
      • Sherlock G.
      • 斯派克
      • Stoeckert C.
      • AACH J.
      • ansorge w.
      • 球C.A.
      • Causton H.C.
      • 盖瓦特兰特
      • 格伦森P.
      • Holstege F.C.
      • kim i.f.
      • Markowitz V.
      • Matese J.C.
      • 帕金森H.
      • 罗宾逊A.
      • 萨克斯U.
      • Schulze-Kremer S.
      • 斯图尔特J.
      • 泰勒r.
      • vilo J.
      • vingron m.
      关于微阵列实验(MIAME)的最低信息 - 微阵列彩易福彩的标准。
      )。研究人员,资助机构和期刊都将从蛋白质组学中的彩易福彩政策澄清中受益。
      该研讨会旨在进一步是一个过程,即蛋白质组学,于2004年开始。来自杂志的编辑 分子和细胞蛋白质组学 (MCP.)认识到稿件提交指南需要协助审查员和读者的审查员和读者在了解作者所获得的,处理和分析其彩易福彩的方法中的方法(
      • 卡车。
      • Aeberberold R.
      • Baldwin M.
      • 伯灵名A.
      • 克劳瑟K.
      • Nesvizhskii A.
      需要在肽和蛋白质识别彩易福彩的出版中的指导方针:肽和蛋白质识别彩易福彩的出版指南上的工作组。
      )。随后,由邀请一组参与者开发的一组扩大指南,该参与者于2005年在法国巴黎(
      • Bradshaw R.A.
      修订了蛋白质组学彩易福彩公布准则草案。
      ,
      • Bradshaw R.A.
      • 伯灵名A.L.
      • 卡车。
      • Aeberberold R.
      报告蛋白质识别彩易福彩:下一代指南。
      )。这些指南描绘了细节LC-MS / MS蛋白质组学库存(例如肽的分配,假阳性率评估,蛋白质的评估)和其他类型的实验(如定量测量,翻译后修改分配,和肽质量指纹识别)。期刊后不久 MCP. 通过这些“巴黎指南”作为其标准,其他期刊开始采用这些指导方针的变体(
      • 威尔金斯M.R.
      • Appel R.D.
      • 范艾克J.E.
      • Chung M.C.
      • GörgA.
      • Hecker M.
      • Huber L.A.
      • langen h.
      • 链接A.J.
      • Paik Y.K.
      • 帕特森S.D.
      • Pennington S.R.
      • rabilloud t.
      • SIMPSON R.J.
      • Weiss W.
      • 邓恩米德。
      未来10年蛋白质组学的指导方针。
      )。 2009年费城研讨会重新讨论了这些准则,首次要求在公共存储库中依赖原始彩易福彩。
      从本撰写中,由于与目前可用的存储库相关的技术困难,这一要求被暂时暂停。 (http://www.charterfishingnj.com/site/home/news/index.xhtml#rawdata)。
      在2008, MCP. 开发了第一组临床蛋白质组学论文指南,以建立该领域的文章的基准(
      • Celis J.E.
      • carr s.a.
      • Bradshaw R.A.
      临床蛋白质组学手稿的新准则。
      )。兼顾人类蛋白质组织的蛋白质组学标准倡议(HUPO-PSI)制定了报告彩易福彩和元彩易福彩(MIAPE)的指导,并寻求标准化质谱彩易福彩(MZML)的彩易福彩格式(
      • 泰勒C.F.
      • Paton n.w.
      • Lilley K.S.
      • binz p.a.
      • 朱利安Jr.,R.K.
      • 琼斯A.R.
      • 朱W.
      • APWEILER R.
      • Aeberberold R.
      • 德意曲e.w.
      • 邓恩米德。
      • Heck A.J.
      • 莱特纳A.
      • Macht M.
      • 玛特L.
      • neubert t.a.
      • 帕特森S.D.
      • ping p.
      • Seymour S.L.
      • Souda P.
      • Tsugita A.
      • vandekerckhove J.
      • Vondriska下午
      • Whitelegge J.P.
      • 威尔金斯M.R.
      • Xenarios I.
      • yates 3rd,J.R.
      • Hermjakob H.
      蛋白质组学实验(MIAPE)的最低信息。
      ,
      • 玛特L.
      • Chambers M.
      • STURM M.
      • Kessner D.
      • Levander F.
      • Shofstahl J.
      • 唐W.H.
      • RömppA.
      • Neumann S.
      • Pizarro A.D.
      • MonteCchi-Palazzi L.
      • 塔斯曼N.
      • 科尔曼M.
      • Reinger F.
      • Souda P.
      • Hermjakob H.
      • binz p.a.
      • 德意曲e.w.
      MZML:质谱彩易福彩的社区标准。
      )。这些努力为推进蛋白质组学彩易福彩政策提供了坚实的基础。
      补充活动 MCP. 和Hupo-PSI,NCI赞助了2008年国际峰会,蛋白质组学界产生了六个阿姆斯特丹原则,以促进对蛋白质组学彩易福彩的开放获取(
      • Rodriguez H.
      • 斯奈德米
      • UhlénM.
      • 安德鲁斯P.
      • Beavis R.
      • 博赫斯C.
      • Chalkley R.J.
      • CHO S.Y.
      • Cottingham K.
      • 邓恩米
      • Dylag T.
      • Edgar R.
      • 野兔P.
      • Heck A.J.
      • Hirsch R.F.
      • 肯尼迪K.
      • Kolar P.
      • Kraus H.J.
      • Mallick P.
      • Nesvizhskii A.
      • ping p.
      • Ponténf。
      • 杨L.
      • yates j.r.
      • Stein S.E.
      • Hermjakob H.
      • kinsinger c.r.
      • APWEILER R.
      2008年综合评估和分享政策的2008年国际峰会的建议:阿姆斯特丹原则。
      ),解决问题的问题:时间,全面,格式,沉积对储存库,质量指标和蛋白质组学彩易福彩发布的责任。 MCP. 已为其已发表的文章定义了涉及计时,沉积对存储库的原则的政策,以及蛋白质组学彩易福彩发布的责任。 MIAPE和MZML为推进全面和格式的原则提供了坚实的框架。然而,质量指标原则尚未与社区派生的全面指导匹配。 Amsterdam原则说明“中央存储库应开发用于评估彩易福彩质量的阈值指标。这些指标应以协调的方式开发,与研究界和彼此相互作用,以确保互操作性。随着彩易福彩通过此类存储库共享,其价值将变得显而易见,势头将增长以维持彩易福彩发布。“
      NCI.邀请了综合思想领袖和利益攸关方向悉尼研讨会,包括彩易福彩生产商和用户,彩易福彩库存储库的管理者,科学期刊编辑以及资助机构的代表。这些利益攸关方被问到了“足够好,谈到基于MS的蛋白质组学彩易福彩?”此问题的答案将为共享彩易福彩的质量标准形成,从而享受蛋白质组学彩易福彩的生产者和用户。
      研讨会专注于三件用例:1)公共蛋白质组学彩易福彩的用户,2)审查员的日记文章和3)多站点,彩易福彩生产项目,其中未公开的彩易福彩在实验室中共享。在第一种情况下,公共蛋白质组学彩易福彩可用于各种应用,涵盖彩易福彩质量和元彩易福彩的一系列先决条件。什么级别的注释以及哪些质量指标将帮助潜在用户快速确定彩易福彩集是否适合预期应用程序?在第二种情况下,审阅者需要确定伴随提交的稿件的彩易福彩质量作为确定稿件中彩易福彩支持实验结果的强度的手段。除了重复对彩易福彩的完整分析外,哪些指标将有助于审稿人的任务?第三,在系统生物学的背景下的团队科学就是为整合不同实验室生成的彩易福彩集,并在不同的分析平台上呈现不同实验室生成的彩易福彩集的机会和挑战。研讨会的参与者表示,标准和指标不得成为压迫性,令人市性的创新和方法的开发,并可能阻碍蛋白质组学技术的演变。然而,对于产生的彩易福彩来回回答生物问题而不是展示技术,可以将彩易福彩的信心放在跨越多个实验室和平台的实验结果中的彩易福彩具有足够的质量吗?
      来自蛋白质组学实验的彩易福彩可以采用各种形式,具体取决于实验设计。评估彩易福彩集质量严重依赖于附带的注释。元彩易福彩相关 实验设计 要生成彩易福彩,请清除哪些文件或记录与特定样本相关联。 协议 可以通过标准操作程序记录,但大多数彩易福彩集目前依赖于短暂或通过相关出版物中解释的方法。 仪器彩易福彩 通常被认为是公共彩易福彩集的核心,但它们已发布的格式可能对其可用性具有相当大的影响。 派生信息 来自这些彩易福彩可包括原始肽识别或转变峰面积。通常绕过这种水平,具有更加加工的蛋白质光谱计数表或蛋白质比表,其具有最小的用于从仪器彩易福彩移动到导出信息的软件工具的最小解释。最后, 实验结果 反映了实验设计所激励的高水平分析。差异表达的蛋白质,丰富的网络或生物标志物候选列表通过统计或系统生物学工具中进行的更高水平分析来连接到导出的信息。
      本次会议报告讨论了蛋白质组学中彩易福彩质量指标的基本原则以及制定和实施这些原则的挑战。其目的是作为讨论和行动的重点,以指导该领域继续承诺进行高质量研究,并使该研究的产品对全球研究界有用。

       问题和挑战

       彩易福彩访问和注释

      阿姆斯特丹首脑会议的主要结论之一是应要求综合论群落成员之间的彩易福彩共享。虽然对将公开可用的蛋白质组学彩易福彩进行了广泛的共识,但尚不存在完整的基础设施。 ProteoMecommons / Tranche(
      • 山J.A.
      • 史密斯B.E.
      • Papoulias P.G.
      • 安德鲁斯P.C.
      ProteomeCommons.org与Tranche存储库集成的协作注释和项目管理资源。
      )和proteomexchange(
      • Hermjakob H.
      • APWEILER R.
      蛋白质组学识别彩易福彩库(骄傲)和Proteomexchange联盟:使蛋白质组学彩易福彩可访问。
      )已制定以满足关键需求,但尚未构成完全支持该领域所需的综合制度。悉尼研讨会的参与者呼吁可持续资助的存储库或一组链接的存储库,将与期刊密切合作,以确保长期获得蛋白质组学彩易福彩。
      面对已发布的彩易福彩文件的重用的主要问题是缺乏关于导致彩易福彩生成的实验的信息。即使在实验注释可用时,它通常是密码或缺少关键信息,邀请映射彩易福彩的错误到结果。联系作者通常是寻求澄清所必需的。
      鉴于彩易福彩集的公众访问和注释,接下来将能够评估其质量,最好是在下载之前。由于技术的快速发展以及存储库彩易福彩集的繁重量和数量,彩易福彩质量变得更加重要。鉴于多个潜在彩易福彩集的选项,用户应该能够以共同的基础进行比较并评估其可比性或兼容性。
      与主要的存储库联建武力创建蛋白质十种(
      • Hermjakob H.
      • APWEILER R.
      蛋白质组学识别彩易福彩库(骄傲)和Proteomexchange联盟:使蛋白质组学彩易福彩可访问。
      ),公共彩易福彩集的质量保证和质量控制将有必要将有用的东西与其余有用。此外,研究社和资金机构正在重视蛋白质组学技术和调查结果,并推出HUPO人类蛋白质组项目(
      • 羊l
      • Aeberberold R.
      • Archakov A.
      • Bairoch A.
      • 巴拉K.
      • Beretta L.
      • Bergeron J.
      • 博赫斯C.
      • Corthals G.L.
      • Costello C.E.
      • 德意曲e.w.
      • Domon B.
      • 汉考克W.
      • Hochstrasser D.
      • Marko-Varga G.
      • salekdeh g.h.
      • SECHI S.
      • 斯奈德米
      • Srivastava S.
      • Uhlen M.
      • 胡c.h.
      • Yamamoto T.
      • Paik Y.K.
      • OPENN G.S.
      人类蛋白质组项目:当前的国家和未来方向。
      ),NCI赞助的癌症课程蛋白质组学技术(
      • Boja E.
      • Hiltke T.
      • 河流R.
      • kinsinger c.
      • rahbar a。
      • Mesri M.
      • Rodriguez H.
      临床蛋白质组学的演变及其在医学中的作用。
      )和其他相关举措,提高彩易福彩访问和质量的重要性。彩易福彩质量标准将使用于跟踪样本的工具,测量分析变化,标记不完全彩易福彩集,并防止实验误解。

       肽与光谱匹配

      虽然蛋白质组清单的组装是2000年之前技术的主要司机,但仍然是部署更强大的工具的重要性,最近十年来,最近的十年已经看到了定量蛋白质组学作为互补纪律的出现。尽管两组技术都取决于肽的解离进入片段离子,但是发现技术通常扫描由取样肽离子产生的片段,而靶向策略量化来自特定的前体离子的片段离子。这些片段强度的离子色谱图包括所选择的反应监测(SRM,通常称为多反应监测)实验的原始输出,就像串联质谱一样是取样优势肽前体离子的原始输出。
      发现平台从复合混合物中的选定肽产生串联质谱。然后将这些串联质谱匹配与从参考蛋白彩易福彩库中的序列预测的片段离子的清单或通过直接匹配与合格的光谱彩易福彩库。一旦识别已过滤到可接受的严格错误率(
      • Kall L.
      • 坎特伯雷J.D.
      • 韦斯顿J.
      • 贵族W.S.
      • maccoss m.j.
      霰弹枪蛋白质组学彩易福彩集的半监督学习肽鉴定。
      ,
      • Farrah T.
      • 德意曲e.w.
      • OPENN G.S.
      • 坎贝尔D.S.
      • 太阳Z.
      • Bletz J.A.
      • Mallick P.
      • 凯茨J.E.
      • Malmstrom J.
      • Ossola R.
      • 瓦特J.D.
      • 林B.
      • 张H.
      • 莫里茨R.L.
      • Aeberberold R.H.
      具有估计含量浓度的高信心人血浆蛋白质组参考。
      ),可以组装自信的肽以衍生蛋白质水平信息。在几个样品中观察到的蛋白质的光谱计数表可用于识别在样品群之间浓度水平变化的蛋白质组。
      质量指标可以针对这些实验中的几个彩易福彩中的任何级别:
      • 单肽光谱匹配叠加在串联质谱上覆盖肽序列,显示在MS / MS中观察到的峰值衍生片段的对应关系。识别最直接的质量评估可以基于从搜索引擎产生的分数(
        • Tabb D.L.
        • 麦当劳W.H.
        • yates 3rd,J.R.
        DTASELECT和对比度:用于组装和比较霰弹枪蛋白质组学蛋白质标识的工具。
        )。另一方面,后误差概率表征给定肽频谱匹配的错误可能性(
        • 凯勒阿。
        • nesvizhskii a.i.
        • Kolker E.
        • Aeberberold R.
        经验统计模型来估计MS / MS和彩易福彩库搜索的肽识别的准确性。
        )。或者,可以在不依赖于相关序列的情况下评估光谱的质量(
        • nesvizhskii a.i.
        • Roos f.f.
        • 格罗斯曼J.
        • Vogelzang M.
        • eddes J.S.
        • Gruissem W.
        • Baginsky S.
        • Aeberberold R.
        霰弹枪蛋白质组学彩易福彩的动态谱质量评估和迭代计算分析:更有效地识别翻译后修饰,序列多态性和新型肽。
        )。
      • 评估单个LC-MS / MS分析将范围扩大到数千个串联质谱。评估所识别的肽骨料的误差率经常采用虚假发现率的形式或 q values (
        • KällL.
        • Storey J.D.
        • maccoss m.j.
        • 贵族W.S.
        使用诱饵彩易福彩库对由串联质谱法鉴定的肽的意义。
        )。然而,评估潜在的LC分离可以取消强调标识并侧重于MS信号(
        • Rudnick p.a.
        • 克劳瑟K.R.
        • kilpatrick l.e.
        • tchekhovskoi d.v.
        • Neta P.
        • Blonder N.
        • Billheimer D.D.
        • 黑人r.k.
        • 双打下午。
        • Cardasis H.L.
        • 火腿A.J.
        • Jaffe J.D.
        • kinsinger c.r.
        • Mesri M.
        • neubert t.a.
        • 席克宁B.
        • Tabb D.L.
        • TEGELER T.J.
        • Vega-Montoto L.
        • variyath上午
        • 王米
        • 王P.
        • Whiteaker J.R.
        • Zimmerman L.J.
        • carr s.a.
        • 费舍尔S.J.
        • 吉布森B.W.
        • Paulovich A.G.
        • Regnier F.E.
        • Rodriguez H.
        • Spiegelman C.
        • Tempst P.
        • Liebler D.C.
        • Stein S.E.
        蛋白质组学分析中液相色谱 - 串联质谱系统的性能度量。
        )。尽管必须采用适当的课程必须由质量指标的预期应用确定,但是几乎总是可以预期某些简单的度量在表征LC-MS / MS实验中有用。这些包括前体和片段离子的典型质量精度,在LC梯度期间洗脱大部分肽的时间量,以及时域中肽的典型峰宽度。
      • 在整体实验的水平下,技术和生物重复之间的光谱计数的稳定性很大(
        • Tabb D.L.
        • Vega-Montoto L.
        • Rudnick p.a.
        • variyath上午
        • 火腿A.J.
        • 双打下午。
        • kilpatrick l.e.
        • Billheimer D.D.
        • 黑人r.k.
        • Cardasis H.L.
        • carr s.a.
        • 克劳瑟K.R.
        • Jaffe J.D.
        • Kowalski K.A.
        • neubert t.a.
        • Regnier F.E.
        • 席克宁B.
        • TEGELER T.J.
        • 王米
        • 王P.
        • Whiteaker J.R.
        • Zimmerman L.J.
        • 费舍尔S.J.
        • 吉布森B.W.
        • kinsinger c.r.
        • Mesri M.
        • Rodriguez H.
        • Stein S.E.
        • Tempst P.
        • Paulovich A.G.
        • Liebler D.C.
        • Spiegelman C.
        液相色谱 - 串联质谱法通过蛋白质组学鉴定的可重复性和再现性。
        )。企图建立一组“生物标志物”候选蛋白质需要统计模型的差异(
        • Whiteaker J.R.
        • 张H.
        • 赵L.
        • 王P.
        • Kelly-Spratt K.S.
        • 艾迪r.g.
        • Piening B.D.
        • 冯L.C.
        • Kasarda E.
        • Gurley K.E.
        • ENG J.K.
        • Chodosh L.A.
        • Kemp C.J.
        • McIntosh M.W.
        • Paulovich A.G.
        乳腺癌小鼠模型中显示了基于质谱的发现和生物标志物的确认的集成管道。
        ),每个都产生指标以表征观察到的变化程度。使用标记标签的相对定量的实验,例如ITRAQ(
        • 罗斯P.L.
        • 黄玉。
        • Marchese J.N.
        • 威廉姆斯B.
        • 帕克克。
        • 哈桑斯。
        • Khainovski N.
        • Pillai S.
        • 丹尼尔斯S.
        • Purkayastha S.
        • Juhasz P.
        • 马丁斯。
        • Bartlet-Jones M.
        • 雅各布森A.
        • Pappin D.J.
        多路复用蛋白质定量 酿酒酵母酿酒酵母 使用胺反应性的等离性标记试剂。
        ,
        • 刘H.
        • Sadygov R.G.
        • yates j.r.
        霰弹枪蛋白质组学中相对蛋白质丰度的随机抽样与估算模型。
        )或Silac有自己的质量评估要求。当多个标签分配给每个群组时,质量测量可以相关的数量来自冗余标签。
      这些都被认为是相关的质量的相关度量;但是,它们的相关性取决于所提出的应用和利用彩易福彩。当生物信息学研究人员将新算法应用于仪器彩易福彩时,他或她可以通过用新的识别替换先前的标识来开始。对于此应用,需要指标以确认底层MS和MS / MS扫描的质量。然而,癌症研究人员可能希望使用彩易福彩集中的差异表达蛋白质列表,并且需要更全面的度量标准,以评估初始彩易福彩分析的质量。

       选定的反应监测

      最近已在蛋白质组学中采用SRM质谱作为检测和定量肽的靶向方法。直到最近,枚举蛋白质组库存的那些具有SRM方法的出版物的出版物已经非常突出。然而,采用基于SRM的方法的研究人员和出版物的数量继续增加。因此,建立彩易福彩质量指标将有助于合法化一个否则将遇到与蛋白质组学发现所面临的挑战的领域。
      在考虑如何开发彩易福彩质量指标时,研讨会参与者开发了几个广泛的问题,即蛋白质组学社区需要回答关于SRM彩易福彩的质量,包括以下内容:
      • 今天可用的技术和软件分析工具是否充分发展,以计算准确的定量措施,以及SRM实验的错误发现率?在SRM实验中,分析的离子色谱图可能具有测量除预期目标之外的离子的显着概率。随着较低丰度蛋白质的目标并且背景干扰更强,这变得更为普遍。软件包,如幻照片(
        • 重新勒
        • rinner o.
        • Picotti P.
        • Huttenhain R.
        • 贝克米
        • Brusniak M.Y.
        • Hengartner M.O.
        • Aeberberold R.
        MPROPHET:用于大规模SRM实验的自动彩易福彩处理和统计验证。
        )和审计(
        • Abbatiello S.E.
        • MANI D.R.
        • Keshishian H.
        • carr s.a.
        通过多重反应监测质谱法自动检测肽定量的不准确和不精确转变。
        )以及供应商开发的特定仪器特定软件确实提供了一些质量检查计算,但这些包中的每一个都有局限性,并且很少适用于多个仪器供应商。此外,可能难以比较由不同软件包产生的结果,而没有用于评估各种软件包的彩易福彩质量或标准彩易福彩集的一些标准度量。
      • 在没有强大的概率的情况下,应提供哪些最小的彩易福彩和元彩易福彩,以便客观地评估报告的结果?应原始色谱图以打开的格式(如MZML)(
        • 玛特L.
        • Chambers M.
        • STURM M.
        • Kessner D.
        • Levander F.
        • Shofstahl J.
        • 唐W.H.
        • RömppA.
        • Neumann S.
        • Pizarro A.D.
        • MonteCchi-Palazzi L.
        • 塔斯曼N.
        • 科尔曼M.
        • Reinger F.
        • Souda P.
        • Hermjakob H.
        • binz p.a.
        • 德意曲e.w.
        MZML:质谱彩易福彩的社区标准。
        )出版物需要?是否应该对出版物所需的所有转换的注释描述?应该报告峰值的峰值,例如峰值信噪比和峰值不对称性,是什么?这里的关注关注将在需要足够的彩易福彩和元彩易福彩之间找到适当的平衡,以重现给定的一组实验以及看到这些实验产生的所有彩易福彩的愿望。另一个问题是,由于技术和软件创新的快速速度,因此可能太早了解严格的标准。
      • 每种蛋白质有多少肽和每种肽的转变需要最小的指导方针是什么,以确保准确定量?如果只有单一肽转变可用于鉴定,如何处理从单个肽离子衍生自用于检测蛋白质的彩易福彩进行治疗的彩易福彩。这些问题的答案可以介绍计算模型的可用性,该计算模型显示在预测需要多种肽和转换以提供可靠的定量时。
      • 如何才能标准格式,最小的信息规范和彩易福彩存储库有助于促进彩易福彩质量,并在哪里实施这些要求?虽然有标准格式用于共享SRM实验彩易福彩,例如PSI MZML(
        • 玛特L.
        • Chambers M.
        • STURM M.
        • Kessner D.
        • Levander F.
        • Shofstahl J.
        • 唐W.H.
        • RömppA.
        • Neumann S.
        • Pizarro A.D.
        • MonteCchi-Palazzi L.
        • 塔斯曼N.
        • 科尔曼M.
        • Reinger F.
        • Souda P.
        • Hermjakob H.
        • binz p.a.
        • 德意曲e.w.
        MZML:质谱彩易福彩的社区标准。
        )实验结果格式的格式和PSI Traml(
        • 果园S.
        • Albar J.P.
        • 德意曲e.w.
        • 艾森凯母线
        • binz p.a.
        • Hermjakob H.
        实施彩易福彩标准:2009年9月,加拿大多伦多的Hupopsi研讨会报告。
        )转换列表的格式,仍然需要开发一个标准格式,以便报告色谱图分析结果。
      利益攸关方参与者之间的共识涉及满足上述问题的确定质量指标。虽然过度的恒定可能会阻止创新,但缺乏质量指标和标准化的注释可能会瘫痪蛋白质组学发现和技术的比较,可移植性,再现性和最终采用。

       彩易福彩质量指标的原则

      悉尼研讨会同意以下原则,以开发有用和成功的蛋白质组学彩易福彩质量指标,用于开放访问彩易福彩。解决上述挑战的这些原则包括以下内容。

       元彩易福彩包含

       再现性

      所有蛋白质组学彩易福彩必须伴随着描述用于后处理的生物样本,实验程序,仪器和任何软件或算法(包括版本号)的适当元彩易福彩。科学再现性应指导元彩易福彩的报告,使得受助人应该能够重新承载出版物报告的分析。评估对此类准则的遵守仍然是Journal Reviewers的作用,因为它们是与出版物一起公共彩易福彩的守门人。

       格式

      阻止元彩易福彩要求变得过于繁重,需要通过仪器制造商,彩易福彩存储库和期刊继续采用标准彩易福彩格式。除了mzml(
      • 玛特L.
      • Chambers M.
      • STURM M.
      • Kessner D.
      • Levander F.
      • Shofstahl J.
      • 唐W.H.
      • RömppA.
      • Neumann S.
      • Pizarro A.D.
      • MonteCchi-Palazzi L.
      • 塔斯曼N.
      • 科尔曼M.
      • Reinger F.
      • Souda P.
      • Hermjakob H.
      • binz p.a.
      • 德意曲e.w.
      MZML:质谱彩易福彩的社区标准。
      ,
      • 德意志E.
      MZML:用于质谱仪输出的单个统一彩易福彩格式。
      )和电石(
      • 果园S.
      • Albar J.P.
      • 德意曲e.w.
      • 艾森凯母线
      • binz p.a.
      • Hermjakob H.
      实施彩易福彩标准:2009年9月,加拿大多伦多的Hupopsi研讨会报告。
      ),研讨会的参与者要求额外的格式报告色谱彩易福彩的分析。 Hupo-PSI,HUPO新技术委员会和其他具体领域的工作组有收费,继续发展和改进此类格式。

       存储库

      标准化元彩易福彩的内容呈现将需要用于蛋白质组学的可持续存储库。可能需要建立专用彩易福彩存储库,也许是金属的变种(
      • 山J.A.
      • 史密斯B.E.
      • Papoulias P.G.
      • 安德鲁斯P.C.
      ProteomeCommons.org与Tranche存储库集成的协作注释和项目管理资源。
      ,
      • Falkner J.A.
      • 安德鲁斯P.C.
      Tranche:保护蛋白质组学社区的分散彩易福彩存储。
      ,
      • Falkner J.A.
      • 山J.A.
      • 安德鲁斯P.C.
      蛋白质组学 FASTA archive and reference resource.
      ), 自豪 (
      • VizcaínoJ.A.
      • Côtér.
      • Reinger F.
      • Barsnes H.
      • 抚养金。
      • Rameseder J.
      • Hermjakob H.
      • 玛特L.
      蛋白质组学识别彩易福彩库:2010更新。
      ),GPMDB(
      • 克雷格r.
      • Cortens J.P.
      • Beavis R.C.
      用于分析,验证和存储蛋白质识别彩易福彩的开源系统。
      )或peptidaitlas(
      • 德意曲e.w.
      • 林H.
      • Aeberberold R.
      PeptidAtlas:用于出现目标蛋白质组学工作流的目标选择的资源。
      )对于SRM实验产生的定量彩易福彩。对于有针对性的实验,对元彩易福彩的需求甚至更大,因为肽序列不能从有限数量的转变中推断出肽序列。住房此类存储库的考虑应考虑到组织的经验,以制定和促进彩易福彩库,彩易福彩沉积和交换标准,以及维护此类生物医学彩易福彩库的可持续资金模型。

       对彩易福彩生产的认可

      质量指标应为蛋白质组学彩易福彩的发电机和用户提供附加值。对于调查人员来说,质量指标可以防止出版错误,并提供可能在寻求后续补助金的实验程序的验证。此外,可搜索的数字对象标识符(DOI)应与彩易福彩集关联,以允许随时间施加稳定的参考。这些链接将允许调查人员在研究论文和提案中具有高特异性的彩易福彩收集。社区可以提供高质量彩易福彩,如在本周的GPMDB“彩易福彩集”中(

      Beavis,R.,(2011)本周的GPM彩易福彩集

      )或按文件中的引文,为作者创造激励措施来共享彩易福彩。彩易福彩使用的文档将为调查员,资助机构和彩易福彩存储库提供“价值指标”。
      对于日记编辑,指标可以提高手稿审查过程的质量和可靠性。对于存储库管理器,质量指标可以增加存储彩易福彩的值,以便在元分析和其他回顾性彩易福彩挖掘操​​作中使用。大量的,多网站研究的调查人员将增加一个站点生成的彩易福彩可以且应该与其他网站生成的彩易福彩进行聚合。如Amsterdam峰会所指出的,制作,使用和资助蛋白质组学彩易福彩的所有各方都有一个固有的合作责任确保开放式访问和高质量彩易福彩(
      • Rodriguez H.
      • 斯奈德米
      • UhlénM.
      • 安德鲁斯P.
      • Beavis R.
      • 博赫斯C.
      • Chalkley R.J.
      • CHO S.Y.
      • Cottingham K.
      • 邓恩米
      • Dylag T.
      • Edgar R.
      • 野兔P.
      • Heck A.J.
      • Hirsch R.F.
      • 肯尼迪K.
      • Kolar P.
      • Kraus H.J.
      • Mallick P.
      • Nesvizhskii A.
      • ping p.
      • Ponténf。
      • 杨L.
      • yates j.r.
      • Stein S.E.
      • Hermjakob H.
      • kinsinger c.r.
      • APWEILER R.
      2008年综合评估和分享政策的2008年国际峰会的建议:阿姆斯特丹原则。
      )。

       基准测试的参考资料和参考彩易福彩

      参考材料和参考彩易福彩是基准和比较蛋白质组学中的方法所必需的。这些方法包括物理测量平台和分析软件。除了提供方法开发的基准测试过程外,参考资料和彩易福彩质量软件的可用性将有助于通过帮助回答问题来解释生物学测量,“是由测量或样品制备过程中的噪音引起的结果或由真实引起的结果生物信号?“
      参考资料和软件指标已经在标准化霰弹枪蛋白质组学领域的LC-MS系统中发挥了作用,包括Sigma通过生物分子资源设施(ABRF)和酵母协会的2006年SPRG研究开发的UPS1定义的蛋白质混合物NCI对癌症和NIST的临床蛋白质组学技术评估开发的裂解物,随附彩易福彩集(
      • Rudnick p.a.
      • 克劳瑟K.R.
      • kilpatrick l.e.
      • tchekhovskoi d.v.
      • Neta P.
      • Blonder N.
      • Billheimer D.D.
      • 黑人r.k.
      • 双打下午。
      • Cardasis H.L.
      • 火腿A.J.
      • Jaffe J.D.
      • kinsinger c.r.
      • Mesri M.
      • neubert t.a.
      • 席克宁B.
      • Tabb D.L.
      • TEGELER T.J.
      • Vega-Montoto L.
      • variyath上午
      • 王米
      • 王P.
      • Whiteaker J.R.
      • Zimmerman L.J.
      • carr s.a.
      • 费舍尔S.J.
      • 吉布森B.W.
      • Paulovich A.G.
      • Regnier F.E.
      • Rodriguez H.
      • Spiegelman C.
      • Tempst P.
      • Liebler D.C.
      • Stein S.E.
      蛋白质组学分析中液相色谱 - 串联质谱系统的性能度量。
      ,
      • Paulovich A.G.
      • Billheimer D.
      • 火腿A.J.
      • Vega-Montoto L.
      • Rudnick p.a.
      • Tabb D.L.
      • 王P.
      • 黑人r.k.
      • 双打下午。
      • Cardasis H.L.
      • 克劳瑟K.R.
      • kinsinger c.r.
      • 席克宁B.
      • TEGELER T.J.
      • variyath上午
      • 王米
      • Whiteaker J.R.
      • Zimmerman L.J.
      • Fenyo D.
      • carr s.a.
      • 费舍尔S.J.
      • 吉布森B.W.
      • Mesri M.
      • neubert t.a.
      • Regnier F.E.
      • Rodriguez H.
      • Spiegelman C.
      • Stein S.E.
      • Tempst P.
      • Liebler D.C.
      用于基准测试LC-MS平台性能的酵母性能标准的互借性研究。
      ,
      • Turck C.W.
      • Falick上午
      • Kowalak J.A.
      • 泳道W.S.
      • Lilley K.S.
      • Phinney B.S.
      • Weintraub S.T.
      • Witkowska H.E.
      • yates n.a.
      生物分子资源设施协会蛋白质组学研究组2006年研究:相对蛋白质定量。
      )。其他研究人员在SRM-MS实验中开发了更高的再现性的工作流程(
      • addona t.a.
      • Abbatiello S.E.
      • 席克宁B.
      • 冰鞋S.J.
      • MANI D.R.
      • 双打下午。
      • Spiegelman C.H.
      • Zimmerman L.J.
      • 火腿A.J.
      • Keshishian H.
      • 霍尔S.C.
      • 艾伦S.
      • 黑人r.k.
      • 博赫斯C.H.
      • 降低C.
      • Cardasis H.L.
      • Cusack M.P.
      • 迪克德
      • 吉布森B.W.
      • 举行。
      • Hiltke T.
      • 杰克逊A.
      • 约翰森E.B.
      • kinsinger c.r.
      • 李杰。
      • Mesri M.
      • neubert t.a.
      • niles r.k.
      • Pulcoripher T.C.
      • Ransohoff D.
      • Rodriguez H.
      • Rudnick p.a.
      • 史密斯D.
      • Tabb D.L.
      • TEGELER T.J.
      • variyath上午
      • Vega-Montoto L.J.
      • 华兰人A.
      • Waldemarson S.
      • 王米
      • Whiteaker J.R.
      • 赵L.
      • 安德森N.L.
      • 费舍尔S.J.
      • Liebler D.C.
      • Paulovich A.G.
      • Regnier F.E.
      • Tempst P.
      • carr s.a.
      多站点评估对血浆中蛋白质蛋白质的多重反应监测测量的精度和再现性。
      )。另一位实验室已经开始开发SRM地图集,其中包含许多生物体的蛋白质肽彩易福彩的高合格谱系统(
      • Picotti P.
      • rinner o.
      • Stallmach R.
      • Dautel F.
      • Farrah T.
      • Domon B.
      • 文字H.
      • Aeberberold R.
      用于蛋白质和蛋白质素的选定反应监测测定的高通量产生。
      )。在参考彩易福彩组方面,ISB18彩易福彩集(
      • klimek J.
      • eddes J.S.
      • HOHMANN L.
      • 杰克逊J.
      • 彼得森A.
      • Letarte S.
      • Gafken P.R.
      • 凯茨J.E.
      • Mallick P.
      • 李H.
      • 施密特A.
      • Ossola R.
      • ENG J.K.
      • Aeberberold R.
      • 马丁D.B.
      标准蛋白质混合彩易福彩库:多样化的彩易福彩集,以帮助生产改进的肽和蛋白质识别软件工具。
      )和用于MALDI-TOF / TOF的AURUM彩易福彩集(
      • Falkner J.A.
      • Kachman M.
      • 静脉D.M.
      • 沃克A.
      • Strahler J.R.
      • 安德鲁斯P.C.
      验证MALDI-TOF / TOF质谱进行蛋白质标准。
      )既是为基准测试新软件工具而创建的。 ABRF蛋白质组信息研究组已发布专门为基准测试分析和磷酸肽识别设计的两组彩易福彩集(

      Askenazi,M.,Falkner,J.,Kowalak,Ja,Lane,WS,Martens,L.,Meyer-Arendt,K.,Rudnick,Pa,Seymour,SL,Searle,BC,Tabb,DL,(2009)蛋白质组织(Tabb,DL,Ed)Ann Arbor,MI

      ,

      Askenazi,M.,Clauser,KR,Martens,L.,McDonald,WH,Rudnick,Pa,Meyer-Arendt,K。,Searle,BC,Lane,WS,Kowalak,Ja,Deutsch,EW,Bandiera,N., Chalkley,RJ,(2010)在蛋白质组织(Clauser,K.,Ed)

      )。 Hupo等离子蛋白质组项目释放了大量彩易福彩,该彩易福彩展示了各种仪器和协议的性能(
      • OPENN G.S.
      人类蛋白质组织血浆蛋白质组项目试验阶段:参考标本,技术平台比较和标准化彩易福彩提交和分析。
      )。提供超过基本度量的比较手段,例如鉴定的肽数,提供了提供测量过程的度量的软件,例如NISTMSQC(
      • Rudnick p.a.
      • 克劳瑟K.R.
      • kilpatrick l.e.
      • tchekhovskoi d.v.
      • Neta P.
      • Blonder N.
      • Billheimer D.D.
      • 黑人r.k.
      • 双打下午。
      • Cardasis H.L.
      • 火腿A.J.
      • Jaffe J.D.
      • kinsinger c.r.
      • Mesri M.
      • neubert t.a.
      • 席克宁B.
      • Tabb D.L.
      • TEGELER T.J.
      • Vega-Montoto L.
      • variyath上午
      • 王米
      • 王P.
      • Whiteaker J.R.
      • Zimmerman L.J.
      • carr s.a.
      • 费舍尔S.J.
      • 吉布森B.W.
      • Paulovich A.G.
      • Regnier F.E.
      • Rodriguez H.
      • Spiegelman C.
      • Tempst P.
      • Liebler D.C.
      • Stein S.E.
      蛋白质组学分析中液相色谱 - 串联质谱系统的性能度量。
      ),必须可以访问。其他资源可用于识别低质量的肽标识,提供对彩易福彩质量的定量评估,例如:人口普查(
      • 公园S.K.
      • yates 3rd,J.R.
      蛋白质组量化的人口普查。
      ),漏勺(
      • 卢B.
      • ruse c.i.
      • yates 3rd,J.R.
      漏勺:基于概率的支持向量机算法,用于在彩易福彩库搜索之前对磷酸化合物的CID光谱自动筛选。
      ),揭露(
      • 卢B.
      • ruse c.
      • XU T.
      • 公园S.K.
      • Yates 3rd,J.
      串联质谱自动验证磷酸肽鉴定。
      ),dtaselect 2(
      • Tabb D.L.
      • 麦当劳W.H.
      • yates 3rd,J.R.
      DTASELECT和对比度:用于组装和比较霰弹枪蛋白质组学蛋白质标识的工具。
      ),Idpicker(
      • 马Z.Q.
      • Dasari S.
      • Chambers M.C.
      • Litton M.D.
      • sobecki s.m.
      • Zimmerman L.J.
      • alvey p.j.
      • 席克宁B.
      • 德雷克下午
      • 吉布森B.W.
      • Tabb D.L.
      Idpicker 2.0:改进了具有高辨别肽识别过滤的蛋白质组件。
      ),peptipeprophet(
      • 凯勒阿。
      • nesvizhskii a.i.
      • Kolker E.
      • Aeberberold R.
      经验统计模型来估计MS / MS和彩易福彩库搜索的肽识别的准确性。
      ),渗滤器(
      • Kall L.
      • 坎特伯雷J.D.
      • 韦斯顿J.
      • 贵族W.S.
      • maccoss m.j.
      霰弹枪蛋白质组学彩易福彩集的半监督学习肽鉴定。
      ,
      • klammer a.a.
      • 公园C.Y.
      • 贵族W.S.
      续集XCorr功能的统计校准。
      )和蛋白质反应(
      • nesvizhskii a.i.
      • 凯勒阿。
      • Kolker E.
      • Aeberberold R.
      用串联质谱法鉴定蛋白质的统计模型。
      )。
      该研讨会未呼吁采用每个实验的标准方法或平台,而是认识到需要在等于基础上进行正式比较的方法。没有缺乏参考资料和用于评估彩易福彩质量的工具的工具,它归于编辑人员和审核人员,以确保使用适当的参考资料和彩易福彩评估的方法产生公布的彩易福彩。

       教育和培训

      蛋白质组学群落需要改善教育和培训,以提高公布的方法和彩易福彩的质量。该领域应在科学会议,网络研讨会,供应商和供应商赞助的实践工作坊的教程,为学生和博士后的研究员提供讲习班,以确保仪器正确使用。这些教程可能解决SRM,日记(或存储库)指南的LOD和LOQ确定,如如何正确释放蛋白质组学彩易福彩集,保护PTM识别中的误报,以及蛋白质组学中的质量控制。该领域的高级学术调查人员应在其机构建立蛋白质组学课程。期刊同样可以及时介绍教程,并通过执行其指导方针具有关键的教育作用。美国质谱协会,ABRF和美国HUPO已经与会议一起出现了一些优秀的教程。特别是,ABRF研究组定期进行社区范围的实验,以方便方法比较(
      • Turck C.W.
      • Falick上午
      • Kowalak J.A.
      • 泳道W.S.
      • Lilley K.S.
      • Phinney B.S.
      • Weintraub S.T.
      • Witkowska H.E.
      • yates n.a.
      生物分子资源设施协会蛋白质组学研究组2006年研究:相对蛋白质定量。
      )。悉尼研讨会要求通过形式化方法比较和发布结果来推进这项努力。
      此外,蛋白质组信息学需要一个社区资源(如Wiki),其中软件开发人员和专家用户可以传达标准工作流程以获得最佳性能。打开关于选择Fasta彩易福彩库的策略讨论彩易福彩库搜索或选择“半胰蛋白” 相对 “完全肠果”搜索将有助于减少该领域的竞争派系。在不同工具之间进行旧的和新修订的比较和新的软件的比较将有助于表征不可避免的软件变化。

       结论和下一步

      悉尼研讨会确定了所列地区的挑战和原则 表格1。解决和实施这些将需要期刊编辑,资助机构,贸易协会,仪器制造商,软件开发商和研究人员社区的综合努力。关于元彩易福彩,一组研讨会参与者同意开始起草SRM实验指南。该集团以及Hupo-PSI和Hupo新技术委员会正在共同努力,由社区评估一套准则。 Hupo-PSI还在开发基于XML的母蛋白模拟,旨在捕获元彩易福彩和定量蛋白质组学测定结果,包括SRM测定。没有缺乏参考资料;但是,期刊,资金机构和调查人员有共同的责任,以确保其日常使用和比较。使用参考资料只能随着现场对商业应用而受到监管机构的进步,例如食品和药物管理局。质量指标本身将在各个实验室中开发,但将它们纳入其产品的软件开发人员和仪器制造商将为使用它们的研究人员提供竞争优势。此外,期刊在继续开发和实施定义稿件中的彩易福彩质量的策略的角色。因此,审稿人和编辑委员会是彩易福彩质量的终极网守。关于质量指标的教育将由期刊,贸易协会和学术机构促进促进适当使用质量指标。最后,对于资助机构支持蛋白质组学彩易福彩库,蛋白质组学界的所有成员必须将蛋白质组学研究的价值传达给将从资助此类存储库供资中受益的主要利益攸关方。
      表I.提高蛋白质组学彩易福彩质量指标的建议
      元彩易福彩
          General元彩易福彩要求的指南应基于实现科学的再现性和正确评估分析方案。
          有针对性的定量需要开发标准格式以报告色谱图分析的转换和结果。
      需要制定最低信息指南,以确保报告了有关分析协议的充分信息,以便可以正确评估结果。
      参考资料和彩易福彩参考资料和参考彩易福彩应允许新的和现有方法的正式基准。
      质量指标
          Protein survey从根本上,质量指标应确认每个底层MS和MS / MS扫描的质量。
      对于多频谱的彩易福彩集,需要质量度量来评估初始彩易福彩分析的质量。
          有针对性的定量需要质量指标来传达峰值测量代表目标丰富的信心,并且不会被干扰扭曲。
      教育期刊,贸易协会和学术机构有责任在蛋白质组学中的蛋白质组学中的培训中,有责任在蛋白质组学测量的QC中培训。
      蛋白质组信息学需要一个社区资源(如Wiki),其中软件开发人员和专家用户可以传达标准工作流程以获得最佳性能。
      彩易福彩沉积蛋白质组学 is in need of a sustainable repository that would work closely with journals to ensure long term access to proteomics data.
      使用数字对象标识符(DOI)的彩易福彩沉积的正式识别是推进蛋白质组学彩易福彩访问的关键激励。
      在过去十年中,研究界在制定制造蛋白质组学成为一种可行的科学所需的技术和实验方案方面取得了显着进展。该技术现在准备建立基因组学社区的成功,进一步了解我们对分子水平的疾病的理解。与此前的基因组学领域一样,蛋白质组学领域现在已经建立了明智的准则,从业人员越来越多地采用,这鼓励公众访问彩易福彩。悉尼研讨会提供了问题和框架,以制定必要的指标和条件,以确保蛋白质组学彩易福彩的质量。成功实施质量指标将需要对彩易福彩解释中的错误进行保护,并将“完整”元彩易福彩与每个彩易福彩集一起融合,并奖励存款彩易福彩的团队。彩易福彩质量的大部分负担将属于生物信息学研究人员,该研究人员任务是在开发和采用长期和可扩展彩易福彩存储解决方案,公制制定和比较测试策略的开发和采用。
      这些彩易福彩质量指标的关键是理解,不经常发展的基于质谱的蛋白质组学领域可能会妨碍创新和潜在发现。但是,很明显,基本标准化和质量控制的应用是必要的,以确保彩易福彩的可重复性,可靠性和重用彩易福彩。目前,该领域必须开发指标和方法,以确保彩易福彩具有最高质量,而不会阻碍研究和创新。
      虽然挑战仍然在确定评估彩易福彩质量所需的政策和指标时,悉尼研讨会重申,蛋白质组学界群体对资助机构,期刊,标准工作组,国际社会,彩易福彩存储库及最重要的问题进行了清楚地兴趣解决这些问题研究界。悉尼研讨会代表了包含更详细的元彩易福彩,采用参考资料和彩易福彩的初步步骤,制定方法比较和质量控制的彩易福彩质量指标,蛋白质组学和生物信息学区的用户教育,以及识别彩易福彩存款人。

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