比较蛋白ogeromics十二 rosobacter 外壳揭示这些海洋细菌中的不同适应性策略*

  • Joseph Alexander Christie-Oleza
    隶属关系
    CEA,DSV,IBEB,Lab Biochim系统Perurburm,Bagnols-sur-cèze,F-30207,法国
    搜索本作者的文章
  • Juana Mariapiña-Villalonga
    隶属关系
    Microbiologia,Favicament de Biologia,De Les Imles Balears,Palma de Mallorca西班牙
    搜索本作者的文章
  • 拉斐尔博世
    隶属关系
    Microbiologia,Favicament de Biologia,De Les Imles Balears,Palma de Mallorca西班牙
    搜索本作者的文章
  • Balbina nogales.
    隶属关系
    Microbiologia,Favicament de Biologia,De Les Imles Balears,Palma de Mallorca西班牙
    搜索本作者的文章
  • Jean Armengaud.
    一致
    应当解决谁的通信:Laboratoirede Biochimie desSystèmesPerburés,Cea Marcoule,DSV,IBEB,SBTN,LBSP,F-30207 Bagnols-Sur-Ceze,法国。电话:+00 33 4 66 79 68 02;传真:+00 33 4 66 79 19 05
    隶属关系
    CEA,DSV,IBEB,Lab Biochim系统Perurburm,Bagnols-sur-cèze,F-30207,法国
    搜索本作者的文章
  • 作者脚注
    本文包含补充表S1至S6。
    * JA Christie-Oleza由FundaciónRamónAreces的奖学金支持。 JMPiña-Villalonga由西班牙FPU奖学金支持。我们感谢CommassariatàL'EnergieAtomique et Aux Energies替代品,FundaciónRamónAreces,以及MinistèredesFrançaise,RépubliqueFrançaise(Partenariat Hubert Curien,Picasso计划),为财务支持。 B. Nogales和R. Bosch通过项目CTM2008-02574 / MAR(带联合会共同资助)和Acciones Integradas计划(fr2009-0106)的财务支持。
      Riorobacters.是在海洋中大量发现的一般细菌。因为对海洋微生物在结合或竞争中的互动时少令人欣赏,我们将注意力集中在微生物外彩易福彩上,这是与细胞外环境相互作用的关键组分。在这里,我们提出了关于十二成员的理论上编码的外产彩易福彩的比较分析rosobacter由广泛的比较彩易福彩组织验证的小组。在Silico.分析表明,这些微生物的30%的编码彩易福彩可以出口。根据每种菌株的生态明显,不同彩易福彩类别的比率变化,该特征是通过定量彩易福彩组学数据加强的特征。尽管发现了缺口变异,但霰弹枪彩易福彩组学最丰富的彩易福彩来自转运蛋白,粘附,运动和毒素样蛋白类别,在其中定义了四种不同的合理的适应性策略rosobacter团体。在一些菌株中,毒素分泌策略用重复的毒素状彩易福彩过度表示。我们的研究结果表明,由于培养条件,外壳强烈依赖于细菌营养策略,并且可以略有变化。模拟自然条件和土着微生物群落对外产群的影响Ruegeria. Pomeroyi.DSS-3也被测定。有趣的是,我们观察到通常分泌的毒素样蛋白的显着消耗R. Pomeroyi.DSS-3在从地中海港口采样的自然社区存在时生长。讨论了这种特定的外蛋白酶部分的显着性。
      与环境的强烈互动,与生物群落的竞争以及生物学复杂机制导致出现大多样性的细菌,采用不同的生命策略。这些策略中的大多数依赖于基本现象的微调:摄取营养素,生态互动(例如 出租车运动或粘附)和活性化合物的分泌消除竞争。在海洋中,微生物相互作用似乎对浮游社区的组成影响而不是非生物因素(
      • Strom S.L.
      海洋生物地球化学的微生物生态学:社区视角。
      )。海洋微生物动力学不仅受到捕食者/寄生派活动的影响,还受到影响和互动竞争(
      • Bouvy M.
      • Bettarel Y.
      • Bouvier C.
      • Domaizon I.
      • 雅克S.
      • Le Floc'h E.
      • Montaniéh。
      • 大部分吉尔B.
      • SIME-NGANDO T.
      • TorrétonJ.P.
      • Vidussi F.
      • Bouvier T.
      在各种营养条件下病毒,细菌和纳米螺旋蛋白之间的营养性相互作用和模拟气候变化。
      ,
      • Geng H.
      • Belas R.
      藻杆菌 - 浮游生物学中的分子机制。
      ,
      • Mayali X.
      • Azam F.
      海洋中的杀虫细菌及其对藻类盛开的影响。
      )。虽然目前获得了更好的关于生物互动的知识,但在这一领域仍然需要大量的工作,以实现海洋动态的全面建模和精确确定它们对全球生物地球化学循环的影响(
      • Azam F.
      • Malfatti F.
      海洋生态系统的微生物结构。
      ,
      • 德隆e.f.
      从基因组到生物群的微生物海洋。
      ,
      • 干草M.E.
      海洋化学生态学:化学信号和线索结构海洋人口,社区和生态系统。
      )。
      细菌泌胞分析成为不仅用于发现新型生物活性化合物的重要问题(
      • Bhatnagar I.
      • 金S.K.
      卓越的卓越本质:海洋微生物生物活性化合物。
      )还要确定生物的生态明显,以及它们如何与社区互动。在沉淀中,发现构成外蛋白酶的大量分泌彩易福彩,以及它们的相应分泌系统(
      • Desvaux M.
      • hébraudm.
      • 爪子R.
      • 亨德森I.R.
      细菌蛋白的分泌物和亚细胞定位:语义意识问题。
      )。不同的分泌机制已被广泛审查(
      • Saier Jr.,M.H.
      彩易福彩分泌和膜插入系统在革兰氏阴性细菌中。
      )。最近,通过使用最近一代高分辨率质谱仪的高通量彩易福彩组学对外蛋白酶的分析显示出致病性细菌中的高多样性彩易福彩毒力因子(
      • Clair G.
      • 鲁西斯。
      • armengaud J.
      • duport c.
      扩展已知的毒力因子的剧本 芽孢杆菌 通过三种氧化还原条件的早期综合分析。
      ,
      • ZieBandt A.K.
      • KUSCH H.
      • DEGNER M.
      • Jaglitz S.
      • SIBBALD M.J.
      • arends J.P.
      • chlebowicz m.a.
      • Albrecht D.
      • Pantucek R.
      • Doskar J.
      • Ziebuhr W.
      • Bröker下午
      • Hecker M.
      • van dijl J.M.
      • Engelmann S.
      彩易福彩组学揭示了极端的异质性 金黄色葡萄球菌 由于基因组可塑性和变体基因调节,外蛋白酶组。
      )。虽然已经对环境分离物报告了一些外蛋白酶体分析,但是生物活性化合物的发现是积累知识的主要驱动力。彩易福彩组学霰弹枪分析还提供了有关动力,附着力和营养传输系统的信息,它可以瞥见生物的生态(
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      ,
      • 埃文斯F.F.
      • raftery m.j.
      • egan s.
      • Kjelleberg S.
      分析海洋细菌的秘密 pseudoalteromonas tunicata. 使用胺特定的等离标记(ITRAQ)。
      )。
      rosobacter CLADE是一种在海洋中良好代表的一种系统发育相干的一组通用细菌(
      • Brinkhoff T.
      • Giebel H.A.
      • 西蒙米
      多样性,生态和基因组学 rosobacter 思工:简短的概述。
      )。该思想家的几名成员的基因组分析揭示了大量合理的毒力因子和可能参与共生协会,运动或趋化性的其他基因(
      • Geng H.
      • Belas R.
      藻杆菌 - 浮游生物学中的分子机制。
      ,
      • Wagner-döblerI.
      • Biebl H.
      海洋环境生物学 rosobacter lineage.
      )。关于分泌化合物的大多数实验研究 rosobacter 成员集中在含硫化合物的荧光酸(
      • Geng H.
      • 布鲁恩J.B.
      • Nielsen K.F.
      • Belas R.
      海洋红花苜蓿对探矿酸生物合成的遗传解剖。
      )或tryptanthrin(
      • Wagner-Dobler I.
      • Rheims H.
      • Felske A.
      • El-Ghezal A.
      • 刹车 - 施罗德D.
      • Laatsch H.
      • 郎科学
      • Pukall R.
      • Tindall B.J.
      Oceanibulbus Indolifex Gen。 11月。,sp。 11月。,北海alphaptobrotebacterium,产生生物活性代谢物。
      )。已经将抗生素和生物膜形成特性分配给原始酸转化为侵袭性殖民机的细菌生产者(
      • 布鲁恩J.B.
      • Belas R.
      生产抗菌化合物和生物膜形成 rosobacter 物种受培养条件的影响。
      ,
      • Melchiorsen J.
      • 布鲁恩J.B.
      海洋表面水域全球采样和海洋生物的表面拭子中收集的海洋培养细菌的抗菌活性。
      ,
      • Rao D.
      • 韦伯J.S.
      • Kjelleberg S.
      微生物殖民和海洋藻类的竞争 Ulva Australis..
      )。广泛寻找的阿加菌试剂涉及生物技术应用,如济孔所示 等等。 (
      • 济鸿
      • yim J.H.
      • lee c.
      • 崔S.H.
      • 公园Y.K.
      • yoon s.h.
      • 围绕c.g.
      • 康H.Y.
      • 金D.
      • 李H.H.
      • 公园K.H.
      • 公园S.H.
      • 公园H.S.
      • 李H.K.
      • 哦,kk.
      • kim j.f.
      基因组蓝图 Hahella Chejuensis.,生产鸟类鸟类的海洋微生物。
      ),这表明了这一点 Hahella Chejuensis. 来自 Oceanospiralles. CLADE能够分泌着杀菌性质的着色化合物。 rosobacter 思工成员也与藻类绽放有关(
      • Mayali X.
      • 弗兰克斯P.J.
      • Azam F.
      海洋rosebacter思科植物植物细菌的培养和生态系统作用。
      )。最近,已经表征了名为Rosebacticides的新型有效和选择性藻类苷族(
      • seyedsayamdost m.r.
      • Kolter R.
      • 克拉迪J.
      Rosebacticides:藻类细菌共生的小分子调节剂。
      ,
      • seyedsayamdost m.r.
      • 案例R.J.
      • Kolter R.
      • 克拉迪J.
      Jekyll-and-Hyde嗜碱性的Gallaeciensis。
      )。
      通常,在分析海洋微生物基因组中的毒力因子期间,仅考虑III型III,IV,V和VI蛋白分泌​​系统(
      • 佩尔森o.p.
      • Pinhassi J.
      • Riemann L.
      • Marklund B.I.
      • rhen m.
      • 诺克斯S.
      • GonzálezJ.M.
      • HagströmA.
      海洋细菌中高丰富的毒力基因同源物。
      )。在Riorabacters中,I型分泌毒素从未考虑过帐户(
      • Wagner-döblerI.
      • Biebl H.
      海洋环境生物学 rosobacter lineage.
      ,
      • 莫兰米。
      • Belas R.
      • Schell M.A.
      • GonzálezJ.M.
      • 太阳F.
      • 太阳S.
      • 粘合剂B.J.
      • edmonds J.
      • 你w。
      • Orcutt B.
      • 霍华德·哈马德
      • 梅塞尔C.
      • 普法斯基W.
      • 韦斯曼A.
      • 任Q.
      • Paulsen I.
      • Ulrich L.E.
      • Thompson L.S.
      • 桑德斯E.
      • 布邦A.
      海洋海洋生态基因组学 Riorobacters..
      )虽然他们最近被证明是外产品中的主要成分 Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 (
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      )。重复毒素(RTX)
      使用的缩写是:
      RTX.
      重复毒素
      MB.
      海洋肉汤
      最小的海洋媒体
      CDS
      编码序列。
      1使用的缩写是:RTX.
      重复毒素
      MB.
      海洋肉汤
      最小的海洋媒体
      CDS
      编码序列。
      彩易福彩是具有能够结合CA的大量短肽序列重复的实体2+ 离子。它们由I型分泌系统分泌(
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      )。这些推定毒素的作用机制依赖于在靶向生物膜插入后从水溶性形式转变为通道蛋白(
      • lally e.t.
      • 山r.b.
      • Kieba I.R.
      • Korostoff J.
      RTX.毒素与靶细胞之间的相互作用。
      )。其中一些rtx彩易福彩良好地表征,因为它们被认为是几种众所周知的尿致病菌株或不同病原体的主要毒力因子 颤音 species (
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      )。然而,rtx样蛋白也被发现在细菌中被认为是非对象的诸如成员的非对象 rosobacter clade (
      • 莫兰米。
      • Belas R.
      • Schell M.A.
      • GonzálezJ.M.
      • 太阳F.
      • 太阳S.
      • 粘合剂B.J.
      • edmonds J.
      • 你w。
      • Orcutt B.
      • 霍华德·哈马德
      • 梅塞尔C.
      • 普法斯基W.
      • 韦斯曼A.
      • 任Q.
      • Paulsen I.
      • Ulrich L.E.
      • Thompson L.S.
      • 桑德斯E.
      • 布邦A.
      海洋海洋生态基因组学 Riorobacters..
      )。
      本研究专注于定义不同的相互作用 rosobacter 用细胞外的milieu菌株。为此,我们通过比较彩易福彩组织进行了广泛的分析(
      • armengaud J.
      蛋白素学MOMICS和系统生物学:寻求最终缺失的部分。
      )12岁的外产多量 rosobacter 分离由比较基因组学建立疏水板的推定泛泌蛋白酶。不同的实验性外蛋白酶 rosobacter 揭示不同营养策略的高通量彩易福彩组学识别代表。 RTX毒素的分泌导致了一个共同的特征 Riorobacters.。鉴于在存在或不存在天然本土社区的存在或不存在的港口的实验测定,讨论这些外蛋白的重要性。

      材料和方法

       使用细菌和培养条件

      rosobacter 思路菌株 Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3, Oceanicola Batsensis. htcc2597, Pelagibaca Bermudensis. htcc2601, rosobacter denitrificans och114, Oceanicola granulosus. htcc2516, Oceanibulbus Indolifex. HEL45, Ruegeria. Lacuscaerulensis. ITI1157, rosobacter litoralis OCH149, rosobacter sp。 Med193, 罗斯科斯·努巴努 主义, Dinoroseobacter Shibae. DFL12,和 sagitula stellata. 在这项工作中使用的E-37是从DSMZ系列获得的。在含有50ml海洋肉汤(MB)(DiFCO,底特律,Mi)的Erlenmeyer烧瓶中进行重复的细菌培养物在30℃下孵育并在180rpm搅拌直至Midexponential阶段搅拌。外壳 R. Pomeroyi. DSS-3在不同培养条件下系统性地生长,以重复分析。从基于不同培养基的四种条件从中期呈指数生长的培养物中收集外壳:(1)富含营养MB; (2)1:1用LURIA-BERTANI(LB)肉汤混合物MB; (3)营养素最小的海洋培养基(MMM)((
      • LANFRANCONI M.P.
      • 博世R.
      • nogales b.
      柴油污染响应柴油污染的活性海洋细菌组合组成的短期变化。
      ); (4)从开放地中海(Cap Croisette,Marseille,法国)获得的高压灭菌海水。最后的培养基补充了0.5%琥珀酸盐作为碳和能量来源,0.005%的酵母提取物作为维生素的来源。包括第五条件以在MB富肉汤中达到固定相时测试外蛋白酶。值得注意的是,由于应避免植物裂解,因此不能施加剧烈的胁迫或生长条件不足,因为不应将细胞裂解以与丰富的细胞溶质彩易福彩交叉污染外蛋白酶。孵育后,获得了来自模拟的天然条件的外蛋白酶样品 R. Pomeroyi. DSS-3在地中海沿海冬季冬季表面海水(2011年2月16日)从马赛(法国)采取。采样区是帽克罗塞特(海洋海水,43.21496607N-5.33602952E)和Vieux港口(Marina Seawater,43.29532433N-5.36682128e)(
      • Christie-Oleza J.A.
      • Fernandez B.
      • nogales b.
      • 博世R.
      • armengaud J.
      彩易福彩组学洞察环境相关海洋细菌的生活方式。
      )。将750毫升天然海水(天然微生物群落的存在)或通过0.22μm直径孔隙过滤器(不存在自然社区)的海水中的海水被引入1L-Erlenmeyer烧瓶中。每次烧瓶都以10的最终浓度接种5 细胞/ ml与MB pregrown R. Pomeroyi. DSS-3细胞,以前在最终培养基中洗涤。将烧瓶在25℃和200rpm温育20小时。这些培养物被系统地进行两份进行。从OD测量的生长曲线计算MB培养基中的细菌最大倍增时间600 nm.

       外蛋白酶组制剂和胰蛋白酶内凝胶蛋白水解

      如前所述获得外蛋白酶(
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      )。简而言之,在早期指数阶段生长的重复培养(OD600 nm ~0.6),晚期固定阶段(达到增长最大3天),或模拟的自然条件以3000×离心 g 在20℃下10分钟并进一步过滤上清液(0.22μm)以除去残留的细胞。通过三氯乙酸沉淀浓缩上清蛋白。将沉淀的外蛋白溶解在40μL锂十二烷基硫酸锂-β-巯基乙醇SDS-PAGE样品缓冲液(Invitrogen,Carlsbad,Ca)中,并在SDS-PAGE之前在99℃下在99℃下温育5分钟。将来自10ml实验室培养上清液或375ml液体来自模拟的天然条件的彩易福彩含量加载到10%TRIS-BIS NUPAGE凝胶(Invitrogen)上,用于3mm短的迁移。从聚丙烯酰胺凝胶和蛋白聚糖中切除含有不同外出蛋白酶的带 凝胶 通过胰蛋白酶使用ProteAtmax协议(Promega,Charbonnières,法国)如前所述(
      • Clair G.
      • 鲁西斯。
      • armengaud J.
      • duport c.
      扩展已知的毒力因子的剧本 芽孢杆菌 通过三种氧化还原条件的早期综合分析。
      )。

       霰弹枪纳米LC-MS / MS分析和肽鉴定的参数

      使用LTQ-orbitrap XL混合质谱仪(Thermof Sizer)进行纳米液相色谱 - 串联MS(LC-MS / MS)实验,与先前描述的那些(
      • de groot A.
      • Dulermo R.
      • ORTET P.
      • Blanchard L.
      • GuérinP.
      • Fernandez B.
      • Vachere B.
      • Dossat C.
      • 茶叶E.
      • Siguier P.
      • 钱德勒米
      • Barakat M.
      • Dedieu A.
      • 巴勃V.
      • heulin t.
      • Sommer S.
      • ACHOUAK W.
      • armengaud J.
      彩易福彩组学和基因组学的联盟解开撒哈拉细菌的特异性 Deinococcus deserti..
      ,
      • Dedieu A.
      • 盖尔德J.C.
      • Pourcher T.
      • Darrouzet E.
      • armengaud J.
      重新探查甲卓林素的碘化位点,以器官为导向的霰弹枪战略。
      )。对于MS / MS肽分配,彩易福彩序列数据库,其包含每个注释的彩易福彩编码序列(CDS) rosobacter 本研究中使用的Clade菌株是从NCBI提供的Fasta文件中内部制作的。举个例子, R. Pomeroyi. DSS-3数据库包含4252个多肽序列,总共1,373,960个氨基酸。使用Thermofisher提出的Xcalibur FT包(版本2.0.7)的Extract_msn.exe数据导入过滤器,使用矩阵科学(2.3.2版)生成峰值列表。数据导入过滤器选项设置为:400(最小质量),5000(最大质量),0(分组公差),0(中间扫描)和1000(阈值)。使用Mascot 2.2.04软件(Matrix Science)搜索MS / MS Spectra以与相应的内部数据库进行搜索。搜索参数为:胰蛋白水解消化期间最多两种未灭菌肽,母体离子的质量公差为5ppm,在MS / MS上0.5Da,用于羧酰胺甲基化的Cys的固定改性和用于氧化型的可变改性。使用IRMA 1.28.0软件解析吉祥物结果(
      • Dupierris V.
      • 马萨隆C.
      • 法庭M.
      • Kieffer -Jaquinod S.
      • brululy c.
      用于验证质谱肽的工具箱识别和数据库的产生:IRMA。
      用a过滤 p 值设置为0.05。当检测到至少两种不同的肽时,认为彩易福彩有效。使用反向诱饵数据库估算彩易福彩鉴定的假阳性率。在所有情况下,该值低于0.1%。在普遍彩易福彩组学识别数据库中沉积质谱数据(
      • VizcaínoJ.A.
      • Côtér.
      • Reinger F.
      • Barsnes H.
      • 抚养金。
      • Rameseder J.
      • Hermjakob H.
      • 玛特L.
      彩易福彩组学识别数据库:2010更新。
      )在加入号码17710-17749下。他们可以自由地获得 http://www.ebi.ac.uk/pride/init.do.

       硅蛋白分析

      通过分析12个中每一个的所有注释CD来进行分泌蛋白的预测 rosobacter 使用预测工具在此上面列出的Clade Strista:(1)SignalP 3.0服务器(www.cbs.dtu.dk/services/signalp/ )预测N-末端信号肽进行分泌(
      • Emanuelsson O.
      • 布鲁纳克斯。
      • von heijne g.
      • 尼尔森H.
      使用TABREDP,SIGNALP和相关工具定位在电池中的彩易福彩。
      ); (2)秘密2.0服务器(www.cbs.dtu.dk/services/secretomep/)用于预测非分类系统分泌的彩易福彩(
      • Bendtsen J.D.
      • Kiemer L.
      • FAUSBØLLA.
      • 布鲁纳克斯。
      细菌中的非典型彩易福彩分泌。
      ); (3)Lipop服务器(www.cbs.dtu.dk/services/lipop/)预测脂蛋白(
      • juncker a。
      • Willenbrock H.
      • von heijne g.
      • 布鲁纳克斯。
      • 尼尔森H.
      • Krogh A.
      革兰氏阴性细菌中脂蛋白信号肽的预测。
      )。在所有情况下,我们选择革兰氏阴性细菌的设置。本地爆炸分析是使用Bioedit Blast工具7.0.5版(
      • 大厅。
      Bioedit:适用于Windows 95/98 / NT的用户友好的生物序列对齐编辑器和分析程序。
      )使用默认参数。使用NCBI网站设施(Blast.ncbi.nlm.nih.gov)使用NOREDUMENT蛋白序列数据库和默认参数进行在线PSI-BLAST和蛋白域搜索。

       彩易福彩统计丰富变化

      通过光谱丰度通过光谱丰度进行彩易福彩(如前所述)(
      • 刘H.
      • Sadygov R.G.
      • yates 3rd,J.R.
      霰弹枪彩易福彩组学中相对彩易福彩丰度的随机抽样与估算模型。
      )。用Patternlab程序进行不同条件中的纳米-SMS / MS检测蛋白之间的统计学比较(
      • Carvalho P.C.
      • Fischer J.s.
      • 陈娥。
      • yates 3rd,J.R.
      • Barbosa V.C.
      彩易福彩组学的Patternlab:差动霰弹枪彩易福彩组学的工具。
      )。数据通过重复的谱计数的总数标准化,并使用附带方法进行分析 p 值低于0.01和最小折叠2。计算BH-FDR统计测试以评估每个比较的全局假发现率。

      结果

       由比较基因组学建立的Rosebacter Clade的推定泛泌泛泌物

      预测12个潜在的PAN-EX-EXOOLOTEME rosobacter 进行疏水性基因组。预计分析的12个基因组中共有14,845个彩易福彩被使用的三个预测工具中的至少一个(补充表S1)。这意味着每个分析的应变中的近30%的注释CD可能导出(表I.),通常根据分泌状态表现出函数。然而,一些列出的彩易福彩可能被预测得很糟糕(例如 几种核糖体蛋白)由于秘密算法通过统计学分泌彩易福彩的过度估计,强调需要进一步的实验证据来训练 在硅片里 预测。同样重要的是要注意,预测工具使用的翻译开始密码有时非常严重注释,从而产生重要的偏见 在Silico. analysis (
      • armengaud J.
      完美的基因组注释在彩易福彩组学和基因组学联盟范围内。
      ,
      • Baudet M.
      • ORTET P.
      • 盖尔德J.C.
      • Fernandez B.
      • GuérinP.
      • Enjalbal C.
      • Subra G.
      • de groot A.
      • Barakat M.
      • Dedieu A.
      • armengaud J.
      基于彩易福彩组学的细化 Deinococcus deserti. 基因组注释揭示了非典型翻译起始密码子的不持续使用。
      )。在每个参考基因组的预测外蛋白酶中发现的列出的彩易福彩分为主要功能类别(表I.)。超过40%的CDS被预测为分泌彩易福彩被注释为“假想彩易福彩”。这种比例大大于全基因组的比例高,其中大约30%的CDS属于该类别。这种差异显示了对细菌外壳的相对缺乏知识。
      表I.不同的理论外蛋味 rosobacter clade isolates
      预测分泌的CDS总CDS比率假设彩易福彩运输车
      a 预计被分泌的彩易福彩。
      粘附 - 动机
      a 预计被分泌的彩易福彩。
      毒素(RTX样)
      a 预计被分泌的彩易福彩。
      ,
      b 在括号中是具有RTX状特性的彩易福彩的数量。
      预测分泌的CDS总CDSABC.陷阱
      O. Batsensis. HTCC2597111426%43%33%8722138 (7)
      P. BERMUDENSIS HTCC2601163029%48%35%137363214(11)
      r. denitrifutifals. OCh114126331%42%32%115202116(13)
      O.甘蓝粒子 HTCC2516105628%42%32%11882913(10)
      O. Indolifex. HEL45123230%40%31%8324219 (6)
      R. lacuscaerulensis. ITI1157106229%30%23%4012178 (3)
      R. Literalis. OCh149136429%43%33%117211812(10)
      rosobacter MED193128828%42%33%88212016(10)
      R. Nubinhibens ISM93826%42%32%6529313 (7)
      R. Pomeroyi. DSS-3110426%35%26%107451619(14)
      D. Shibae. DFL12131431%41%28%3044208 (3)
      S. Stellata. E-37148029%43%33%124362716(13)
      a 预计被分泌的彩易福彩。
      b 在括号中是具有RTX状特性的彩易福彩的数量。

       运输,运动和粘附蛋白

      ABC.和陷阱样的运输司机代表了大部分分泌的彩易福彩。值得注意的是,具有最小运输扣的菌株是 R. lacuscaerulensis. ITI1157,唯一没有孤立的海洋环境。在大多数基因组中也发现了致力于粘附,运动或趋化性的大量彩易福彩(表I.)。属于这种功能类别的大多数彩易福彩都参与了鞭毛运动系统。编码鞭毛生物合成的基因(IE。 通常发现基体,鞭毛钩或主要鞭毛蛋白)进行分组。大多数菌株具有一个大型基因组簇,其包含10至27个基因和散射在基因组上并包含2至7个基因的一个或两个其他较小簇。这并非如此 P. BERMUDENSIS htcc2601和 O.甘蓝粒子 HTCC2516,来自10米深百慕大海水的两个分离株,分别具有两个大型簇,分别包含27-21和26-20个基因的鞭毛功能。这项一般规则的例外是 R. Nubinhibens 从加勒比地表水隔离的ISM,其仅包括三种多肽,其中鞭毛络合物中涉及并被散射到基因组上的基因编码,如前所述(
      • Speedom R.N.
      • 布邦A.
      海洋红花苜蓿的表面定植:整合基因型和表型。
      )。通过检查在注释期间错过的其他可能的基因的这种菌株的基因组的核酸序列来确认这一结果(TN-Blast,电子值< 10E-20).

       rtx样彩易福彩

      外壳的另一个重要特征 Riorobacters. 是RTX蛋白的丰富(表I.)。已知的重复基序(L / I / F)XGGXG(N / D)D(
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      )在这些多麦田蛋白中是一个显着的特征(Fig. 1)。该重复的基序与保守的Serralysin肽酶结构域有关。虽然该域通常在彩易福彩的C末端发现(
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      ),rtx彩易福彩不是这种情况 rosobacter Serralysin肽酶结构域可以位于多肽内的不同位置的思科菌株,并且可以在几份中发现。这种Serralysin肽酶结构域结合CA.2+ 并通过细胞壁具有可合理的开瓶器函数。这些彩易福彩中发现的其他域是多种多样的。其中一些彩易福彩中发现的N-末端Zn-金属蛋白酶域可能有助于其推定的致病功能(
      • FelföldiG.
      • MarokháziJ.
      • Képiróm。
      • 乙烯基I.
      天然靶蛋白的鉴定表明了抗免疫机制中的Serralysin型金属蛋白酶PRTA的功能。
      )。该特定域仅在显示的示例中示出了一次(Fig. 1)但大量发现。除了Zn-Metalloproot缺点外,我们观察到大量的粘附相关结构域,包括钙粘蛋白,整联蛋白和筋膜样域(补充表S2)。羧肽酶,侵袭或核酸酶样因子等其他结构域也可以与Serrα肽酶结构域以及没有已知的保守结构域的大氨基酸序列相关,并且没有已知的功能。重要的是要突出rTX多肽之间的极高多样性和低程度的相似性。 rosobacter 菌株。几种RTX蛋白在其序列中呈现了intein结构。 inteins是特定的肽序列,其能够在翻译后从多肽自动消除的能力,是通过肽键重新加入的侧翼突出(
      • GogArten J.P.
      • Senejani A.G.
      • Zhaxybayeva O.
      • Olendzenski L.
      • Hilario E.
      inteins:结构,功能和进化。
      )。 rtx蛋白发现在 rosobacter 湿度菌株一般大,如yp_167926(830kDa)的例子 R. Pomeroyi. DSS-3和ZP_01155761(1,132 KDA) O.甘蓝粒子 HTCC2516。此外,有趣的是注意所有鉴定的RTX蛋白介绍了由秘密22.0预测的非生物分泌系统。通常在RTX外蛋白中看到的常见I型分泌出口系统(
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      )由于不需要N-末端信号肽,这些非生物分泌系统中是非必需的。
      图缩略图GR1.
      Fig. 1代表性rtx多肽的多畴结构来自12 rosobacter clade isolates. 框代表PSI-BLAST分析后CDD算法(NCBI)预测的结构域。在本研究中分析的12个细菌中检测到的每种RTX-毒素的实例。只有典型的Serralysin肽酶结构域的待机RTX多肽虽然经常发现。原理图结构上的数字代表氨基酸长度。表明每个彩易福彩的NCBI参考文献以及相应的细菌菌株。

       在海洋肉汤中生长的11个Roseobacter菌株的比较彩易福彩组学

      是否被列出的预测彩易福彩被罗马根分泌,在这种情况下进一步研究了条件。我们分析了11种不同的外产品 rosobacter 如前所述,如前所述的思克菌株 R. Pomeroyi. DSS-3 (
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      )。分泌彩易福彩的模式在菌株中具有强烈差异(Fig. 2A)。在任何情况下,没有菌株呈现彩易福彩,因为在外壳中发现的paxa R. Pomeroyi. DSS-3 (Fig. 2,第一条车道 B)。如前所述,Paxa代表了总外总量的50%(
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      )。我们鉴定了11个中出现的最丰富的彩易福彩蛋白 rosobacter 霰弹枪彩易福彩组学LC-MS / MS接近疏浚菌株并通过光谱计数估计它们的相对量。我们平均验证了每种外产组98种不同的彩易福彩(补充表S3),平均序列覆盖率为23%。从所示的SDS-Page中预期 Fig. 2,获得最多不同的彩易福彩清单 O.甘蓝粒子 HTCC2516(251个彩易福彩),而发现较少的不同 R. Nubinhibens ISM(24个彩易福彩)。我们首先将我们的实验清单与之前建立的出口彩易福彩的理论列表进行了比较。在大多数情况下,我们发现外蛋白酶样品中的有限数量的预测细胞溶剂蛋白。但是,对于三种菌株(即 O.甘蓝粒子 htcc2516, R. lacuscaerulensis. ITI1157,和 rosobacter sp。 Med193),较数较高数量的预测的细胞溶质蛋白被其外产品SDS-PAGE模式(Fig. 2A)。由于所有菌株采取相同的预防措施,并且计算出的最大倍增时间表明由于所用培养基(Fig. 3),我们假设这些菌株简单地比我们的实验设置中的其他菌株更容易裂开。最后,考虑到以下比较彩易福彩组学分析仅考虑预测和实验检测的多肽。
      图缩略图GR2.
      Fig. 2SDS-PAGE分析从中获得的外蛋白酶 rosobacter clade strains. 通过在10%SDS-PAGE凝胶上长期迁移来解决外彩易福彩,并用简单的安全性(Invitrogen)染色。从第一通道中加载的Invitrogen的SeeBlue Plus2标记用于分子量测定。 A,显示出11的外产多量 rosobacter 在MB生长的思想菌株直至中期阶段。 B,显示出脱蛋白 R. Pomeroyi. DSS-3细胞在每个车道顶部所示的不同条件下生长。包含paxa的频带用箭头表示。
      图缩略图GR3.
      Fig. 3MS / MS检测到不同的多肽的相对丰度 rosobacter 在功能类别方面的疏口外蛋白。 不同类别的百分比由堆叠的杆绘制。通过相应分子量标准化的不同多肽的相对数量,分别标记为每个菌株CDS,SC和NSAF。指出了细菌分离的初始取样的位置和来源(见 www.roseobase.org. 有关其他详细信息)。使用的缩写是:med。地中海的海,Dinofl。对于Dinoflagellate,10M用于10米深海水完成的分离。本研究中的海洋肉汤中建立的最大倍增时间(D.T.)表示单位。分配给每个营养策略 rosobacter CLADE分离物由A,B,C和D表示,D分别具有大量生产的营养转运蛋白,迁移率彩易福彩,粘附性彩易福彩和毒素分泌。

       运输彩易福彩

      Fig. 3 显示每个功能类别的MS / MS鉴定蛋白的比率。在大多数情况下,运输系统的细胞外组分是在外蛋白酶样品中检测到的最丰富的多肽。在Milieu中也检测到整体膜蛋白。虽然检测到的传输蛋白的多样性在所有情况下都有很高(来自总检测到的多肽的19% R. Literalis. OCH149至60% S. Stellata. E-37),我们观察到它们的积累在数量方面不同。例如,诸如ABC或捕集器相关多肽的散流和转运蛋白系统代表了在外蛋白酶中检测到的总MS / MS光谱的〜70% R. lacuscaerulensis. ITI1157, rosobacter sp。 Med193和 S. Stellata. e-37,而只有~10% O. Batsensis. htcc2597和 R. Literalis. OCH149。分泌更高丰富的运输系统的营养策略可以假设富含营养环境中的优势,所以通过三个前任菌株的快速生长值(Fig. 3)。但是,这并非如此 O. Indoliflex. HEL45.

       粘附和运动彩易福彩

      粘附和运动蛋白属于大多数Roseobacters的外味剂中发现的丰富彩易福彩级分。虽然这些彩易福彩通常锚定到细菌膜上,但它们在Milieu的存在可以通过脆弱性解释。当通过过滤或离心除去培养或除去细胞时,它们可以太容易分成小块并有助于外蛋白酶。值得注意的是,鞭毛蛋白和鞭毛系统蛋白 O. Indolifex. HEL45, O. Batsensis. HTCC2597,且 P. BERMUDENSIS 如所示,在光谱计数方面,HTCC2601 exokoteomes大量检测到 补充表S3 分别为42,27和22%的总MS / MS光谱。专用于粘合功能的不同多肽的数量通常低于可用于运动的那些,尽管它们在光谱计数方面也高度存在,因此非常丰富。 O. Batsensis. htcc2597和 D. Shibae. DFL12显示出用于粘附功能的MS / MS检测的高比率(分别为36%),主要是因为存在的钙粘蛋白样蛋白ZP_00998260和YP_001534926,其分别表示22和28%的总MS / MS光谱在每个菌株中。钙粘蛋白样蛋白似乎以血凝素,晶素,晶素,晶状体或沉淀物等纤维纤维纤维纤维纤维纤维纤维纤维纤维蛋白普遍存在。有趣的是,我们指出 R. lacuscaerulensis. ITI1157, rosobacter sp。 Med193,和 S. Stellata. E-37一只手同样的转运蛋白之间的反形络,另一方面的粘附和运动彩易福彩(Fig. 3)。

       毒素样蛋白

      除了除去的所有外彩易福彩中,发现彩易福彩用推定的毒素样功能发现 R. lacuscaerulensis. ITI1157和 rosobacter sp。 Med193,但他们的全球丰度高度发散。如上所述,序列的多样性可以指示功能或细胞靶的升高。这些彩易福彩通常表示MS / MS检测到的肽的大比率,其范围为6%至45% S. Stellata. E-37和 r. denitrifutifals. och114分别(补充表S3)。值得注意的是,两个菌株,即 R. lacuscaerulensis. ITI1157和 rosobacter SP Med193为这些多肽提供了较大的光谱计数,0.2和1.3%。好奇地,在这两个菌株中验证的三种毒素样蛋白中,两个呈现了侵袭相关的基因座B(IALB)结构域,即ZP_05786225和ZP_01056836(
      • 科尔曼S.A.
      • minnick m.f.
      为此建立直接作用 Bartonella bacilliformis. 在人红细胞寄生中侵袭相关的基因座B(Ialb)蛋白。
      )和第三个,ZP_01058515显示出与血溶素的引燃彩易福彩的相似之处。尽管如此,我们验证了任何三个序列中的任何一种RTX基序或Serrα肽酶结构域。在其他九个 rosobacter 湿度菌株,我们只发现了九个Ialb-类似的彩易福彩(非RTX),而检测到所有其他45种毒素状彩易福彩呈现RTX特性。使用大量光谱计数检测其中一些这些RTX蛋白, 例如 ZP_01441112的 P. BERMUDENSIS HTCC2601,ZP_02155013 O. Indolifex. hel45,或zp_00959815 R. Nubinhibens ISM分别为24,24和34%。检测到的rtx毒素以及一些粘附彩易福彩呈现出非常大的分子量。它们与彩易福彩组学实验数据的突出组验证有价值(
      • armengaud J.
      完美的基因组注释在彩易福彩组学和基因组学联盟范围内。
      )。检测到ZP_01441112多肽 P. BERMUDENSIS HTCC2601. Exoproteome表示为该分数检测到的MS / MS光谱的24%。将这种异常大的彩易福彩(1026kDa)从残留物672覆盖至残留物9989,其中45种不同的肽,其仅覆盖了7%的多肽序列。这些彩易福彩组学证据表明了整个彩易福彩表达。然而,从残留物1908-残基4272的区域根本没有覆盖,并且可能是大的内氨肽去除的结果。另一个大彩易福彩(1307kDa),即ZP_00999898来自 O. Batsensis. HTCC2597,沿着从残留物178到残留物11715的整个序列覆盖(12%),具有77个不同的肽(补充表S3)。
      不同彩易福彩类别的丰富揭示了每种菌株使用的合理营养策略,以便吸收营养成分或与社区在其环境中竞争。根据彩易福彩组学数据建立了四种策略:运输司机的产生用于摄取营养素,鞭毛结构的合成变成Milieu,分泌粘附蛋白,形成合理的共生或转化为无牙齿的生命模式,以及毒素的出口为了避免社区竞争( Fig. 3)。当一个类别表示超过40%的频谱计数时,定义了分类阈值。较低的百分比被接受为主要类别(IE。 35% R. Nubinhibens ism和 D. Shibae. DFL12)仅当其他类别的代表得多很多。在其他情况下,考虑了检测到的两个最高彩易福彩基团的组合。

       不同培养条件下R.Pomeroyi DSS-3外蛋白酶的比较彩易福彩组学

      测定五种不同的培养条件(Fig. 2B)为了确定细胞生理学如何影响a的外产品 rosobacter 思工代表, 例如R. Pomeroyi. 根据上面的类别,DSS-3,如果这对其营养性明显有影响。通过我们无标签的半定量彩易福彩组学方法(编制数据),通过纳米-SMS / MS分析清楚地建立了这些变化。 补充表S4)。我们评估了不同培养介质的应激性质是否可以与预测的细胞源蛋白在光谱计数方面直接相关。如图所示 表二,该比率从2%增加(营养彩易福彩培养基或补充有琥珀酸的高压灭菌的海水)和19%(MB指数阶段),直至33%(用LB和MB混合1:1的非优质肉汤),36% (MB固定相条件)。有趣的是, R. Pomeroyi. DSS-3在富肉汤中生长时,将一个更高的细胞溶质泄漏进入Milieu(从MB中的生长曲线计算时倍数~2小时),而不是在较差的介质中生长,倍增较慢的时间(~4 H补充琥珀酸盐的MMM的生长曲线时H.因此,生长的细胞出现在诸如模仿其自然环境的条件下培养的细胞的弹性较少,因为由于饥饿而被释放的细胞泄漏。
      表二来自外壳中发现的彩易福彩的比例 R. Pomeroyi. under different culture conditions
      文化条件细胞溶蛋白运输
      a 基于MS / MS光谱计数的比率。
      运动/粘附
      a 基于MS / MS光谱计数的比率。
      毒性样子
      a 基于MS / MS光谱计数的比率。
      ,
      b 在括号中是rtx样蛋白paxa的百分比。
      其他
      a 基于MS / MS光谱计数的比率。
      MB. 指数阶段19%13.6%0.2%82.1%(67.2)4.1%
      MB. 固定阶段36%24.8%4.6%53.3%(45.4)17.3%
      MB. :LB指数阶段33%13.4%1.1%79.2%(64.9)6.3%
      嗯琥珀酸章2%8.2%0.5%90.7%(82.6)0.6%
      高压灭菌的SW琥珀酸骨2%10.1%0%88.8%(80.7)1.1%
      a 基于MS / MS光谱计数的比率。
      b 在括号中是rtx样蛋白paxa的百分比。
      我们发现所有条件下的毒素样蛋白的比例高(表二)。这一比率的主要贡献者是Paxa,如清楚地证明 Fig. 2B。在富肉汤(MB和MB:LB)中制备的指数生长细胞的外泌蛋白酶在丰度方面表现出类似的类别比率。对于进入固定阶段的细胞,我们观察到毒素样蛋白的比例显着降低。这与具有与固定相适应有关的推定功能的转运蛋白,运动蛋白和其他彩易福彩的较高存在直接相关。我们发现,检测到最高的相对毒素生产(频谱计数的约90%) R. Pomeroyi. DSS-3在贫困培养基中生长, IE。 嗯或高压灭菌的海水补充琥珀酸盐。我们还注意到,只有RTX样毒素才有助于毒素的毒素部分 R. Pomeroyi. DSS-3. Fig. 4 显示基因组上下文和其他rose表中发现的彩易福彩中的其他Rose表中的保护程度 R. Pomeroyi. DSS-3基因组。在我们的实验中,在MS / MS中检测到这些蛋白中中的六种。我们发现所有六种在不同培养条件之间的变化相对较小,导致相似的排名。除了优势paxa蛋白(YP_165496)旁边,YP_165625和YP_168868的数量很大,而另外三个仅用于低比率。在 Fig. 4,每个RTX毒素的相似性 R. Pomeroyi. DSS-3呈现最接近的 rosobacter 在爆炸电子值方面显示了CLADE对应物。在大多数情况下,相似性低,因为同源区域仅限于Serralysin肽酶结构域中的特征性GGXGXD重复动机, 例如 paxa蛋白。如所示 Fig. 1,邻居域具有很少或没有相似性,导致毒素的大异质性编码 rosobacter 思工。尽管如此,RTX毒素的一半被编码 R. Pomeroyi. DSS-3基因组在某种程度上保守了 rosobacter 这里考虑的思路分离物(例如 YP_168868),或者至少在受限制的菌株中(例如 YP_167926)。实验上,我们只检测到两种yp_168868同源物 rosobacter Clade ExotoMes: O. Batsensis. htcc2597和 P. BERMUDENSIS htcc2601。在基因组中侧翼rtx编码区的基因的多样性 R. Pomeroyi. DSS-3揭示了一个非经常性的结构组织(Fig. 4)。这与这种彩易福彩所陈述的不同(
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      ),发现含有编码用于毒素出口或翻译后修饰的辅助蛋白的基因的保守簇。在这种情况下,只有三种RTX基因在密切邻域编码了合理的转运蛋白基因(Fig. 4)。虽然未推广,还观察到虽然未化,但也观察到编码参与彩易福彩改性的酶的可粘性转录调节剂或基因。有趣的是,编码转发函数的基因在彩易福彩组学调查中被检测到的两个RTX基因附近进行了两种RTX基因,其中是其中的两个(YP_168868和YP_167620)。这可能表明这些彩易福彩的水平转移采集。此类收购是重要的,因为产品丰富。
      图缩略图GR4.
      Fig. 4保护程度 Riorobacters. 14的RTX蛋白来自 R. Pomeroyi. 及其基因组背景。 在本研究中由MS / MS检测到的多肽以红色表示。它们在MS / MS光谱计数建立的外彩易福彩中的相对丰度被指示为五种培养条件。 EXP,STA,LB,MM和SW代表MB指数阶段,MB固定相,1:1混合MB和LB肉汤,MMM培养基和含有琥珀酸盐的高压灭菌的海水。为每个最佳BLAST匹配计算的对数电子值 rosobacter 菌株(或在案例中的第二个最好) R. Pomeroyi.表示,显示出这些彩易福彩的保护 Riorobacters.。最高值以粗体突出显示。包含的5-kBp基因组区域 R. Pomeroyi. 代表rtx-彩易福彩。 RTX样蛋白中的数量是KBP中的切口序列的长度,用于表示大基因的表现。编码基因组链表示如下:Crick Strand(+)和Watson链( - )。颜色表示由邻近基因编码的多肽功能类别。

       R. Pomeroyi. DSS-3 Exoproteome in Conditions Mimicking Natural Seawater

      外蛋白酶由 R. Pomeroyi. 分析DSS-3在模仿的自然条件下,以确定由天然群落(天然土着微生物群落的存在和不存在)或水采样区域(港口和开放海水)对该细菌的分泌彩易福彩引起的影响(编译的MS / MS数据 补充表S5)。空白样品(海水没有 R. Pomeroyi. DSS-3接种物)在时,没有错误的阳性鉴定 R. Pomeroyi. 使用DSS-3序列数据库。显然,海水中的孵化提供了压力 R. Pomeroyi. DSS-3近50%来自外蛋白酶的检测到的肽属于细胞溶胶蛋白。在所有自然条件下都观察到这种比例,独立于海水来源或自然社区的存在。在这些条件下,我们还发现升高的运输术(披风海水中咖啡~50%的〜50%)和运动相关彩易福彩(普氏咖啡〜6%,在滨海海水中的〜6%)。这些比率高于在实验室固定相条件下观察到的比率(表二)。尽管未测量营养水平,但由于海水样本中看到的典型的寡噬细胞,这将达到营养状况差。同样,在MS / MS检测到的最丰富的彩易福彩中,仍然存在rtx毒素,尽管在自然社区存在下的码头样本中的全局丰度比率远下降得多,但在所有条件下10-17%)。在实验室条件下大量检测到paxa(yp_165496)在这些样品中的丰富程度下降得多(〜3%)。这种差异可以与细胞的生理状态和可用的能源直接相关。 yp_165625多肽的检测到比先前的测试(1-3%)。另一方面,在没有微生物群落的情况下,830-KDA YP_167926多肽增加了滨海海水中总光谱计数的相对丰富。令人惊讶的是,除了当存在码头群落时,在所有条件下都会在所有条件下大量检测到这三种RTX蛋白。此外,可以将没有MS / MS光谱分配给来自的14个rTx样蛋白中的任何一种 R. Pomeroyi. 在这种情况下(滨海海水与天然社区, 补充表S5)。 补充表S6 显示统计分析,以确定彩易福彩变异,因为第一手自然微生物群落以及对方的海水采样区域。介绍了不同条件之间的RTX毒素的基于光谱计数的折叠和统计学意义 表III。码头中存在的微生物群落似乎对这些彩易福彩的消耗产生了很强的影响。这些彩易福彩与微生物群落的成员的直接相互作用和进一步的样品过滤除去水的细胞含量可以解释这种耗竭。或者,这些样品中存在丰富的微生物群落的存在可以抑制这种彩易福彩的合成 R. Pomeroyi. DSS-3或加速他们的降解。另一方面,来自开放海水的海角社区,可能在较少的数字上,对这些毒素的丰富显示不产生影响。此外,在没有自然社区的玛丽娜海水中孵育时, R. Pomeroyi. DSS-3与开放式海水条件(2-3×)相比,略微增加了这些彩易福彩的分泌(2-3× 表III)。是否略有增加是由于港口中发现的更高的营养浓度或来自社区的任何释放的材料是一个开放的问题。有趣的是,分泌的微囊虫依赖性彩易福彩(YP_165745) R. Pomeroyi. DSS-3具有致病性或植物微生物相互作用的推定功能也表现出不同的检测模式。如图所示 补充表S6,它在码头系统中的检测显着增加(5倍, p value <0.01)当社区存在并且高得多(11×, p value <0.01)与开普群岛海水样本相比。
      表III在测试的不同天然条件下rtx样蛋白存在的统计比较。正折叠表示在第一与第二条件相比上的较高检测,而负折叠表示较低的检测。在括号中是统计数据 p 使用PatternLab算法的AC统计方法获得的值范围。 “≈"”表示-2和2之间的折叠,差异低统计学意义(P值> 0.05)
      社区影响力抽样区域影响
      开普非 vs. Com.码头非 vs. Com.没有社区开普佩 vs. Marina社区开普 vs. Marina
      YP_165496.11×(<0.01)9×(<0.01)
      YP_16562513×(<0.01)-3×(<0.01)7×(<0.02)
      YP_167926.46×(<0.01)-2×(<0.01)27×(<0.01)

      讨论

      在分子水平下讨论了海洋细菌的营养策略,分析了跨营养或寡营生物的许多基因组(
      • Lauro F.M.
      • McDougald D.
      • 托马斯T.
      • 威廉姆斯T.J.
      • egan s.
      • 米饭S.
      • 黛姆M.Z.
      • L.
      • ertan H.
      • 约翰逊J.
      • Ferriera S.
      • Lapidus A.
      • 安德森I.
      • kyrpides n。
      • MUNK A.C.
      • 遏制C.
      • 汉C.S.
      • 棕色M.V.
      • robb f.t.
      • Kjelleberg S.
      • Cavicchioli R.
      海洋细菌营养策略的基因组基础。
      )。还讨论了通用内的微生物的生态生活方式 rosobacter clade (
      • 牛顿r.j.
      • 格里芬L.E.
      • 鲍龙西
      • 梅塞尔C.
      • Gifford S.
      • givens c.e.
      • 霍华德·哈马德
      • e国王。
      • Oakley C.A.
      • 瑞萨C.R.
      • RINTA-KANTO J.M.
      • Sharma S.
      • 太阳S.
      • varaljay五。
      • Vila-Costa M.
      • Westrich J.R.
      • 莫兰米。
      总体海洋细菌谱系的基因组特征。
      )。然而,目前尚未根据实验彩易福彩组数据讨论这些策略。细菌外壳的分析能够揭示细胞分泌的彩易福彩以与其环境和生物群落相互作用。在本研究中,我们已经表明了由生物体分泌的外彩易福彩如何能够清楚地描绘细胞的生理状态,而且,它们用于面对环境条件的变化的营养策略。使用比较基因组学,我们列出了大海的理论武器 rosobacter Clade Strins可能用来生活在他们的环境中。我们的彩易福彩组学实验结果对生物体的生态学进行了更精确的观点,因为我们指出,来自这一阿森纳的彩易福彩可能更为重要。还可以目录和量化彩易福彩组动力学细胞已开发出来,以适应其环境的变化,因为我们通过孵育而显示 R. Pomeroyi. DSS-3在不同的天然海水条件下。基于我们的比较彩易福彩组学分析(Fig. 3),我们可以定义最多四种营养战略,然后是成员 rosobacter CLADE:(1)综合大量运输扣,以便采用Milieu中存在的营养素, 例如S. Stellata. E-37; (2)采用移动模式以寻找营养素或更具足够的环境利基, 例如O. Batsensis. htcc2597; (3)出口粘合性彩易福彩作为有利于Symbiases或表面定植的机制, 例如D. Shibae. DFL12;和/或(4)分泌毒素状的化合物以利用社区的其他成员, 例如R. Pomeroyi. DSS-3。我们注意到基因组数据和彩易福彩组学证据并未系统地相关。举个例子, R. lacuscaerulensis. ITI1157展示了各种各样的基因,编码其基因组中的转运蛋白,导致这些运输司机可能对其对环境的适应性不重要。然而,这种细菌在很大程度上从其小型转运蛋白中获利,因为在我们的测定中在其外彩易福彩中大量检测到转运蛋白,这在其外彩易福彩中几乎独家物品。通过对细菌采样起源的脱脂蛋白酶检测的给定微生物的可粘性生活方式。例如, R. Literalis. OCH149和 D. Shibae. DFL12分别从海藻和丁络石素分离。两种微生物均显示出粘附外彩易福彩的丰富分泌,其可参与有利于可能的SymbiaSe。
      虽然是海洋 rosobacter 谱系已经证明了强大的思工,小组内的系统发育尚未明确解决(
      • Brinkhoff T.
      • Giebel H.A.
      • 西蒙米
      多样性,生态和基因组学 rosobacter 思工:简短的概述。
      )。牛顿和同事从他们的基因组分析中得出结论,即生态生活方式,而不是文学发生,可能是崩溃的适当方法 rosobacter 成员进入较少的群体,通过这种方式,预测其基因组内容(
      • 牛顿r.j.
      • 格里芬L.E.
      • 鲍龙西
      • 梅塞尔C.
      • Gifford S.
      • givens c.e.
      • 霍华德·哈马德
      • e国王。
      • Oakley C.A.
      • 瑞萨C.R.
      • RINTA-KANTO J.M.
      • Sharma S.
      • 太阳S.
      • varaljay五。
      • Vila-Costa M.
      • Westrich J.R.
      • 莫兰米。
      总体海洋细菌谱系的基因组特征。
      )。基于我们的彩易福彩组学数据,我们证实了系统发生不一定决定了一组密切相关菌株使用的生态策略。 R. Pomeroyi. DSS-3和 R. lacuscaerulensis. ITI1157,都属于属 Ruegeria.,显示出完全不同的外蛋白分泌策略。虽然 R. Pomeroyi. DSS-3分泌大量毒素相关彩易福彩, R. lacuscaerulensis. ITI1157将其分泌到与运输相关的多肽。玫瑰条纹的形态可能是由他们所成的生态利基而增强,并且这种赋予细菌生活方式的清晰度。
      除了营养策略之外,外壳还可以对细胞的生理状态提出暗示。不良培养条件衍生于细胞裂解水平增加。因此,可以检测到细胞溶质溢出到Milieu。这是如此 R. Pomeroyi. 在静止相中的DSS-3细胞或在非优质肉汤条件下生长。在这种情况下,在外蛋白酶中鉴定出超过30%的细胞溶质多肽(表二)。在模拟的自然条件下还注意到这种细胞溶质溢出 R. Pomeroyi. 在富含培养基中生长的DSS-3细胞在海水中孵育,营养素差。在这种情况下,触发触发激烈的自适应细胞变化的条件的修饰导致含有〜50%的细胞溶质多肽的外产品。我们还表明,在富含培养基中生长的细胞,因此具有快速生长的细胞经受比在贫困介质中生长的细胞更高的细胞溶质泄漏(19% 相对 2%)。这也观察到 R. lacuscaerulensis. ITI1157,其在其外壳中显示出升高的细胞溶质含量,而该菌株在MB培养基中表现出最快的倍增时间之一。外产品 R. Pomeroyi. DSS-3显示对固定相的适应,增加了清楚地检测到的运输和运动性多肽的相对丰富。这些变型表明,在这些条件下,通过在Milieu中搜索剩余的营养物来调整细胞。
      一些 rosobacter 湿度菌株能够分泌抗微生物化合物, IE。 TDA (
      • Geng H.
      • 布鲁恩J.B.
      • Nielsen K.F.
      • Belas R.
      海洋红花苜蓿对探矿酸生物合成的遗传解剖。
      )或tryptanthrin(
      • Wagner-Dobler I.
      • Rheims H.
      • Felske A.
      • El-Ghezal A.
      • 刹车 - 施罗德D.
      • Laatsch H.
      • 郎科学
      • Pukall R.
      • Tindall B.J.
      Oceanibulbus Indolifex Gen。 11月。,sp。 11月。,北海alphaptobrotebacterium,产生生物活性代谢物。
      )。它们的基因组分析还揭示了IV型毒力因子的存在,这些因素在思工中广泛传播(
      • 佩尔森o.p.
      • Pinhassi J.
      • Riemann L.
      • Marklund B.I.
      • rhen m.
      • 诺克斯S.
      • GonzálezJ.M.
      • HagströmA.
      海洋细菌中高丰富的毒力基因同源物。
      )。这些因素被认为是授予的 rosobacter Clade菌株针对其他原核生物的抑制能力,预防藻类绽放或将它们转化为侵略性的殖民者(
      • Melchiorsen J.
      • 布鲁恩J.B.
      海洋表面水域全球采样和海洋生物的表面拭子中收集的海洋培养细菌的抗菌活性。
      ,
      • Rao D.
      • 韦伯J.S.
      • Kjelleberg S.
      微生物殖民和海洋藻类的竞争 Ulva Australis..
      ,
      • Mayali X.
      • 弗兰克斯P.J.
      • Azam F.
      海洋rosebacter思科植物植物细菌的培养和生态系统作用。
      ,
      • seyedsayamdost m.r.
      • Kolter R.
      • 克拉迪J.
      Rosebacticides:藻类细菌共生的小分子调节剂。
      ,
      • seyedsayamdost m.r.
      • 案例R.J.
      • Kolter R.
      • 克拉迪J.
      Jekyll-and-Hyde嗜碱性的Gallaeciensis。
      )。我们是第一个描述 R. Pomeroyi. DSS-3作为一个重要的rtx-toxin secretor(
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      )。我们假设这些彩易福彩通过细菌细胞溶胶彩易福彩组中的极低检测迅速分泌(
      • Christie-Oleza J.A.
      • armengaud J.
      通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
      ,
      • Christie-Oleza J.A.
      • Fernandez B.
      • nogales b.
      • 博世R.
      • armengaud J.
      彩易福彩组学洞察环境相关海洋细菌的生活方式。
      )。如这里所示的数据所见,这种RTX-毒素的分泌似乎在整个疏入物中似乎是一个共同的特征。由I型分泌系统分泌的这些多肽包括重复的保守用于结合CA的动机2+ (
      • Linhartovái.
      • Bumba L.
      • MašinJ.
      • 巴斯勒M.
      • osičkar.
      • KamanováJ.
      • Prochazkovčk.
      • Adkins I.
      • Hejnová-holubováJ.
      • SadilkováL.
      • 摩洛哥j.
      • SEBO P.
      RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
      )。编码的RTX基因在 rosobacter CLADE菌株包括Serralysin肽酶样域中的可变数量的这种重复动机。这些多肽中伴随的保守结构域在性质,尺寸和结构方面是高度多样的。然而,Zn-金属蛋白酶或大多样性的粘附域似乎是最主要的(Fig. 1)。这可以定义这些毒素的特异性,从而定义社区不同成员的生态特征。这些rtx-毒素的作用机制仍然很大程度上是未知的并且绝对值得进一步调查。在模仿天然海水条件的条件下,我们观察到几乎完全耗尽了通常分泌的所有RTX毒素 R. Pomeroyi. 只有当前码头社区(表III)。现在需要进一步的实验来建立这种耗竭是因为分泌抑制或与靶细胞的毒素相互作用,因此从外蛋白酶组分中除去。随着我们发现所有其他外蛋白酶组分的正常比例,RTX降解可能对该耗竭可能不负责任 R. Pomeroyi. DSS-3.
      如引言所示,环境外彩易福彩主要是未知的,尽管它们代表了对海洋微生物如何在其自然环境中互动或竞争中的洞察力洞察的关键参数。本研究是对船舶外壳的最大报告分析,其中包括12的数据 rosobacter 思工代表。我们的霰弹枪彩易福彩组学方法允许对实际使用的工具箱进行广泛描述 rosobacter 思工分离物。这些方法可能会促进新的调查,以了解海洋系统和社区互动的整体复杂性。从这些彩易福彩组学数据中突出了不同的思考成员中的rTX多肽的常见分泌来定义不同的生态营养策略。这些毒素如何函数,无论是如何代表Roseobacter适应他们的海洋环境的优势,在这种情况下,现在是要回答的重要问题。

      致谢

      我们还感谢C Bruley(Cea-Grenoble)为Irma Parser,Jean-CharlesGaillard和Olivier Pible(两者兼从Cea-Marcoule)提供有关数据处理的帮助。

      补充材料

      参考

        • Strom S.L.
        海洋生物地球化学的微生物生态学:社区视角。
        科学。 2008; 320: 1043-1045
        • Bouvy M.
        • Bettarel Y.
        • Bouvier C.
        • Domaizon I.
        • 雅克S.
        • Le Floc'h E.
        • Montaniéh。
        • 大部分吉尔B.
        • SIME-NGANDO T.
        • TorrétonJ.P.
        • Vidussi F.
        • Bouvier T.
        在各种营养条件下病毒,细菌和纳米螺旋蛋白之间的营养性相互作用和模拟气候变化。
        环境。微生物。 2011; 13: 1842-1857
        • Geng H.
        • Belas R.
        藻杆菌 - 浮游生物学中的分子机制。
        Curr。拍摄。 Biotechnol。 2010; 21: 332-338
        • Mayali X.
        • Azam F.
        海洋中的杀虫细菌及其对藻类盛开的影响。
        J. Eukaryot。微生物。 2004; 51: 139-144
        • Azam F.
        • Malfatti F.
        海洋生态系统的微生物结构。
        NAT。 rev. microbiol。 2007; 5: 782-791
        • 德隆e.f.
        从基因组到生物群的微生物海洋。
        自然。 2009; 459: 200-206
        • 干草M.E.
        海洋化学生态学:化学信号和线索结构海洋人口,社区和生态系统。
        安。修改3月SCI。 2009; 1: 193-212
        • Bhatnagar I.
        • 金S.K.
        卓越的卓越本质:海洋微生物生物活性化合物。
        3月份药物。 2010; 8: 2673-2701
        • Desvaux M.
        • hébraudm.
        • 爪子R.
        • 亨德森I.R.
        细菌蛋白的分泌物和亚细胞定位:语义意识问题。
        趋势微生物。 2009; 17: 139-145
        • Saier Jr.,M.H.
        彩易福彩分泌和膜插入系统在革兰氏阴性细菌中。
        J. MEMBR。 BIOL。 2006; 214: 75-90
        • Clair G.
        • 鲁西斯。
        • armengaud J.
        • duport c.
        扩展已知的毒力因子的剧本 芽孢杆菌 通过三种氧化还原条件的早期综合分析。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2010; 9: 1486-1498
        • ZieBandt A.K.
        • KUSCH H.
        • DEGNER M.
        • Jaglitz S.
        • SIBBALD M.J.
        • arends J.P.
        • chlebowicz m.a.
        • Albrecht D.
        • Pantucek R.
        • Doskar J.
        • Ziebuhr W.
        • Bröker下午
        • Hecker M.
        • van dijl J.M.
        • Engelmann S.
        彩易福彩组学揭示了极端的异质性 金黄色葡萄球菌 由于基因组可塑性和变体基因调节,外蛋白酶组。
        彩易福彩组学。 2010; 10: 1634-1644
        • Christie-Oleza J.A.
        • armengaud J.
        通过霰弹枪液相色谱 - 串联质谱法深度分析海洋细菌的外蛋白酶:The Ruegeria. Pomeroyi. DSS-3 case-study.
        3月份药物。 2010; 8: 2223-2239
        • 埃文斯F.F.
        • raftery m.j.
        • egan s.
        • Kjelleberg S.
        分析海洋细菌的秘密 pseudoalteromonas tunicata. 使用胺特定的等离标记(ITRAQ)。
        J.彩易福彩组。 2007; 6: 967-975
        • Brinkhoff T.
        • Giebel H.A.
        • 西蒙米
        多样性,生态和基因组学 rosobacter 思工:简短的概述。
        拱。微生物。 2008; 189: 531-539
        • Wagner-döblerI.
        • Biebl H.
        海洋环境生物学 rosobacter lineage.
        安努。 rev. microbiol。 2006; 60: 255-280
        • Geng H.
        • 布鲁恩J.B.
        • Nielsen K.F.
        • Belas R.
        海洋红花苜蓿对探矿酸生物合成的遗传解剖。
        苹果。环境。微生物。 2008; 74: 1535-1545
        • Wagner-Dobler I.
        • Rheims H.
        • Felske A.
        • El-Ghezal A.
        • 刹车 - 施罗德D.
        • Laatsch H.
        • 郎科学
        • Pukall R.
        • Tindall B.J.
        Oceanibulbus Indolifex Gen。 11月。,sp。 11月。,北海alphaptobrotebacterium,产生生物活性代谢物。
        int。 J. SYTS。 evol。微生物。 2004; 54: 1177-1184
        • 布鲁恩J.B.
        • Belas R.
        生产抗菌化合物和生物膜形成 rosobacter 物种受培养条件的影响。
        苹果。环境。微生物。 2007; 73: 442-450
        • Melchiorsen J.
        • 布鲁恩J.B.
        海洋表面水域全球采样和海洋生物的表面拭子中收集的海洋培养细菌的抗菌活性。
        Mar.Biotechnol。 2010; 12: 439-451
        • Rao D.
        • 韦伯J.S.
        • Kjelleberg S.
        微生物殖民和海洋藻类的竞争 Ulva Australis..
        苹果。环境。微生物。 2006; 72: 5547-5555
        • 济鸿
        • yim J.H.
        • lee c.
        • 崔S.H.
        • 公园Y.K.
        • yoon s.h.
        • 围绕c.g.
        • 康H.Y.
        • 金D.
        • 李H.H.
        • 公园K.H.
        • 公园S.H.
        • 公园H.S.
        • 李H.K.
        • 哦,kk.
        • kim j.f.
        基因组蓝图 Hahella Chejuensis.,生产鸟类鸟类的海洋微生物。
        核酸RES。 2005; 33: 7066-7073
        • Mayali X.
        • 弗兰克斯P.J.
        • Azam F.
        海洋rosebacter思科植物植物细菌的培养和生态系统作用。
        苹果。环境。微生物。 2008; 74: 2595-2603
        • seyedsayamdost m.r.
        • Kolter R.
        • 克拉迪J.
        Rosebacticides:藻类细菌共生的小分子调节剂。
        J.IM。化学。 SOC。 2011; 133: 18343-18349
        • seyedsayamdost m.r.
        • 案例R.J.
        • Kolter R.
        • 克拉迪J.
        Jekyll-and-Hyde嗜碱性的Gallaeciensis。
        NAT。化学。 2011; 3: 331-335
        • 佩尔森o.p.
        • Pinhassi J.
        • Riemann L.
        • Marklund B.I.
        • rhen m.
        • 诺克斯S.
        • GonzálezJ.M.
        • HagströmA.
        海洋细菌中高丰富的毒力基因同源物。
        环境。微生物。 2009; 11: 1348-1357
        • 莫兰米。
        • Belas R.
        • Schell M.A.
        • GonzálezJ.M.
        • 太阳F.
        • 太阳S.
        • 粘合剂B.J.
        • edmonds J.
        • 你w。
        • Orcutt B.
        • 霍华德·哈马德
        • 梅塞尔C.
        • 普法斯基W.
        • 韦斯曼A.
        • 任Q.
        • Paulsen I.
        • Ulrich L.E.
        • Thompson L.S.
        • 桑德斯E.
        • 布邦A.
        海洋海洋生态基因组学 Riorobacters..
        苹果。环境。微生物。 2007; 73: 4559-4569
        • Linhartovái.
        • Bumba L.
        • MašinJ.
        • 巴斯勒M.
        • osičkar.
        • KamanováJ.
        • Prochazkovčk.
        • Adkins I.
        • Hejnová-holubováJ.
        • SadilkováL.
        • 摩洛哥j.
        • SEBO P.
        RTX.彩易福彩:由共同机制分泌的高度多样化的家庭。
        有限元微生物。录 2010; 34: 1076-1112
        • lally e.t.
        • 山r.b.
        • Kieba I.R.
        • Korostoff J.
        RTX.毒素与靶细胞之间的相互作用。
        趋势微生物。 1999; 7: 356-361
        • armengaud J.
        蛋白素学MOMICS和系统生物学:寻求最终缺失的部分。
        专家Rev.彩易福彩组学。 2010; 7: 65-77
        • LANFRANCONI M.P.
        • 博世R.
        • nogales b.
        柴油污染响应柴油污染的活性海洋细菌组合组成的短期变化。
        microb。 Biotechnol。 2010; 3: 607-621
        • Christie-Oleza J.A.
        • Fernandez B.
        • nogales b.
        • 博世R.
        • armengaud J.
        彩易福彩组学洞察环境相关海洋细菌的生活方式。
        主义E J. 2011; (在新闻)
        • de groot A.
        • Dulermo R.
        • ORTET P.
        • Blanchard L.
        • GuérinP.
        • Fernandez B.
        • Vachere B.
        • Dossat C.
        • 茶叶E.
        • Siguier P.
        • 钱德勒米
        • Barakat M.
        • Dedieu A.
        • 巴勃V.
        • heulin t.
        • Sommer S.
        • ACHOUAK W.
        • armengaud J.
        彩易福彩组学和基因组学的联盟解开撒哈拉细菌的特异性 Deinococcus deserti..
        Plos Genet。 2009; 5: E1000434.
        • Dedieu A.
        • 盖尔德J.C.
        • Pourcher T.
        • Darrouzet E.
        • armengaud J.
        重新探查甲卓林素的碘化位点,以器官为导向的霰弹枪战略。
        J. Biol。化学。 2011; 286: 259-269
        • Dupierris V.
        • 马萨隆C.
        • 法庭M.
        • Kieffer -Jaquinod S.
        • brululy c.
        用于验证质谱肽的工具箱识别和数据库的产生:IRMA。
        生物信息学。 2009; 25: 1980-1981
        • VizcaínoJ.A.
        • Côtér.
        • Reinger F.
        • Barsnes H.
        • 抚养金。
        • Rameseder J.
        • Hermjakob H.
        • 玛特L.
        彩易福彩组学识别数据库:2010更新。
        核酸RES。 2010; 38: D736-D742
        • Emanuelsson O.
        • 布鲁纳克斯。
        • von heijne g.
        • 尼尔森H.
        使用TABREDP,SIGNALP和相关工具定位在电池中的彩易福彩。
        NAT。 protoc。 2007; 2: 953-971
        • Bendtsen J.D.
        • Kiemer L.
        • FAUSBØLLA.
        • 布鲁纳克斯。
        细菌中的非典型彩易福彩分泌。
        BMC Microbiol。 2005; 5: 58
        • juncker a。
        • Willenbrock H.
        • von heijne g.
        • 布鲁纳克斯。
        • 尼尔森H.
        • Krogh A.
        革兰氏阴性细菌中脂蛋白信号肽的预测。
        彩易福彩SCI。 2003; 12: 1652-1662
        • 大厅。
        Bioedit:适用于Windows 95/98 / NT的用户友好的生物序列对齐编辑器和分析程序。
        Nucl。酸Symp。 Ser。 1999; 41: 95-98
        • 刘H.
        • Sadygov R.G.
        • yates 3rd,J.R.
        霰弹枪彩易福彩组学中相对彩易福彩丰度的随机抽样与估算模型。
        肛门。化学。 2004; 76: 4193-4201
        • Carvalho P.C.
        • Fischer J.s.
        • 陈娥。
        • yates 3rd,J.R.
        • Barbosa V.C.
        彩易福彩组学的Patternlab:差动霰弹枪彩易福彩组学的工具。
        BMC生物信息学。 2008; 9: 316
        • armengaud J.
        完美的基因组注释在彩易福彩组学和基因组学联盟范围内。
        Curr。拍摄。微生物。 2009; 12: 292-300
        • Baudet M.
        • ORTET P.
        • 盖尔德J.C.
        • Fernandez B.
        • GuérinP.
        • Enjalbal C.
        • Subra G.
        • de groot A.
        • Barakat M.
        • Dedieu A.
        • armengaud J.
        基于彩易福彩组学的细化 Deinococcus deserti. 基因组注释揭示了非典型翻译起始密码子的不持续使用。
        摩尔。细胞。彩易福彩组学。 2010; 9: 415-426
        • Speedom R.N.
        • 布邦A.
        海洋红花苜蓿的表面定植:整合基因型和表型。
        苹果。环境。微生物。 2009; 75: 6027-6037
        • FelföldiG.
        • MarokháziJ.
        • Képiróm。
        • 乙烯基I.
        天然靶蛋白的鉴定表明了抗免疫机制中的Serralysin型金属蛋白酶PRTA的功能。
        苹果。环境。微生物。 2009; 75: 3120-3126
        • GogArten J.P.
        • Senejani A.G.
        • Zhaxybayeva O.
        • Olendzenski L.
        • Hilario E.
        inteins:结构,功能和进化。
        安努。 rev. microbiol。 2002; 56: 263-287
        • 科尔曼S.A.
        • minnick m.f.
        为此建立直接作用 Bartonella bacilliformis. 在人红细胞寄生中侵袭相关的基因座B(Ialb)蛋白。
        感染。 Immun。 2001; 69: 4373-4381
        • Lauro F.M.
        • McDougald D.
        • 托马斯T.
        • 威廉姆斯T.J.
        • egan s.
        • 米饭S.
        • 黛姆M.Z.
        • L.
        • ertan H.
        • 约翰逊J.
        • Ferriera S.
        • Lapidus A.
        • 安德森I.
        • kyrpides n。
        • MUNK A.C.
        • 遏制C.
        • 汉C.S.
        • 棕色M.V.
        • robb f.t.
        • Kjelleberg S.
        • Cavicchioli R.
        海洋细菌营养策略的基因组基础。
        Proc。 Natl。阿卡。 SCI。美国。 2009; 106: 15527-15533
        • 牛顿r.j.
        • 格里芬L.E.
        • 鲍龙西
        • 梅塞尔C.
        • Gifford S.
        • givens c.e.
        • 霍华德·哈马德
        • e国王。
        • Oakley C.A.
        • 瑞萨C.R.
        • RINTA-KANTO J.M.
        • Sharma S.
        • 太阳S.
        • varaljay五。
        • Vila-Costa M.
        • Westrich J.R.
        • 莫兰米。
        总体海洋细菌谱系的基因组特征。
        主义E J. 2010; 4: 784-798