提供对注释光谱的访问

目前,这是 MCP指南 要求在这两种情况下提供注释光谱:

  • 基于单肽鉴定的蛋白质
  • 翻译后修饰的肽

本文档的目的是总结在一个位置现有工具中,该工具可以选择利用从各种软件工具将不同的蛋白质组结果格式转换为满足用于访问注释光谱的MCP要求的文件。

可以从大多数搜索引擎中提供带注释的光谱,尽管如何在软件之间执行此操作的选项。 MCP要求将注释光谱所需的文件存储在超出作者控制的公共存储库中,因此实验室网站不是符合标准的位置。可以使用稿件提交将其作为补充文件提交。但是,这些文件通常很大(>100 MB)。如果是这种情况,还有一些可用于存储这些文件的公共存储库,并且作者只需要提供给在稿件提交时上传的位置的链接。 MCP不会正式支持任何一个存储库。但是,那部分的存储库 Proteomexchange财团 是合适的选择。

我们提供以下搜索引擎列表,以及如何提供注释光谱的选项。这不是一个详尽的列表,并且继续生成备用选项,因此如果未列出您的软件,这并不意味着它无法支持。特别是,软件MS-Viewer可以接受选项卡分隔的文本结果文件作为各种格式的输入,因此如果没有其他替代方案是显而易见的,可以使用最小文件编辑。

以下许多选项都需要在本地计算机上安装查看软件。但是,下面列出的所有工具都可以自由下载。

吉祥物

  • 吉祥物结果可以以几种不同的格式出口。可以使用自豪感转换器工具将.dat结果格式转换为PRIDEXML。 MzidentML格式可以上传到骄傲,如果还提供峰值列表文件,则可以使用普遍检查员查看结果。
  • 以CSV格式导出的吉祥物结果以及峰值列表文件,可以上传到MS-Viewer(见下文)。
  • 吉祥物蒸馏器允许查看从吉祥物服务器离线的注释光谱。要启用此,作者需要提供.orov和仪器原始文件。 Distiller还可以访问此数据的MS1量化结果。

MaxQuant.

  • MaxQuant.创建包含许多不同文件格式的大型结果文件夹,包括原始,PeakList和几种不同的文本格式结果文件。 如果提供了整个此文件夹 (以正确的布置为单位),可以使用MaxQuant Viewer查看注释光谱(请参阅此处,以获取需要上载的文件和文件夹列表的示例)。作者还必须在用于创建结果的版本中提供MaxQuant软件(包括查看器),以确保查看器兼容性。
  • 上传MSMS.txt文件(在“组合的”文件夹中)和.apl文件(作为单个文件归档;例如,zip文件)到MS-Viewer也允许查看注释光谱(见下文)。
  • 注释的光谱也可以从MaxQuant输出的“组合”文件夹和MQPAR.XML文件中可视化 PDV..

MS-GF +

  • MS-GF +可以导出mzidentml文件,当提交有相应的峰列表文件时,允许使用vifide检查器查看结果。

my rimatch.

  • myRiagatch可以生成百分点和mzidentml文件。 MzidentML文件可以上传到骄傲,以及峰列表文件,允许使用普遍检查员查看带注释的光谱。 PepXML文件以及峰值列表文件可以上传到MS-Viewer,以便于注释光谱。

  • 峰值可以导出mzidentml文件,在使用相应的峰值列表文件提交时,允许使用vifide检查器查看结果。

Omssa.

  • Omssa. XML结果文件可以使用vidide转换器或使用mzidlibrary进入mzidentml中的pridexml转换为pridexml。 pridexml文件或mzidentml以及峰值列表文件允许使用vifide检查器查看带注释的光谱。 PRIDEXML也可以上传到MS-Viewer。

蛋白质滴度

  • 蛋白质页团5.0版可以本地出口mzidentml。提交mzidentml文件/ s以及相应的峰值列表文件/ s允许使用vifide检查器查看光谱。蛋白质保值5.0结果文件(.group)也可以使用蛋白质页洛特软件打开以允许注释光谱的可视化。
  • 对于早期版本的蛋白质Pilot:蛋白质单托特.XML文件,可以使用蛋白质来查看与峰值列表。
  • 蛋白质otot选项卡分隔的输出以及PeakLists需要在使用MS-Viewer查看之前需要非常微小的变化。

蛋白质勘探器

  • 蛋白探测器标签分隔的文本结果文件,以及峰值列表文件可以上传到MS-Viewer以提供注释光谱。

Proteomedisoverer

  • 对于在蛋白质组发现者1.0及更高版本上进行的分析,可以使用蛋白质组发现者查看器查看MSF结果文件或上传到MS-Viewer。
  • 对于在蛋白质组发现者2.0及更高版本上进行的分析,可以从从协商工作流输出生成的.pdresult文件中查看注释光谱。
  • Procon可以将MSF文件转换为MzidentML文件。提交mzidentml文件/ s以及相应的峰值列表文件/ s允许使用vifide检查器查看光谱。

脚手架

  • 可以使用脚手架查看器查看脚手架结果文件(.sf3)。
  • 脚手架结果可以导出为MzidentML文件,然后上传到允许使用骄傲检查员查看注释光谱。

分光剧

  • Spectrodive储蓄从PRM / MRM实验中的带注释光谱在Spectrive实验(.sde)文件中。它们可以用Spectrodive或使用自由分光镜观看者浏览。

光谱素

  • Spectromine在Pulsar搜索存档(.440,40)文件中保存注释光谱。它们可以用光谱或自由谱观察器浏览。

TPP /蛋白质/肽先知

  • PepXML文件以及峰值列表文件可以上传到MS-Viewer以提供注释光谱。

x!串联

  • X!串联结果文件可以使用普遍存在转换器或使用MzidLibrary进入MzidentML中的Pridexml转换为Pridexml。 pridexml文件或mzidentml以及峰值列表文件允许使用vifide检查器查看带注释的光谱。 PRIDEXML也可以上传到MS-Viewer。
  • X!Tandem Tab-Dimited文件(电子表格格式)以及峰值列表文件可以上传到MS-Viewer。

请参考 数据独立获取指南 有关报告直接/条带数据的完整要求。

脚手架Dia
脚手架DIA产生一个出版报告,列出了分析中使用的所有参数和设置,以及报告所有定量结果的补充数据导出和所执行的任何统计分析中使用的参数。可以使用自由支架Dia Viewer查看保留所有MS1和MS2 XIC信息的脚手架DIA结果档案(.sdia)。

地平线
结果可以使用Skyline查看.sky文件,或通过沉积可用 Panoramabublic.。结果作为.blib光谱库也可以在下面的天际线中查看 这些说明.

光谱
最终的Spectronaut分析可以作为.sne文件导出。 SNE文件可以由标准Spectronaut软件或使用Spectronaut查看器加载。在其他信息中.SNE文件包含所有评分和峰值集成信息。可选地,可以使用.sne文件保存所有MS1和MS2离子迹线(XIC数据)。加载了.sne文件后,原始原始文件也可以映射回实验。这是可视化顶点MS1和MS2光谱所需要的。此外,如果离子迹线尚未保存到.sne文件中,也可以从原始文件中提取到加载的实验。因此,使用.sne文件和相应的原始文件,可以浏览顶点MS1 / MS2光谱以及MS1 / MS2离子迹线。


哪里可以找到软件

吉祥物蒸馏器:最新版本的吉祥物蒸馏器可以在这里从Matrix Science下载:
http://www.matrixscience.com/distiller_download.html

该软件将作为现有吉祥物蒸馏器项目的观众,没有许可证,但需要许可来创建新项目。

MS-Viewer.:MS-Viewer是蛋白质探测器包的一部分。这是一个基于Web的软件(无需安装),可以在此处访问: http://prospector2.ucsf.edu/prospector/cgi-bin/msform.cgi?form=msviewer

作者必须以如上所述的格式将其光谱上传到MS-Viewer。在成功上传后,将生成一个唯一的永久搜索键来访问光谱,需要包含在稿件中。

可以在此处找到对使用此软件的视频教程的说明和链接:
http://prospector2.ucsf.edu/prospector/html/instruct/viewerman.htm

mzidlibrary.:此软件可从以下消息下载:
//code.google.com/p/mzidentml-lib/

PDV.:PDV是可以从中下载的综合蛋白质组学数据查看器 //github.com/wenbostar/PDV

骄傲转换器:可以从这里下载最新版本的转换器:
//code.google.com/p/pride-converter-2/

骄傲检查员:可以从这里下载最新版本的骄傲检查员:
//github.com/PRIDE-Toolsuite/pride-inspector/releases

普罗峰:此工具可从以下方式下载:
http://www5.rz.ruhr-uni-bochum.de:8666/mpc/software/ProCon/index.html.en

蛋白质试点:可以在这里从Sciex下载蛋白质飞行员的试用版:
//sciex.com/software-support/software-downloads
许可证需要使用完整包,但它可以用作没有许可证的查看者。

蛋白质组发现者观众: 去 //www.thermofisher.com/us/en/home/industrial/mass-spectrometry/liquid-chromatography-mass-spectrometry-lc-ms/lc-ms-software/multi-omics-data-analysis/proteome-discoverer-software.html 注册和下载蛋白质组发现者的免费试验。 (请务必遵循运行蛋白质组发现者所需的先决条件软件的说明)。蛋白质组发现者的试用版将安装在您的计算机上,该计算机可以在功能上进行全功能。 30天后,试用版仅作为输出文件的查看器。

脚手架观众:可以从这里下载蛋白质组软件的免费观看者:
http://www.proteomesoftware.com/products/free-viewer/

地平线:可以免费下载天际线: //skyline.ms
全景可以在这里访问: //panoramaweb.org

光谱,光谱和分光谱: 要下载查看器for biognosys软件,请访问 //biognosys.com/产品/软件/观众 并申请免费许可证

对于提供对注释光谱的访问的任何疑问,请发送电子邮件Saddiq Zahari [电子邮件 protected].